Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMCQYMAEDGLINDWHQVHYASMARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQA
FVPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIDARGWETIAPSAIAFGAHLPNVPRAMTLDDIARVKQDFVDAA
RRARDAGFEWIELHFAHGYLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDEQT
LEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPETNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLVSV
GRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLE

The query sequence (length=356) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8auh:A 365 359 0.9972 0.9726 0.9889 0.0 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
2 7o0t:A 354 345 0.4438 0.4463 0.4580 6.55e-91 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
3 8uat:F 351 339 0.4522 0.4587 0.4749 1.41e-87 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
4 5ocs:A 369 359 0.4298 0.4146 0.4262 3.99e-86 5ocs:C
5 8pun:A 356 342 0.3961 0.3961 0.4123 3.15e-83 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
6 3gr7:A 340 349 0.4185 0.4382 0.4269 2.92e-82 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
7 1z41:A 337 353 0.3989 0.4214 0.4023 1.26e-75 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
8 3kru:A 335 342 0.3680 0.3910 0.3830 8.33e-74 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
9 7blf:A 406 363 0.4017 0.3522 0.3939 9.16e-73 7blf:B
10 8j59:B 388 359 0.3848 0.3531 0.3816 1.29e-70 8j59:A
11 7qfx:C 413 353 0.3792 0.3269 0.3824 5.45e-70 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
12 3gka:B 351 336 0.3230 0.3276 0.3423 1.04e-38 3gka:A
13 1gwj:A 374 350 0.3006 0.2861 0.3057 5.69e-36 3gx9:A, 2r14:A
14 4b5n:A 354 341 0.2893 0.2910 0.3021 1.23e-34 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
15 4ab4:A 349 226 0.2219 0.2264 0.3496 1.36e-34 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
16 7tnb:AAA 353 337 0.2949 0.2975 0.3116 4.80e-34
17 2gou:A 365 350 0.3202 0.3123 0.3257 1.63e-33 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
18 8e5h:A 368 372 0.3371 0.3261 0.3226 1.74e-33
19 6agz:A 386 225 0.2135 0.1969 0.3378 2.19e-33 6agz:B
20 7bn6:B 381 341 0.2809 0.2625 0.2933 1.37e-32 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
21 4a3u:A 355 340 0.2809 0.2817 0.2941 2.98e-32 4a3u:B
22 4jic:A 370 229 0.2051 0.1973 0.3188 3.56e-32 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
23 1icp:A 358 216 0.2051 0.2039 0.3380 4.64e-31 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
24 1djn:A 729 337 0.2781 0.1358 0.2938 5.84e-31 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
25 8bpp:A 362 342 0.2753 0.2707 0.2865 5.62e-30 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
26 2q3o:B 367 341 0.2893 0.2807 0.3021 7.69e-30 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
27 2q3r:A 351 335 0.2753 0.2792 0.2925 1.12e-29 1vji:A
28 6uff:A 362 341 0.2725 0.2680 0.2845 8.80e-29 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
29 4df2:A 404 216 0.2135 0.1881 0.3519 1.12e-28 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
30 1gvr:A 364 338 0.2725 0.2665 0.2870 1.66e-28 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
31 7tmb:A 362 346 0.2697 0.2652 0.2775 2.27e-28 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
32 6s32:D 352 341 0.2837 0.2869 0.2962 1.08e-27 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
33 1ps9:A 671 331 0.2528 0.1341 0.2719 7.33e-27
34 8fw1:A 362 214 0.2022 0.1989 0.3364 1.75e-26 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
35 5dy2:A 378 218 0.1910 0.1799 0.3119 2.82e-26 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
36 9em0:A 376 343 0.2472 0.2340 0.2566 7.87e-26 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
37 6qkg:B 664 341 0.2640 0.1416 0.2757 3.83e-25 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
38 6l6j:A 669 338 0.2640 0.1405 0.2781 7.92e-25
39 8e5i:A 357 224 0.2135 0.2129 0.3393 1.34e-24
40 4qnw:A 369 215 0.1938 0.1870 0.3209 2.04e-24
41 5v4v:A 397 237 0.2022 0.1814 0.3038 2.39e-24 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
42 6de6:A 689 340 0.2697 0.1393 0.2824 5.16e-22
43 4rnu:C 385 220 0.1770 0.1636 0.2864 5.06e-21 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
44 3k30:A 684 336 0.2697 0.1404 0.2857 5.92e-21 3k30:B
45 4ot7:A 308 330 0.2472 0.2857 0.2667 6.49e-21
46 1bwk:A 399 220 0.1742 0.1554 0.2818 3.49e-20 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
47 6de6:B 652 233 0.2079 0.1135 0.3176 1.31e-19
48 4tmc:A 399 218 0.1685 0.1504 0.2752 2.32e-19 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
49 3aty:A 379 234 0.2051 0.1926 0.3120 9.78e-19 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
50 7fev:A 443 164 0.1545 0.1242 0.3354 3.54e-18
51 4rnx:A 390 78 0.0955 0.0872 0.4359 1.30e-13 4rnx:B
52 4rnx:A 390 102 0.0674 0.0615 0.2353 0.004 4rnx:B
53 4fi4:A 407 95 0.0702 0.0614 0.2632 0.91 4fi4:B, 4fi4:C
54 4ln1:B 321 143 0.1124 0.1246 0.2797 0.96 4ln1:A, 4ln1:C, 4ln1:D
55 3gyx:A 662 220 0.1629 0.0876 0.2636 2.4 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
56 7qrm:C 285 49 0.0478 0.0596 0.3469 2.8 1ctm:A, 1hcz:A, 2pcf:B, 7qrm:K, 6rqf:K, 6rqf:C, 1tkw:B, 7zyv:C, 7zyv:K
57 6k4d:A 539 143 0.0815 0.0538 0.2028 6.7 6k4c:A
58 8ro0:A 2231 50 0.0534 0.0085 0.3800 6.7 8ro1:A
59 6q2m:A 544 44 0.0337 0.0221 0.2727 9.5 1ba3:A, 5dwv:A, 4e5d:A, 4g36:A, 4g36:B, 4g37:A, 4g37:B, 5gyz:A, 5gz2:A, 6hps:A, 6hps:B, 3ies:A, 5kyt:A, 5kyt:B, 5kyv:A, 5kyv:B, 6q2m:B, 6q2m:C, 3rix:A, 5wys:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218