Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RREIKIEGDLVLGGLFPINEKGTGTEECGRINEDRGIQRLEAMLFAIDEINKDDYLLPGVKLGVHILDTCSRDTYALEQS
LEFVRASLPLLIAGVIGGSYSSVSIQVANLLRLFQIPQISYASTSAKLSDKSRYDYFARTVPPDFYQAKAMAEILRFFNW
TYVSTVASEGDYGETGIEAFEQEARLRNICIATAEKVGRSNIRKSYDSVIRELLQKPNARVVVLFMRSDDSRELIAAASR
ANASFTWVASDGWGAQESIIKGSEHVAYGAITLELASQPVRQFDRYFQSLNPYNNHRNPWFRDFWEQKFQCSLQNKRNHR
RVCDKHLAIDSSNYEQESKIMFVVNAVYAMAHALHKMQRTLCPNTTKLCDAMKILDGKKLYKDYLLKINFTAPFNPNKDA
DSIVKFDTFGDGMGRYNVFNFQNVGGKYSYLKVGHWAETLSLDVNSIHWSRNSVPTSQCSDPCAPNEMKNMQPGDVCCWI
CIPCEPYEYLADEFTCMDCGSGQWPTADLTGCYDLPEDYIRWEDAWAIGPVTIACLGFMCTCMVVTVFIKHNNTPLVKEL
CYILLFGVGLSYCMTFFFIAKPSPVICALRRLGLGSSFAICYSALLTKTNVFICLGLILVQIVMVSVWLILEAPGTRRYT
LAEKRETVILKCNVKDSSMLISLTYDVILVILCTVYAFKTRKCPENFNEAKFIGFTMYTTCIIWLAFLPIFYVTSSDYRV
QTTTMCISVSLSGFVVLGCLFAPKVHIIL

The query sequence (length=749) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8jcu:3 765 765 0.9987 0.9778 0.9778 0.0 6b7h:A, 5cnk:A, 5cnm:A, 8jcv:3, 8jcw:3, 8jcx:3, 8jcy:3, 8jcz:3, 8jd0:3, 8jd1:3, 8jd2:3, 8jd3:3, 3sm9:A, 8tr0:A, 7wih:A, 7wih:B, 4xar:A
2 8tr2:A 745 765 0.9279 0.9329 0.9085 0.0 2e4u:A, 2e4u:B, 2e4v:A, 2e4v:B, 2e4w:A, 2e4w:B, 2e4x:A, 2e4x:B, 2e4y:A, 2e4y:B, 8tqb:A, 8tqb:B, 8tr0:B, 8tr2:B, 8trc:A, 8trc:B, 8trd:A, 8trd:B, 7wi6:A, 7wi6:B, 7wi8:A, 7wi8:B
3 7epb:A 779 785 0.7036 0.6765 0.6713 0.0 7epb:B, 7mtq:A
4 8jd5:2 785 781 0.7023 0.6701 0.6735 0.0 5cni:A, 5cni:B, 5cnj:A, 5cnj:B, 7e9g:R, 7e9g:S, 8jcu:2, 8jcv:2, 8jcw:2, 8jcx:2, 8jcy:2, 8jcz:2, 8jd0:2, 8jd1:2, 8jd2:2, 8jd3:2, 5kzn:A, 5kzq:A, 7mtr:B, 7mtr:A, 7mts:A, 7mts:B, 4xaq:A, 4xaq:B, 4xas:A, 4xas:B
5 7mtq:B 744 764 0.6849 0.6895 0.6715 0.0 8jd4:2
6 8jd6:R 774 785 0.4806 0.4651 0.4586 0.0 7e9h:R, 7e9h:S, 8jd4:4, 8jd5:4, 8jd6:S
7 8tao:B 771 779 0.4579 0.4449 0.4403 0.0 7fd8:A, 7fd8:B, 7fd9:A, 7fd9:B, 3lmk:A, 3lmk:B, 8t8m:A
8 6n51:B 793 799 0.4579 0.4325 0.4293 0.0 6n4x:B, 6n4y:C, 6n50:A, 6n50:B, 6n50:C, 6n51:A, 8t6j:B, 8t6j:A, 8t7h:A, 8t7h:B, 8t8m:B, 8tao:A
9 7dge:A 784 797 0.4619 0.4413 0.4341 0.0 1ewk:A, 1ewk:B, 1isr:A, 1iss:A, 1iss:B, 3ks9:A, 3ks9:B
10 6e5v:B 447 455 0.2951 0.4944 0.4857 2.56e-144 6bsz:A, 6bsz:B, 6bt5:A, 6bt5:B, 6e5v:A
11 5c5c:A 432 452 0.2830 0.4907 0.4690 5.52e-135
12 8szi:B 802 803 0.3698 0.3454 0.3450 9.06e-121 9avg:Q, 9axf:Q, 9ayf:Q, 7dd6:A, 7dd6:B, 7dd7:A, 7dd7:B, 7m3j:A, 7m3j:B, 7sil:A, 7sil:B, 7sim:A, 7sim:B, 7sin:A, 7sin:B, 8szf:A, 8szf:B, 8szg:B
13 8szh:A 835 824 0.3698 0.3317 0.3362 2.73e-117 9asb:Q, 9asb:R, 9avg:R, 9avl:Q, 9avl:R, 9axf:R, 9ayf:R, 7dd5:A, 7dd5:B, 7e6t:B, 7e6t:A, 5fbh:B, 5fbh:A, 5fbk:A, 5fbk:B, 5k5s:A, 5k5s:B, 7m3e:A, 7m3e:B, 7m3f:A, 7m3f:B, 7m3g:A, 7m3g:B, 8szg:A, 8szh:B, 8szi:A, 8wpg:B, 8wpg:A, 8wpu:B, 8wpu:A
14 7dtv:A 779 801 0.3605 0.3466 0.3371 2.61e-114 7dtu:A, 7dtu:B, 7dtv:B
15 3mq4:A 386 449 0.2657 0.5155 0.4432 1.67e-112
16 5k5t:A 578 579 0.2550 0.3304 0.3299 2.72e-74
17 4or2:B 366 262 0.1495 0.3060 0.4275 1.34e-54 4or2:A
18 7epe:A 389 141 0.1335 0.2571 0.7092 2.21e-50 7epf:A
19 7epe:A 389 90 0.0828 0.1594 0.6889 2.77e-32 7epf:A
20 5x2n:B 459 478 0.1776 0.2898 0.2782 1.09e-37 5x2m:B, 5x2n:D, 5x2o:B, 5x2o:D, 5x2p:B, 5x2q:B, 5x2q:D
21 6ffh:A 414 159 0.0935 0.1691 0.4403 7.27e-31 5cgc:A, 5cgd:A, 6ffi:A, 4oo9:A, 7p2l:A
22 6ffh:A 414 98 0.0654 0.1184 0.5000 1.77e-20 5cgc:A, 5cgd:A, 6ffi:A, 4oo9:A, 7p2l:A
23 5x2n:C 433 478 0.1629 0.2818 0.2552 1.13e-28 5x2m:A, 5x2m:C, 5x2n:A, 5x2o:A, 5x2o:C, 5x2p:A, 5x2p:C, 5x2q:A, 5x2q:C
24 5x2m:D 422 193 0.0921 0.1635 0.3575 3.96e-27 5x2p:D
25 6uo8:B 696 160 0.0628 0.0675 0.2938 3.65e-10 7ca3:B, 7eb2:D
26 7cum:B 675 160 0.0628 0.0696 0.2938 3.98e-10 7c7q:B, 6w2x:B, 6wiv:B
27 7lzh:A 798 262 0.0761 0.0714 0.2176 1.62e-09 7lzh:B, 7lzh:C, 7lzh:D, 7lzi:A, 7lzi:B, 7lzi:C, 7lzi:D
28 4tlm:C 750 145 0.0507 0.0507 0.2621 1.68e-06 4tll:C
29 4tlm:A 796 145 0.0507 0.0477 0.2621 2.33e-06 6e7r:A, 6e7r:C, 6e7s:A, 6e7s:C, 6e7t:A, 6e7t:C, 6e7u:A, 6e7u:C, 6e7v:A, 6e7v:C, 6e7w:A, 6e7w:C, 6e7x:A, 6e7x:C, 5ewj:A, 5ewj:C, 5ewl:A, 5ewl:C, 5ewm:A, 5ewm:C, 8g18:A, 8g18:C, 3qel:A, 3qem:A, 3qem:C, 4tll:A, 5tq2:A, 5un1:G, 5un1:A, 5un1:C
30 7yfg:C 659 142 0.0467 0.0531 0.2465 3.23e-06 2a5t:A, 5dex:A, 5h8f:B, 5h8h:B, 5h8n:B, 5h8q:B, 5i2k:B, 5i2n:B, 5i56:A, 5i57:A, 5i59:A, 5kcj:B, 5kdt:B, 4kfq:A, 4kfq:B, 4nf4:A, 4nf5:A, 4nf6:A, 4nf8:A, 6ovd:A, 6ove:A, 1pb7:A, 1pb8:A, 1pb9:A, 1pbq:A, 5tp9:B, 5tpa:B, 5u8c:A, 6usu:A, 6usv:A, 6uz6:A, 6uzg:A, 6uzr:A, 6uzw:A, 6uzx:A, 5vih:A, 5vii:A, 5vij:A, 1y1m:A, 1y1z:A, 1y20:A, 7yfg:A, 7yfh:A, 7yfh:C
31 9arh:A 802 147 0.0494 0.0461 0.2517 5.68e-06 9are:A, 9are:C, 9arf:A, 9arf:C, 9arh:C, 9bib:A, 9bib:C, 7eot:B, 7eot:D, 7eou:B, 7eou:D, 7eu7:A, 7eu7:C, 7saa:A, 7saa:C, 7sac:A, 7sac:C, 5uow:C, 6whu:A, 6whu:C, 6whv:C, 6why:A, 6why:C, 6wi0:A, 6wi0:C, 7yff:A, 7yff:C, 7yfi:A, 7yfi:C
32 7eor:B 770 142 0.0454 0.0442 0.2394 5.96e-06 8e96:A, 8e96:C, 7eor:D, 4pe5:A, 4pe5:C, 8usw:A, 8usw:C
33 7yfl:A 708 142 0.0454 0.0480 0.2394 6.09e-06 7yfl:C
34 6uo8:A 689 226 0.0668 0.0726 0.2212 6.40e-06 7c7q:A, 7c7s:A, 7ca3:A, 7cum:A, 7eb2:C, 4mqf:A, 4mr7:A, 4mr8:A, 4mr9:A, 4mrm:A, 4ms1:A, 4ms3:A, 4ms4:A, 6uo9:A, 6w2x:A, 6w2y:A, 6w2y:B, 6wiv:A
35 7yfr:A 691 144 0.0481 0.0521 0.2500 2.13e-05 7yfr:C
36 9b36:A 842 159 0.0587 0.0523 0.2767 4.18e-05 9b35:A, 9b35:B, 9b35:C, 9b35:D, 9b36:C, 9b36:D, 9b36:B, 9b37:A, 9b37:D, 9b37:B, 9b37:C, 9b39:A, 9b39:B, 9b39:C, 9b39:D, 8fwq:A, 8fwq:D, 8fwq:B, 8fwq:C, 8fws:A, 8fws:D, 8fws:B, 8fws:C, 8fwu:A, 8fwu:B, 8fwu:C, 8fwu:D, 8fww:A, 8fww:D, 8fww:B, 8fww:C, 3h6g:A, 3h6g:B, 3h6h:A, 3h6h:B
37 4uqq:A 693 159 0.0587 0.0635 0.2767 4.64e-05 9b38:A, 9b38:B, 9b38:C, 9b38:D, 4uqq:B, 4uqq:C, 4uqq:D
38 5kuh:A 636 159 0.0587 0.0692 0.2767 4.98e-05 4bdl:A, 4bdl:B, 4bdm:A, 4bdm:B, 4bdm:C, 4bdm:D, 4bdn:A, 4bdn:B, 4bdn:C, 4bdn:D, 4bdo:A, 4bdo:B, 4bdo:C, 4bdo:D, 4bdq:A, 4bdq:B, 4bdr:A, 4bdr:B, 5cmk:A, 5cmk:B, 5cmm:A, 3g3f:A, 3g3f:B, 3g3g:A, 3g3g:B, 3g3h:A, 3g3h:B, 3g3i:A, 3g3i:B, 3g3j:A, 3g3j:B, 3g3k:A, 3g3k:B, 4h8i:A, 2i0b:A, 2i0b:B, 2i0b:C, 2i0c:A, 2i0c:B, 5kuh:B, 5kuh:C, 5kuh:D, 3qxm:A, 3qxm:B, 8r32:A, 8r32:B, 1s50:A, 1s7y:A, 1s7y:B, 1s9t:A, 1s9t:B, 1sd3:A, 1sd3:B, 1tt1:A, 1tt1:B, 2xxr:A, 2xxr:B, 2xxt:A, 2xxt:B, 2xxu:A, 2xxu:B, 2xxv:A, 2xxv:B, 2xxw:A, 2xxw:B, 2xxx:A, 2xxx:B, 2xxx:C, 2xxx:D, 2xxy:A, 2xxy:B, 2xxy:C, 2xxy:D, 1yae:A, 1yae:B, 1yae:C, 1yae:D, 1yae:E
39 8gc2:D 760 159 0.0587 0.0579 0.2767 6.49e-05 8f0o:B, 8gc2:A, 8gc2:B, 8gc2:C, 8gc3:B, 8gc3:C, 8gc3:D, 8gc3:A, 8gc4:A, 8gc4:B, 8gc4:C, 8gc4:D, 8gc5:A, 8gc5:B, 8gc5:C, 8gc5:D, 5kuf:A, 5kuf:B, 5kuf:C, 5kuf:D
40 4mlc:A 336 152 0.0601 0.1339 0.2961 0.019 4q6b:A
41 7she:A 541 286 0.0841 0.1165 0.2203 0.050 7she:B, 7shf:B
42 1jdn:A 407 194 0.0574 0.1057 0.2216 0.24 1jdp:A, 1jdp:B, 1yk0:A, 1yk0:B, 1yk1:A, 1yk1:B
43 8wch:A 396 68 0.0280 0.0530 0.3088 1.1 8wch:B
44 2bsl:A 311 61 0.0267 0.0643 0.3279 3.4 2bsl:B, 2bx7:A, 2bx7:B, 1dor:A, 1dor:B, 2dor:A, 2dor:B, 1jqv:A, 1jqv:B, 1jqx:A, 1jqx:B, 1jrb:A, 1jrb:B, 1jrc:A, 1jrc:B, 1jub:A, 1jub:B, 1jue:A, 1jue:B, 1ovd:A, 1ovd:B
45 4rul:A 823 85 0.0307 0.0279 0.2706 4.7 1cy1:A, 1cy2:A, 1cy4:A, 1cy6:A, 1cy7:A, 1cy8:A, 1mw8:X, 3px7:A
46 6lhr:C 344 85 0.0334 0.0727 0.2941 5.6 6lhr:A, 6lhr:B, 6lhr:D
47 4yed:D 255 52 0.0214 0.0627 0.3077 5.7 4d79:A, 4d79:B, 4d79:C, 4d79:D, 4d7a:A, 4d7a:B, 4d7a:D, 4rdh:A, 4rdh:B, 4rdh:C, 4rdh:D, 4rdi:A, 4rdi:B, 4rdi:C, 4rdi:D, 4yed:A, 4yed:B, 4yed:C
48 1hbx:E 89 50 0.0254 0.2135 0.3800 5.8 1hbx:A, 1hbx:B, 1hbx:D, 1k6o:B, 1k6o:C, 1srs:A, 1srs:B
49 5iov:B 798 183 0.0534 0.0501 0.2186 7.0 5iou:B, 5iou:D, 5iov:D, 5un1:D, 5un1:H
50 7xp7:B 376 55 0.0240 0.0479 0.3273 7.7 7xp7:A, 7xp7:C, 7xp7:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218