Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SCPPHWKNFTDKCYYFSVEKEIFEDAKLFCEDKSSHLVFINTREEQQWIKKQMVGRESHWIGLTDSERENEWKWLDGTSP
DYKNWKAGQPDNWGHGHGPGEDCAGLIYAGQWNDFQCEDVNNFICEKDR

The query sequence (length=129) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2ox8:A 129 129 1.0000 1.0000 1.0000 1.58e-95 2ox8:B, 2ox8:C, 2ox8:D
2 2ox9:C 131 128 0.8837 0.8702 0.8906 9.58e-86 2ox9:A, 2ox9:B, 2ox9:D
3 6py1:A 130 130 0.4496 0.4462 0.4462 3.08e-31 6puv:A, 6w12:A, 6xiy:A
4 8urf:A 128 131 0.4419 0.4453 0.4351 6.18e-27
5 5jq1:A 130 130 0.3876 0.3846 0.3846 1.10e-24 1dv8:A, 5jpv:A, 5jpv:B, 5jq1:B, 8ts0:A, 6yau:A
6 6jjj:A 151 128 0.3721 0.3179 0.3750 7.64e-23 6jjj:B, 6jjj:C, 6jjj:D, 6jjj:E, 6jjj:F
7 6pwr:A 129 128 0.3566 0.3566 0.3594 4.13e-22 6pws:A, 6pwt:A
8 4gko:L 136 128 0.3411 0.3235 0.3438 1.34e-21 4g9a:A, 4g9a:B, 4g9a:C, 4g9a:D, 4gko:G, 4gko:H, 4gko:I, 4gko:J, 4gko:K, 2h2t:B
9 5vyb:A 143 135 0.3566 0.3217 0.3407 2.16e-21
10 1tdq:B 126 128 0.3566 0.3651 0.3594 3.94e-20
11 1sl6:A 168 130 0.3566 0.2738 0.3538 6.19e-19 1k9j:A, 1sl6:B, 1sl6:C, 1sl6:D, 1sl6:E, 1sl6:F, 1xph:A
12 1afa:1 154 132 0.3256 0.2727 0.3182 9.58e-19 1afa:2, 1afa:3, 1afb:1, 1afb:2, 1afb:3, 1afd:1, 1afd:2, 1afd:3, 1bch:1, 1bch:2, 1bch:3, 1bcj:1, 1bcj:2, 1bcj:3, 1fif:A, 1fif:B, 1fif:C, 1fih:A, 1fih:B, 1fih:C, 1kmb:1, 1kmb:2, 1kmb:3, 2kmb:1, 2kmb:2, 2kmb:3, 3kmb:1, 3kmb:3, 3kmb:2, 4kmb:1, 4kmb:2, 4kmb:3, 1kwt:A, 1kwt:B, 1kwt:C, 1kwu:A, 1kwu:B, 1kwu:C, 1kwv:A, 1kwv:B, 1kwv:C, 1kww:A, 1kww:B, 1kww:C, 1kwx:A, 1kwx:B, 1kwx:C, 1kwy:A, 1kwy:B, 1kwy:C, 1kwz:A, 1kwz:B, 1kwz:C, 1kx0:A, 1kx0:B, 1kx0:C, 1kx1:C, 1kx1:F, 1kx1:A, 1kx1:B, 1kx1:D, 1kx1:E, 2msb:B, 2msb:A, 1rtm:1, 1rtm:2, 1rtm:3
13 4c9f:D 134 129 0.3411 0.3284 0.3411 1.00e-18 4c9f:A, 4c9f:B, 4c9f:C, 4caj:A, 4caj:B, 4caj:C, 4caj:D, 3zhg:A, 3zhg:B, 3zhg:C, 3zhg:D
14 5b1w:A 130 133 0.3178 0.3154 0.3083 1.97e-18 5b1w:B, 5b1w:C, 5b1w:D, 5b1x:A, 5b1x:B, 5b1x:C, 5b1x:D
15 5k8y:A 136 128 0.3333 0.3162 0.3359 5.76e-17 5k8y:B, 5m62:A, 5m62:B
16 3wh2:A 132 132 0.3411 0.3333 0.3333 5.77e-17 3wh3:A
17 8h4v:A 148 122 0.3256 0.2838 0.3443 6.45e-17 8h4v:B, 8hb5:A, 5kth:A, 5kti:A, 4kzv:A, 4kzv:B, 4kzw:A, 4kzw:B, 4zrv:A, 4zrv:C, 4zrv:B, 4zrw:A
18 3kqg:A 169 126 0.3256 0.2485 0.3333 4.64e-16 4ak8:A, 4ak8:B, 4ak8:C, 4ak8:D, 3c22:A, 3c22:B, 3c22:C, 3c22:D, 5g6u:A, 5g6u:B, 5g6u:D, 5g6u:C, 3kqg:B, 3kqg:C, 3kqg:D, 3kqg:E, 3kqg:F, 4n32:A, 4n32:B, 4n32:C, 4n32:D, 4n33:A, 4n33:B, 4n33:C, 4n33:D, 4n34:A, 4n34:B, 4n34:C, 4n34:D, 4n35:A, 4n35:B, 4n35:C, 4n35:D, 4n36:A, 4n36:B, 4n36:C, 4n36:D, 4n37:A, 4n37:B, 4n37:C, 4n37:D, 4n38:A, 4n38:B, 4n38:C, 4n38:D, 3p5d:A, 3p5d:B, 3p5d:C, 3p5d:D, 3p5e:A, 3p5e:B, 3p5e:C, 3p5e:D, 3p5f:B, 3p5f:C, 3p5f:A, 3p5f:D, 3p5g:A, 3p5g:B, 3p5g:C, 3p5g:D, 3p5h:B, 3p5h:D, 3p5h:A, 3p5h:C, 3p5i:A, 3p5i:B, 3p5i:C, 3p5i:D, 3p7f:A, 3p7f:B, 3p7f:C, 3p7f:D, 3p7g:A, 3p7g:B, 3p7g:C, 3p7g:D, 3p7h:A, 3p7h:B, 3p7h:C, 3p7h:D, 7ytq:A, 7ytq:B, 7ytq:C, 7ytq:D
19 6ghv:D 133 131 0.3411 0.3308 0.3359 4.81e-16 6ghv:A, 6ghv:B, 6ghv:C, 6ghv:E, 6ghv:F, 2it5:A, 2it6:A, 1k9i:A, 1k9i:C, 1k9i:D, 1k9i:E, 1k9i:H, 1k9i:B, 1k9i:F, 1k9i:G, 1k9i:I, 1k9i:J, 7nl6:A, 7nl7:A, 1sl4:A, 1sl5:A, 2xr5:A, 2xr6:A
20 2py2:A 127 130 0.3178 0.3228 0.3154 5.18e-16 2py2:B, 2py2:C, 2py2:D, 2py2:E, 2py2:F
21 3whd:C 148 130 0.3023 0.2635 0.3000 7.91e-16 3whd:A
22 1qdd:A 144 134 0.3256 0.2917 0.3134 1.19e-15
23 1kza:1 115 119 0.2946 0.3304 0.3193 1.33e-15 1kza:2, 1kzb:1, 1kzb:2, 1kzc:1, 1kzc:2, 1kzd:1, 1kzd:2, 1kze:1, 1kze:2, 1rdi:1, 1rdi:2, 1rdj:1, 1rdj:2, 1rdk:1, 1rdk:2, 1rdl:1, 1rdl:2, 1rdm:1, 1rdm:2, 1rdn:1, 1rdn:2, 1rdo:1, 1rdo:2
24 4zes:A 147 134 0.3023 0.2653 0.2910 4.19e-15 4zes:B, 4zet:A, 4zet:B
25 6a7s:B 138 136 0.3411 0.3188 0.3235 6.98e-15 6a7t:B, 6m5m:B
26 5f2q:B 135 132 0.3101 0.2963 0.3030 1.96e-13 5f2q:A, 5f2q:C, 5f2q:D, 5f2q:E, 5f2q:F, 5f2q:G, 5f2q:H, 5f2q:I, 5f2q:J, 1jzn:A, 1jzn:B, 1jzn:C, 1jzn:D, 1jzn:E, 1muq:B, 1muq:A, 1muq:C, 1muq:D, 1muq:E
27 6jk4:A 126 130 0.2868 0.2937 0.2846 2.27e-13
28 1egg:B 144 135 0.3256 0.2917 0.3111 2.29e-13 1egg:A, 1egi:A, 1egi:B, 7jub:A, 7juc:A, 7jud:A, 7jud:B, 7jue:A, 7juf:A, 7juf:B, 7jug:A, 7juh:A, 7l61:A, 7l62:A, 7l63:A, 7l64:A, 7l65:A, 7l66:A, 7l67:A, 7l68:A, 7l68:B
29 5e4l:B 386 124 0.3023 0.1010 0.3145 7.57e-13
30 5e4l:B 386 66 0.1473 0.0492 0.2879 0.047
31 5e4l:A 428 124 0.3023 0.0911 0.3145 8.45e-13
32 5e4l:A 428 113 0.2636 0.0794 0.3009 3.00e-09
33 5e4k:A 424 124 0.3023 0.0920 0.3145 1.06e-12
34 5e4k:A 424 128 0.3101 0.0943 0.3125 1.32e-12
35 2ric:C 158 124 0.2481 0.2025 0.2581 2.20e-12 1b08:A, 1b08:B, 1b08:C, 3dbz:A, 3dbz:B, 3dbz:C, 4e52:B, 4e52:C, 4e52:A, 3g81:A, 3g81:B, 3g81:C, 3g83:A, 3g83:B, 3g83:C, 3g84:A, 3g84:B, 3g84:C, 2ggu:A, 2ggu:B, 2ggu:C, 2ggx:A, 2ggx:B, 2ggx:C, 3ikn:A, 3ikn:B, 3ikn:C, 3ikp:A, 3ikp:B, 3ikp:C, 3ikq:A, 3ikq:B, 3ikq:C, 3ikr:A, 3ikr:B, 3ikr:C, 4m17:A, 4m17:B, 4m17:C, 4m17:D, 4m17:E, 4m17:F, 4m17:G, 4m17:H, 4m17:I, 4m17:J, 4m17:K, 4m17:L, 4m18:A, 4m18:E, 4m18:B, 4m18:C, 4m18:D, 4m18:L, 4m18:F, 4m18:G, 4m18:H, 4m18:I, 4m18:J, 4m18:K, 2orj:A, 2orj:B, 2orj:C, 2ork:A, 2ork:B, 2ork:C, 2os9:A, 2os9:B, 2os9:C, 5oxr:B, 5oxr:C, 5oxr:A, 5oxs:A, 5oxs:B, 5oxs:C, 1pw9:A, 1pw9:B, 1pw9:C, 1pwb:A, 1pwb:B, 1pwb:C, 2ria:A, 2ria:B, 2ria:C, 2rib:A, 2rib:B, 2rib:C, 2ric:B, 2ric:A, 2rid:A, 2rid:B, 2rid:C, 2rie:A, 2rie:B, 2rie:C
36 6a7t:A 137 136 0.3101 0.2920 0.2941 7.45e-12 6m5m:A
37 3vyk:A 128 133 0.2946 0.2969 0.2857 1.58e-11
38 1hup:A 141 120 0.2791 0.2553 0.3000 1.75e-11
39 6bbe:A 155 124 0.2248 0.1871 0.2339 8.41e-11 6bbd:A, 4dn8:A
40 4wqq:A 141 138 0.3101 0.2837 0.2899 3.43e-10 1wmy:A, 1wmy:B, 1wmz:A, 1wmz:B, 1wmz:C, 1wmz:D, 4wqq:B, 4wqq:C, 4wqq:D
41 5xts:A 460 130 0.3333 0.0935 0.3308 5.88e-10 5xtw:A, 5xtw:C, 5xtw:D, 5xtw:E, 5xtw:F, 5xtw:H
42 5xts:A 460 105 0.2171 0.0609 0.2667 1.08e-05 5xtw:A, 5xtw:C, 5xtw:D, 5xtw:E, 5xtw:F, 5xtw:H
43 3alu:A 157 150 0.3023 0.2484 0.2600 2.89e-09 3als:A, 3als:B, 3als:C, 3als:D, 3alt:A, 3alt:B, 3alt:C, 3alt:D, 3alu:B, 3alu:C, 3alu:D
44 7odu:A 129 83 0.2016 0.2016 0.3133 3.72e-09
45 4yli:D 155 122 0.2558 0.2129 0.2705 4.21e-09 4yli:A, 4yli:B, 4yli:C, 4yli:E, 4yli:F, 4ymd:A, 4ymd:B, 4ymd:D, 4ymd:F, 4ymd:C, 4ymd:E
46 1fvu:B 121 134 0.2868 0.3058 0.2761 4.62e-09 1fvu:D
47 3vpp:B 122 130 0.2713 0.2869 0.2692 7.34e-09 3vpp:A
48 4c16:A 280 121 0.2636 0.1214 0.2810 9.30e-09 4c16:B, 4csy:A, 4csy:B, 1esl:A, 6eyi:A, 6eyj:A, 6eyj:B, 6eyk:A, 1g1t:A
49 1htn:A 156 124 0.3023 0.2500 0.3145 1.26e-08 1tn3:A
50 3t3a:A 122 129 0.2636 0.2787 0.2636 2.60e-08 3t3a:B
51 3cdg:J 123 127 0.2326 0.2439 0.2362 5.08e-08 3cdg:E, 3cii:G, 3cii:I
52 6ryj:A 122 105 0.2016 0.2131 0.2476 6.35e-08 6ryg:A, 6rym:A, 6ryn:A
53 3wsr:A 120 126 0.2326 0.2500 0.2381 6.94e-08 3wsr:B
54 6lfj:A 133 136 0.2713 0.2632 0.2574 8.79e-08 6kzr:A, 6kzr:B, 6lfj:B, 6lkr:A, 6lkr:B
55 1iod:A 129 137 0.3023 0.3023 0.2847 1.06e-07 1wt9:A, 1y17:A
56 8ea6:B 124 126 0.2403 0.2500 0.2460 1.13e-07 8ea5:A, 8ea5:B, 8ea6:A, 8ea7:A, 8ea7:B, 8ea8:B, 8ea8:A, 8ea9:B, 8ea9:A, 8eaa:B, 8eaa:A, 8eab:A, 8eab:B, 8se5:B, 8se5:A, 8se6:A, 8se6:B
57 2bpe:A 128 81 0.1938 0.1953 0.3086 1.51e-07 2bpe:B, 2bph:A, 2bph:B, 2cl8:A, 2cl8:B
58 1bj3:A 129 137 0.2946 0.2946 0.2774 3.70e-07 1j34:A, 1j35:A, 1x2t:A, 1x2t:C
59 3pak:A 145 117 0.2248 0.2000 0.2479 3.96e-07 5ffr:A, 5ffs:A, 5fft:A, 3paq:A, 3par:A, 3pbf:A, 1r13:A, 1r14:A, 4wr9:A, 4wrc:A, 4wre:A, 4wrf:A, 4wuw:A, 4wux:A
60 2e3x:B 129 86 0.2326 0.2326 0.3488 6.98e-07
61 3cfw:A 156 121 0.2481 0.2051 0.2645 8.48e-07 5vc1:A
62 1bj3:B 123 89 0.2016 0.2114 0.2921 8.92e-07 1ixx:B, 1ixx:D, 1ixx:F, 1j34:B, 1j35:B, 1x2t:B, 1x2t:D
63 3j82:A 131 128 0.2636 0.2595 0.2656 1.14e-06
64 1ukm:B 124 90 0.2171 0.2258 0.3111 1.14e-06
65 2vuv:A 129 132 0.2558 0.2558 0.2500 1.30e-06 2vuz:A
66 8umo:K 113 73 0.1473 0.1681 0.2603 1.50e-06
67 1iod:B 123 133 0.2481 0.2602 0.2406 8.41e-06 1wt9:B, 1y17:B
68 1ixx:A 129 137 0.2791 0.2791 0.2628 3.58e-05 1ixx:C, 1ixx:E
69 1g1q:A 160 118 0.2171 0.1750 0.2373 3.26e-04 1g1q:B, 1g1q:C, 1g1q:D, 1g1r:A, 1g1r:B, 1g1r:D, 1g1r:C, 1g1s:B, 1g1s:A
70 4mth:A 139 138 0.2558 0.2374 0.2391 4.33e-04 1uv0:A
71 2brs:B 115 69 0.1783 0.2000 0.3333 0.007
72 6tl9:F 130 78 0.1550 0.1538 0.2564 0.045 6tl9:B, 6tl9:C, 6tl9:G
73 7u48:A 264 59 0.1163 0.0568 0.2542 2.1 7bh5:A, 7bh7:A, 8ehh:A, 5fa7:A, 5fa7:B, 5fao:A, 5fao:B, 5fap:B, 5fap:A, 4hbu:A, 6ity:A, 6ity:B, 6j2b:A, 6j2b:B, 6j2k:A, 6j2k:B, 6j2o:A, 6j2o:B, 6qw8:A, 4s2i:A, 4s2i:B, 6sp6:A, 5t66:A, 5t66:B, 7ti0:A, 7u48:B, 7u48:C, 7u49:A, 7u49:B, 7u49:C, 7u4b:A, 7u4b:B, 7u4b:C, 4xuz:A, 6z7k:A
74 7a1f:L 335 48 0.1163 0.0448 0.3125 3.0 7a1f:A, 5aho:A
75 4bd0:A 261 54 0.1085 0.0536 0.2593 4.1 5a92:A, 5a93:A, 4bd1:A, 4c3q:A, 6c79:A, 5g18:A, 1iyo:A, 1iyp:A, 1iyq:A, 1iys:A, 5kmw:A, 5ksc:A, 4x69:A, 4x69:B, 2zq8:A, 2zq9:A, 2zqa:A, 2zqc:A, 2zqd:A
76 5gz4:A 804 31 0.0930 0.0149 0.3871 6.9 7cba:A, 7cba:B, 5gz5:A
77 4ttv:A 403 26 0.0698 0.0223 0.3462 7.2 4hwt:A, 4hwt:B, 4p3n:A, 4p3n:B, 4p3n:C, 4p3n:D, 4ttv:B, 4ttv:C, 4ttv:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218