Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RRTITAADRRMVSGVTEKQYKKGMKKMQQLEKNAINTQIRREIKRVNFQTHYRDELLQ

The query sequence (length=58) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6qik:z 58 58 1.0000 1.0000 1.0000 2.12e-37 5h4p:z, 6qt0:z, 6qtz:z, 6ri5:z, 6s05:z
2 5apo:y 217 56 0.3276 0.0876 0.3393 0.081 5apn:y, 6rzz:u
3 4c2v:B 281 25 0.2069 0.0427 0.4800 5.8 4b8l:A, 4b8m:A, 4b8m:B, 2bfy:A, 2bfy:B, 4c2v:A, 4c2w:A, 4c2w:B, 5eyk:A, 5eyk:B, 5k3y:A, 5k3y:B, 2vgo:A, 2vgo:B, 2vgp:A, 2vgp:B, 2vrx:A, 2vrx:B, 3ztx:A, 3ztx:B
4 6vph:A 284 25 0.2069 0.0423 0.4800 9.5 5aad:A, 5aae:A, 5aaf:A, 5aag:A, 7ayh:A, 7ayi:A, 4b0g:A, 2bmc:A, 2bmc:B, 2bmc:C, 2bmc:D, 2bmc:E, 2bmc:F, 4bn1:A, 4byi:A, 4byj:A, 8c14:A, 8c15:A, 8c1d:A, 8c1e:A, 8c1f:A, 8c1g:A, 8c1h:A, 8c1i:A, 8c1k:A, 8c1m:A, 6c2r:A, 6c2t:A, 4c3p:A, 4c3p:D, 4c3r:A, 2c6d:A, 2c6e:A, 2c6e:B, 6c83:A, 6c83:B, 4ceg:A, 3coh:A, 3coh:B, 6cpf:A, 6cpg:A, 6cpg:D, 3d14:A, 3d15:A, 3d2i:A, 3d2k:A, 3daj:A, 4dea:A, 4deb:A, 4ded:A, 4dee:A, 4dhf:A, 4dhf:B, 3dj5:A, 3dj6:A, 3dj7:A, 5dn3:A, 5dnr:A, 5dos:A, 5dpv:A, 5dr2:A, 5dr6:A, 5dr9:A, 5drd:A, 5dt0:A, 5dt3:A, 5dt4:A, 2dwb:A, 3e5a:A, 5ew9:A, 3fdn:A, 7fic:A, 5g15:A, 5g1x:A, 6gra:A, 8guw:A, 8guw:B, 8guw:C, 3h0y:A, 3h0z:A, 3h0z:B, 3h0z:C, 3h10:A, 3h10:B, 3h10:D, 3ha6:A, 6hjj:A, 6hjk:A, 6i2u:A, 2j4z:A, 2j4z:B, 2j50:A, 2j50:B, 4j8m:A, 4jai:A, 4jaj:A, 4jbo:A, 4jbp:A, 4jbq:A, 8jf4:A, 8jg8:A, 8jmx:A, 3k5u:A, 5l8j:A, 5l8k:A, 5l8l:A, 3lau:A, 5lxm:A, 3m11:A, 1mq4:A, 1muo:A, 3myg:A, 2np8:A, 3nrm:A, 4o0s:A, 4o0u:A, 4o0w:A, 7o2v:A, 3o50:A, 3o50:B, 3o51:A, 5obj:A, 5obr:A, 5odt:A, 8of5:A, 1ol5:A, 1ol6:A, 1ol7:A, 5one:A, 5orl:A, 5orn:A, 5oro:A, 5orp:A, 5orr:A, 5ors:A, 5ort:A, 5orv:A, 5orw:A, 5orx:A, 5ory:A, 5orz:A, 5os0:A, 5os1:A, 5os2:A, 5os3:A, 5os4:A, 5os5:A, 5os6:A, 5osd:A, 5ose:A, 5osf:A, 3p9j:A, 4prj:A, 8pr7:D, 8pr7:A, 3qbn:A, 3r21:A, 3r22:A, 6r49:A, 6r4a:A, 6r4b:A, 6r4c:A, 6r4d:A, 8sso:A, 8sso:D, 8ssp:A, 3unz:A, 3unz:B, 3uo4:A, 3uo5:A, 3uo6:A, 3uo6:B, 3uod:A, 3uoh:A, 3uoh:B, 3uoj:A, 3uoj:B, 3uok:A, 3uok:B, 3uol:A, 3uol:B, 3up2:A, 3up7:A, 4uyn:A, 4uzd:A, 4uzd:B, 4uzh:A, 3vap:A, 6vpg:A, 6vpi:A, 6vpj:A, 6vpl:B, 6vpl:A, 6vpm:B, 6vpm:A, 2w1c:A, 2w1d:A, 2w1e:A, 2w1f:A, 2w1g:A, 3w10:A, 3w16:A, 2wtv:A, 2wtv:B, 2wtv:C, 2wtv:D, 2wtw:A, 2x6d:A, 2x6e:A, 2x81:A, 2xne:A, 2xng:A, 2xru:A, 6z4y:A, 5zan:A, 4zs0:A, 4ztq:A, 4ztr:A, 4zts:A, 7ztl:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218