Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RTFSYTLEDHTKQAFGIMNELRLSQQLCDVTLQVKYQDAPAAQFMAHKVVLASSSPVFKAMFTNGLREQGMEVVSIEGIH
PKVMERLIEFAYTASISMGEKCVLHVMNGAVMYQIDSVVRACADFLVQQ

The query sequence (length=129) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4cxt:A 132 129 1.0000 0.9773 1.0000 2.74e-95 5dad:A, 5daf:A, 7x4w:A, 7x4w:D, 7x4w:B, 7x4x:E, 7x4x:D, 7x4x:C, 7x4x:B, 7x4x:A, 7x4x:F
2 6zbu:B 134 118 0.2791 0.2687 0.3051 5.98e-12 7bde:A, 3bim:A, 3bim:B, 3bim:C, 3bim:D, 3bim:E, 3bim:F, 3bim:G, 3bim:H, 6c3l:A, 6c3l:B, 6c3n:A, 6c3n:B, 8c78:A, 4cp3:A, 4cp3:B, 6cq1:A, 6cq1:B, 6ew6:A, 6ew7:A, 6ew7:B, 6ew8:A, 5h7g:A, 5h7g:B, 5h7h:A, 3lbz:A, 3lbz:B, 7lwe:A, 7lwf:A, 7lwg:A, 7lwg:B, 7lzq:A, 7lzr:A, 7lzr:B, 7lzr:C, 7lzr:D, 7lzs:A, 5mw2:A, 5mw6:A, 5mw6:B, 5mwd:A, 5n1x:A, 5n1x:B, 5n1x:C, 5n1x:D, 5n1z:A, 5n20:A, 5n21:A, 5n21:B, 7okd:A, 7oke:A, 7okf:A, 7okg:A, 7okh:A, 7oki:A, 7okj:A, 7okk:A, 7okl:A, 7okm:A, 7q7r:A, 7q7s:A, 7q7t:A, 7q7u:A, 7q7v:A, 7qk0:A, 1r2b:A, 1r2b:B, 7ruw:A, 7rux:A, 7ruy:A, 7ruz:A, 7rv0:A, 7rv1:A, 7rv2:A, 7rv3:A, 7rv4:A, 7rv5:A, 7rv6:A, 7rv7:A, 7rv8:A, 7rv9:A, 7t0s:A, 7t0s:B, 7t0s:C, 7t0t:A, 7t0t:B, 7t0t:D, 7t0t:C, 7t0t:E, 7t0t:F, 7t0u:A, 7t0u:B, 7t0u:C, 7t0u:D, 6tbt:A, 6tbt:B, 6tcj:A, 6tcj:B, 6tof:A, 6tog:A, 6toh:A, 6toi:A, 6toj:A, 6tok:A, 6tol:A, 6tom:A, 6ton:A, 6too:A, 5x4m:A, 5x4n:A, 5x4o:A, 5x4p:A, 5x4q:A, 5x9o:A, 5x9p:A, 6xmx:A, 6xmx:B, 6xmx:E, 6xmx:C, 6xmx:D, 6xmx:F, 6xmx:G, 6xmx:H, 6xxs:A, 6xxs:B, 6xxs:F, 6xxs:E, 6xyx:A, 6xyx:B, 6xzz:A, 6zbu:A, 6zbu:E, 6zbu:F, 6zbu:I, 6zbu:J, 7zwn:A, 7zwo:A, 7zwp:A, 7zwq:A, 7zwr:A, 7zws:A, 7zwt:A, 7zwu:A, 7zwv:A, 7zww:A, 7zwx:A, 7zwy:A, 7zwz:A
3 7azx:A 119 119 0.2636 0.2857 0.2857 2.54e-08 7azx:B, 3m52:A, 3m52:B
4 3hqi:A 294 111 0.2481 0.1088 0.2883 5.87e-08 7d3d:A, 7d3d:B, 6f8f:D, 6f8g:A, 6f8g:C, 6f8g:D, 6f8g:B, 3hqh:A, 3hqi:B, 3hql:A, 3hql:B, 3hqm:A, 3hqm:B, 3hsv:A, 3hsv:B, 3hu6:A, 3hu6:B, 6i41:A, 6i5p:A, 6i5p:C, 6i5p:E, 6i5p:G, 6i68:A, 6i68:C, 6i68:E, 6i68:G, 6i7a:A, 6i7a:C, 6i7a:E, 6i7a:G, 3ivb:A, 3ivq:A, 3ivq:B, 3ivv:A, 7klz:A, 7klz:B, 7kpk:A, 7lin:A, 7lio:A, 7lio:B, 4o1v:A
5 4h6d:B 329 52 0.1085 0.0426 0.2692 0.49 4h67:B, 4h6d:A, 4h6d:E, 4h6d:H
6 2cxn:A 557 61 0.1240 0.0287 0.2623 1.9 2cxo:A, 2cxo:B, 2cxp:A, 2cxp:B, 2cxq:A, 2cxq:B, 2cxr:A, 2cxr:B, 2cxs:A, 2cxs:B, 2cxt:A, 2cxt:B, 2cxu:A, 1u0f:A, 1u0g:A, 1u0g:B
7 7uf8:A 341 54 0.1085 0.0411 0.2593 2.7 7uf8:B, 7uf8:C, 7uf8:D
8 7d56:C 640 31 0.1085 0.0219 0.4516 2.8 7d56:B, 7d56:A, 7d5r:A, 7d5r:B, 7d8n:A, 7d8n:B, 7dan:C, 7dan:B, 7dan:A
9 6gfb:B 123 31 0.0853 0.0894 0.3548 3.2
10 1iri:A 557 61 0.1240 0.0287 0.2623 4.1 1dqr:A, 1dqr:B, 1g98:A, 1g98:B, 1gzv:A, 1hox:A, 1hox:B, 1iri:B, 1iri:C, 1iri:D, 1koj:A, 1koj:B, 1nuh:A, 1xtb:A, 1xtb:B, 6xuh:A, 6xuh:B, 6xuh:C, 6xuh:D, 6xui:A, 6xui:B, 6xui:C, 6xui:D
11 3uim:A 297 52 0.1163 0.0505 0.2885 5.2
12 6asv:C 311 49 0.1163 0.0482 0.3061 5.4 6asv:A, 6asv:B, 4s2u:A, 7xmu:A, 7xmu:F, 7xmu:C, 7xmu:D, 7xmu:B, 7xmu:E, 7xmv:A, 7xmv:F, 7xmv:C, 7xmv:E, 7xmv:B, 7xmv:D, 7xn3:A, 7xn3:E, 7xn3:C, 7xn3:B, 7xn3:D, 7xn3:F
13 3cuz:A 529 35 0.1008 0.0246 0.3714 5.6 3cv1:A, 3cv2:A, 3cv2:B
14 3e13:X 317 68 0.1163 0.0473 0.2206 6.3 1y4t:A, 1y4t:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218