Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAG
GYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLAVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHS
LTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKV
GLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYEGGSNDFVYSIWKGPV
IRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWD

The query sequence (length=397) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1bwk:A 399 397 0.9950 0.9900 0.9950 0.0 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
2 5v4v:A 397 396 0.8010 0.8010 0.8030 0.0 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
3 4rnu:C 385 291 0.7305 0.7532 0.9966 0.0 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
4 4rnu:C 385 91 0.2292 0.2364 1.0000 3.95e-59 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
5 4tmc:A 399 392 0.6851 0.6817 0.6939 0.0 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
6 4rnx:A 390 243 0.6121 0.6231 1.0000 1.50e-176 4rnx:B
7 4rnx:A 390 144 0.3602 0.3667 0.9931 2.53e-101 4rnx:B
8 4df2:A 404 383 0.4207 0.4134 0.4360 9.98e-102 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
9 6agz:A 386 387 0.4332 0.4456 0.4444 6.10e-101 6agz:B
10 4qnw:A 369 387 0.3929 0.4228 0.4031 6.28e-83
11 6s32:D 352 378 0.3829 0.4318 0.4021 4.69e-76 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
12 2gou:A 365 388 0.3627 0.3945 0.3711 3.24e-73 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
13 1icp:A 358 376 0.3652 0.4050 0.3856 3.47e-71 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
14 5dy2:A 378 389 0.3577 0.3757 0.3650 2.65e-70 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
15 9em0:A 376 384 0.3652 0.3856 0.3776 1.74e-68 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
16 7bn6:B 381 387 0.3627 0.3780 0.3721 2.27e-68 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
17 2q3r:A 351 377 0.3552 0.4017 0.3740 2.55e-67 1vji:A
18 8bpp:A 362 384 0.3602 0.3950 0.3724 2.55e-66 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
19 2q3o:B 367 382 0.3552 0.3842 0.3691 3.12e-66 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
20 7tmb:A 362 378 0.3526 0.3867 0.3704 8.52e-66 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
21 4jic:A 370 389 0.3552 0.3811 0.3625 9.49e-65 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
22 1gwj:A 374 384 0.3552 0.3770 0.3672 6.92e-64 3gx9:A, 2r14:A
23 1gvr:A 364 378 0.3451 0.3764 0.3624 5.02e-63 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
24 6uff:A 362 378 0.3426 0.3757 0.3598 9.82e-63 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
25 7tnb:AAA 353 388 0.3451 0.3881 0.3531 1.79e-62
26 4ab4:A 349 383 0.3451 0.3926 0.3577 1.51e-60 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
27 3gka:B 351 375 0.3325 0.3761 0.3520 1.23e-57 3gka:A
28 4b5n:A 354 357 0.3199 0.3588 0.3557 1.19e-55 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
29 8e5i:A 357 377 0.3174 0.3529 0.3342 1.11e-52
30 3aty:A 379 391 0.3073 0.3219 0.3120 1.30e-50 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
31 8fw1:A 362 375 0.3073 0.3370 0.3253 3.67e-49 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
32 4a3u:A 355 374 0.2972 0.3324 0.3155 1.07e-48 4a3u:B
33 4ot7:A 308 374 0.2922 0.3766 0.3102 2.33e-43
34 8e5h:A 368 380 0.2796 0.3016 0.2921 6.49e-30
35 1z41:A 337 218 0.1889 0.2226 0.3440 2.59e-28 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
36 3kru:A 335 214 0.1814 0.2149 0.3364 1.17e-27 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
37 5ocs:A 369 234 0.1990 0.2141 0.3376 1.84e-26 5ocs:C
38 7qfx:C 413 256 0.1965 0.1889 0.3047 2.52e-25 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
39 3gr7:A 340 223 0.1738 0.2029 0.3094 1.34e-24 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
40 8auh:A 365 222 0.1637 0.1781 0.2928 6.82e-22 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
41 8pun:A 356 232 0.1662 0.1854 0.2845 1.45e-21 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
42 7blf:A 406 266 0.1788 0.1749 0.2669 1.78e-20 7blf:B
43 8j59:B 388 233 0.1788 0.1830 0.3047 6.84e-18 8j59:A
44 1ps9:A 671 262 0.1914 0.1133 0.2901 7.90e-18
45 6qkg:B 664 242 0.1637 0.0979 0.2686 1.04e-17 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
46 8uat:F 351 232 0.1763 0.1994 0.3017 1.02e-16 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
47 7fev:A 443 85 0.1008 0.0903 0.4706 1.69e-16
48 1djn:A 729 366 0.2443 0.1331 0.2650 2.25e-16 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
49 7o0t:A 354 220 0.1662 0.1864 0.3000 1.51e-15 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
50 3k30:A 684 363 0.2519 0.1462 0.2755 2.11e-15 3k30:B
51 6de6:A 689 96 0.1008 0.0581 0.4167 7.84e-13
52 6de6:B 652 96 0.1008 0.0613 0.4167 7.88e-13
53 6l6j:A 669 365 0.2368 0.1405 0.2575 3.09e-09
54 7nfc:A 3562 89 0.0554 0.0062 0.2472 0.59 8bh3:S, 8bh3:A, 8bhv:A, 8bhv:F, 8bhy:A, 8bhy:S, 8bot:F, 8bot:S, 7nfc:F
55 3zxs:A 508 66 0.0554 0.0433 0.3333 2.9 3zxs:B, 3zxs:C
56 2vbi:A 554 126 0.0806 0.0578 0.2540 2.9 2vbi:B, 2vbi:C, 2vbi:D, 2vbi:E, 2vbi:F, 2vbi:G, 2vbi:H
57 2vqx:A 322 42 0.0327 0.0404 0.3095 3.1
58 6aa8:E 281 30 0.0327 0.0463 0.4333 4.3 6aa8:F
59 2og6:A 323 59 0.0479 0.0588 0.3220 4.9 2og7:A
60 8eey:B 735 41 0.0302 0.0163 0.2927 4.9
61 8fhw:A 432 75 0.0479 0.0440 0.2533 5.7 8fhw:B, 8fhw:C, 8fhw:D
62 8gs2:B 464 38 0.0302 0.0259 0.3158 5.7
63 4wzf:B 241 61 0.0428 0.0705 0.2787 8.8 4wzf:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218