Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SDQYIWVKRSLNCVLKCGYDAGLYSRSAKEFTDIWMAVWASLCFISTAFTVLTFLIDSSRFSYPERPIIFLSMCYNIYSI
AYIVRLTVGRERISCEPVLIQEGLKNTGCAIIFLLLYFFGMASSIWWVILTLTWFLAAGLKWGHEAIEMHSSYFHIAAWA
IPAVKTIVILIMRLVDADELTGLCYVGNQNLDALTGFVVAPLFTYLVIGTLFIAAGLVALFKIRSNLQKDGTKTDKLERL
MVKIGVFSVLYTVPATIVIACYFYEISNWALFRYSADDSNMAVEMLKIFMSLLVGITSGMWIWSAKTLHTWQKFYNRLVN

The query sequence (length=320) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8wm9:A 320 320 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 8wm9:B
2 6bd4:A 379 372 0.9844 0.8311 0.8468 0.0
3 4n4w:A 457 335 0.2875 0.2013 0.2746 9.91e-39 4jkv:A, 4jkv:B
4 6o3c:A 484 344 0.2875 0.1901 0.2674 2.60e-37 6ot0:R, 6xbj:R, 6xbk:R, 6xbl:R, 6xbm:R
5 5v57:A 645 232 0.2125 0.1054 0.2931 1.59e-27 1akq:A, 1akr:A, 1akt:A, 1aku:A, 1akv:A, 1akw:A, 1azl:A, 1bu5:A, 1bu5:B, 1c7e:A, 1c7e:B, 1c7f:A, 1c7f:B, 1f4p:A, 1fx1:A, 2fx2:A, 3fx2:A, 4fx2:A, 5fx2:A, 1i1o:A, 1j8q:A, 1j9e:A, 1j9g:A, 5v56:A, 5v56:B, 5v57:B, 1wsb:A, 1wsw:A, 1xt6:A, 1xyv:A, 1xyy:A, 5yob:A, 5yoc:A, 5yoe:A, 5yog:A
6 5v57:A 645 111 0.0781 0.0388 0.2252 0.015 1akq:A, 1akr:A, 1akt:A, 1aku:A, 1akv:A, 1akw:A, 1azl:A, 1bu5:A, 1bu5:B, 1c7e:A, 1c7e:B, 1c7f:A, 1c7f:B, 1f4p:A, 1fx1:A, 2fx2:A, 3fx2:A, 4fx2:A, 5fx2:A, 1i1o:A, 1j8q:A, 1j9e:A, 1j9g:A, 5v56:A, 5v56:B, 5v57:B, 1wsb:A, 1wsw:A, 1xt6:A, 1xyv:A, 1xyy:A, 5yob:A, 5yoc:A, 5yoe:A, 5yog:A
7 8cxo:A 551 232 0.2094 0.1216 0.2888 3.31e-27
8 8cxo:A 551 124 0.0938 0.0544 0.2419 0.002
9 6d35:A 581 233 0.2188 0.1205 0.3004 8.71e-27 6d32:A, 5kzv:A, 5kzy:A, 5kzy:B, 5kzz:A, 1lm3:B, 1lm3:D, 1qq3:A
10 6d35:A 581 122 0.0813 0.0448 0.2131 0.017 6d32:A, 5kzv:A, 5kzy:A, 5kzy:B, 5kzz:A, 1lm3:B, 1lm3:D, 1qq3:A
11 7zi0:A 593 230 0.2062 0.1113 0.2870 4.28e-26 256b:A, 256b:B, 5l7d:A, 5l7i:A, 5l7i:B, 4o9r:A, 4qim:A, 4qin:A, 1qpu:A, 7zi0:B
12 7zi0:A 593 123 0.0844 0.0455 0.2195 0.005 256b:A, 256b:B, 5l7d:A, 5l7i:A, 5l7i:B, 4o9r:A, 4qim:A, 4qin:A, 1qpu:A, 7zi0:B
13 3qfb:A 495 185 0.1250 0.0808 0.2162 0.13 2cfy:A, 2cfy:B, 2cfy:C, 2cfy:D, 2cfy:E, 2cfy:F, 3ean:A, 3ean:B, 3ean:C, 3ean:D, 3ean:E, 3ean:F, 3eao:A, 3eao:B, 3eao:C, 3eao:D, 3eao:E, 3eao:F, 1h6v:A, 1h6v:B, 1h6v:C, 1h6v:D, 1h6v:E, 1h6v:F, 2j3n:A, 2j3n:B, 2j3n:C, 2j3n:D, 2j3n:E, 2j3n:F, 4kpr:E, 4kpr:F, 4kpr:A, 4kpr:B, 3qfa:A, 3qfa:B, 3qfb:B, 7x1r:A, 7x1r:B, 2zz0:A, 2zz0:B, 2zz0:C, 2zz0:D, 2zzb:A, 2zzb:B, 2zzb:C, 2zzb:D, 2zzc:A, 2zzc:B, 2zzc:C, 2zzc:D
14 5w1j:A 584 63 0.0531 0.0291 0.2698 5.3 5w1j:B, 5w1l:A, 5w1l:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218