Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RWLRPTPPALDPQTEPLIFQQLEIDHYVGPAQPVSVPVLRAFGVTDEGFSVCCHIHGFAPYFYTPAPPGFGPEHMGDLQR
ELNLAISRDSRGGRELTGPAVLAVELCSRESMFGYHGHGPSPFLRITVALPRLVAPARRLLEQGIRVAGLGTPSFAPYEA
NVDFEIRFMVDTDIVGCNWLELPAGKYALRLKEKATQCQLEADVLWSDVVSHPPEGPWQRIAPLRVLSFDIECAGRKGIF
PEPERDPVIQICSLGLRWGEPEPFLRLALTLRPCAPILGAKVQSYEKEEDLLQAWSTFIRIMDPDVITGYNIQNFDLPYL
ISRAQTLKVQTFPFLGRVAGLCSNIRDSSFQSKQTGRRDTKVVSMVGRVQMDMLQVLLREYKLRSYTLNAVSFHFLGEHS
IITDLQNGNDQTRRRLAVYCLKDAYLPLRLLERLMVLVNAVEMARVTGVPLSYLLSRGQQVKVVSQLLRQAMHEGLLMPV
VKSEGGEDYTGATVIEPLKGYYDVPIATLDFSSLYPSIMMAHNLCYTTLLRPGTAQKLGLTEDQFIRTPTGDEFVKTSVR
KGLLPQILENLLSARKRAKAELAKETDPLRRQVLDGRQLALKVSANSVYGFTGAQVGKLPCLEISQSVTGFGRQMIEKTK
QLVESKYTVENGYSTSAKVVYGDTDSVMCRFGVSSVAEAMALGREAADWVSGHFPSPIRLEFEKVYFPYLLISKKRYAGL
LFSSRPDAHDRMDCKGLEAVRRDNCPLVANLVTASLRRLLIDRDPEGAVAHAQDVISDLLCNRIDISQLVITKELTRAAS
DYAGKQAHVELAERMRKRDPGSAPSLGDRVPYVIISAAKGVAAYMKSEDPLFVLEHSLPIDTQYYLEQQLAKPLLRIFEP
ILGEGRAEAVLLRGDHTRCKTVLGLLAFAKRRNCCIGCRTVLSHQGAVCEFCQPRESELYQKEVSHLNALEERFSRLWTQ
CQRCQGSLHEDVICTSRDCPIFYMRKKVRKDLEDQEQLLRRFGPPGPEAW

The query sequence (length=1010) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6s1m:A 1010 1010 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6s1n:A, 6s1o:A, 6tny:A, 6tnz:A
2 7kc0:A 1004 1020 0.4970 0.5000 0.4922 0.0 3iay:A, 6p1h:A
3 8v1t:A 1064 944 0.2614 0.2481 0.2797 1.15e-83
4 8v1q:A 1097 966 0.2653 0.2443 0.2774 4.44e-82 8exx:A, 7luf:A, 7luf:B, 8oj6:A, 8oj7:A, 8ojb:A, 8ojd:A, 8v1r:A, 8v1s:A, 8vq2:A, 8vq2:B
5 8tlq:A 1283 776 0.2109 0.1660 0.2745 2.88e-81 8tlt:A, 6v93:A
6 8tlq:A 1283 155 0.0366 0.0288 0.2387 1.42e-06 8tlt:A, 6v93:A
7 9enp:A 1072 953 0.2614 0.2463 0.2770 8.19e-80 9enq:A, 8oja:A
8 7s0t:A 1231 756 0.2079 0.1706 0.2778 1.54e-75
9 7s0t:A 1231 151 0.0356 0.0292 0.2384 1.53e-06
10 7lxd:A 1190 755 0.2010 0.1706 0.2689 4.14e-72 6v8p:A
11 7lxd:A 1190 180 0.0426 0.0361 0.2389 1.52e-07 6v8p:A
12 5mdn:A 761 868 0.2455 0.3259 0.2857 5.07e-64 5mdn:B
13 4ail:C 750 711 0.1960 0.2640 0.2785 7.63e-61 2jgu:A
14 7b0h:F 762 710 0.1921 0.2546 0.2732 2.72e-58 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
15 6wya:A 756 710 0.1891 0.2526 0.2690 4.92e-57 6wyb:A
16 4k8x:A 759 712 0.1911 0.2543 0.2711 1.24e-56 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
17 4flu:A 758 710 0.1941 0.2586 0.2761 1.48e-52 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
18 7opl:A 1070 764 0.1980 0.1869 0.2618 3.21e-50 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
19 8v6g:A 1050 769 0.1960 0.1886 0.2575 4.24e-49 8v6h:A, 8v6i:A, 8v6j:A
20 8fok:1 1046 622 0.1703 0.1644 0.2765 8.87e-47 3flo:B, 3flo:D, 3flo:F, 3flo:H, 4fxd:A, 4fxd:B, 4fyd:A, 4fyd:B
21 8g99:A 1063 769 0.1941 0.1844 0.2549 1.07e-46 8g9f:A, 8g9l:A, 8g9n:A, 8g9o:A, 8ucu:A, 8ucv:A, 8ucw:A, 8v5m:A, 8v5n:A, 8v5o:A
22 1d5a:A 733 523 0.1525 0.2101 0.2945 1.53e-43
23 8d0b:F 915 593 0.1535 0.1694 0.2614 5.58e-34 8d0k:F
24 3k57:A 782 619 0.1663 0.2148 0.2714 9.53e-34 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
25 3k5n:A 759 603 0.1594 0.2121 0.2670 4.21e-31
26 7uy7:E 783 188 0.0614 0.0792 0.3298 4.32e-20
27 2oyq:A 848 511 0.1129 0.1344 0.2231 3.36e-17 4i9q:A, 2oyq:B, 2p5g:B, 2p5o:B
28 8wpe:A 1006 401 0.0931 0.0934 0.2344 8.67e-17 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
29 1s5j:A 727 608 0.1396 0.1939 0.2319 1.90e-14
30 4i9q:B 873 535 0.1149 0.1329 0.2168 1.33e-13 4khn:B, 2p5o:A, 2p5o:C
31 3cfo:A 906 563 0.1168 0.1302 0.2096 5.37e-13 2atq:A, 3cfp:A, 3cfr:A, 1clq:A, 3cq8:A, 2dtu:A, 2dtu:B, 2dtu:C, 2dtu:D, 4dtj:A, 4dtm:A, 4dtn:A, 4dto:A, 4dtp:A, 4dtr:A, 4dts:A, 4dtu:A, 4dtx:A, 4du1:A, 4du3:A, 4du4:A, 2dy4:A, 2dy4:B, 2dy4:C, 2dy4:D, 4e3s:A, 7f4y:A, 7f4y:B, 4fj5:A, 4fj7:A, 4fj8:A, 4fj9:A, 4fjg:A, 4fjh:A, 4fji:A, 4fjj:A, 4fjk:A, 4fjl:A, 4fjm:A, 4fjn:A, 4fjx:A, 4fk0:A, 4fk2:A, 4fk4:A, 4i9l:A, 1ig9:A, 1ih7:A, 4j2a:A, 4j2b:A, 4j2d:A, 4j2e:A, 3kd1:E, 3kd5:E, 4khn:A, 4khq:A, 4khs:A, 4khu:A, 4khw:A, 4khy:A, 4ki4:A, 4ki6:A, 3l8b:A, 3l8b:B, 3lds:A, 3lzi:A, 3lzj:A, 4m3r:A, 4m3t:A, 4m3u:A, 4m3w:A, 4m3x:A, 4m3y:A, 4m3z:A, 4m41:A, 4m42:A, 4m45:A, 3nae:A, 3nci:A, 3ndk:A, 3ne6:A, 3ngi:A, 3nhg:A, 2oyq:C, 2oyq:D, 2ozm:A, 2ozs:A, 2p5g:A, 2p5g:C, 2p5g:D, 1q9x:A, 1q9x:B, 1q9x:C, 1q9x:D, 1q9y:A, 3qei:A, 3qep:A, 3qer:A, 3qes:A, 3qet:A, 3qev:A, 3qew:A, 3qex:A, 3qnn:A, 3qno:A, 3rma:A, 3rma:B, 3rma:C, 3rma:D, 3rmb:A, 3rmb:B, 3rmb:C, 3rmb:D, 3rmc:A, 3rmc:B, 3rmc:C, 3rmc:D, 3rmd:A, 3rmd:B, 3rmd:C, 3rmd:D, 3rwu:A, 3s9h:A, 3scx:A, 3si6:A, 3sjj:A, 3snn:A, 3spy:A, 3spz:A, 3sq0:A, 3sq1:A, 3sq2:A, 3sq4:A, 3sun:A, 3suo:A, 3sup:A, 3suq:A, 3tab:A, 3tab:B, 3tab:C, 3tab:D, 3tae:A, 3tae:C, 3tae:B, 3tae:D, 3taf:A, 3taf:B, 3taf:C, 3taf:D, 3tag:A, 3tag:C, 3tag:B, 3tag:D, 3uiq:A, 1waf:A, 1waf:B, 1waj:A
32 8ojc:A 395 293 0.0733 0.1873 0.2526 3.93e-11
33 1noy:B 346 147 0.0347 0.1012 0.2381 0.003
34 9b8t:A 1146 345 0.0752 0.0663 0.2203 0.14 9b8s:A, 9f6d:A, 9f6e:A, 9f6f:A, 9f6i:A, 9f6j:A, 9f6k:A, 9f6l:A
35 6rm3:SF0 188 40 0.0139 0.0745 0.3500 3.1
36 3idv:A 235 60 0.0178 0.0766 0.3000 4.0
37 6b1t:O 180 41 0.0158 0.0889 0.3902 4.2
38 3qbe:A 352 99 0.0287 0.0824 0.2929 5.8 3qbd:A, 3qbd:B
39 1ojz:A 212 104 0.0277 0.1321 0.2692 8.2
40 1k77:A 260 101 0.0257 0.1000 0.2574 8.6
41 4m8o:A 1126 46 0.0149 0.0133 0.3261 9.7 8b6k:A, 8b6k:B, 8b76:B, 8b76:A, 8b77:A, 8b79:B, 8b79:A, 8b7e:B, 8b7e:A, 6fwk:A, 6h1v:A, 6i8a:A, 5oki:B, 4ptf:A, 6qib:A, 7r3x:A, 7r3y:A, 8tw9:E, 8twa:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218