Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHMEQRILKFLEELGEGKATTAHDLSGKLGTPKKEINRVLYSLAKKGKLQKEAGTPPLWKIAVSTQ

The query sequence (length=66) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3f21:A 67 60 0.9091 0.8955 1.0000 2.32e-38 2acj:B, 2acj:C, 2acj:D, 3f21:B, 3f21:C, 3f22:A, 3f22:B, 3f22:C, 3f23:A, 3f23:B, 3f23:C, 2gxb:A, 2gxb:B, 3irq:B, 3irq:A, 3irq:D, 3irq:C, 3irr:C, 3irr:D, 3irr:A, 3irr:B, 1qbj:A, 1qbj:B, 1qbj:C, 5zu1:C, 5zu1:A, 5zu1:B, 5zuo:B, 5zuo:C, 5zuo:D, 5zup:B, 5zup:C, 5zup:D
2 2acj:A 53 62 0.8030 1.0000 0.8548 4.43e-31 5zuo:A, 5zup:A
3 5zu1:D 47 62 0.7121 1.0000 0.7581 6.99e-25
4 7c0i:B 67 39 0.3485 0.3433 0.5897 1.62e-09 7c0i:A, 7c0i:C
5 4kmf:A 62 61 0.2727 0.2903 0.2951 2.51e-06
6 2heo:A 59 62 0.3030 0.3390 0.3226 1.04e-04 2heo:D, 1j75:A
7 1sfu:A 70 46 0.2727 0.2571 0.3913 1.17e-04 1sfu:B
8 7c0j:B 62 30 0.2727 0.2903 0.6000 4.22e-04 7c0j:A
9 4lb5:B 63 64 0.2879 0.3016 0.2969 0.008 4lb5:A, 4lb6:B
10 4ev0:D 214 50 0.2576 0.0794 0.3400 0.21 4ev0:A
11 1c3r:A 372 58 0.3030 0.0538 0.3448 1.2 1c3r:B, 1c3s:A
12 3byr:A 89 29 0.1667 0.1236 0.3793 1.8
13 3qph:A 335 40 0.1818 0.0358 0.3000 3.9 2f5t:X
14 6zj3:LT 190 28 0.1818 0.0632 0.4286 5.6
15 8ewy:A 1049 17 0.1364 0.0086 0.5294 5.7 6aah:A, 6aah:B, 6bbu:A, 6c7y:A, 6dbn:A, 5e1e:A, 5e1e:B, 4e4l:A, 4e4l:E, 4e4l:B, 4e4l:D, 4e4n:A, 4e4n:B, 4e5w:A, 4e5w:B, 4ehz:A, 4ehz:B, 4ehz:C, 4ehz:D, 4ei4:A, 4ei4:B, 6elr:A, 6elr:B, 8ewy:B, 3eyg:A, 3eyh:A, 4fk6:A, 4fk6:B, 6ggh:A, 6ggh:B, 5hx8:A, 5hx8:B, 6hzu:A, 6hzu:B, 4i5c:A, 4i5c:B, 4ivb:A, 4ivb:B, 4ivc:A, 4ivc:B, 4ivd:A, 4ivd:B, 4k6z:A, 4k77:A, 4k77:B, 5khw:A, 5khw:B, 5khx:A, 6n77:A, 6n77:B, 6n78:A, 6n79:A, 6n7a:A, 6n7a:B, 6n7b:A, 6n7c:A, 6n7c:B, 6n7d:A, 6rsb:A, 6rsb:B, 6rsc:A, 6rsc:B, 6rsd:A, 6rsd:B, 6rse:A, 6rse:B, 6rsh:A, 6rsh:B, 6sm8:A, 6sm8:B, 6smb:A, 6smb:B, 7t6f:A, 7t6f:B, 6tpe:A, 6tpe:B, 6tpf:A, 6tpf:B, 6w8l:A, 5wo4:A, 5wo4:B
16 6vgl:A 305 17 0.1364 0.0295 0.5294 7.2 6aaj:A, 6aaj:B, 5aep:A, 4aqc:A, 4aqc:B, 2b7a:A, 2b7a:B, 4bbe:A, 4bbe:B, 4bbe:C, 4bbe:D, 4bbf:A, 4bbf:B, 4bbf:C, 4bbf:D, 6bbv:A, 8bm2:A, 8bm2:B, 8bpv:A, 8bpw:A, 8bpw:B, 8bx6:A, 8bx9:A, 8bx9:B, 8bxc:A, 8bxc:B, 8bxh:A, 4c61:A, 4c61:B, 4c62:A, 4c62:B, 5cf4:A, 5cf4:B, 5cf5:A, 5cf5:B, 5cf6:A, 5cf6:B, 5cf8:A, 5cf8:B, 4d0w:A, 4d0x:A, 4d1s:A, 6drw:A, 4e4m:A, 4e4m:B, 4e4m:D, 4e4m:E, 3e62:A, 3e63:A, 3e64:A, 4e6d:A, 4e6d:B, 4e6q:A, 4e6q:B, 4f08:A, 4f08:B, 4f09:A, 3fup:A, 3fup:B, 8g6z:A, 8g6z:B, 8g8o:A, 8g8o:B, 8g8x:A, 8g8x:B, 4gfm:A, 4gl9:A, 4gl9:B, 4gl9:C, 4gl9:D, 4gmy:A, 5hez:A, 5hez:C, 5hez:B, 5hez:D, 4hge:A, 4hge:B, 3io7:A, 3iok:A, 4iva:A, 4ji9:A, 4ji9:B, 4jia:A, 3jy9:A, 3kck:A, 3krr:A, 5l3a:A, 7ll4:A, 7ll5:A, 3lpb:A, 3lpb:B, 4p7e:A, 4p7e:B, 3q32:A, 3q32:B, 7q7i:A, 7q7k:A, 7q7l:A, 7q7w:A, 7ree:A, 7rn6:A, 3rvg:A, 7teu:A, 3tjc:A, 3tjc:B, 3tjd:A, 3tjd:B, 6tpd:A, 5tq3:A, 5tq3:B, 5tq4:A, 5tq5:A, 5tq6:A, 5tq6:B, 5tq7:A, 5tq7:B, 5tq8:A, 3ugc:A, 5usy:A, 5usy:B, 7uyw:A, 6vgl:D, 6vgl:B, 6vgl:C, 6vn8:B, 6vn8:A, 6vnb:B, 6vnb:A, 6vnc:B, 6vnc:A, 6vne:B, 6vne:A, 6vnf:B, 6vnf:A, 6vng:B, 6vng:A, 6vnh:B, 6vnh:A, 6vni:B, 6vni:A, 6vnj:B, 6vnj:A, 6vnk:D, 6vnk:B, 6vnk:C, 6vnk:A, 6vnl:D, 6vnl:B, 6vnl:C, 6vnl:A, 6vnm:B, 6vnm:A, 6vs3:A, 6vs3:B, 6vsn:D, 6vsn:B, 6vsn:C, 6vsn:A, 2w1i:A, 5wev:A, 6wtn:A, 6wto:A, 6wtp:A, 6wtq:A, 6x8e:A, 6x8e:B, 2xa4:A, 2xa4:B, 4ytc:A, 4ytf:A, 4yth:A, 4yti:A, 4zim:A, 4zim:B, 3zmm:A, 3zmm:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218