Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SDYKRAEKHLSSIDNKWSSLVKKVGPCTLTPHPEHAPYEGIIRAITSQKLSDAATNSIINKFCTQCSDNDEFPTPKQIME
TDVETLHECGFSKLKSQEIHIVAEAALNKQIPSKSEIEKMSEEELMESLSKIKGVKRWTIEMYSIFTLGRLDIMPADDST
LKNEAKEFFGLSSKPQTEEVEKLTKPCKPYRTIAAWYLWQIPKLH

The query sequence (length=205) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4b21:A 207 204 0.9951 0.9855 1.0000 9.85e-153 4b22:A, 4b23:A, 4b24:A, 4hsb:A
2 3s6i:D 207 201 0.4390 0.4348 0.4478 1.77e-56 3s6i:A
3 3ogd:A 288 169 0.1951 0.1389 0.2367 2.42e-08 3cvs:A, 3cvs:B, 3cvs:C, 3cvs:D, 3cvt:A, 3cvt:B, 3cvt:C, 3cvt:D, 3cw7:A, 3cw7:B, 3cw7:C, 3cw7:D, 3cwa:A, 3cwa:B, 3cwa:C, 3cwa:D, 3cws:A, 3cws:B, 3cws:C, 3cws:D, 3cwt:A, 3cwt:B, 3cwt:C, 3cwt:D, 3cwu:A, 3cwu:B, 3cwu:C, 3cwu:D, 3d4v:A, 3d4v:B, 3d4v:C, 3d4v:D, 1diz:B, 1diz:A, 3oh6:A, 3oh9:A, 1pvs:A, 1pvs:B
4 4ejy:A 289 88 0.1171 0.0830 0.2727 0.004 4ejy:B, 4ejz:A, 4ejz:B
5 8tri:C 419 153 0.1561 0.0764 0.2092 0.58
6 7r7j:B 574 71 0.0878 0.0314 0.2535 0.99 8h5y:B, 8h5y:A, 8h5z:B, 8h5z:A, 6jde:B, 6jde:A, 7r7j:A
7 5gan:A 2196 92 0.1268 0.0118 0.2826 2.9 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
8 7dco:A 2205 92 0.1268 0.0118 0.2826 2.9 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A
9 5lqw:A 2130 92 0.1268 0.0122 0.2826 3.0
10 6j6g:A 1913 92 0.1268 0.0136 0.2826 3.0 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
11 5nrl:A 2216 92 0.1268 0.0117 0.2826 3.1 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
12 6gpx:B 263 50 0.0732 0.0570 0.3000 4.1
13 1yt3:A 375 133 0.1415 0.0773 0.2180 5.6
14 8tri:B 454 63 0.0732 0.0330 0.2381 5.8 7suu:A, 7suu:B, 8tri:A
15 1kvd:B 77 41 0.0537 0.1429 0.2683 7.6
16 4hw8:A 376 130 0.1561 0.0851 0.2462 8.3 4hw8:B
17 4ga6:A 493 147 0.1805 0.0751 0.2517 9.8 4ga4:A, 4ga4:B, 4ga6:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218