Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SHMATFVELSTKAKMPIVGLGTWKSPLGKVKEAVKVAIDAGYRHIDCAYVYQNEHEVGEAIQEKIQEKAVKREDLFIVSK
LWPTFFERPLVRKAFEKTLKDLKLSYLDVYLIHWPQGFKSGDDLFPKDDKGNAIGGKATFLDAWEAMEELVDEGLVKALG
VSNFSHFQIEKLLNKPGLKYKPVTNQVECHPYLTQEKLIQYCHSKGITVTAYSPLGSPDRPWAKPEDPSLLEDPKIKEIA
AKHKKTAAQVLIRFHIQRNVIVIPKSVTPARIVENIQVFDFKLSDEEMATILSFNRNWRACNVLQSSHLEDYPFDAEY

The query sequence (length=318) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4gq0:A 318 318 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4ga8:A, 4gab:A, 4gqg:A, 4i5x:A, 4icc:X, 4jih:A, 4jii:X, 5lik:X, 5liu:X, 5liw:X, 5lix:X, 5liy:X, 5m2f:X, 4wev:X, 4xzl:X, 4xzm:X, 4xzn:X, 5y7n:A, 1zua:X
2 1c9w:A 315 315 0.8270 0.8349 0.8349 0.0 1frb:A
3 3o3r:A 315 315 0.7736 0.7810 0.7810 2.56e-179 3o3r:B, 3qkz:A, 3qkz:B
4 8b34:A 318 318 0.7075 0.7075 0.7075 8.19e-166 8a4n:A, 1abn:A, 2acq:A, 2acr:A, 2acs:A, 2acu:A, 1ads:A, 8ae9:A, 2agt:A, 8aqg:A, 8aqp:A, 8auu:A, 1az1:A, 1az2:A, 8b3n:A, 8b3r:A, 8b66:A, 3bcj:A, 8bjl:A, 8cnf:A, 8cnp:A, 3dn5:A, 2dux:A, 2duz:A, 2dv0:A, 1ef3:A, 1ef3:B, 1el3:A, 2f2k:A, 6f7r:A, 6f81:A, 6f82:A, 6f84:A, 6f8o:A, 8fh5:A, 8fh6:A, 8fh7:A, 8fh8:A, 8fh9:A, 2fz8:A, 2fz9:A, 2fzb:A, 2fzd:A, 3g5e:A, 4gca:A, 3ghr:A, 3ghs:A, 3ght:A, 3ghu:A, 5ha7:A, 5ha7:B, 2hv5:A, 2hvn:A, 2hvo:A, 2i16:A, 2i17:A, 1iei:A, 4igs:A, 2ikg:A, 2ikh:A, 2iki:A, 2ikj:A, 2ine:A, 2inz:A, 2ipw:A, 2iq0:A, 2iqd:A, 2is7:A, 2isf:A, 2j8t:A, 4jir:A, 4lau:A, 4laz:A, 3lbo:A, 4lb3:A, 4lb4:A, 4lbr:A, 4lbs:A, 3ld5:A, 3len:A, 3lep:A, 3lqg:A, 3lql:A, 3lz3:A, 3lz5:A, 3m0i:A, 3m4h:A, 3m64:A, 1mar:A, 3mb9:A, 3mc5:A, 4nkc:A, 2nvc:A, 2nvd:A, 3onb:A, 3onc:A, 5ou0:A, 5ouj:A, 5ouk:A, 8oz2:A, 3p2v:A, 8p2r:A, 2pd5:A, 2pd9:A, 2pdb:A, 2pdc:A, 2pdf:A, 2pdg:A, 2pdh:A, 2pdi:A, 2pdj:A, 2pdk:A, 2pdl:A, 2pdm:A, 2pdn:A, 2pdp:A, 2pdq:A, 2pdu:A, 2pdw:A, 2pdx:A, 2pdy:A, 2pev:A, 2pf8:A, 2pfh:A, 4pr4:A, 4prr:A, 4prt:A, 4puu:A, 4puw:A, 1pwl:A, 1pwm:A, 2pzn:A, 3q65:A, 3q65:B, 3q67:A, 3q67:B, 4q7b:A, 4qbx:A, 4qr6:A, 2qxw:A, 4qx4:A, 4qxi:A, 2r24:A, 4rpq:A, 3rx2:A, 3rx3:A, 3rx4:A, 3s3g:A, 6syw:A, 6t27:A, 6t3p:A, 1t40:A, 1t41:A, 3t42:A, 6t5g:A, 6t7q:A, 6td8:A, 6tuc:A, 6tuf:A, 6txp:A, 3u2c:A, 1us0:A, 3v35:A, 3v36:A, 1x96:A, 1x97:A, 1x98:A, 6xum:A, 4xzh:A, 4xzh:B, 4xzi:A, 6y03:A, 6y1p:A, 4ys1:A, 4yu1:A, 1z3n:A, 1z89:A, 1z8a:A
5 1ah0:A 315 315 0.7075 0.7143 0.7143 1.23e-159 1ah3:A, 1ah4:A, 1eko:A
6 3bur:A 325 317 0.5063 0.4954 0.5079 2.39e-113 3bur:B, 3buv:B, 3buv:A, 3bv7:A, 3bv7:B, 3caq:A, 3caq:B, 3cas:A, 3cas:B, 3cav:A, 3cav:B, 3cmf:A, 3cmf:B, 3cot:A, 3cot:B, 3dop:A, 3dop:B, 3g1r:A, 3g1r:B, 3uzw:A, 3uzw:B, 3uzx:A, 3uzx:B, 3uzy:A, 3uzy:B, 3uzz:A, 3uzz:B
7 3fx4:A 325 297 0.4906 0.4800 0.5253 1.42e-109 1ae4:A, 3cv7:A, 1cwn:A, 3h4g:A, 1hqt:A
8 1q13:A 322 316 0.5031 0.4969 0.5063 1.48e-108 1q13:B, 1q5m:A, 1q5m:B
9 4l1w:A 325 316 0.4843 0.4738 0.4873 2.37e-105 6a7a:A, 3c3u:A, 3gug:A, 2hdj:A, 2hdj:B, 1ihi:A, 1ihi:B, 6ijx:A, 2ipj:A, 2ipj:B, 1j96:A, 1j96:B, 8jp2:A, 4jq1:A, 4jq1:B, 4jq2:A, 4jq2:B, 4jq3:A, 4jq3:B, 4jq4:A, 4jq4:B, 4jqa:A, 4jqa:B, 4jtq:A, 4jtq:B, 4jtr:A, 4jtr:B, 4l1w:B, 4l1x:A, 4l1x:B, 1mrq:A, 3nty:A, 1xjb:A, 1xjb:B, 4xo6:A, 4xo6:B, 4xo7:A, 4xo7:B, 4yvp:A, 4yvp:B
10 2fvl:A 323 316 0.4780 0.4706 0.4810 4.22e-105 2fvl:B, 2fvl:C
11 4zfc:B 320 312 0.4654 0.4625 0.4744 5.39e-101 6a7b:A, 6a7b:B, 8bbs:B, 8bbs:A, 7c7f:A, 7c7f:B, 7c7g:A, 7c7g:B, 7c7h:A, 7c7h:B, 4dbs:A, 4dbs:B, 4dbu:A, 4dbu:B, 4dbw:A, 4dbw:B, 4dz5:A, 6f2u:A, 6f2u:B, 2f38:A, 6f78:A, 6f78:B, 4fa3:A, 4fal:A, 4fam:A, 4fam:B, 9ffd:A, 9ffd:B, 2fgb:A, 6gxk:A, 6gxk:B, 4h7c:A, 4hmn:A, 5hnt:A, 5hnt:C, 5hnu:A, 5hnu:C, 8i0c:A, 8i0c:B, 8jp1:A, 8jp1:B, 3r43:A, 3r58:A, 3r6i:A, 3r7m:A, 3r8g:A, 3r8h:A, 3r94:A, 8rb6:A, 8rb6:B, 1ry0:A, 1ry0:B, 1ry8:A, 1ry8:B, 1s1p:A, 1s1r:A, 1s2a:A, 1s2c:A, 3ufy:A, 3ug8:A, 3ugr:A, 3uwe:A, 4wdt:A, 4wdu:A, 4wdw:A, 4wdw:B, 4wdx:A, 4wdx:B, 7wqm:A, 7wqm:B, 7wqr:A, 7wqr:B, 7wqs:A, 7wqs:B, 4wrh:A, 7x3l:A, 7x3l:B, 7x3m:A, 7x3m:B, 7x3o:A, 7x3o:B, 1xf0:A, 4xvd:A, 4xvd:B, 4xve:A, 4yvv:A, 4yvv:B, 4yvx:A, 4yvx:B, 4zfc:A, 1zq5:A
12 3ln3:A 319 319 0.4717 0.4702 0.4702 6.74e-100 6m7k:A, 5uxf:A
13 1afs:A 319 311 0.4528 0.4514 0.4630 3.60e-97 1afs:B, 1lwi:A, 1lwi:B
14 3cv6:A 323 308 0.4340 0.4272 0.4481 4.83e-94 3cv6:B, 2he5:A, 2he5:B, 2he5:C, 2he5:D, 2hej:A, 2hej:B, 2ipf:A, 2ipf:B, 2ipg:A, 2ipg:B, 2p5n:A, 2p5n:B
15 3h7u:A 312 291 0.4057 0.4135 0.4433 1.49e-77
16 7s5f:B 309 298 0.3931 0.4045 0.4195 1.92e-77 7s5f:A, 7s5f:C, 7s5f:D
17 5ket:A 328 329 0.4119 0.3994 0.3982 1.08e-74 5ket:B
18 3wcz:A 307 316 0.3931 0.4072 0.3956 4.67e-72
19 3krb:A 307 298 0.3962 0.4104 0.4228 3.20e-71 3krb:B
20 3h7r:A 307 303 0.3994 0.4137 0.4191 2.08e-70
21 4g5d:A 283 296 0.3994 0.4488 0.4291 2.66e-70 4g5d:B
22 5jh2:A 257 281 0.3836 0.4747 0.4342 7.80e-69
23 1vbj:A 281 294 0.3868 0.4377 0.4184 1.51e-68 1vbj:B
24 4gie:A 288 296 0.3742 0.4132 0.4020 4.84e-68 4fzi:A, 4fzi:B
25 5az1:A 327 318 0.3553 0.3456 0.3553 8.19e-68 5az0:A
26 5zcm:A 329 312 0.3868 0.3739 0.3942 2.04e-66
27 7f7k:B 310 287 0.4088 0.4194 0.4530 1.28e-65 7f7k:A, 7f7l:A, 7f7l:B, 7f7m:A, 7f7m:B, 7w1w:A, 7w1w:B, 7w1x:A, 7w1x:B
28 1k8c:B 319 313 0.3899 0.3887 0.3962 4.45e-63 1k8c:A, 1k8c:C, 1k8c:D, 1mi3:A, 1mi3:B, 1mi3:C, 1mi3:D, 1r38:A, 1r38:B, 1r38:C, 1r38:D, 1sm9:A, 1sm9:B, 1sm9:C, 1sm9:D, 1ye4:A, 1ye4:B, 1ye4:C, 1ye4:D, 1ye6:A, 1ye6:B, 1ye6:C, 1ye6:D, 1z9a:A, 1z9a:B, 1z9a:C, 1z9a:D
29 5z6t:A 317 308 0.3899 0.3912 0.4026 4.63e-63 5z6t:B
30 2bgs:A 308 290 0.3616 0.3734 0.3966 1.67e-61 2vdg:A
31 3b3d:A 280 300 0.3805 0.4321 0.4033 1.95e-60 3b3d:B, 3b3d:C
32 4ijr:A 328 307 0.3553 0.3445 0.3681 7.49e-59 4ijr:C
33 3d3f:A 275 294 0.3774 0.4364 0.4082 2.03e-58 3d3f:B
34 1vp5:A 284 294 0.3333 0.3732 0.3605 7.00e-56 1vp5:B
35 3wbw:A 271 292 0.3050 0.3579 0.3322 4.55e-54 3wbw:B, 3wby:A, 3wby:B
36 5jgw:A 314 290 0.3648 0.3694 0.4000 1.28e-52 5jgw:B, 5jgw:C, 5jgw:D, 5jgy:A, 5jgy:B
37 1zgd:A 308 298 0.3648 0.3766 0.3893 4.44e-52 1zgd:B
38 2wzm:A 274 294 0.2956 0.3431 0.3197 9.48e-48 2wzm:B
39 1a80:A 277 287 0.2925 0.3357 0.3240 2.08e-44 1m9h:A
40 4h8n:A 303 301 0.3113 0.3267 0.3289 1.91e-40 4h8n:B
41 6kik:A 275 303 0.3113 0.3600 0.3267 1.79e-37 5dan:A, 6kiy:A, 6ky6:A, 6ky6:B
42 3wg6:A 299 309 0.2642 0.2809 0.2718 1.56e-30 3wg6:B, 3wg6:C, 3wg6:D
43 5c7h:A 281 291 0.2736 0.3096 0.2990 6.67e-29 4pmj:A
44 6cia:A 284 296 0.2673 0.2993 0.2872 1.44e-25 4wgh:A
45 1pz0:A 311 295 0.2358 0.2412 0.2542 1.75e-13
46 1pz1:A 333 220 0.2013 0.1922 0.2909 5.83e-13 1pz1:B
47 6hg6:A 313 309 0.2201 0.2236 0.2265 1.86e-07
48 1lqa:A 346 138 0.1195 0.1098 0.2754 4.51e-07 1lqa:B
49 5t79:A 315 314 0.2138 0.2159 0.2166 7.65e-07 3erp:A, 3erp:B
50 7bc1:A 295 130 0.1164 0.1254 0.2846 1.21e-06
51 3v0s:A 287 275 0.2138 0.2369 0.2473 1.21e-06 3v0t:A
52 4aub:B 335 322 0.2044 0.1940 0.2019 1.71e-06 4aub:A, 4aub:C, 4aub:G, 3n6q:D
53 4aub:F 298 305 0.1950 0.2081 0.2033 4.17e-06 4aub:E, 4aub:H
54 7twz:A 298 184 0.1447 0.1544 0.2500 1.03e-05 7twz:B, 7twz:C, 7twz:D, 7twz:E, 7twz:F
55 8jwo:L 311 281 0.1730 0.1768 0.1957 1.66e-05 8jwk:H, 8jwo:A, 8jwo:C, 8jwo:D, 8jwo:E, 8jwo:G, 8jwo:I, 8jwo:K, 8jwo:M, 8jwo:O
56 8jwm:B 331 299 0.1824 0.1752 0.1940 5.13e-05 8jwk:D, 8jwk:J, 8jwk:L, 8jwk:N, 8jwk:P, 8jwl:C, 8jwl:H, 8jwm:A, 8jwm:C, 8jwm:D, 8jwm:E, 8jwm:F, 8jwm:G, 8jwm:H, 8jwn:A, 8jwn:B, 8jwn:C, 8jwn:D, 8jwn:E, 8jwn:F, 8jwn:G, 8jwn:H, 8jwo:B, 8jwo:F, 8jwo:H, 8jwo:J, 8jwo:N, 8jwo:P, 8xr4:A, 8xr4:B, 8xr4:C, 8xr4:D, 8xr4:E, 8xr4:F, 8xr4:G, 8xr4:H
57 1og6:C 298 184 0.1415 0.1510 0.2446 1.78e-04 1og6:A, 1og6:B
58 1ynp:B 298 174 0.1226 0.1309 0.2241 0.004 1ynp:A, 1ynq:A, 1ynq:B
59 8usu:A 316 260 0.1981 0.1994 0.2423 0.015 8usu:B
60 1gve:A 324 200 0.1509 0.1481 0.2400 0.021
61 8hw0:A 329 99 0.1006 0.0973 0.3232 0.043
62 7svq:A 315 242 0.1698 0.1714 0.2231 0.079 7svq:B
63 6u1x:A 2059 68 0.0660 0.0102 0.3088 0.78
64 4zfv:A 436 56 0.0566 0.0413 0.3214 0.79 5bsb:A, 5bvc:A, 5tkr:A, 4yh5:A, 4yh5:B, 4zfv:B, 4zlu:A, 4zlu:B
65 5a22:A 2002 68 0.0660 0.0105 0.3088 0.79
66 3kru:A 335 56 0.0629 0.0597 0.3571 2.0 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
67 3s6t:A 575 41 0.0409 0.0226 0.3171 3.5 3nsn:A, 3ozo:A, 3ozp:A, 3vtr:A, 3wmb:A, 3wmc:A, 5y0v:A, 5y1b:A
68 2dwc:B 409 68 0.0597 0.0465 0.2794 5.1 2dwc:A
69 6zu5:LG0 202 64 0.0566 0.0891 0.2812 5.4
70 1p0k:B 309 43 0.0440 0.0453 0.3256 6.4 1p0k:A, 1p0n:A, 1p0n:B
71 7suk:NE 163 43 0.0409 0.0798 0.3023 6.9
72 5wlc:NE 158 43 0.0409 0.0823 0.3023 6.9
73 7mq8:LR 773 45 0.0535 0.0220 0.3778 7.3 7mq9:LR, 7mqa:LR
74 6kac:S 252 45 0.0472 0.0595 0.3333 7.7 6kac:s, 6kad:S, 6kad:s, 6kaf:S, 6kaf:s
75 6ke6:RV 190 43 0.0409 0.0684 0.3023 8.3 7ajt:JN, 6lqp:RV, 6lqq:RV, 6lqu:RV, 6zqa:JN, 6zqb:JN, 6zqc:JN
76 2z1k:A 474 74 0.0597 0.0401 0.2568 8.6 2z1k:B, 2z1k:C, 2z1k:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218