Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SEAQRERRKRILDATMAIASKGGYEAVQMRAVADRADVAVGTLYRYFPSKVHLLVSALGREFSRIDAKTDRSAVAGATPF
QRLNFMVGKLNRAMQRNPLLTEAMTRAYVFADASAASEVDQVEKLIDSMFARAMANGEPTEDQYHIARVISDVWLSNLLA
WLTRRASATDVSKRLDLAVRLLI

The query sequence (length=183) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5fmp:A 184 183 1.0000 0.9946 1.0000 7.77e-133 5aqc:A, 5aqc:B, 5cw8:A, 5cw8:B, 5cxi:A, 5cxi:B, 5fmp:B, 5ua1:B, 5ua1:A, 5ua2:A
2 6srn:A 187 93 0.1366 0.1337 0.2688 4.47e-08
3 3whc:A 190 86 0.1257 0.1211 0.2674 1.03e-06 1vi0:A, 1vi0:B, 3whb:A, 3whb:B, 3whc:B, 3whc:C, 3whc:D, 3whc:E, 3whc:F
4 5gpc:A 190 79 0.1421 0.1368 0.3291 6.75e-05 5gpc:B, 5gpc:C, 5gpc:D
5 6en8:C 191 64 0.1093 0.1047 0.3125 7.86e-05 6el2:A, 6el2:B, 6en8:D, 6en8:F, 6en8:A, 6en8:B, 6en8:E
6 6ayh:A 192 47 0.0929 0.0885 0.3617 1.66e-04
7 6ayi:A 183 47 0.0984 0.0984 0.3830 2.00e-04 6ayi:B, 6ayi:C, 6ayi:D
8 3ang:C 201 185 0.2295 0.2090 0.2270 2.74e-04 3ang:D, 3ang:A, 3ang:B, 3anp:C, 3anp:D, 3anp:A, 3anp:B
9 6o6n:A 195 82 0.1366 0.1282 0.3049 2.83e-04 6o6p:A, 6o6p:B
10 3hth:B 173 53 0.1093 0.1156 0.3774 4.75e-04 3hth:A, 3hti:A, 3htj:A, 3htj:B
11 1jt0:A 188 137 0.1585 0.1543 0.2117 0.003 3bqz:A, 3br0:A, 3br1:A, 3br2:B, 3br2:A, 3br3:A, 3br5:A, 3br6:A, 3bt9:B, 3bt9:A, 3btc:A, 3bti:A, 3btj:B, 3btj:A, 3btl:A, 2g0e:D, 2gby:A, 1jt0:B, 1jt0:C, 1jt0:D, 1jt6:B, 1jt6:A, 1jtx:A, 1jty:A, 1jum:A, 1jup:A, 1jus:A, 3pm1:A, 1qvt:A, 1qvu:B, 1qvu:A, 1rkw:A, 1rpw:B
12 4jl3:C 182 46 0.0984 0.0989 0.3913 0.004 4jl3:A, 4jl3:B, 4jl3:D
13 2eh3:A 171 58 0.0820 0.0877 0.2586 0.004
14 5dy0:A 220 54 0.0820 0.0682 0.2778 0.005 5dy0:B, 5dy0:C, 5dy0:D, 5dy1:A, 5dy1:B, 6gy3:A, 6gy3:B
15 6z1b:B 202 58 0.1038 0.0941 0.3276 0.009 4jyk:A, 4jyk:B, 3loc:A, 3loc:B, 3loc:C, 3loc:D, 4xk4:A, 4xk4:B, 4xk4:C, 4xk4:D, 6z1b:A
16 7xaq:B 201 51 0.0820 0.0746 0.2941 0.009 8hjb:A, 7xaq:D, 7xaq:H, 7xaq:A, 7xaq:G, 7xaq:C
17 4i6z:B 200 51 0.0929 0.0850 0.3333 0.010 4i76:A
18 6g8g:A 195 34 0.0929 0.0872 0.5000 0.013 6g8g:B, 6g8g:C, 6g8g:D, 6g8h:CCC, 6g8h:BBB
19 4gcl:B 196 145 0.2186 0.2041 0.2759 0.018 4gck:A, 4gck:B, 4gck:C, 4gck:D, 4gcl:A, 4gcl:C, 4gcl:D, 4gcl:E, 4gcl:G, 4gcl:H, 4gcl:F, 5hbu:A, 5hbu:B, 5hbu:C, 5hbu:D, 5hbu:E, 5hbu:G, 5hbu:H, 5hbu:F, 5hsz:A, 5k58:E, 5k58:F, 5k58:A, 5k58:B
20 7acm:B 178 60 0.1093 0.1124 0.3333 0.027 7acm:A
21 3aqt:B 196 54 0.0710 0.0663 0.2407 0.030 3aqt:A
22 4w97:A 196 78 0.1202 0.1122 0.2821 0.038
23 6yl2:B 192 53 0.0984 0.0938 0.3396 0.064 6yl2:A
24 4l62:A 190 45 0.0765 0.0737 0.3111 0.15 4l62:B, 4l62:C, 4l62:D, 4l62:E, 4l62:F, 4l62:G, 4l62:H, 4l62:I, 4l62:J, 4l62:K, 4l62:L, 4l62:M, 4l62:N, 4l62:O, 4l62:P
25 4gct:C 190 124 0.1530 0.1474 0.2258 0.19 4gct:A, 4gct:B, 4gct:D, 5haw:A, 5haw:B
26 6wp9:E 218 58 0.1038 0.0872 0.3276 0.23 6wp9:A, 6wp9:B, 6wp9:C, 6wp9:D, 6wp9:F, 6wp9:G, 6wp9:H, 6wpa:A, 6wpa:B
27 8svd:T 197 79 0.1093 0.1015 0.2532 0.25 8sua:A, 8svd:A, 8svd:G, 8svd:F, 8svd:E, 8svd:I, 8svd:J, 8svd:K
28 6ko7:C 186 50 0.1093 0.1075 0.4000 0.37 6ie8:A, 6ie9:A, 6ko7:A, 6ko7:B, 6ko7:D, 6ko9:A, 6ko9:B, 6ko9:C, 6ko9:D, 7n4w:A, 7n4z:A, 7n4z:C, 7n4z:B, 7n4z:D, 7n53:A, 7n53:B, 7n54:A, 7n54:B, 7n54:C, 7n54:D, 3vvy:A, 3vvy:B, 3vvy:C, 3vvy:D, 3vvz:A, 3vvz:B, 3vvz:C, 3vvz:D, 3vw0:B, 3vw0:D, 3vw1:B, 3vw1:D, 3vw2:A, 3vw2:B, 3vw2:C, 3vw2:D
29 2y31:A 242 47 0.0929 0.0702 0.3617 0.50 2y30:A, 2y30:B, 2y31:B, 3zql:A, 3zql:B, 3zql:C, 3zql:D
30 7eqf:A 184 49 0.0765 0.0761 0.2857 0.80 7eqf:B, 7eqf:C, 7eqf:D
31 8oo2:A 177 41 0.0765 0.0791 0.3415 1.2 8oo2:B
32 3vp5:A 185 42 0.0546 0.0541 0.2381 1.2 3vok:A
33 5h58:B 204 88 0.1148 0.1029 0.2386 1.3 5h58:A, 5h58:C, 5h58:D, 4pxi:A, 4pxi:B, 4pxi:C, 4pxi:D
34 5ojy:A 222 47 0.0820 0.0676 0.3191 3.3
35 5k7z:A 185 78 0.0984 0.0973 0.2308 4.0 5k7h:A, 5k7h:B, 5k7z:B, 5k7z:C, 5k7z:D
36 3la3:A 198 70 0.1093 0.1010 0.2857 5.0 8h3v:X, 8h3v:Y, 8h40:X, 8h40:Y, 3la2:A, 3la2:B, 3la3:B
37 2xts:A 389 61 0.0984 0.0463 0.2951 5.7 2xts:C
38 3qbm:A 199 54 0.0765 0.0704 0.2593 6.3 3qbm:B
39 1n5w:A 161 57 0.0929 0.1056 0.2982 6.6 1n5w:D, 1n60:A, 1n60:D, 1n61:A, 1n61:D, 1n62:A, 1n62:D, 1n63:A, 1n63:D, 1zxi:A, 1zxi:D
40 6ycf:A 215 39 0.0601 0.0512 0.2821 6.9 6ycf:B, 6ycg:B
41 2ppl:A 449 28 0.0765 0.0312 0.5000 7.4
42 3v78:B 173 41 0.0765 0.0809 0.3415 8.1 3v78:A
43 4aux:A 207 50 0.0710 0.0628 0.2600 9.5 4abz:AAA, 4b1r:A, 4b3a:A, 4d7m:A, 4d7n:A, 2fj1:A, 3fk7:A, 3fk7:B, 5fkk:A, 5fkk:B, 5fkl:A, 5fkm:A, 5fkn:A, 5fkn:B, 5fko:A, 6fpl:A, 6fpm:A, 2o7o:A, 1ork:A, 6qjw:A, 6qjx:A, 1qpi:A, 6rbl:A, 6rbm:A, 6rcr:A, 6rgx:B, 2tct:A, 2trt:A, 4v2g:A, 4v2g:B, 2vke:A, 2vkv:A, 2x6o:A, 2x9d:A, 2xb5:A, 2xpu:A, 2xpv:A, 2xpw:A, 2xrl:A, 6yr1:AAA, 6yr2:AAA, 6yr2:BBB
44 5mym:C 205 35 0.0710 0.0634 0.3714 9.5 4dw6:A, 5eyr:A, 5ezg:A, 5ezh:A, 5f04:A, 5f08:A, 5f0c:A, 5f0f:A, 5f0h:A, 5f1j:A, 5f27:A, 3g1l:A, 3g1m:A, 3g1o:A, 6hnx:A, 6hnz:A, 6ho0:A, 6ho1:A, 6ho2:A, 6ho3:A, 6ho4:A, 6ho5:A, 6ho6:A, 6ho7:A, 6ho8:A, 6ho9:A, 6hoa:A, 6hob:A, 6hoc:A, 6hod:A, 6hoe:A, 6hof:A, 5ioy:A, 5ioz:A, 5ip6:A, 5ipa:A, 5j1r:A, 5j1u:A, 5j1y:A, 5j3l:A, 4m3b:A, 4m3d:A, 4m3e:A, 4m3f:A, 4m3g:A, 5mwo:A, 5mxk:A, 5mxv:A, 5myl:A, 5mym:B, 5myn:A, 5myr:A, 5mys:A, 5myt:A, 5myw:A, 7ngd:A, 7ngg:C, 7ngi:A, 7ngj:A, 7ngk:A, 7ngm:A, 7ngn:A, 7ngo:A, 7ngr:A, 7ngs:A, 7ngt:A, 7ngu:A, 7ngw:A, 7ngx:A, 7ngy:A, 5nim:A, 5nio:A, 5niz:A, 5nj0:A, 5nz0:A, 5nz1:A, 5nz1:C, 5nz1:D, 3o8g:A, 3o8h:A, 3q0u:A, 3q0v:A, 3q0v:B, 3q0w:A, 3q3s:A, 6r1p:A, 6r1s:A, 3sdg:A, 3sfi:A, 3tp0:A, 1u9n:A, 1u9o:A, 1u9o:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218