Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFH
DGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKL
GAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINS
YPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVE
EAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATI
VPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEM
MEFRNNLSFG

The query sequence (length=490) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8cko:A 492 490 1.0000 0.9959 1.0000 0.0 8ckd:A, 8cke:A, 6i7w:A, 4ra1:A, 4ze9:A, 4zeb:A, 4zeb:B, 4zec:A, 4zed:A, 4zei:A, 4zek:A
2 8ch2:A 479 478 0.7939 0.8121 0.8138 0.0 8ch1:A, 8ch3:A, 8chc:A, 8ci6:A, 8cju:A
3 8caw:A 491 489 0.7490 0.7475 0.7505 0.0 8cay:A, 8cb9:A, 8cdo:A
4 8upi:A 510 322 0.2143 0.2059 0.3261 1.28e-29
5 1dpp:A 507 453 0.2367 0.2288 0.2561 3.41e-28 1dpp:C, 1dpp:E, 1dpp:G
6 6hlx:A 491 503 0.2694 0.2688 0.2624 1.19e-25
7 1xoc:A 504 501 0.2449 0.2381 0.2395 1.03e-24
8 6ofq:A 512 485 0.2367 0.2266 0.2392 2.80e-24 6pu3:A
9 5f1q:A 513 451 0.2347 0.2242 0.2550 3.11e-24 5f1q:B
10 3m8u:A 508 455 0.2306 0.2224 0.2484 3.31e-23
11 1b05:A 517 480 0.2408 0.2282 0.2458 1.47e-22 1b0h:A, 1b1h:A, 1b2h:A, 1b32:A, 1b3f:A, 1b3g:A, 1b3h:A, 1b3l:A, 1b3l:C, 1b40:A, 1b46:A, 1b4h:A, 1b4z:A, 1b51:A, 1b52:A, 1b58:A, 1b5h:A, 1b5i:A, 1b5j:A, 1b6h:A, 1b7h:A, 1b9j:A, 1jet:A, 1jeu:A, 1jev:A, 1ola:A, 1olc:A, 2olb:A, 1qka:A, 1qkb:A, 2rkm:A
12 5z99:A 485 324 0.1776 0.1794 0.2685 1.78e-22 5yyb:A, 5yyb:B
13 6tfx:B 494 357 0.1980 0.1964 0.2717 3.79e-22 6tfq:A, 6tfq:B, 6tfs:A, 6tfs:B, 6tfx:A
14 3tcf:A 517 376 0.2163 0.2050 0.2819 3.52e-20 3tcf:B, 3tcf:C, 3tcf:D, 3tcf:E, 3tcf:F, 3tcf:G, 3tcf:H, 3tcg:A, 3tcg:B, 3tcg:C, 3tcg:D, 3tcg:E, 3tcg:F, 3tcg:G, 3tcg:H
15 4oev:A 494 297 0.1612 0.1599 0.2660 5.36e-20 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
16 4oes:A 498 325 0.1878 0.1847 0.2831 1.78e-19
17 4qfl:A 507 372 0.2000 0.1933 0.2634 2.44e-19 4qfl:B, 4qfn:A, 4qfn:B, 4qfo:A, 4qfo:B, 4qfp:A, 4qfp:B
18 8ay0:B 496 491 0.2224 0.2198 0.2220 8.72e-19 8ay0:A, 8ay0:C
19 2z23:A 517 473 0.2143 0.2031 0.2220 1.12e-17
20 1uqw:A 487 352 0.1837 0.1848 0.2557 7.99e-17 1uqw:B
21 7og0:B 498 472 0.2041 0.2008 0.2119 1.24e-15 7ofw:A, 7ofz:A, 7og0:A
22 3zs6:A 506 348 0.1816 0.1759 0.2557 1.58e-15
23 4ofo:A 497 338 0.1673 0.1650 0.2426 1.81e-15 4ofl:A, 4ofl:B, 4ofo:B, 4ofo:C, 4ofo:D
24 5yh8:A 510 471 0.2306 0.2216 0.2399 3.49e-15 5yhe:A, 5yhe:B, 5yhg:A
25 4gl8:A 500 353 0.1776 0.1740 0.2465 1.94e-14 4gl8:B
26 3o9p:A 509 484 0.2143 0.2063 0.2169 2.04e-14
27 8wda:A 517 344 0.1755 0.1663 0.2500 4.25e-14 6e3d:A, 6e4d:A, 7jls:A
28 6dtg:A 522 375 0.1776 0.1667 0.2320 1.19e-13 6dqq:A, 6dqr:A, 6dqt:A, 6dqu:A, 6dtf:A, 6dth:A
29 7kz9:A 478 311 0.1469 0.1506 0.2315 3.50e-13 7kz9:B
30 4pfu:B 542 402 0.1980 0.1790 0.2413 8.22e-13 5hm4:B, 4pfu:A, 4pfw:A, 4pfw:B
31 3e3k:B 500 330 0.1694 0.1660 0.2515 1.04e-12 7a0c:A, 7a0c:B, 4dcx:A, 4dcx:B, 4dcy:A, 4dcy:B, 3dp8:A, 3dp8:B, 3dp8:C, 3e3k:A, 3e3k:C, 4i8c:A, 4i8c:B, 4i8c:C, 4i9d:A, 4i9d:B, 5l8d:A, 5l8d:B, 3mvw:A, 3mvw:B, 3mvx:A, 3mvx:B, 3mvy:A, 3mvy:B, 3mvz:A, 3mvz:B, 3mw0:A, 3mw0:B, 5mwu:A, 5mwu:B, 3mz9:A, 3mz9:B, 3mzb:A, 3mzb:B, 2noo:A, 5on0:A, 5on0:B, 5on1:A, 5on1:B, 5on4:A, 5on4:B, 5on5:A, 5on5:B, 5on8:A, 5on8:B, 5on9:A, 5on9:B, 6r4q:A, 6r4q:B, 8spm:A, 1zlq:A, 1zlq:B
32 3ryb:A 563 354 0.1673 0.1456 0.2316 3.41e-12 3drf:A, 3drg:A, 3drh:A, 3dri:A, 3drj:A, 3drk:A, 3rya:A
33 4pfy:A 539 358 0.2020 0.1837 0.2765 8.94e-12 4pft:A, 4pft:B, 4pfy:B
34 4ofj:A 465 280 0.1367 0.1441 0.2393 1.24e-11 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
35 8arn:A 509 504 0.2306 0.2220 0.2242 3.71e-09 8are:A, 8arn:B
36 6lu4:A 481 292 0.1571 0.1601 0.2637 4.34e-09 6lu3:A
37 7z8e:A 590 306 0.1490 0.1237 0.2386 4.71e-09
38 5kzt:B 510 358 0.1796 0.1725 0.2458 3.73e-08 5kzt:A
39 7z6f:E 581 311 0.1449 0.1222 0.2283 4.73e-08 7atr:A, 8fsq:A, 8fsr:A, 8fss:A
40 6npo:A 518 273 0.1510 0.1429 0.2711 5.03e-08
41 7ebi:A 537 296 0.1408 0.1285 0.2331 6.75e-08 7ebm:A, 6lzq:A, 6lzt:A, 6lzu:A, 6lzv:A, 6lzw:A
42 2d5w:A 602 357 0.1633 0.1329 0.2241 2.76e-06 2d5w:B
43 4gfr:A 529 294 0.1408 0.1304 0.2347 3.51e-06 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
44 3i5o:A 582 479 0.2000 0.1684 0.2046 8.53e-06 3i5o:B, 4jsd:A, 4jso:A, 2o7i:A
45 8j5u:A 534 151 0.0796 0.0730 0.2583 1.74e-05 8j5q:A, 8j5s:A
46 2wop:A 554 222 0.1082 0.0957 0.2387 3.50e-04 2wok:A
47 7veu:A 612 308 0.1449 0.1160 0.2305 4.34e-04 7vev:A, 7vew:A, 7vew:B
48 1gax:A 862 135 0.0694 0.0394 0.2519 0.49 1gax:B, 1ivs:A, 1ivs:B, 1wk9:A
49 4gyi:A 339 97 0.0490 0.0708 0.2474 1.9
50 7wq5:A 172 131 0.0653 0.1860 0.2443 2.9 7wq5:B
51 7fby:A 153 102 0.0510 0.1634 0.2451 4.3
52 7fdz:A 417 82 0.0510 0.0600 0.3049 4.4
53 8g7m:G 343 114 0.0571 0.0816 0.2456 4.9
54 1t3q:B 786 78 0.0388 0.0242 0.2436 5.0 1t3q:E
55 5oyn:A 589 66 0.0490 0.0407 0.3636 8.0 5oyn:B, 5oyn:C, 5oyn:D
56 8eew:A 766 103 0.0408 0.0261 0.1942 9.0 8eew:B, 8eff:A, 8eff:B, 8eff:C, 8eff:D, 8efr:A, 8efr:B, 8efr:C, 8efr:K, 8efr:D, 8efr:L, 8efr:E, 8efr:M, 8efr:F, 8efr:N, 8efr:G, 8efr:O, 8efr:H, 8efr:P, 8efr:I, 8efr:Q, 8efr:J, 8efr:R, 6jtg:A
57 7s2z:B 173 102 0.0490 0.1387 0.2353 9.5 6o0w:A, 7s2z:A, 7s2z:C, 7s2z:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218