Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RKKISIIGAGFVGSTTAHWLAAKELGDIVLLDIVEGVPQGKALDLYEASPIEGFDVRVTGTNNYADTANSDVIVVTSGAP
RKPGMSREDLIKVNADITRACISQAAPLSPNAVIIMVNNPLDAMTYLAAEVSGFPKERVIGQAGVLDAARYRTFIAMEAG
VSVQDVQAMLMGGHGDEMVPLPRFSTISGIPVSEFIAPDRLAQIVERTRKGGGEIVNLLKTGSAYYAPAAATAQMVEAVL
KDKKRVMPVAAYLTGQYGLNDIYFGVPVILGAGGVEKILELPLNEEEMALLNASAKAVRATLDTLKSL

The query sequence (length=308) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1uxg:A 308 308 0.9968 0.9968 0.9968 0.0 1guy:A, 1guy:C, 1ur5:A, 1ur5:C, 1uxg:B, 1uxh:A, 1uxh:B, 1uxi:A, 1uxi:B, 1uxj:A, 1uxj:C, 1uxk:A, 1uxk:C
2 7f8d:A 313 308 0.5747 0.5655 0.5747 6.31e-128 7by9:A, 7by9:B, 7by9:C, 7by9:D, 7bya:A, 7bya:B, 7bya:C, 7bya:D, 7f8d:B, 7f8d:C, 7f8d:D, 7x1l:A, 7x1l:B, 7x1l:E, 7x1l:F, 7x1l:C, 7x1l:D
3 4plt:B 319 316 0.5714 0.5517 0.5570 1.30e-121 4plh:A, 4plh:B, 4plh:C, 4plh:D, 4plt:A, 4plt:C, 4plt:D, 4plv:A, 4plv:B, 4plv:C, 4plv:D, 4plw:A, 4plw:B, 4plw:C, 4plw:D, 4ply:B, 4ply:A, 4ply:C, 4ply:D, 4ply:F, 4ply:E, 4ply:G, 4ply:H
4 1guz:A 305 304 0.5422 0.5475 0.5493 1.77e-121 1guz:B, 1guz:C, 1guz:D
5 1gv0:A 301 297 0.5357 0.5482 0.5556 9.91e-120 1gv0:B
6 4ros:A 318 313 0.5292 0.5126 0.5208 1.77e-118 5ujk:A
7 3gvh:A 318 303 0.5097 0.4937 0.5182 1.32e-116 3gvh:B, 3gvh:C, 3gvh:D, 3gvi:A, 3gvi:B, 3gvi:C, 3gvi:D, 3gvi:E, 3gvi:F
8 4plf:B 330 318 0.5260 0.4909 0.5094 7.88e-112 4plc:A, 4plc:B, 4plc:C, 4plc:D, 4plf:A, 4plg:A, 4plg:B, 6vdj:A
9 2hjr:B 314 313 0.4838 0.4745 0.4760 4.61e-98 2hjr:A, 2hjr:C, 2hjr:D, 2hjr:E, 2hjr:F, 2hjr:G, 2hjr:H, 2hjr:I, 2hjr:J, 2hjr:K, 2hjr:L
10 3czm:B 323 308 0.4578 0.4365 0.4578 1.40e-95 3czm:A, 1sow:A, 1sow:B
11 6ct6:B 331 304 0.4383 0.4079 0.4441 1.93e-86 6ct6:A
12 2fn7:A 317 304 0.4383 0.4259 0.4441 1.38e-77 2fn7:B, 4nd1:A, 4nd1:B, 4nd2:A, 4nd2:B, 4nd3:A, 4nd3:B, 4nd4:A, 4nd4:B
13 2a92:C 318 297 0.3994 0.3868 0.4141 9.01e-76 2a92:A, 2a92:B, 2a92:D, 2a94:A, 2aa3:A, 2aa3:B, 2aa3:C, 2aa3:D, 4b7u:A, 5hru:A, 5hru:B, 5hto:A, 5hto:B, 5hto:D, 5hto:E, 1oc4:A, 1oc4:B, 4plz:A, 1t24:A, 1t25:A, 1t26:A, 1t2c:A, 1t2d:A, 6txr:A, 6txr:B, 6txr:C, 6txr:D, 3zh2:A, 3zh2:B, 3zh2:C, 3zh2:D
14 6r8g:C 312 304 0.3734 0.3686 0.3783 3.28e-71 6r8g:A, 6r8g:B, 6r8g:D, 6y91:A, 6y91:B, 6y91:C, 6y91:D
15 1t2e:A 317 299 0.4091 0.3975 0.4214 3.69e-70 4b7u:B, 4b7u:C, 4b7u:D, 1cet:A, 1ldg:A, 1u4o:A, 1u4s:A, 1u5a:A, 1u5c:A, 1xiv:A
16 3om9:A 329 290 0.3831 0.3587 0.4069 8.95e-68 3om9:B, 3om9:C, 3om9:D, 1pzf:A, 1pzf:B, 1pzf:C, 1pzf:D, 1pzg:A, 1pzg:B, 1pzg:C, 1pzg:D, 1pzh:A, 1pzh:B, 1pzh:C, 1pzh:D
17 1llc:A 320 312 0.3377 0.3250 0.3333 1.34e-60 6j9t:B, 6j9t:D, 6j9t:E, 6j9t:C, 6j9t:F, 6j9u:A, 6j9u:C, 6j9u:D
18 3wsw:A 316 312 0.3214 0.3133 0.3173 1.09e-59 3wsw:B, 3wsw:C, 3wsw:D
19 1ez4:B 318 309 0.3442 0.3333 0.3430 5.51e-59 1ez4:A, 1ez4:C, 1ez4:D
20 3pqd:B 312 308 0.3312 0.3269 0.3312 3.52e-58 3pqd:A, 3pqd:C, 3pqd:D, 3pqd:F, 3pqd:H, 3pqd:E, 3pqd:G, 3pqf:C, 3pqf:D
21 3h3j:B 314 303 0.3149 0.3089 0.3201 1.33e-53 3d4p:A, 3d4p:B, 3h3j:A
22 1lld:A 313 308 0.3214 0.3163 0.3214 2.68e-53 1lld:B, 1lth:T, 1lth:R
23 4ln1:B 321 307 0.3084 0.2960 0.3094 3.93e-53 4ln1:A, 4ln1:C, 4ln1:D
24 1a5z:A 312 284 0.3377 0.3333 0.3662 4.80e-53
25 1hyg:A 313 316 0.3539 0.3482 0.3449 1.72e-51 1hye:A, 1hyg:B
26 6h9s:B 292 308 0.3409 0.3596 0.3409 1.54e-50 6h9s:A
27 4qsm:A 332 305 0.3149 0.2922 0.3180 4.19e-50 4aj1:A, 4aj1:B, 4aj1:C, 4aj1:D, 4aj2:A, 4aj2:B, 4aj2:C, 4aj2:D, 4aj4:A, 4aj4:B, 4aj4:C, 4aj4:D, 4aje:A, 4aje:B, 4aje:C, 4aje:D, 4ajh:A, 4ajh:B, 4ajh:C, 4ajh:D, 4aji:A, 4aji:B, 4aji:C, 4aji:D, 4ajj:A, 4ajj:B, 4ajj:C, 4ajj:D, 4ajk:A, 4ajk:B, 4ajk:C, 4ajk:D, 4ajl:A, 4ajl:B, 4ajl:C, 4ajl:D, 4ajn:A, 4ajn:B, 4ajn:C, 4ajn:D, 4ajo:A, 4ajo:B, 4ajo:C, 4ajo:D, 4ajp:A, 4ajp:B, 4ajp:C, 4ajp:D, 4al4:A, 4al4:B, 4al4:C, 4al4:D, 6bad:A, 6bad:B, 6bad:C, 6bad:D, 6bag:A, 6bag:B, 6bag:C, 6bag:D, 6bax:A, 6bax:B, 6bax:C, 6bax:D, 6baz:A, 6baz:B, 6baz:C, 6baz:D, 6bb0:A, 6bb0:B, 6bb0:C, 6bb0:D, 6bb1:A, 6bb1:B, 6bb1:C, 6bb1:D, 6bb1:E, 6bb1:F, 6bb1:G, 6bb1:H, 6bb2:A, 6bb2:B, 6bb2:C, 6bb2:D, 6bb2:E, 6bb2:F, 6bb2:G, 6bb2:H, 6bb3:A, 6bb3:B, 6bb3:C, 6bb3:D, 9bk2:A, 9bk2:D, 9bk3:D, 8fw6:A, 8fw6:B, 3h3f:A, 3h3f:B, 3h3f:C, 3h3f:D, 3h3f:E, 3h3f:F, 3h3f:G, 3h3f:H, 1i10:A, 1i10:B, 1i10:C, 1i10:D, 1i10:E, 1i10:F, 1i10:G, 1i10:H, 4i8x:A, 4i8x:B, 4i8x:C, 4i8x:D, 4i8x:E, 4i8x:F, 4i8x:G, 4i8x:H, 4i9h:A, 4i9h:B, 4i9h:C, 4i9h:D, 4i9h:E, 4i9h:F, 4i9h:G, 4i9h:H, 4i9n:A, 4i9n:B, 4i9n:C, 4i9n:D, 4i9n:E, 4i9n:F, 4i9n:G, 4i9n:H, 4i9u:A, 4i9u:B, 4i9u:C, 4i9u:D, 4i9u:E, 4i9u:F, 4i9u:G, 4i9u:H, 5ixs:A, 5ixs:B, 5ixs:C, 5ixs:D, 5ixy:A, 5ixy:B, 5ixy:C, 5ixy:D, 4jnk:A, 4jnk:B, 4jnk:C, 4jnk:D, 5kkc:A, 5kkc:B, 5kkc:C, 5kkc:D, 4l4s:H, 4l4s:A, 9ldb:A, 9ldb:B, 9ldt:A, 9ldt:B, 7m2n:A, 7m2n:B, 7m2n:C, 7m2n:D, 4m49:A, 4m49:B, 4m49:C, 4m49:D, 6mv8:A, 6mv8:B, 6mv8:C, 6mv8:D, 6mva:A, 6mva:B, 6mva:C, 6mva:D, 5nqq:A, 5nqq:B, 5nqq:C, 5nqq:D, 4okn:A, 4okn:B, 4okn:C, 4okn:D, 4okn:E, 4okn:F, 4okn:G, 4okn:H, 6p6u:C, 6p6u:E, 6q0d:A, 6q0d:B, 6q0d:C, 6q0d:D, 6q0d:E, 6q0d:F, 6q13:A, 6q13:B, 6q13:C, 6q13:D, 4qo7:A, 4qo7:B, 4qo7:C, 4qo7:D, 4qo8:A, 4qo8:B, 4qo8:C, 4qo8:D, 4qsm:B, 4qsm:C, 4qsm:D, 4qsm:E, 4qsm:F, 4qsm:G, 4qsm:H, 4qt0:A, 4qt0:B, 4qt0:C, 4qt0:D, 4qt0:E, 4qt0:F, 4qt0:G, 4qt0:H, 4r68:A, 4r68:B, 4r68:C, 4r68:D, 4r69:A, 4r69:B, 4r69:C, 4r69:D, 4rls:A, 4rls:B, 4rls:C, 4rls:D, 6sbu:A, 6sbu:B, 6sbu:C, 6sbu:D, 6sbu:E, 6sbu:F, 6sbu:G, 6sbu:H, 6sbv:A, 6sbv:B, 6sbv:C, 6sbv:D, 6sbv:E, 6sbv:F, 6sbv:G, 6sbv:H, 5w8h:A, 5w8h:B, 5w8h:C, 5w8i:A, 5w8i:C, 5w8i:D, 5w8j:A, 5w8j:B, 5w8j:C, 5w8j:D, 5w8k:A, 5w8k:B, 5w8k:C, 5w8k:D, 5w8l:A, 5w8l:B, 5w8l:C, 5w8l:D, 5zjd:A, 5zjd:B, 5zjd:C, 5zjd:D, 5zjd:E, 5zjd:F, 5zjd:G, 5zjd:H, 5zjf:A, 5zjf:C, 4zvv:A, 4zvv:B, 4zvv:C, 4zvv:D
28 1ldn:A 316 312 0.3084 0.3006 0.3045 7.92e-50 1ldn:C, 1ldn:B, 1ldn:D, 1ldn:E, 1ldn:F, 1ldn:H, 1ldn:G, 2ldb:A, 2ldb:B, 2ldb:C, 2ldb:D
29 8rwl:A 312 314 0.3474 0.3429 0.3408 2.26e-49 9end:A, 9end:B, 8rs5:A, 8rs5:B, 8rwl:B
30 6k13:A 332 308 0.3117 0.2892 0.3117 2.73e-49 6k13:B
31 8ab3:A 330 314 0.3247 0.3030 0.3185 7.07e-49 8ab3:B, 8ab3:C, 8ab3:D
32 7dbj:A 333 315 0.3117 0.2883 0.3048 4.86e-48 6cep:A, 6cep:B, 6cep:C, 6cep:D, 7dbj:B, 7dbj:C, 7dbj:D, 7dbk:A, 7dbk:B, 7dbk:C, 7dbk:D, 7dbk:E, 7dbk:F, 7dbk:G, 7dbk:H, 1i0z:A, 1i0z:B, 5ldh:A, 5ldh:B, 8qde:A, 8qde:B, 8qde:C, 8qde:D, 1t2f:A, 1t2f:B, 1t2f:C, 1t2f:D, 5yta:A, 5yta:B
33 7epm:A 335 305 0.3052 0.2806 0.3082 3.39e-46 7epm:B
34 2e37:C 310 305 0.3247 0.3226 0.3279 3.07e-45 2e37:A, 2e37:E, 2e37:G, 2v7p:A, 2v7p:B, 2v7p:C, 2v7p:D, 3vph:A, 3vph:D, 3vph:B, 3vph:C, 2xxb:A, 2xxb:B, 2xxj:B, 2xxj:D, 3zzn:A, 3zzn:D
35 1ldb:A 294 306 0.2955 0.3095 0.2974 3.63e-44
36 2x0i:A 294 306 0.3247 0.3401 0.3268 5.27e-44 2x0j:A
37 1d3a:A 303 242 0.2662 0.2706 0.3388 5.81e-42 1d3a:B, 1hlp:A, 1hlp:B, 2hlp:A, 1o6z:A, 1o6z:B, 1o6z:C, 1o6z:D, 2x0r:A, 2x0r:B
38 1v6a:A 332 285 0.2727 0.2530 0.2947 7.69e-42 1v6a:B
39 1ldm:A 329 310 0.2792 0.2614 0.2774 9.87e-40 6ldh:A
40 7nay:A 322 317 0.2890 0.2764 0.2808 1.08e-38
41 6ihd:B 304 309 0.3084 0.3125 0.3074 1.62e-34 6ihd:A, 6ihe:A, 6ihe:B
42 6qss:A 303 306 0.2857 0.2904 0.2876 2.55e-30 6qss:D
43 1emd:A 312 320 0.3117 0.3077 0.3000 6.22e-23 1ib6:A, 1ib6:C, 1ib6:D, 1ie3:A, 1ie3:B, 1ie3:C, 1ie3:D, 5kka:A, 5kka:B
44 6itl:A 312 291 0.2890 0.2853 0.3058 1.98e-22
45 1hyh:A 297 293 0.2597 0.2694 0.2730 4.35e-21 1hyh:B, 1hyh:C, 1hyh:D
46 3ldh:A 329 313 0.2630 0.2462 0.2588 1.73e-20
47 5zi2:A 339 277 0.2532 0.2301 0.2816 2.15e-20 5zi2:B, 5zi4:A, 5zi4:B
48 2dfd:A 314 219 0.2273 0.2229 0.3196 2.47e-19 2dfd:B, 2dfd:C, 2dfd:D, 4wlo:A, 4wlo:B, 4wlo:C, 4wlo:D, 4wlu:A, 4wlu:B, 4wlu:C, 4wlu:D, 4wlv:A, 4wlv:B, 4wlv:C, 4wlv:D
49 7qoz:A 323 245 0.2468 0.2353 0.3102 1.69e-18 7qoz:B, 7qoz:C, 7qoz:D, 7qoz:E, 7qoz:F, 7qoz:G, 7qoz:H
50 5nue:B 332 246 0.2045 0.1898 0.2561 1.87e-08 5nue:A, 5nue:C, 5nuf:A, 5nuf:B, 5nuf:C
51 4uun:B 337 181 0.1721 0.1573 0.2928 7.12e-08 5a1t:A, 5a1t:B, 4uun:A
52 4mdh:A 333 291 0.2273 0.2102 0.2405 1.32e-07 4mdh:B, 5mdh:A, 5mdh:B, 7rm9:A
53 1civ:A 374 226 0.1916 0.1578 0.2611 1.65e-07
54 1b8u:A 327 252 0.2143 0.2018 0.2619 6.26e-07 1b8v:A
55 4i1i:A 320 150 0.1461 0.1406 0.3000 2.47e-06
56 7mdh:B 360 219 0.1753 0.1500 0.2466 9.44e-06 7mdh:A, 7mdh:C, 7mdh:D
57 1bdm:B 327 130 0.1104 0.1040 0.2615 1.78e-05 1bdm:A, 1bmd:A, 1bmd:B, 2cvq:A, 2cvq:B, 1wze:A, 1wze:B, 1wzi:A, 1wzi:B, 1y7t:A, 1y7t:B
58 4uup:A 335 125 0.1234 0.1134 0.3040 4.26e-04 4uup:B
59 7kzp:G 577 137 0.1299 0.0693 0.2920 0.025 7kzq:G, 7kzr:G, 7kzs:G, 7kzt:G, 7kzv:G
60 5kvv:A 327 133 0.1104 0.1040 0.2556 0.060 5kvv:B
61 2be7:D 133 37 0.0552 0.1278 0.4595 0.25 2be7:E, 2be7:F
62 6aa8:E 281 114 0.1104 0.1210 0.2982 0.57 6aa8:F
63 2cul:A 225 21 0.0390 0.0533 0.5714 1.1
64 5x68:B 354 60 0.0649 0.0565 0.3333 1.4 5x68:A
65 7kws:A 390 38 0.0487 0.0385 0.3947 2.8 7kws:B
66 1bxr:A 1073 149 0.1331 0.0382 0.2752 5.2 1a9x:A, 1a9x:C, 1a9x:E, 1a9x:G, 1bxr:C, 1bxr:E, 1bxr:G, 1c30:A, 1c30:C, 1c30:E, 1c30:G, 1c3o:A, 1c3o:C, 1c3o:E, 1c3o:G, 1ce8:A, 1ce8:C, 1ce8:E, 1ce8:G, 1cs0:A, 1cs0:C, 1cs0:E, 1cs0:G, 1jdb:B, 1jdb:E, 1jdb:H, 1jdb:K, 1kee:A, 1kee:C, 1kee:E, 1kee:G, 1m6v:A, 1m6v:C, 1m6v:E, 1m6v:G, 1t36:A, 1t36:C, 1t36:E, 1t36:G
67 1g7u:A 284 32 0.0325 0.0352 0.3125 5.7 1g7v:A, 1gg0:A, 1phq:A, 1phw:A, 1pl9:A, 1q3n:A, 1x6u:A
68 1mfz:A 436 89 0.0844 0.0596 0.2921 6.2 1mfz:B, 1mfz:C, 1mfz:D, 1muu:C, 1muu:A, 1muu:B, 1muu:D, 1mv8:B, 1mv8:A, 1mv8:C, 1mv8:D
69 3nyc:A 381 27 0.0390 0.0315 0.4444 7.8 3nye:A, 3nyf:A, 6p9d:A, 6pld:A, 7rdf:A, 3sm8:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218