Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SEITYSDGTVIASIDYLYFTTLAEAQERMYDYLAQRDNVSAATQKFYRDLAAKEIENGGYKITTTIDQKIHSAMQSAVAD
YGYLLDDGTGRVEVGNVLMDNQTGAILGFVGGRNYQENQNNHAFDTKRSPASTTKPLLAYGIAIDQGLMGSETILSNYPT
NFANGNPIMYANSKGTGMMTLGEALNYSWNIPAYWTYRMLRENGVDVKGYMEKMGYEIPEYGIESLPMGGGIEVTVAQHT
NGYQTLANNGVYHQKHVISKIEAADGRVVYEYQDKPVQVYSKATATIMQGLLREVLSSRVTTTFKSNLTSLNPTLANADW
IGKTGTTNQDENMWLMLSTPRLTLGGWIGHDDNHSLSQQAGYSNNSNYMAHLVNAIQQASPSIWGNERFALDPSVVKSEV
LKSTGQKPGKVSVEGKEVEVTGSTVTSYWANKSGAPATSYRFAIGGSDADYQNAWSSIVGS

The query sequence (length=461) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2y2l:B 476 474 0.9978 0.9664 0.9705 0.0 2fff:B, 2jch:A, 2je5:A, 2je5:B, 2xd1:A, 2xd1:B, 2xd5:A, 2xd5:B, 2y2g:A, 2y2g:B, 2y2h:A, 2y2h:B, 2y2i:A, 2y2j:A, 2y2k:A, 2y2l:A, 2y2m:A, 2y2n:A, 2y2o:A, 2y2p:A, 2y2q:A, 2y2q:B, 7zui:AAA, 7zuj:AAA, 7zuk:AAA, 7zul:AAA
2 3zg8:B 458 326 0.2169 0.2183 0.3067 1.28e-23 3zg9:B, 3zga:B
3 7u4h:A 576 321 0.1931 0.1545 0.2773 9.84e-21 7u4h:B
4 2olv:B 618 323 0.1692 0.1262 0.2415 3.65e-19 2olv:A
5 4oon:A 502 267 0.1562 0.1434 0.2697 1.17e-18
6 3ue1:A 604 313 0.1866 0.1424 0.2748 9.80e-18 3udi:A, 3udi:B, 3udx:A, 3udx:B, 3ue0:A, 3ue0:B, 3ue1:B
7 5cxw:A 376 313 0.1714 0.2101 0.2524 2.58e-11
8 2c5w:B 385 356 0.1909 0.2286 0.2472 2.53e-10 2c6w:B, 2zc5:B, 2zc5:D, 2zc6:B, 2zc6:D
9 2v2f:F 366 311 0.1562 0.1967 0.2315 1.03e-09
10 5hld:A 649 361 0.1779 0.1263 0.2271 1.73e-08
11 3vma:A 708 372 0.1800 0.1172 0.2231 7.70e-08 5fgz:A, 3fwl:A, 5hl9:A, 5hla:A, 6yn0:A
12 5hlb:A 733 343 0.1692 0.1064 0.2274 1.12e-07
13 6kgw:A 452 271 0.1432 0.1460 0.2435 4.62e-07 6kgs:A, 6kgt:A, 6kgu:A, 6kgv:A
14 4kqq:A 520 287 0.1388 0.1231 0.2230 0.002 7ato:A, 7atw:A, 7atx:A, 7au0:A, 7au1:A, 7au8:A, 7au9:A, 7aub:A, 7auh:A, 5df7:A, 5df7:B, 5df8:A, 5df8:B, 5df9:A, 4fsf:A, 6hr6:A, 6hr9:A, 6i1e:A, 7jwl:A, 7kit:A, 4kqo:A, 4kqo:B, 4kqq:B, 4kqr:A, 4kqr:B, 4l0l:A, 3ocl:A, 3ocn:A, 7onk:A, 7onk:B, 4ool:A, 4oom:A, 3pbq:A, 3pbr:A, 3pbs:A, 3pbt:A, 6r3x:A, 6r42:A, 6un1:A, 6un3:A, 6vje:A, 6vot:A, 4wej:A, 4wek:A, 4wel:A, 6y6u:A, 6y6z:A
15 7atm:A 478 273 0.1367 0.1318 0.2308 0.004 7kiv:A, 7kiw:A, 7lc4:A, 7ly1:A, 3pbo:A
16 6syn:A 471 179 0.0954 0.0934 0.2458 0.089
17 1rf4:A 427 48 0.0390 0.0422 0.3750 2.4 1rf4:B, 1rf4:C, 1rf4:D, 1rf6:A, 1rf6:B, 1rf6:C, 1rf6:D
18 6pqc:A 252 106 0.0672 0.1230 0.2925 2.9 7kep:A, 7keq:A, 7ker:A, 7lnq:A, 7lnr:A, 7mea:A, 7meb:A, 7mec:A, 7med:A, 7mee:A, 7mef:A, 7meg:A, 7meh:A
19 7onw:A 485 201 0.0933 0.0887 0.2139 3.3 8gpw:A, 8gpw:B, 6i1i:A, 7onn:A, 8rtz:AAA
20 1h3i:B 293 124 0.0521 0.0819 0.1935 3.4 5ayf:A, 3cbm:A, 3cbo:A, 3cbp:A, 4e47:A, 4e47:B, 4e47:C, 4e47:D, 5eg2:A, 2f69:A, 4j7f:A, 4j7i:A, 4j83:A, 4j8o:A, 4jds:A, 4jds:B, 4jds:C, 4jds:D, 4jlg:A, 4jlg:B, 3m53:A, 3m54:A, 3m55:A, 3m56:A, 3m57:A, 3m58:A, 3m59:A, 3m5a:A, 1mt6:A, 1n6a:A, 1n6c:A, 1o9s:A, 1o9s:B, 3os5:A, 3vuz:A, 3vv0:A, 1xqh:A, 1xqh:E, 5ylt:A
21 1aor:A 605 58 0.0434 0.0331 0.3448 4.2 1aor:B
22 3jvf:B 104 53 0.0347 0.1538 0.3019 7.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218