Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SFEKTPAIKIVGNKFFDSESGEQFFIKGIAYQLQETSYIDALADPKICLRDIPFLKMLGVNTLRVYAIDPTKSHDICMEA
LSAEGMYVLLDLSEPDISINRENPSWDVHIFERYKSVIDAMSSFPNLLGYFAGNEVTNDHTNTFASPFVKAAIRDAKEYI
SHSNHRKIPVGYSTNDDAMTRDNLARYFVCGDVKADFYGINMYEWCGYSTYGTSGYRERTKEFEGYPIPVFFSEFGCNLV
RPRPFTEVSALYGNKMSSVWSGGLAYMYFEEENEYGVVKINDNDGVDILPDFKNLKKEFAKADPKGITEEEYLTAKSVEC
PHIAVGVWEANEKLPETPDRSKCACLDEILPCEIVPFGKYEEYFSYLCSKVDCSDILANGKTGEYGEFSDCSVEQKLSLQ
LSKLYCKIGANDRHCPLNDKNVYFNLESLQPL

The query sequence (length=432) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5fih:A 438 431 0.9838 0.9703 0.9861 0.0 5o9o:A, 5o9p:A, 5o9q:A, 5o9r:A, 5o9y:A, 5oa2:C, 5oa6:A, 2w62:A, 2w63:A
2 8pe1:B 451 425 0.4444 0.4257 0.4518 2.00e-132 8pe1:A, 8pe2:A
3 6s6z:A 1083 144 0.0810 0.0323 0.2431 0.16 6s6z:D, 6s6z:B, 6s6z:H, 6s6z:F, 6s6z:G, 6s6z:E, 6s6z:C, 6sd0:A, 6sd0:B, 6sd0:C, 6sd0:D
4 2nbj:A 93 33 0.0278 0.1290 0.3636 2.1
5 8rev:A 709 128 0.0810 0.0494 0.2734 2.7
6 6mvf:A 643 120 0.0671 0.0451 0.2417 2.9 6mvf:B, 6mvf:C, 6mvf:D, 6mvf:E, 6mvf:F
7 1or4:A 169 49 0.0394 0.1006 0.3469 3.7 1or4:B, 1or6:A, 1or6:B
8 4hu0:A 330 89 0.0509 0.0667 0.2472 4.8
9 8q1b:C 387 90 0.0625 0.0698 0.3000 6.4 8q1b:N
10 6nw5:A 331 49 0.0394 0.0514 0.3469 6.5 6nw5:B, 6nw5:C, 6nw5:D
11 1ffy:A 917 36 0.0255 0.0120 0.3056 6.8 1qu2:A, 1qu3:A
12 4rsl:A 436 45 0.0394 0.0390 0.3778 7.2 6iwe:A
13 5log:A 222 119 0.0764 0.1486 0.2773 8.6 5lhm:A, 5log:B
14 8ppl:Ix 455 23 0.0301 0.0286 0.5652 8.7 9bln:x, 8pj1:x, 8pj2:x, 8pj3:x, 8pj4:x, 8pj5:x, 8pj6:x, 7qp6:x, 8rg0:x, 8xxn:3N, 6zon:D
15 4duo:A 388 51 0.0394 0.0438 0.3333 9.0 4a8i:A, 4a8l:A, 4a8n:A, 4a8r:A, 5avn:A, 5avn:B, 8aw8:A, 8aw8:B, 8aw9:A, 8aw9:B, 8awb:A, 8awc:A, 8awd:A, 8awe:A, 8awf:A, 8awf:B, 8aws:A, 8awu:A, 8awv:A, 8awx:A, 8awy:A, 7bjz:A, 7bjz:B, 7bvl:A, 7bvn:A, 7cjo:A, 7cjo:B, 7ck0:A, 1clk:A, 7cvk:A, 7cvm:A, 3cwh:A, 7dfj:A, 7dfk:A, 7dmm:A, 4dvo:A, 1dxi:A, 1dxi:B, 7e03:A, 4e3v:A, 2g4j:A, 2glk:A, 3gnx:A, 3gnx:E, 2gve:A, 1gw9:A, 2gyi:A, 2gyi:B, 4hhl:A, 4hhl:B, 4hhm:A, 4hhm:B, 4hhm:C, 4hhm:D, 4hhm:E, 4hhm:F, 4hhm:G, 4hhm:H, 6irk:A, 4j4k:A, 3kbm:A, 3kbn:A, 3kbs:A, 3kbv:A, 3kbw:A, 3kcl:A, 3kco:A, 6kca:A, 6kcc:A, 6kd2:A, 6ll2:A, 4lnc:A, 1mnz:A, 1muw:A, 3n4a:A, 6n99:A, 6n99:B, 6n99:C, 6n99:D, 7njg:A, 1o1h:A, 1o1h:B, 1oad:A, 1oad:B, 6oqz:A, 4qdp:A, 4qdw:A, 4qe1:A, 4qe4:A, 4qe5:A, 4qee:A, 4qeh:A, 6qnc:A, 6qnd:A, 6qnh:A, 6qni:A, 6qnj:A, 6qrr:A, 6qrs:A, 6qrt:A, 6qru:A, 6qrv:A, 6qrw:A, 6qrx:A, 6qry:A, 1qt1:A, 1qt1:B, 6quf:A, 6quk:A, 6quk:B, 3qza:A, 6rnd:A, 6rnf:A, 1s5m:A, 1s5n:A, 3u3h:A, 4us6:A, 4us6:B, 5vr0:A, 6vrs:A, 6vrs:B, 6vrs:C, 6vrs:D, 4w4q:A, 8wdg:A, 8wdh:A, 1xib:A, 1xic:A, 1xid:A, 1xie:A, 1xif:A, 1xig:A, 1xih:A, 1xii:A, 1xij:A, 1xis:A, 2xis:A, 3xis:A, 4xis:A, 8xia:A, 9xia:A, 1xya:A, 1xya:B, 1xyb:A, 1xyb:B, 1xyc:A, 1xyc:B, 1xyl:A, 1xyl:B, 1xym:A, 1xym:B, 5y4i:A, 5y4j:A, 6ybo:A, 6ybr:A, 8yud:A, 8yud:B, 8yud:C, 8yud:D, 8yud:E, 8yud:F, 4zb0:A, 4zb0:B, 4zb2:A, 4zb5:A, 4zbc:A, 4zbc:B, 5zyc:A, 5zyd:A, 5zye:A
16 7b1s:B 466 25 0.0231 0.0215 0.4000 9.8 7b1s:E, 7b2c:B, 7b2c:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218