Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMCQYMAEDGLINDWHQVHYASMARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQA
FVPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIGDARGWETIAPSAIAFGAHLPNVPRAMTLDDIARVKQDFVDA
ARRARDAGFEWIELHFAHGYLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDEQ
TLEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPETNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLVS
VGRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLE

The query sequence (length=357) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8auh:A 365 359 0.9972 0.9753 0.9916 0.0 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
2 7o0t:A 354 345 0.4454 0.4492 0.4609 6.59e-92 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
3 8uat:F 351 340 0.4538 0.4615 0.4765 8.49e-88 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
4 5ocs:A 369 359 0.4286 0.4146 0.4262 5.90e-86 5ocs:C
5 8pun:A 356 342 0.3978 0.3989 0.4152 1.40e-84 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
6 3gr7:A 340 350 0.4174 0.4382 0.4257 5.66e-82 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
7 1z41:A 337 354 0.3978 0.4214 0.4011 1.98e-75 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
8 3kru:A 335 343 0.3669 0.3910 0.3819 1.16e-73 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
9 7blf:A 406 363 0.4006 0.3522 0.3939 1.03e-72 7blf:B
10 7qfx:C 413 353 0.3782 0.3269 0.3824 4.78e-71 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
11 8j59:B 388 359 0.3838 0.3531 0.3816 1.47e-70 8j59:A
12 3gka:B 351 337 0.3249 0.3305 0.3442 1.55e-37 3gka:A
13 1gwj:A 374 351 0.2997 0.2861 0.3048 2.24e-35 3gx9:A, 2r14:A
14 4ab4:A 349 227 0.2241 0.2292 0.3524 3.91e-35 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
15 4b5n:A 354 342 0.2885 0.2910 0.3012 1.92e-34 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
16 8e5h:A 368 373 0.3361 0.3261 0.3217 3.83e-34
17 6agz:A 386 226 0.2157 0.1995 0.3407 8.92e-34 6agz:B
18 7tnb:AAA 353 338 0.2913 0.2946 0.3077 1.01e-33
19 2gou:A 365 342 0.3053 0.2986 0.3187 1.97e-33 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
20 4a3u:A 355 341 0.2801 0.2817 0.2933 4.48e-32 4a3u:B
21 7bn6:B 381 343 0.2857 0.2677 0.2974 4.55e-32 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
22 4jic:A 370 230 0.2045 0.1973 0.3174 1.89e-31 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
23 1djn:A 729 338 0.2773 0.1358 0.2929 7.92e-31 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
24 1icp:A 358 216 0.2045 0.2039 0.3380 9.85e-31 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
25 2q3o:B 367 341 0.2885 0.2807 0.3021 1.33e-29 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
26 2q3r:A 351 336 0.2773 0.2821 0.2946 1.57e-29 1vji:A
27 4df2:A 404 216 0.2101 0.1856 0.3472 2.52e-29 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
28 8bpp:A 362 343 0.2745 0.2707 0.2857 3.04e-29 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
29 6uff:A 362 342 0.2717 0.2680 0.2836 4.14e-28 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
30 1gvr:A 364 351 0.2801 0.2747 0.2849 7.50e-28 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
31 7tmb:A 362 348 0.2745 0.2707 0.2816 1.04e-27 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
32 6s32:D 352 337 0.2745 0.2784 0.2908 5.05e-27 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
33 1ps9:A 671 332 0.2521 0.1341 0.2711 1.00e-26
34 8fw1:A 362 215 0.2017 0.1989 0.3349 2.70e-26 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
35 5dy2:A 378 218 0.1933 0.1825 0.3165 8.13e-26 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
36 6qkg:B 664 339 0.2633 0.1416 0.2773 1.23e-25 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
37 9em0:A 376 343 0.2493 0.2367 0.2595 3.83e-25 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
38 6l6j:A 669 339 0.2633 0.1405 0.2773 9.63e-25
39 8e5i:A 357 218 0.2017 0.2017 0.3303 1.27e-24
40 4qnw:A 369 216 0.1933 0.1870 0.3194 2.51e-24
41 5v4v:A 397 237 0.1989 0.1788 0.2996 8.74e-24 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
42 6de6:A 689 341 0.2689 0.1393 0.2815 7.39e-22
43 3k30:A 684 337 0.2689 0.1404 0.2849 8.70e-21 3k30:B
44 4ot7:A 308 331 0.2465 0.2857 0.2659 9.46e-21
45 4rnu:C 385 220 0.1737 0.1610 0.2818 3.61e-20 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
46 3aty:A 379 234 0.2045 0.1926 0.3120 7.96e-20 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
47 6de6:B 652 338 0.2633 0.1442 0.2781 1.72e-19
48 1bwk:A 399 220 0.1709 0.1529 0.2773 2.44e-19 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
49 4tmc:A 399 217 0.1681 0.1504 0.2765 3.96e-19 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
50 7fev:A 443 167 0.1597 0.1287 0.3413 6.56e-18
51 4rnx:A 390 78 0.0952 0.0872 0.4359 1.27e-13 4rnx:B
52 4rnx:A 390 102 0.0672 0.0615 0.2353 0.004 4rnx:B
53 4fi4:A 407 95 0.0700 0.0614 0.2632 0.94 4fi4:B, 4fi4:C
54 7qrm:C 285 92 0.0700 0.0877 0.2717 1.3 1ctm:A, 1hcz:A, 2pcf:B, 7qrm:K, 6rqf:K, 6rqf:C, 1tkw:B, 7zyv:C, 7zyv:K
55 4ln1:B 321 143 0.1092 0.1215 0.2727 2.8 4ln1:A, 4ln1:C, 4ln1:D
56 8ro0:A 2231 50 0.0532 0.0085 0.3800 6.6 8ro1:A
57 7voj:A 400 63 0.0532 0.0475 0.3016 8.5 7voj:B
58 3gyx:A 662 221 0.1597 0.0861 0.2579 9.2 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
59 6q2m:A 544 44 0.0336 0.0221 0.2727 9.5 1ba3:A, 5dwv:A, 4e5d:A, 4g36:A, 4g36:B, 4g37:A, 4g37:B, 5gyz:A, 5gz2:A, 6hps:A, 6hps:B, 3ies:A, 5kyt:A, 5kyt:B, 5kyv:A, 5kyv:B, 6q2m:B, 6q2m:C, 3rix:A, 5wys:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218