Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SDQEAKIHPGVTCDGCQMFPINGSRFKCRNCDDFDFCETCFKTKKHNTRHTFGRINEP

The query sequence (length=58) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6ww3:A 60 58 1.0000 0.9667 1.0000 5.96e-39 6ww3:B
2 6ww4:B 56 50 0.8621 0.8929 1.0000 5.97e-33 6ww4:A
3 4xi6:A 363 51 0.3966 0.0634 0.4510 1.58e-12 4xi7:A, 4xib:A
4 6miu:A 57 40 0.3103 0.3158 0.4500 1.70e-07 6khz:C, 6khz:D, 6miu:B, 6mj7:A, 7r1o:BBB, 7r1o:DDD, 7r1o:AAA, 7r1o:CCC, 5yp7:A, 5yp7:D, 5yp8:A, 5yp8:B, 5ypa:A, 5ypa:B, 5ypb:C, 5ypb:D, 5ype:C, 5ype:D, 5ypf:C, 5ypf:D, 5ypg:A, 5ypg:B, 5yph:A
5 2dip:A 98 45 0.3103 0.1837 0.4000 1.17e-06
6 5ypc:B 50 36 0.2759 0.3200 0.4444 6.66e-05 6khz:A, 6khz:B, 5ypb:A, 5ypb:B, 5ypc:A, 5ypc:C, 5ypc:D, 5ype:A, 5ype:B, 5ypf:A, 5ypf:B, 5yph:B
7 2fc7:A 82 55 0.3276 0.2317 0.3455 5.77e-04 6e83:B, 6e86:B
8 6ds6:A 53 36 0.2414 0.2642 0.3889 0.005
9 2e5r:A 63 51 0.2414 0.2222 0.2745 0.006
10 7dde:A 525 31 0.2241 0.0248 0.4194 0.080 7dde:C, 7dde:E, 7dde:G, 7dde:I, 7dde:K, 7dde:M, 7dde:O, 7dde:Q, 7dde:S, 7dde:V, 7dde:X
11 5u7g:A 547 24 0.1724 0.0183 0.4167 0.085 4a9k:A, 4a9k:B, 6alc:B, 6axq:A, 6axq:B, 6axq:C, 6axq:D, 6ay3:A, 6ay3:B, 6ay5:A, 5cgp:A, 8cmz:A, 8cn0:A, 8cna:A, 8cnb:A, 8cnd:A, 2d82:A, 5dbm:A, 5dbm:B, 5dbm:C, 6dmk:A, 5eic:B, 5eng:A, 5ep7:A, 7evj:A, 6fqo:A, 6fqo:B, 6fqt:A, 6fqu:A, 6fr0:A, 6fr0:B, 6frf:A, 6frf:B, 6frf:C, 6frf:D, 8fup:A, 8fup:B, 8fv2:A, 8fv2:B, 8fv2:C, 8fv2:D, 8fvs:A, 8fvs:B, 8fxa:A, 8fxa:B, 8fxe:A, 8fxn:A, 8fxo:A, 8g6t:A, 8g6t:B, 8g6t:C, 8g6t:D, 8ga2:A, 8ga2:D, 8ga2:C, 8ga2:B, 5gh9:A, 5h85:A, 5i83:A, 5i86:A, 5i86:B, 5i89:A, 5j0d:A, 1jsp:B, 7juo:A, 7juo:B, 7juo:D, 7juo:C, 7juo:F, 7juo:E, 7juo:G, 7juo:H, 7kpy:A, 7kpy:B, 5ktu:A, 5ktu:B, 5ktw:A, 5ktw:B, 5ktw:C, 5ktx:A, 2l84:A, 2l85:A, 5lpj:A, 5lpl:A, 6lqx:B, 5mme:A, 5mme:B, 5mmg:A, 5mpk:A, 5mpk:B, 5mpn:A, 5mpz:A, 5mqe:A, 5mqe:B, 5mqg:A, 5mqg:B, 5mqk:A, 5mqk:B, 2n1a:B, 4n3w:A, 5nlk:A, 4nr4:A, 4nr4:B, 4nr5:A, 4nr6:A, 4nr7:A, 5nrw:A, 5nu3:A, 4nyv:A, 4nyv:B, 4nyv:C, 4nyv:D, 4nyw:A, 4nyx:A, 8og2:A, 5owk:A, 3p1c:A, 3p1d:A, 3p1f:A, 3p1f:B, 6qst:A, 6qst:B, 6qst:C, 6qst:D, 2rny:A, 6sqe:A, 6sqf:A, 6sqm:A, 6sqm:B, 6sqm:C, 3svh:A, 3svh:B, 6sxx:A, 6sxx:B, 5tb6:A, 1tot:A, 4tqn:A, 4ts8:A, 5u7g:B, 7uge:A, 7uge:B, 7ugl:A, 7ugl:B, 5w0e:A, 5w0f:A, 5w0i:A, 5w0l:A, 5w0l:B, 5w0q:A, 4whu:A, 7wx2:A, 7xh6:A, 7xh6:B, 7xhe:A, 7xhe:B, 7xi0:A, 7xi0:B, 7xm7:A, 7xm7:D, 7xm7:C, 7xne:A, 7xne:B, 7xng:A, 7xng:B, 5xxh:A, 6yij:A, 6yij:B, 6yij:C, 6yij:D, 6yij:E, 6yij:F, 6yij:G, 6yik:A, 6yik:C, 6yik:B, 6yil:A, 6yim:A, 4yk0:A, 4yk0:B, 4yk0:C, 4yk0:D
12 7dd9:A 1129 31 0.2241 0.0115 0.4194 0.100 7dd9:C, 7dd9:E, 7dd9:G, 6lz1:A, 6lz1:B, 6lz1:C, 6lz1:D
13 6cw3:G 92 38 0.2069 0.1304 0.3158 0.20
14 6cw3:E 120 38 0.2069 0.1000 0.3158 0.23 6cw2:C
15 2w86:A 147 50 0.3448 0.1361 0.4000 0.84
16 3igj:C 188 38 0.2241 0.0691 0.3421 1.5 3igj:A, 3igj:B
17 3flo:E 433 39 0.2069 0.0277 0.3077 2.3 3flo:G, 3flo:A, 3flo:C
18 5zq6:A 828 28 0.1897 0.0133 0.3929 6.2 5zq4:B, 5zq4:A, 5zq6:C, 5zq7:A, 5zq7:C
19 4chl:B 237 51 0.2931 0.0717 0.3333 7.9 4chl:A
20 6xgu:B 134 28 0.2241 0.0970 0.4643 9.4 1c1y:B, 1faq:A, 1far:A, 1gua:B, 7jhp:C, 3kuc:B, 6pts:D, 6ptw:D, 8t75:B, 8t75:D, 8t75:F, 8t75:H, 6xgv:B, 6xha:B, 6xhb:B, 6xi7:B
21 4lq0:A 298 39 0.2241 0.0436 0.3333 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218