Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RKPKWDKNQITYRIIGYTPDLDPETVDDAFARAFQVWSDVTPLRFSRIHDGEADIMINFGRWEHGDGYPFDGKDGLLAHA
FAPGTGVGGDSHFDDDELWSLGKGVGYSLFLVAAHEFGHAMGLEHSQDPGALMAPIYTYTKNFRLSQDDIKGIQELYGAS
P

The query sequence (length=161) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8h78:A 168 161 0.9752 0.9345 0.9752 2.05e-115 3ayu:A, 8h78:B, 1hov:A, 1qib:A, 7xgj:A, 7xgj:B, 7xgj:C, 7xjo:A, 7xjo:B
2 8k5v:B 232 155 0.6335 0.4397 0.6581 1.76e-69 5cuh:A, 5cuh:B, 6esm:A, 1gkc:A, 1gkc:B, 1gkd:A, 1gkd:B, 4h1q:A, 4h1q:B, 4h2e:A, 4h2e:B, 4h3x:A, 4h3x:B, 4h82:A, 4h82:B, 4h82:C, 4h82:D, 4hma:A, 4hma:B, 5i12:A, 4jij:A, 4jij:B, 4jqg:A, 4jqg:B, 8k5v:A, 8k5w:A, 8k5w:B, 8k5x:A, 8k5x:B, 8k5y:A, 8k5y:B, 2ovx:A, 2ovx:B, 2ovz:A, 2ovz:B, 2ow0:A, 2ow0:B, 2ow1:A, 2ow1:B, 2ow2:A, 2ow2:B, 5th6:A, 5th6:B, 5th6:C, 5th6:D, 5th9:A, 5th9:B, 5th9:C, 5ue3:A, 5ue3:B, 5ue4:A, 5ue4:B, 4wzv:A, 4wzv:B, 4xct:A
3 1gxd:A 624 104 0.6335 0.1635 0.9808 7.25e-69 1ck7:A, 1eak:A, 1eak:B, 1eak:D, 1eak:C, 1gen:A, 1gxd:B, 1rtg:A
4 1gxd:A 624 71 0.3665 0.0946 0.8310 1.41e-33 1ck7:A, 1eak:A, 1eak:B, 1eak:D, 1eak:C, 1gen:A, 1gxd:B, 1rtg:A
5 4fu4:A 368 160 0.6398 0.2799 0.6438 4.07e-68 830c:A, 830c:B, 456c:A, 456c:B, 4a7b:A, 4a7b:B, 5b5o:A, 5b5o:B, 5b5p:A, 5b5p:B, 5bot:A, 5bot:B, 5boy:A, 5boy:B, 5bpa:A, 5bpa:B, 1cxv:A, 1cxv:B, 2d1n:A, 2d1n:B, 2e2d:A, 3elm:A, 3elm:B, 1eub:A, 1fls:A, 1fm1:A, 4fu4:B, 4fvl:A, 4fvl:B, 4g0d:A, 4g0d:B, 4g0d:C, 4g0d:D, 6hv2:A, 3i7g:A, 3i7g:B, 3i7i:A, 3i7i:B, 4jp4:A, 4jp4:B, 4jpa:A, 4jpa:B, 7ju8:A, 7ju8:B, 3kec:A, 3kec:B, 3kej:A, 3kej:B, 3kek:A, 3kek:B, 3kry:A, 3kry:B, 3kry:C, 3kry:D, 4l19:A, 4l19:B, 3ljz:A, 3ljz:B, 3ljz:C, 3ljz:D, 3o2x:A, 3o2x:B, 3o2x:C, 3o2x:D, 2ow9:A, 2ow9:B, 2ozr:A, 2ozr:B, 2ozr:C, 2ozr:D, 2ozr:E, 2ozr:F, 2ozr:G, 2ozr:H, 1pex:A, 2pjt:A, 2pjt:B, 2pjt:C, 2pjt:D, 3tvc:A, 5uwk:A, 5uwk:B, 5uwl:A, 5uwl:B, 5uwm:A, 5uwm:B, 5uwn:A, 5uwn:B, 5uwn:C, 5uwn:D, 5uwn:E, 3wv1:A, 3wv1:B, 3wv2:A, 3wv2:B, 3wv3:A, 3wv3:B, 1xuc:A, 1xuc:B, 1xud:A, 1xud:B, 1xur:A, 1xur:B, 2yig:A, 2yig:B, 1you:A, 1you:B, 1ztq:A, 1ztq:B, 1ztq:C, 1ztq:D, 3zxh:A, 3zxh:B
6 2jsd:A 160 159 0.5839 0.5875 0.5912 8.61e-64
7 1slm:A 226 162 0.5963 0.4248 0.5926 8.98e-64 1b3d:A, 1b3d:B, 1b8y:A, 1biw:A, 1biw:B, 1bm6:A, 1bqo:A, 1bqo:B, 1c3i:A, 1c3i:B, 1c8t:A, 1c8t:B, 1caq:A, 1ciz:A, 1cqr:A, 1cqr:B, 2d1o:A, 2d1o:B, 1d5j:A, 1d5j:B, 1d7x:A, 1d7x:B, 1d8f:A, 1d8f:B, 1d8m:A, 1d8m:B, 4dpe:A, 4dpe:B, 1g05:A, 1g05:B, 1g49:A, 1g49:B, 1g4k:A, 1g4k:B, 1g4k:C, 4g9l:A, 4g9l:B, 1hfs:A, 1hy7:A, 1hy7:B, 4ja1:A, 4ja1:B, 2jnp:A, 2jt5:A, 2jt6:A, 6mav:A, 6n9d:A, 3ohl:A, 3oho:A, 1qia:A, 1qia:B, 1qia:C, 1qia:D, 1qic:A, 1qic:B, 1qic:C, 1qic:D, 7s7l:A, 7s7m:A, 1sln:A, 2srt:A, 1uea:A, 1uea:C, 1ums:A, 1umt:A, 1usn:A, 2usn:A, 3usn:A
8 3ba0:A 365 158 0.5839 0.2575 0.5949 2.20e-61 8b2n:A, 8b2n:C, 5cxa:A, 5czm:A, 5d2b:A, 5d3c:A, 4efs:A, 3ehx:A, 3ehy:A, 6ekn:A, 6ela:A, 6ela:B, 6ela:C, 6ela:D, 6enm:A, 6enm:B, 6eox:A, 3f15:A, 3f16:A, 3f17:A, 3f18:A, 3f19:A, 3f1a:A, 4gql:A, 4gr0:A, 4gr3:A, 4gr8:A, 4guy:A, 4h30:A, 4h30:B, 4h49:A, 4h49:B, 4h49:C, 4h49:D, 4h76:A, 4h84:A, 4h84:B, 2hu6:A, 4i03:A, 5i0l:A, 5i0l:B, 5i2z:A, 5i2z:B, 5i2z:C, 5i2z:D, 5i3m:A, 5i3m:B, 5i3m:C, 5i3m:D, 5i43:A, 5i43:B, 5i43:C, 5i43:D, 5i4o:A, 5i4o:C, 5i4o:B, 5i4o:D, 4ijo:A, 1jiz:A, 1jiz:B, 1jk3:A, 2jxy:A, 2k2g:A, 2k9c:A, 2krj:A, 5l79:A, 5l7f:A, 5l7f:B, 5lab:A, 3lik:A, 3lil:A, 3lir:A, 3ljg:A, 3lk8:A, 3lka:A, 2mlr:A, 2mls:A, 3n2u:A, 3n2v:A, 5n5j:A, 5n5k:A, 2n8r:A, 3nx7:A, 1os2:A, 1os2:B, 1os2:C, 1os2:D, 1os2:E, 1os2:F, 1os9:A, 1os9:B, 1os9:C, 1os9:D, 1os9:E, 1os9:F, 7ovy:A, 2oxu:A, 2oxw:A, 2oxz:A, 2poj:A, 6rd0:A, 8rij:A, 6rly:A, 1rmz:A, 1ros:A, 1ros:B, 3rts:A, 3rtt:A, 3ts4:A, 3tsk:A, 1utt:A, 1utz:A, 1utz:B, 3uvc:A, 3uvc:B, 2w0d:A, 2w0d:B, 2w0d:C, 2w0d:D, 2wo8:A, 2wo8:B, 2wo8:C, 2wo8:D, 2wo9:A, 2wo9:B, 2wo9:C, 2wo9:D, 2woa:A, 2woa:B, 2woa:C, 2woa:D, 1y93:A, 1ycm:A, 2z2d:A, 1z3j:A
9 1bzs:A 165 159 0.5528 0.5394 0.5597 1.40e-60 1a85:A, 1a86:A, 3dng:A, 3dng:B, 3dpe:A, 3dpf:A, 3dpf:B, 5h8x:A, 1i73:A, 1i76:A, 1jan:A, 1jao:A, 1jap:A, 1jaq:A, 1jh1:A, 1jj9:A, 1kbc:A, 1kbc:B, 1mmb:A, 1mnc:A, 2oy2:A, 2oy2:F, 2oy4:A, 2oy4:F, 4qkz:A, 3tt4:A, 1zp5:A, 1zs0:A, 1zvx:A
10 1q3a:B 160 159 0.5714 0.5750 0.5786 5.33e-60 4ilw:D, 4ilw:F, 1q3a:A, 1q3a:C, 3v96:B
11 1fbl:A 367 159 0.5590 0.2452 0.5660 6.70e-59
12 1su3:B 416 158 0.5466 0.2115 0.5570 7.05e-57 966c:A, 4auo:A, 4auo:B, 1ayk:A, 2ayk:A, 3ayk:A, 4ayk:A, 1cge:A, 1cgf:A, 1cgf:B, 1cgl:A, 1cgl:B, 2clt:A, 2clt:B, 1hfc:A, 2j0t:A, 2j0t:B, 2j0t:C, 3shi:A, 3shi:G, 3shi:M, 1su3:A, 2tcl:A
13 2mze:A 250 158 0.5217 0.3360 0.5316 1.93e-55 2ddy:A, 8jud:A, 8juf:A, 8jug:A, 8k4z:A, 1mmp:A, 1mmp:B, 1mmq:A, 1mmr:A, 2mzh:A, 2mzi:A, 5ue2:A, 5ue5:A, 7wxx:A, 2y6c:A, 2y6d:A
14 1hv5:E 165 155 0.5093 0.4970 0.5290 1.70e-54 1hv5:A, 1hv5:B, 1hv5:C, 1hv5:D, 1hv5:F
15 1rm8:A 169 167 0.5590 0.5325 0.5389 7.83e-51
16 1bqq:M 174 167 0.5093 0.4713 0.4910 7.50e-50 1buv:M, 5h0u:A, 3ma2:D, 3ma2:A
17 1l6j:A 405 119 0.4596 0.1827 0.6218 1.85e-42
18 1l6j:A 405 68 0.2422 0.0963 0.5735 5.31e-19
19 4r3v:A 179 159 0.4286 0.3855 0.4340 1.37e-35 8b2q:A, 4in9:A, 4r3v:B, 2xs3:A, 2xs3:B, 2xs4:A
20 3hda:P 382 145 0.2733 0.1152 0.3034 2.10e-04 3hbv:P
21 6qig:A 581 39 0.0932 0.0258 0.3846 0.027 3ghm:A, 3ghn:A, 3vn4:A
22 1af0:A 470 164 0.2857 0.0979 0.2805 0.046 5d7w:A, 4i35:A, 1sat:A, 1smp:A, 1srp:A
23 7pol:B 336 48 0.1242 0.0595 0.4167 0.056 8wen:C, 8wen:A
24 1go7:P 462 109 0.1925 0.0671 0.2844 0.058 1go8:P, 3hb2:P, 3hbu:P, 1k7g:A, 1k7i:A, 1k7q:A
25 3iqe:A 282 39 0.0683 0.0390 0.2821 0.083 3iqe:D, 3iqe:B, 3iqe:F, 3iqe:C, 3iqe:E, 3iqf:A, 3iqf:D, 3iqf:B, 3iqf:F, 3iqf:C, 3iqf:E, 3iqf:G, 3iqf:J, 3iqf:H, 3iqf:L, 3iqf:I, 3iqf:K, 3iqz:A, 3iqz:D, 3iqz:B, 3iqz:F, 3iqz:C, 3iqz:E
26 7nra:BBB 328 102 0.1863 0.0915 0.2941 0.25 7nra:AAA
27 3lmc:A 191 20 0.0683 0.0576 0.5500 0.58
28 8h3x:C 357 27 0.0745 0.0336 0.4444 0.59 8h3y:A, 8h3y:B, 8h3y:C, 3p24:A, 3p24:B, 3p24:C, 3p24:D, 7pnd:A, 7pnd:B, 7pol:A, 7poo:A, 7poo:B, 7poq:A, 7poq:B, 7pou:A, 7pou:B, 8wem:C, 8wem:A, 8weo:B, 8weo:A
29 5gwd:A 239 126 0.1988 0.1339 0.2540 0.91 5czw:A, 5gwd:B, 5zjk:A, 5zjk:B, 5zjk:C, 5zjk:D, 5zjk:E, 5zjk:F, 5zjk:G, 5zjk:H, 5zjk:I, 5zjk:J, 5zjk:K, 5zjk:L, 5zjk:M, 5zjk:N, 5zjk:O, 5zjk:P, 5zjk:Q, 5zjk:R
30 5hxx:A 424 140 0.1801 0.0684 0.2071 1.2 5hxx:B, 5iwq:A, 5iwq:B, 3ppl:A, 3ppl:B
31 8snl:A 656 25 0.0807 0.0198 0.5200 1.6 2a8h:A, 2a8h:B, 3b92:A, 1bkc:A, 1bkc:C, 1bkc:E, 1bkc:I, 3cki:A, 2ddf:A, 2ddf:B, 3e8r:A, 3e8r:B, 3edz:A, 3edz:B, 3ewj:A, 3ewj:B, 2fv5:A, 2fv5:B, 2fv9:A, 2fv9:B, 3g42:A, 3g42:B, 3g42:C, 3g42:D, 2i47:A, 2i47:B, 2i47:C, 2i47:D, 3kmc:A, 3kmc:B, 3kme:A, 3kme:B, 3l0t:A, 3l0t:B, 3l0v:A, 3l0v:B, 3le9:A, 3le9:B, 3lea:A, 3lea:B, 3lgp:A, 3lgp:B, 3o64:A, 3o64:B, 2oi0:A, 8snm:B, 8snn:A, 8sno:A, 1zxc:A, 1zxc:B
32 4kub:A 160 41 0.0870 0.0875 0.3415 3.6 4klv:A, 4klw:A, 4kor:A, 4kos:A, 4kot:A, 4kou:A, 4kov:A, 4kow:A, 4kox:A, 4koy:A, 4l89:A, 4l8a:A, 4m3s:A, 4oad:A, 4oae:A, 3pgp:A, 5vd6:A, 5vdb:A
33 1dgp:A 290 45 0.0683 0.0379 0.2444 3.6 1dgp:B
34 4on1:A 334 111 0.1553 0.0749 0.2252 6.0 4on1:B
35 4axq:A 163 20 0.0497 0.0491 0.4000 6.4 4a3w:A, 3zvs:A, 3zvs:B, 3zvs:C
36 1akl:A 470 162 0.2671 0.0915 0.2654 6.6 1jiw:P, 1kap:P, 3vi1:A, 3vi1:B
37 1nd1:A 202 138 0.1863 0.1485 0.2174 6.8 2w12:A, 2w13:A, 2w14:A, 2w15:A
38 6gwj:K 334 31 0.0745 0.0359 0.3871 7.8
39 1kuf:A 201 35 0.0870 0.0697 0.4000 8.1 1kug:A, 1kui:A, 1kuk:A
40 5nem:3 220 42 0.0870 0.0636 0.3333 8.8
41 4afd:A 128 13 0.0559 0.0703 0.6923 9.4
42 1wni:A 198 21 0.0621 0.0505 0.4762 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218