Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
SAEYLNTFRLRNLGLPVMNNLHDMSKATRISVETLRLLIYTADFRYRIYTVEKKGPEKRMRTIYQPSRELKALQGWVLRN
ILDKLSSSPFSIGFEKHQSILNNATPHIGANFILNIDLEDFFPSLTANKVFGVFHSLGYNRLISSVLTKICCYKNLLPQG
APSSPKLANLICSKLDYRIQGYAGSRGLIYTRYADDLTLSAQSMKKVVKARDFLFSIIPSEGLVINSKKTCISGPRSQRK
VTGLVISQEKVGIGREKYKEIRAKIHHIFCGKSSEIEHVRGWLSFILSVDSKSHRRLITYISKLEKKYGKNPLN

The query sequence (length=314) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7v9x:A 314 314 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 8qbk:A, 8qbk:U, 8qbk:K, 8qbk:P, 8qbl:A, 8qbl:K, 8qbl:P, 8qbl:I, 8qbl:U, 8qbl:Z, 8qbm:A, 8qbm:K, 8qbm:I, 8qbm:P, 8qbm:U, 8qbm:Z, 7v9u:A, 7v9u:B, 7v9x:B, 7xjg:A, 7xjg:B
2 5hhk:B 289 143 0.1338 0.1453 0.2937 1.61e-07
3 7k9y:A 425 164 0.1338 0.0988 0.2561 3.48e-06 6ar1:A, 6ar1:D, 6ar3:A, 6ar3:D, 7k9y:D
4 8t2s:D 389 130 0.1210 0.0977 0.2923 4.88e-06 8t2r:D, 8t2t:D, 7uim:D, 7uin:D
5 8bgj:A 203 144 0.1019 0.1576 0.2222 2.82e-05 8bgj:B, 8bgj:C
6 9c0i:A 425 41 0.0541 0.0400 0.4146 0.002 9c0j:A
7 8fli:B 458 75 0.0605 0.0415 0.2533 0.003 6me0:C, 6mec:C
8 7o0g:A 733 130 0.1051 0.0450 0.2538 0.077 7o0h:A, 7o24:A
9 7v99:A 991 97 0.0924 0.0293 0.2990 0.29 5ugw:A
10 7qxa:A 954 97 0.0924 0.0304 0.2990 0.31 7bg9:A, 7qxb:A, 7qxs:A, 7trd:A, 7tre:A, 7trf:A
11 8wus:E 453 94 0.0924 0.0640 0.3085 2.3 6b1q:A, 6b1r:A, 6b1s:A, 6b1s:B, 8cs0:A, 1d0e:A, 1d1u:A, 8dw1:A, 8dw8:A, 8dwm:A, 2fjv:A, 2fjw:A, 2fjx:A, 3fsi:A, 2fvp:A, 2fvq:A, 2fvr:A, 2fvs:A, 4hkq:A, 1i6j:A, 4m94:A, 4m95:A, 6mig:A, 6mih:A, 6mik:A, 1n4l:A, 1qai:A, 1qai:B, 1qaj:A, 2r2r:A, 2r2s:A, 2r2t:A, 2r2u:A, 7uyn:A, 7uyo:A, 7uyp:A, 5vbs:A, 8wut:E, 8wuv:E, 4xo0:A, 4xpc:A, 4xpe:A, 8ygj:E, 1ztt:A, 1ztw:A
12 7o0h:B 523 107 0.0828 0.0497 0.2430 3.0
13 7xz5:R 292 116 0.0892 0.0959 0.2414 3.2 7wcm:R, 7wcn:R, 7xz6:R, 8zr5:C, 8zrk:R
14 3la4:A 837 86 0.0764 0.0287 0.2791 3.3
15 9gbv:B 782 70 0.0605 0.0243 0.2714 4.3 1aj6:A, 7c7n:A, 7c7o:A, 7dor:A, 7dor:B, 7dpr:A, 7dpr:B, 7dps:A, 7dps:B, 7dqf:A, 7dqf:B, 7dqh:A, 7dqh:B, 7dqi:A, 7dqi:B, 7dqj:A, 7dqj:B, 7dql:A, 7dql:B, 7dqm:A, 7dqm:B, 7dqs:A, 7dqs:B, 7dqu:A, 7dqu:B, 7dqw:A, 7dqw:B, 4duh:A, 4duh:B, 1ei1:A, 1ei1:B, 6eng:A, 6eng:B, 6f86:A, 6f8j:A, 6f94:A, 6f96:A, 3g7e:A, 9gbv:D, 9ggq:D, 9ggq:B, 4hyp:A, 4hyp:B, 4hyp:C, 4hyp:D, 6j90:A, 4kfg:A, 4kfg:B, 1kzn:A, 6kzv:A, 6kzx:A, 6kzz:A, 6l01:A, 5l3j:A, 5mmn:A, 5mmo:A, 5mmp:A, 7p2m:A, 7p2n:A, 7p2w:A, 7p2x:A, 4prv:A, 4prx:A, 4pu9:A, 8qdx:B, 8qdx:D, 8qqi:D, 8qqi:B, 8qqs:B, 8qqs:D, 8qqu:D, 6rku:D, 6rku:B, 6rkv:D, 6rkv:B, 6rkw:D, 6rkw:B, 4wub:A, 4wuc:A, 4wud:A, 4xtj:A, 6yd9:A, 5z4h:A, 5z4h:B, 5z4o:A, 5z4o:B, 5z9b:A, 5z9b:B, 5z9e:A, 5z9e:B, 5z9f:A, 5z9f:B, 5z9l:A, 5z9l:B, 5z9m:A, 5z9m:B, 5z9n:A, 5z9q:A, 5z9q:B, 7z9c:D, 7z9c:B, 7z9g:D, 7z9g:B, 7z9k:B, 7z9k:D, 7z9m:B, 7z9m:D, 4zvi:A, 5zxm:A, 5zxm:B
16 1g71:A 344 75 0.0669 0.0610 0.2800 5.2 1g71:B
17 3mg9:A 255 94 0.0924 0.1137 0.3085 5.3 3mgc:A
18 4qaw:A 537 67 0.0478 0.0279 0.2239 6.6 4qaw:B, 4qaw:C, 4qaw:D, 4qaw:E, 4qaw:F, 4qaw:G, 4qaw:H, 4qb1:A, 4qb2:A, 4qb6:A
19 1jku:A 266 68 0.0541 0.0639 0.2500 7.8 1jku:F, 1jku:B, 1jku:C, 1jku:D, 1jku:E, 1jkv:A, 1jkv:F, 1jkv:B, 1jkv:C, 1jkv:D, 1jkv:E, 1o9i:A, 1o9i:F, 1o9i:B, 1o9i:C, 1o9i:D, 1o9i:E
20 1vrg:A 515 71 0.0605 0.0369 0.2676 8.2 1vrg:B, 1vrg:C, 1vrg:D, 1vrg:E, 1vrg:F
21 5g2x:C 486 188 0.1592 0.1029 0.2660 9.2 7d0f:C, 7d0g:C, 7d1a:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218