Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RWTALTPEETLFIYTRCQEEHLPANSRKTYIENWHQWKLQPNDHVTQCYTKCVLEGLELYDGKQKKFRPGRVSSQHVAYQ
FLNGATADEVAKYKGAIDALEPASDSCEDLYMAYFPVHETFVNVTRKLYHGTVEGAARVYNSDPNLKRKNESLFTYCEKH
VYGDQNREDMCRGRRYELTGSDELRNMIECVFRGLRYIKHGDINIDEIVRDFDHINRGDLEPRVRTILSDCRGIQPYDYY
SCLINSDIREEFKLAFDYRDVRSADYAYIVKGNTYDAQKVIAEMNKVEKHVCG

The query sequence (length=293) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7tx8:A 295 295 1.0000 0.9932 0.9932 0.0 7tx8:B, 7tx8:C, 7tx8:D
2 3nhi:A 295 291 0.4778 0.4746 0.4811 2.19e-106 3nht:A
3 3dye:A 302 300 0.3242 0.3146 0.3167 2.92e-49 3dzt:A
4 6v4c:A 294 296 0.2765 0.2755 0.2736 1.37e-34
5 5v13:A 268 219 0.2116 0.2313 0.2831 4.55e-24 5v13:B, 5v13:C
6 6mt7:A 230 177 0.1536 0.1957 0.2542 2.72e-10 6mt7:B, 6mtf:A, 6mtf:B
7 2qeb:A 145 131 0.1195 0.2414 0.2672 4.35e-04 2pql:A, 2qeb:B, 2qeh:A, 2qeo:A, 2qeo:B
8 6nbn:A 123 90 0.0853 0.2033 0.2778 0.001 6ogh:A, 6oii:A, 6oii:B, 6opb:E, 6opb:F, 6opb:I
9 3l4l:A 119 93 0.1024 0.2521 0.3226 0.002 3qme:A
10 5o08:A 160 27 0.0478 0.0875 0.5185 0.43 5o08:B, 5o08:C, 5o0a:A, 5o0a:B, 5o0a:C, 5o0b:A, 5o0b:B, 5o0b:C, 5o0c:A, 5o0c:B, 5o0c:C, 5o0d:B, 5o0d:C, 5o0f:B, 5o0f:C, 5o0h:B, 5o0h:C, 8qid:A, 8qid:B, 8qid:C, 8qix:B, 8qix:C, 8qiy:A, 8qiy:B, 8qj8:A, 8qj8:B, 8qj8:C, 7ywm:A, 7ywm:B, 7ywm:C, 7yxz:A, 7yxz:B, 7yxz:C, 7yy0:B, 7yy0:C, 7yy1:A, 7yy1:B, 7yy1:C, 7yy2:A, 7yy2:B, 7yy2:C, 7yy3:A, 7yy3:B, 7yy3:C, 7yy4:B, 7yy4:C, 7yy5:B, 7yy5:C, 7yy6:A, 7yy6:B, 7yy6:C, 7yy7:B, 7yy7:C, 7yy8:B, 7yy8:C, 7yy9:A, 7yy9:B, 7yy9:C, 7yya:A, 7yya:B, 7yyb:B, 7yyb:C, 7yyc:A, 7yyc:B, 7yyc:C
11 4n5i:X 311 69 0.0717 0.0675 0.3043 0.59 4ouk:X, 4po3:X
12 5fmf:2 174 82 0.0785 0.1322 0.2805 0.72 3po3:S, 1y1v:S
13 3qj6:A 90 44 0.0478 0.1556 0.3182 0.77 3qby:B
14 2c44:C 468 78 0.0614 0.0385 0.2308 1.2 2c44:A, 2c44:D, 2c44:B, 5d8g:A
15 4w1y:B 433 78 0.0614 0.0416 0.2308 1.4
16 2r0q:C 193 78 0.0683 0.1036 0.2564 1.7 2r0q:D, 2r0q:E, 2r0q:F
17 1xvx:A 311 58 0.0512 0.0482 0.2586 2.2
18 3r72:A 122 74 0.0648 0.1557 0.2568 3.8
19 3r72:A 122 40 0.0410 0.0984 0.3000 6.9
20 3oht:A 331 111 0.1024 0.0906 0.2703 6.8 3oht:B
21 3itz:A 357 111 0.1024 0.0840 0.2703 7.8 8a8m:A, 1a9u:A, 4a9y:A, 4aa0:A, 4aa4:A, 4aa5:A, 4aac:A, 8acm:AAA, 8aco:AAA, 6anl:A, 2baj:A, 2bak:A, 2bal:A, 2baq:A, 7bdo:A, 7bdq:A, 7be4:A, 7be5:A, 1bl6:A, 1bl7:A, 1bmk:A, 3bv2:A, 3bv3:A, 3bx5:A, 3c5u:A, 3ctq:A, 3d7z:A, 3d83:A, 1di9:A, 4dli:A, 4dlj:A, 3ds6:A, 3ds6:B, 3ds6:C, 3ds6:D, 3dt1:A, 4e6a:A, 4e6c:A, 3e92:A, 3e93:A, 8efj:A, 4eh2:A, 4eh3:A, 4eh4:A, 4eh6:A, 4eh7:A, 4eh8:A, 4eh9:A, 4ehv:A, 5eta:B, 5eta:A, 5etf:A, 4ewq:A, 4f9w:A, 4f9y:A, 4fa2:A, 3fc1:X, 3fi4:A, 3fkl:A, 3fkn:A, 3fko:A, 3fl4:A, 3fln:C, 3flq:A, 3fls:A, 3flw:A, 3fly:A, 3flz:A, 3fmh:A, 3fmj:A, 3fmk:A, 3fml:A, 3fmm:A, 3fmn:A, 3fsf:A, 3fsk:A, 3gc7:A, 3gcp:A, 3gcq:A, 3gcs:A, 3gcu:A, 3gcu:B, 3gcv:A, 2gfs:A, 3gfe:A, 2ghl:A, 2ghm:A, 3gi3:A, 2gtm:A, 2gtn:A, 3ha8:A, 3hec:A, 3heg:A, 3hl7:A, 3hll:A, 3hp2:A, 3hp5:A, 3hrb:A, 3hub:A, 3huc:A, 3hv3:A, 3hv4:A, 3hv4:B, 3hv5:A, 3hv5:B, 3hv6:A, 3hv7:A, 3hvc:A, 6hwt:A, 6hwu:A, 6hwv:A, 2i0h:A, 3iph:A, 3iw5:A, 3iw6:A, 3iw7:A, 3iw8:A, 3k3i:A, 3k3j:A, 4ka3:A, 3kf7:A, 4kin:A, 4kin:B, 4kin:C, 4kin:D, 4kip:A, 4kip:B, 4kiq:A, 4kiq:B, 4kiq:C, 4kiq:D, 3kq7:A, 1kv1:A, 3l8s:A, 3l8x:A, 4l8m:A, 5lar:A, 1lew:A, 1lez:A, 3lfa:A, 3lfb:A, 3lfc:A, 3lfd:A, 3lfe:A, 3lff:A, 3lhj:A, 4loo:A, 4lop:A, 4lop:C, 4lop:B, 4lop:D, 4loq:A, 4loq:B, 4loq:C, 4loq:D, 1m7q:A, 6m95:A, 6m9l:A, 3mpa:A, 3mpt:A, 5mtx:A, 5mty:A, 3mvl:A, 3mvl:B, 3mvm:A, 3mvm:B, 3mw1:A, 5mz3:A, 5n64:A, 5n65:A, 5n66:A, 5n67:A, 5n68:A, 3new:A, 3nnu:A, 3nnv:A, 3nnw:A, 3nnx:A, 3nww:A, 5nzz:E, 5nzz:F, 5nzz:G, 5nzz:H, 3o8p:A, 3o8t:A, 3o8u:A, 5o8u:A, 5o8v:A, 5o90:A, 3obg:A, 3obj:A, 3oc1:A, 3ocg:A, 6ohd:A, 2okr:A, 2okr:D, 5omg:A, 1ouk:A, 1ouy:A, 1ove:A, 1oz1:A, 3p4k:A, 3p5k:A, 3p78:A, 3p79:A, 3p7a:A, 3p7b:A, 3p7c:A, 3pg3:A, 2puu:A, 7pvu:B, 2qd9:A, 6qdz:A, 6qe1:A, 3qud:A, 3que:A, 1r3c:A, 4r3c:A, 5r8u:A, 5r8v:A, 5r8w:A, 5r8x:A, 5r8y:A, 5r8z:A, 5r90:A, 5r91:A, 5r92:A, 5r93:A, 5r94:A, 5r95:A, 5r96:A, 5r97:A, 5r98:A, 5r99:A, 5r9a:A, 5r9b:A, 5r9c:A, 5r9d:A, 5r9e:A, 5r9f:A, 5r9g:A, 5r9h:A, 5r9i:A, 5r9j:A, 5r9k:A, 5r9l:A, 5r9m:A, 5r9n:A, 5r9o:A, 5r9p:A, 5r9q:A, 5r9r:A, 5r9s:A, 5r9t:A, 5r9u:A, 5r9v:A, 5r9w:A, 5r9x:A, 5r9y:A, 5r9z:A, 5ra0:A, 5ra1:A, 5ra2:A, 5ra3:A, 5ra4:A, 5ra5:A, 5ra6:A, 5ra7:A, 5ra8:A, 5ra9:A, 2rg5:A, 2rg6:A, 3rin:A, 3roc:A, 3s3i:A, 3s4q:A, 6sfi:A, 6sfj:A, 6sfk:A, 6sfo:A, 6so1:A, 6so2:A, 6so4:A, 6sod:A, 6soi:A, 6sot:A, 6sou:A, 6sov:A, 6sp9:A, 6spl:A, 5tbe:A, 5tco:A, 6tca:B, 6tca:D, 6tca:F, 6tca:H, 4tyh:B, 3u8w:A, 3uvp:A, 3uvq:A, 3uvr:A, 8vxe:A, 1w7h:A, 1w82:A, 1w83:A, 1w84:A, 1wbn:A, 1wbo:A, 1wbs:A, 1wbt:A, 1wbv:A, 1wbw:A, 5wjj:A, 5xyx:A, 5xyy:A, 6y4t:A, 6y4u:A, 6y4v:A, 6y4w:A, 6y4x:A, 6y6v:A, 6y7w:A, 6y7x:A, 6y7y:A, 6y7z:A, 2y8o:A, 6y80:A, 6y81:A, 6y82:A, 6y85:A, 6y8h:A, 6ycu:A, 6ycw:A, 2yix:A, 6yjc:A, 6yk7:A, 1yqj:A, 1yw2:A, 1ywr:A, 7z6i:AAA, 7z9t:AAA, 7z9t:BBB, 2zaz:A, 2zb0:A, 2zb1:A, 6zqs:A, 3zs5:A, 3zsg:A, 3zsh:A, 4zth:A, 6zwr:A, 1zyj:A, 3zya:A, 1zz2:A, 1zzl:A
22 2row:A 84 52 0.0478 0.1667 0.2692 7.8
23 6zwm:B 2185 147 0.1024 0.0137 0.2041 8.2 6zwm:A
24 6bcu:A 2204 147 0.1024 0.0136 0.2041 8.2 6bcu:B, 6bcx:A, 6bcx:B, 4drh:B, 4drh:E, 4dri:B, 4drj:B, 8er6:B, 8er6:D, 8er6:F, 8er7:B, 8er7:D, 8er7:F, 8era:A, 9f44:A, 9f44:B, 9f45:A, 9f45:B, 1fap:B, 2fap:B, 3fap:B, 4fap:B, 5flc:B, 5flc:F, 5gpg:B, 4jsp:B, 4jsp:A, 4jsv:B, 4jsv:A, 4jsx:B, 4jsx:A, 4jt5:B, 4jt5:A, 4jt6:B, 4jt6:A, 6m4u:B, 6m4u:F, 6m4w:G, 6m4w:H, 6m4w:I, 1nsg:B, 7pe7:B, 7pe7:A, 7pe8:A, 7pe9:A, 7pea:B, 7pea:A, 7peb:A, 7pec:A, 8ppz:B, 7uxc:A, 7uxh:A, 7uxh:C, 5wbh:C, 5wbh:D, 5wbu:B, 5wbu:A, 6zwo:B
25 5u63:B 319 62 0.0717 0.0658 0.3387 9.3 5u63:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218