Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SGAIYVGNFRVVNRHLATHNDWANLVWEDSSRDLLVSSTTAQGCDTIARCNCQTGVYYCNSRRKHYPVSFSKPSLIYVEA
SEYYPARYQSHLMLAQGHSEPGDAGGILRCQHGVVGIVSTGGNGLVGFADVRDLLWLD

The query sequence (length=138) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 9fgo:A 149 138 0.9783 0.9060 0.9783 9.01e-100 7da6:A, 4fvb:A, 4fvd:A, 7h2t:A, 7h2u:A, 7h2v:A, 7h2w:A, 7h2x:A, 7h2x:B, 7h2y:A, 7h2z:A, 7h30:A, 7h30:B, 7h31:A, 7h32:A, 7h33:A, 7h34:A, 7h35:A, 7h36:A, 7h37:A, 7h38:A, 7h39:A, 7h3a:A, 7h3b:A, 7h3c:A, 7h3d:A, 7h3e:A, 7h3f:A, 7h3g:A, 7h3g:B, 7h3h:A, 7h3i:A, 7h3j:A, 7h3k:A, 7h3l:A, 7h3m:A, 7h3n:A, 7h3o:A, 7h3p:A, 7h3q:A, 7h3r:A, 7h3s:A, 7h3t:A, 7h3u:A, 7h3v:A, 7h3v:B, 7h3w:A, 7h3w:B, 7h3x:A, 7h3y:A, 7h3z:A, 7h40:A, 7h41:A, 7h42:A, 7h43:A, 7h44:A, 7h45:A, 7h46:A, 7h47:A, 7h48:A, 7h49:A, 7h4a:A, 7h4b:A, 7h4c:A, 7h4d:A, 7h4e:A, 7h4f:A, 7h4g:A, 7h4h:A, 7h4i:A, 7h4j:A, 7h4k:A, 7h4l:A, 7h4m:A, 7h4n:A, 7h4o:A, 7h4p:A, 7h4q:A, 7h4r:A, 7h4s:A, 7h4t:A, 7h4u:A, 7h4v:A, 7h4w:A, 7h4x:A, 7h4y:A, 7h4z:A, 7h50:A, 7h50:B, 7h51:A, 7h51:B, 7h52:A, 7h52:B, 7h53:A, 7h53:B, 7h54:A, 7h54:B, 7h55:A, 7h55:B, 4mg3:A, 4mg3:B, 8poa:A, 8poa:B, 3w95:A, 8x77:F, 8x77:E, 8x77:H, 8x77:C, 8x8q:F
2 1z8r:A 150 138 0.7391 0.6800 0.7391 7.36e-78 7lms:B
3 7jre:E 142 131 0.4783 0.4648 0.5038 9.34e-48 7jre:A, 7jre:B, 7jre:C, 7jre:D, 7jre:F, 7lw2:E, 7lw2:A, 7lw2:B, 7lw2:C, 7lw2:D, 7lw2:F, 7mg0:E, 7mg0:A, 7mg0:B, 7mg0:C, 7mg0:D, 7mg0:F
4 7ara:A 139 129 0.3406 0.3381 0.3643 6.57e-28 7ara:B, 2hrv:A, 2hrv:B
5 2m5t:A 142 120 0.3478 0.3380 0.4000 1.80e-25
6 5x45:B 137 102 0.3043 0.3066 0.4118 2.89e-25 5x45:A, 5x45:C, 5x45:D
7 2ijd:1 644 44 0.1087 0.0233 0.3409 0.33 4dcd:A, 2ijd:2, 2ily:A, 2ilz:A, 2im0:A, 2im1:A, 2im2:A, 2im3:A, 4k4s:A, 4k4s:E, 4k4t:A, 4k4t:E, 4k4u:A, 4k4u:E, 4k4v:A, 4k4v:E, 4k4w:A, 4k4w:E, 3ol6:A, 3ol6:E, 3ol6:I, 3ol6:M, 3ol7:A, 3ol7:E, 3ol7:I, 3ol7:M, 3ol8:A, 3ol8:E, 3ol8:I, 3ol8:M, 3ol9:A, 3ol9:E, 3ol9:I, 3ol9:M, 3ola:A, 3ola:E, 3ola:I, 3ola:M, 3olb:A, 3olb:E, 3olb:I, 3olb:M, 1ra7:A
8 5i25:A 596 53 0.1304 0.0302 0.3396 1.2 3bg8:A, 8bo3:AAA, 8bo4:AAA, 8bo5:AAA, 8bo6:AAA, 8bo7:AAA, 6c0s:A, 4cr5:A, 4cr9:A, 4cra:A, 4crb:A, 4crc:A, 4crd:A, 4cre:A, 4crf:A, 4crg:A, 4d76:A, 4d7f:A, 4d7g:A, 5e2o:A, 5e2p:A, 5eod:A, 5eok:A, 5exl:A, 5exm:A, 5exn:A, 2fda:A, 7mbo:A, 4na7:A, 4na8:A, 5q0d:A, 5q0e:A, 5q0f:A, 5q0g:A, 5q0h:A, 5qck:A, 5qcl:A, 5qcm:A, 5qcn:A, 7qot:A, 7qot:B, 5qqo:A, 5qqp:A, 5qtt:A, 5qtu:A, 5qtv:A, 5qtw:A, 5qtx:A, 5qty:A, 3sor:A, 3sos:A, 5tks:A, 5tkt:A, 5tku:A, 6ts4:A, 6ts5:A, 6ts6:A, 6ts7:A, 6twb:A, 6twc:A, 4ty6:A, 4ty7:A, 6usy:A, 7v0z:A, 7v10:A, 7v11:A, 7v12:A, 7v13:A, 7v14:A, 7v15:A, 7v16:A, 7v17:A, 7v18:A, 6vlu:A, 6vlv:A, 6w50:A, 5wb6:A, 4wxi:A, 4x6m:A, 4x6n:A, 4x6o:A, 4x6p:A, 4x6p:B, 4y8x:A, 4y8y:A, 4y8z:A, 1zhm:A, 1zhp:A, 1zhr:A, 1zlr:A, 1zmj:A, 1zml:A, 1zmn:A, 1zom:A, 1zpb:A, 1zpc:A, 1zpz:A, 1zrk:A, 1zsj:A, 1zsk:A, 1zsl:A, 1ztj:A, 1ztk:A, 1ztl:A
9 6bt9:B 626 24 0.0797 0.0176 0.4583 2.4 6bt9:A
10 4p8r:A 331 54 0.1232 0.0514 0.3148 2.4 4p8r:B, 4p8r:C, 4p8r:D
11 7dpi:C 292 70 0.1159 0.0548 0.2286 2.7 7dpi:A
12 6px6:B 178 85 0.1812 0.1404 0.2941 3.0 6py2:B
13 6edz:C 723 34 0.1159 0.0221 0.4706 4.4
14 6edw:C 724 34 0.1159 0.0221 0.4706 4.4 6ee1:A, 6ee1:C
15 6edw:B 746 34 0.1159 0.0214 0.4706 4.4 6edw:A, 6edw:D, 6edz:A, 6edz:B, 6edz:D, 6ee1:B, 6ee1:D
16 8ibd:AE 109 59 0.1232 0.1560 0.2881 4.8 8ibg:AE
17 7wh9:A 476 36 0.0870 0.0252 0.3333 4.9 7wh9:B, 7wh9:C
18 5wvu:A 510 44 0.1159 0.0314 0.3636 8.9 5wvu:B, 5wvu:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218