Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SERVLSYAPAFKSFLDTSFFQELSRLKLDVLKLDSTCQPLTVNLDLHNIPKSADQVPLFLTNRSFEKHNNKRTNEVPLQG
SIFNFNVLDEFKNLDKQLFLHQRALECWEDGIKDINKCVSFVIISFADLKKYRFYYWLGVPCFQRPSSTVLHVRPEPSLK
GLFSKCQKWFDVNYSKWVCILDADDEIVNYDKCIIRKTKVLAIRDTSTMENVPSALTKNFLSVLQYDVPDLIDFKLLIIR
QNEGSFALNATFASIDPQSSNPDMKVSGWERNVQGKLAPRVVDLSSLLDPLKIADQSVDLNLKLMKWRILPDLNLDIIKN
TKVLLLGAGTLGCYVSRALIAWGVRKITFVDNGTVSYSNPVRQALYNFEDCGKPKAELAAASLKRIFPLMDATGVKLSIP
MIGHKLVNEEAQHKDFDRLRALIKEHDIIFLLVDSRESRWLPSLLSNIENKTVINAALGFDSYLVMRHGNQLGCYFCHDV
VAPTDSLTDRTLDQMCTVTRPGVAMMASSLAVELMTSLLQTKYSGSETTVLGDIPHQIRGFLHNFSILKLETPAYEHCPA
CSPKVIEAFTDLGWEFVKKALEHPLYLEEISG

The query sequence (length=592) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4gsl:A 598 593 1.0000 0.9900 0.9983 0.0 4gsl:B, 3rui:A, 3t7e:A, 3t7g:B, 3t7g:A, 3vh1:A, 3vh2:A, 3vh3:A, 3vh4:A, 5yec:A, 5yec:C
2 4gsk:B 572 593 0.9510 0.9843 0.9494 0.0 4gsk:A
3 1jw9:B 240 151 0.0828 0.2042 0.3245 2.39e-11 1jwa:B, 1jwb:B
4 2nvu:B 789 72 0.0507 0.0380 0.4167 5.09e-08 3dbh:B, 3dbh:D, 3dbh:F, 3dbh:H, 3dbl:B, 3dbl:D, 3dbl:F, 3dbl:H, 3dbr:B, 3dbr:D, 3dbr:F, 3dbr:H, 3gzn:B, 3gzn:D, 1r4m:F, 1r4m:H, 1r4n:B, 1r4n:D, 1r4n:F, 1r4n:H, 1tt5:B, 1tt5:D, 1yov:B, 1yov:D
5 3h5a:C 358 89 0.0507 0.0838 0.3371 1.49e-07 3h5a:A, 3h5a:B, 3h5a:D, 3h5n:A, 3h5n:B, 3h5n:C, 3h5n:D, 3h5r:A, 3h5r:B, 3h5r:C, 3h5r:D, 3h9g:A, 3h9g:B, 3h9g:C, 3h9g:D, 3h9j:A, 3h9j:B, 3h9j:C, 3h9j:D, 3h9q:A, 3h9q:B, 3h9q:C, 3h9q:D, 6om4:A, 6om4:B
6 3kyd:B 477 81 0.0439 0.0545 0.3210 1.41e-06
7 3kyc:B 548 81 0.0439 0.0474 0.3210 1.48e-06 6cwz:D, 6xog:B, 6xoh:B, 1y8q:B, 1y8q:D, 1y8r:B, 1y8r:E
8 6xoi:B 403 73 0.0389 0.0571 0.3151 4.89e-06
9 7k5j:I 979 76 0.0473 0.0286 0.3684 2.41e-05 7k5j:D, 7k5j:A, 7k5j:C, 7k5j:G, 7k5j:K, 7k5j:S, 5tr4:A, 5tr4:C
10 7k5j:I 979 69 0.0270 0.0163 0.2319 0.71 7k5j:D, 7k5j:A, 7k5j:C, 7k5j:G, 7k5j:K, 7k5j:S, 5tr4:A, 5tr4:C
11 5l6i:A 1007 76 0.0473 0.0278 0.3684 2.42e-05 3cmm:A, 3cmm:C, 5l6h:A, 5l6h:C, 5l6i:C, 5l6j:A, 5l6j:C, 4nnj:A, 4nnj:C, 6nya:A, 6nya:D, 6zhu:A, 6zhu:E, 6zhu:C, 6zhu:G, 7zh9:A
12 5l6i:A 1007 69 0.0270 0.0159 0.2319 0.68 3cmm:A, 3cmm:C, 5l6h:A, 5l6h:C, 5l6i:C, 5l6j:A, 5l6j:C, 4nnj:A, 4nnj:C, 6nya:A, 6nya:D, 6zhu:A, 6zhu:E, 6zhu:C, 6zhu:G, 7zh9:A
13 6yub:A 423 138 0.0693 0.0969 0.2971 2.95e-05 6yub:B, 6yuc:D, 6z6s:DDD
14 8sea:A 992 89 0.0524 0.0312 0.3483 1.22e-04 8se9:A, 8seb:A, 8sv8:A
15 8oif:A 704 89 0.0524 0.0440 0.3483 1.30e-04
16 6dc6:C 996 100 0.0456 0.0271 0.2700 8.85e-04 6dc6:A, 1z7l:A, 1z7l:B, 1z7l:C
17 6dc6:C 996 81 0.0439 0.0261 0.3210 0.011 6dc6:A, 1z7l:A, 1z7l:B, 1z7l:C
18 7tsq:B 208 83 0.0439 0.1250 0.3133 0.003
19 7to3:A 568 83 0.0439 0.0458 0.3133 0.009 7to3:B, 7tqd:A, 7tsq:A, 7tsx:B, 7tsx:A
20 4ii3:A 986 76 0.0389 0.0233 0.3026 0.048 9b5c:A, 9b5d:A, 9b5e:A, 9b5f:A, 9b5g:A, 9b5h:A, 9b5i:A, 9b5j:A, 9b5k:A, 9b5l:A, 9b5m:A, 9b5n:A, 9b5o:A, 9b5p:A, 9b5q:A, 9b5r:A, 9b5s:A, 9b5t:A, 9b5u:A, 9b5v:A, 9b5w:A, 9b5x:A, 4ii2:A, 4ii3:C, 6o82:A, 6o82:C, 6o83:A, 6o83:C, 5um6:A
21 4ii3:A 986 90 0.0304 0.0183 0.2000 0.77 9b5c:A, 9b5d:A, 9b5e:A, 9b5f:A, 9b5g:A, 9b5h:A, 9b5i:A, 9b5j:A, 9b5k:A, 9b5l:A, 9b5m:A, 9b5n:A, 9b5o:A, 9b5p:A, 9b5q:A, 9b5r:A, 9b5s:A, 9b5t:A, 9b5u:A, 9b5v:A, 9b5w:A, 9b5x:A, 4ii2:A, 4ii3:C, 6o82:A, 6o82:C, 6o83:A, 6o83:C, 5um6:A
22 7sol:A 1011 74 0.0439 0.0257 0.3514 0.063 7pvn:A
23 7pvn:B 990 74 0.0439 0.0263 0.3514 0.063 7sol:C
24 6cwy:D 487 81 0.0355 0.0431 0.2593 0.12
25 7bjq:B 445 103 0.0439 0.0584 0.2524 1.1 7bhi:A, 7bhi:B, 7bih:A, 7bih:B, 7bjq:A, 7bmf:A, 7bmf:B
26 9fmd:U 295 81 0.0422 0.0847 0.3086 1.9 8c6j:h, 6icz:Z, 6qdv:c, 7w5a:1, 7w5b:1, 5xjc:Z
27 2fja:A 642 51 0.0270 0.0249 0.3137 2.5 2fja:C, 2fjb:A, 2fjb:C, 2fjd:A, 2fjd:C, 2fje:A, 2fje:C, 1jnr:A, 1jnr:C, 1jnz:A, 1jnz:C
28 4mlp:C 492 74 0.0389 0.0467 0.3108 2.5 7ej9:A, 7ej9:B, 4i6g:A, 4i6g:B, 6kx8:A, 6kx8:B, 4mlp:A, 4mlp:B, 4mlp:D, 4u8h:A, 4u8h:C, 7v8y:A, 7v8z:A
29 4a2c:A 346 33 0.0186 0.0318 0.3333 2.8 4a2c:B, 4uej:A, 4uej:B, 4uek:A, 4uek:B, 4ueo:A, 4ueo:B
30 1gpj:A 399 45 0.0270 0.0401 0.3556 2.8
31 8c0z:E 424 34 0.0270 0.0377 0.4706 3.1
32 4kug:A 282 48 0.0304 0.0638 0.3750 3.9 4kug:B, 4kug:C, 4kug:D, 4kuh:A, 4kuh:B, 4kuh:C, 4kuh:D, 4kuh:E, 4kuh:F, 4kuh:G, 4kuh:H
33 9bh5:Ac 65 60 0.0236 0.2154 0.2333 4.9 9cai:Ac
34 7r0f:A 401 108 0.0389 0.0574 0.2130 5.8 4d02:A, 6etb:A, 6etb:B, 5lld:A, 5lmc:A, 7r0f:B, 7r1h:A, 7r1h:B, 7r1j:A, 7r1j:B, 7r2o:A, 7r2o:B, 7r2p:A, 7r2p:B, 7r2r:A, 7r2r:B, 7r2s:A, 7r2s:B
35 3kbo:A 312 37 0.0236 0.0449 0.3784 6.4 3kbo:B, 3kbo:C, 3kbo:D
36 4ylf:B 468 66 0.0304 0.0385 0.2727 7.9 4ylf:D, 4yry:B, 4yry:D
37 6o9l:A 1476 25 0.0236 0.0095 0.5600 8.3 8a40:A, 8bvw:A, 8byq:A, 8bz1:A, 7edx:o, 7eg7:o, 7eg8:o, 7eg9:o, 7ega:o, 7egb:o, 7egc:o, 6exv:A, 5flm:A, 5iy6:A, 5iy7:A, 5iy8:A, 5iy9:A, 5iya:A, 5iyb:A, 5iyc:A, 5iyd:A, 7nvr:A, 7nvs:A, 7nvt:A, 7nvu:A, 7nvy:A, 7nvz:A, 7nw0:A, 8s5n:A, 8wak:o, 8wal:o, 8wan:o, 8wao:o, 8wap:o, 8waq:o, 8war:o, 8was:o, 8wat:o, 8wau:o, 8wav:o, 8waw:o, 8wax:o, 8way:o, 8waz:o, 8wb0:o, 6xre:A, 7zwd:A, 7zx7:A, 7zx8:A
38 7ena:PA 1475 25 0.0236 0.0095 0.5600 8.4 7b0y:A, 8b3d:A, 8b3f:A, 7enc:PA, 6gmh:A, 6gml:A, 8gxq:PA, 8gxs:PA, 7lbm:A, 5oik:A, 7oo3:A, 7oob:A, 7oop:A, 7opc:A, 7opd:A, 8p4a:A, 8p4b:A, 8p4c:A, 8p4d:A, 8p4e:A, 8p4f:A, 8s51:A, 8s52:A, 8s54:A, 8s55:A, 8uha:A, 8uhd:A, 8uis:A, 8w8e:A, 8w8f:A, 7ycx:1
39 2a9f:A 383 29 0.0186 0.0287 0.3793 8.6 2a9f:B
40 8a3y:A 1426 25 0.0236 0.0098 0.5600 9.0 8oeu:A, 8oev:A, 8oew:A, 8of0:A, 7okx:A, 7oky:A, 7ol0:A, 7pks:A, 8rbx:A, 6ted:A, 8uhg:A, 8ui0:A, 7unc:A, 7und:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218