Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SEISRVYEAYPEKKATLYFLVLGFLALIVGSLFGPFQALNYGNVDAYPLLKRLLPFVQSYYQGLTLHGVLNAIVFTQLFA
QAIMVYLPARELNMRPNMGLMWLSWWMAFIGLVVAALPLLANEATVLYTFYPPLKGHWAFYLGASVFVLSTWVSIYIVLD
LWRRWKAANPGKVTPLVTYMAVVFWLMWFLASLGLVLEAVLFLLPWSFGLVEGVDPLVARTLFWWTGHPIVYFWLLPAYA
IIYTILPKQAGGRLVSDPMARLAFLLFLLLSTPVGFHHQFADPGIDPTWKMIHSVLTLFVAVPSLMTAFTVAASLEFAGR
LRGGRGLFGWIRALPWDNPAFVAPVLGLLGFIPGGAGGIVNASFTLDYVVHNTAWVPGHFHLQVASLVTLTAMGSLYWLL
PNLTGKPISDAQRRLGLAVVWLWFLGMMIMAVGLHWAGLLNVPRRAYIAQVPDAYPHAAVPMVFNVLAGIVLLVALLLFI
YGLFSVLLSRERKPELAEAPLPFAEVISGPEDRRLVLAMDRIGFWFAVAAILVVLAYGPTLVQLFGHLNPVPGWRLW

The query sequence (length=557) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3eh3:A 557 557 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 8ajz:A, 3bvd:A, 1ehk:A, 3eh4:A, 3eh5:A, 4fa7:A, 4faa:A, 4g70:A, 4g71:A, 4g72:A, 4g7q:A, 4g7r:A, 4g7s:A, 4gp4:A, 4gp5:A, 4gp8:A, 8hua:A, 8k65:A, 8k6y:A, 4n4y:A, 5ndc:A, 3qjq:A, 3qjr:A, 3qjs:A, 3qjt:A, 3qju:A, 3qjv:A, 2qpd:A, 2qpe:A, 3s33:A, 3s38:A, 3s39:A, 3s3a:A, 3s3b:A, 3s3c:A, 3s3d:A, 3s8f:A, 3s8g:A, 1xme:A
2 7deg:A 581 507 0.3573 0.3425 0.3925 2.98e-94 7deg:D
3 8c8q:A 537 280 0.1364 0.1415 0.2714 1.08e-17 8q1b:a
4 3abk:A 514 285 0.1329 0.1440 0.2596 3.41e-17 3abk:N, 3abl:A, 3abl:N, 3abm:A, 3abm:N, 3ag1:A, 3ag1:N, 3ag2:A, 3ag2:N, 3ag3:A, 3ag3:N, 3ag4:A, 3ag4:N, 3asn:A, 3asn:N, 3aso:A, 3aso:N, 5b1a:A, 5b1a:N, 5b1b:A, 5b1b:N, 5b3s:A, 5b3s:N, 7coh:A, 7coh:N, 7cp5:A, 7cp5:N, 8d4t:N, 7d5w:A, 7d5w:N, 7d5x:A, 7d5x:N, 7dgq:C3, 7dgr:A9, 7dgs:A9, 7dkf:A3, 2dyr:A, 2dyr:N, 2dys:A, 2dys:N, 2eij:A, 2eij:N, 2eik:A, 2eik:N, 2eil:A, 2eil:N, 2eim:A, 2eim:N, 2ein:A, 2ein:N, 7ev7:A, 7ev7:N, 8gbt:A, 8gbt:N, 8gcq:A, 8gcq:N, 5gpn:y, 5gup:Ak, 8gvm:A, 8gvm:N, 8h8r:A, 8h8r:N, 8h8s:A, 8h8s:N, 8ijn:A, 8ijn:N, 5iy5:A, 5iy5:N, 5j4z:BN, 5j7y:BN, 6j8m:A, 6j8m:N, 6juw:A, 6juw:N, 6jy3:A, 6jy4:A, 5luf:x, 6nkn:A, 6nkn:N, 6nmf:A, 6nmf:N, 6nmp:A, 6nmp:N, 7o37:a, 7o3c:a, 7o3e:a, 1occ:A, 1occ:N, 1oco:A, 1oco:N, 1ocr:A, 1ocr:N, 1ocz:A, 1ocz:N, 2occ:A, 2occ:N, 8pw5:n, 8pw5:a, 8pw6:n, 8pw7:n, 7thu:A, 7thu:N, 7tie:A, 7tie:N, 7tih:A, 7tih:N, 7tii:A, 7tii:N, 8ugh:4A, 8ugi:4A, 8ugj:4A, 8ugj:8A, 8ugl:4A, 8ugn:4A, 8ugn:8A, 8ugr:4A, 8ugr:8A, 1v54:A, 1v54:N, 1v55:A, 1v55:N, 7vuw:A, 7vuw:N, 7vvr:A, 7vvr:N, 7w3e:A, 7w3e:N, 5w97:A, 5w97:a, 5wau:A, 5wau:a, 3wg7:A, 3wg7:N, 5x19:A, 5x19:N, 5x1b:A, 5x1b:N, 5x1f:A, 5x1f:N, 3x2q:A, 3x2q:N, 5xdq:A, 5xdq:N, 5xdx:A, 5xdx:N, 7xma:A, 7xma:N, 7xmb:A, 7xmb:N, 5xth:x, 5xti:x, 5xti:Bx, 7y44:A, 7y44:N, 2y69:A, 2y69:N, 2ybb:L, 7ypy:A, 7ypy:N, 5z62:A, 5z84:A, 5z84:N, 5z85:A, 5z85:N, 5z86:A, 5z86:N, 5zco:A, 5zco:N, 5zcp:A, 5zcp:N, 5zcq:A, 5zcq:N, 2zxw:A, 2zxw:N
5 7jro:a 524 252 0.1293 0.1374 0.2857 1.00e-15 7jrp:a
6 8dh6:a 534 296 0.1418 0.1479 0.2669 1.02e-15 8e7s:K, 8e7s:k, 8ec0:K, 6giq:a, 6hu9:a, 6hu9:m, 6t0b:a, 6t0b:n, 6t15:a, 6ymx:a, 6ymy:a, 7z10:a
7 6kob:A 607 253 0.1239 0.1137 0.2727 4.79e-14 6kob:E, 6koc:A, 6koc:E, 6koe:A, 6koe:E
8 2yev:A 780 284 0.1293 0.0923 0.2535 6.40e-14 2yev:D
9 8iuf:C1 495 466 0.2047 0.2303 0.2446 3.20e-13 8iuj:c1, 8iuj:C1
10 6hwh:V 550 310 0.1400 0.1418 0.2516 9.85e-12 6hwh:Q
11 7qhm:D 576 272 0.1257 0.1215 0.2574 1.27e-11 7q21:D, 7q21:d, 7qhm:Q, 7qho:D, 7qho:Q
12 1qle:A 538 284 0.1221 0.1264 0.2394 6.09e-11 1ar1:A, 7ate:A, 7atn:A, 7au3:A, 7au6:A, 3ehb:A, 3hb3:A
13 6adq:F 552 312 0.1454 0.1467 0.2596 6.28e-11 6adq:R, 7e1v:F, 7e1v:R, 7e1w:F, 7e1w:R, 7e1x:F, 7e1x:R, 8hcr:F, 8hcr:R, 8ovc:R, 8ovc:L, 8ovd:R, 8ovd:L, 7rh5:R, 7rh5:L, 7rh6:R, 7rh6:L, 7rh7:R, 7rh7:L
14 8gym:c1 674 280 0.1239 0.1024 0.2464 1.17e-10 8b6h:DA, 8b6h:Da, 8bqs:DA, 8bqs:Da, 8gym:C1, 8gzu:26, 8gzu:81, 8gzu:c1, 8gzu:C1, 7w5z:C1, 7w5z:c1
15 1m56:A 547 247 0.1095 0.1115 0.2470 9.95e-10 6ci0:A, 6ci0:C, 3dtu:A, 3dtu:C, 3fye:A, 3fye:C, 3fyi:A, 3fyi:C, 2gsm:A, 2gsm:C, 1m56:G, 1m57:A, 1m57:G, 3om3:A, 3om3:C, 3oma:A, 3oma:C, 3omi:A, 3omi:C, 3omn:A, 3omn:C, 6pw0:A, 6pw0:C, 6pw1:A, 6pw1:C, 5weh:A, 5weh:G
16 8qqk:A 661 293 0.1167 0.0983 0.2218 5.82e-09 7cub:A, 7cuq:A, 7cuw:A, 8f68:A, 8f6c:A, 8f6c:E, 1fft:A, 1fft:F, 8go3:A, 7n9z:F, 6wti:A, 7xmc:A, 7xmd:A
17 8smr:E 468 287 0.1293 0.1538 0.2509 4.95e-05 8snh:E
18 5djq:A 466 308 0.1275 0.1524 0.2305 0.001 5djq:D, 5djq:G, 5djq:K, 3mk7:A, 3mk7:D, 3mk7:G, 3mk7:K
19 6xkw:n 471 306 0.1275 0.1507 0.2320 0.061 6xkx:n, 6xkz:n
20 8upi:A 510 89 0.0467 0.0510 0.2921 0.19
21 6ezl:A 392 198 0.0880 0.1250 0.2475 0.33 6ezl:B
22 3mm5:B 363 135 0.0539 0.0826 0.2222 0.49 3mm5:E, 3mm6:B, 3mm6:E, 3mm7:B, 3mm7:E, 3mm8:B, 3mm8:E, 3mm9:B, 3mm9:E, 3mma:B, 3mma:E, 3mmb:B, 3mmb:E, 3mmc:B, 3mmc:E
23 8dve:G 3944 108 0.0557 0.0079 0.2870 2.8 8dtb:A, 8dve:D, 8dve:A, 8dve:J
24 5guw:B 449 97 0.0377 0.0468 0.2165 7.8 5guw:D, 5gux:B, 3o0r:B, 3wfb:B, 3wfc:B, 3wfd:B, 3wfe:B
25 7cf9:A 3949 93 0.0503 0.0071 0.3011 8.2 7cf9:C, 7cf9:E, 7cf9:G, 8dtb:G, 8dtb:D, 6m2w:A, 6m2w:D, 6m2w:G, 6m2w:J
26 5wvp:A 924 31 0.0251 0.0152 0.4516 8.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218