Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
RKKISIIGAGFVGSTTAHWLAAKELGDIVLLDIVEGVPQGKALDLYEASPIEGFDVRVTGTNNYADTANSDVIVVTSGAE
DLIKVNADITRACISQAAPLSPNAVIIMVNNPLDAMTYLAAEVSGFPKERVIGQAGVLDAARYRTFIAMEAGVSVKDVQA
MLMGGHGDEMVPLPRFSTISGIPVSEFIAPDRLAQIVERTRKGGGEIVNLLKTGSAYYAPAAATAQMVEAVLKDKKRVMP
VAAYLTGQYGLNDIYFGVPVILGAGGVEKILELPLNEEEMALLNASAKAVRATLDTLKSL

The query sequence (length=300) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 1uxg:A 308 308 0.9967 0.9708 0.9708 0.0 1guy:A, 1guy:C, 1ur5:A, 1ur5:C, 1uxg:B, 1uxh:A, 1uxh:B, 1uxi:A, 1uxi:B, 1uxj:A, 1uxj:C, 1uxk:A, 1uxk:C
2 7f8d:A 313 308 0.5700 0.5463 0.5552 1.14e-119 7by9:A, 7by9:B, 7by9:C, 7by9:D, 7bya:A, 7bya:B, 7bya:C, 7bya:D, 7f8d:B, 7f8d:C, 7f8d:D, 7x1l:A, 7x1l:B, 7x1l:E, 7x1l:F, 7x1l:C, 7x1l:D
3 4plt:B 319 316 0.5633 0.5298 0.5348 6.56e-114 4plh:A, 4plh:B, 4plh:C, 4plh:D, 4plt:A, 4plt:C, 4plt:D, 4plv:A, 4plv:B, 4plv:C, 4plv:D, 4plw:A, 4plw:B, 4plw:C, 4plw:D, 4ply:B, 4ply:A, 4ply:C, 4ply:D, 4ply:F, 4ply:E, 4ply:G, 4ply:H
4 1gv0:A 301 293 0.5267 0.5249 0.5392 2.03e-112 1gv0:B
5 1guz:A 305 304 0.5300 0.5213 0.5230 5.57e-111 1guz:B, 1guz:C, 1guz:D
6 4ros:A 318 313 0.5167 0.4874 0.4952 5.26e-108 5ujk:A
7 4plf:B 330 318 0.5267 0.4788 0.4969 2.54e-107 4plc:A, 4plc:B, 4plc:C, 4plc:D, 4plf:A, 4plg:A, 4plg:B, 6vdj:A
8 3gvh:A 318 303 0.4967 0.4686 0.4917 2.39e-106 3gvh:B, 3gvh:C, 3gvh:D, 3gvi:A, 3gvi:B, 3gvi:C, 3gvi:D, 3gvi:E, 3gvi:F
9 3czm:B 323 308 0.4567 0.4241 0.4448 2.28e-91 3czm:A, 1sow:A, 1sow:B
10 2hjr:B 314 313 0.4767 0.4554 0.4569 7.65e-89 2hjr:A, 2hjr:C, 2hjr:D, 2hjr:E, 2hjr:F, 2hjr:G, 2hjr:H, 2hjr:I, 2hjr:J, 2hjr:K, 2hjr:L
11 6ct6:B 331 304 0.4367 0.3958 0.4309 5.70e-82 6ct6:A
12 2fn7:A 317 304 0.4400 0.4164 0.4342 4.07e-72 2fn7:B, 4nd1:A, 4nd1:B, 4nd2:A, 4nd2:B, 4nd3:A, 4nd3:B, 4nd4:A, 4nd4:B
13 2a92:C 318 297 0.3967 0.3742 0.4007 1.59e-71 2a92:A, 2a92:B, 2a92:D, 2a94:A, 2aa3:A, 2aa3:B, 2aa3:C, 2aa3:D, 4b7u:A, 5hru:A, 5hru:B, 5hto:A, 5hto:B, 5hto:D, 5hto:E, 1oc4:A, 1oc4:B, 4plz:A, 1t24:A, 1t25:A, 1t26:A, 1t2c:A, 1t2d:A, 6txr:A, 6txr:B, 6txr:C, 6txr:D, 3zh2:A, 3zh2:B, 3zh2:C, 3zh2:D
14 1t2e:A 317 299 0.4067 0.3849 0.4080 1.26e-65 4b7u:B, 4b7u:C, 4b7u:D, 1cet:A, 1ldg:A, 1u4o:A, 1u4s:A, 1u5a:A, 1u5c:A, 1xiv:A
15 3om9:A 329 290 0.3800 0.3465 0.3931 1.08e-63 3om9:B, 3om9:C, 3om9:D, 1pzf:A, 1pzf:B, 1pzf:C, 1pzf:D, 1pzg:A, 1pzg:B, 1pzg:C, 1pzg:D, 1pzh:A, 1pzh:B, 1pzh:C, 1pzh:D
16 6r8g:C 312 304 0.3667 0.3526 0.3618 1.34e-63 6r8g:A, 6r8g:B, 6r8g:D, 6y91:A, 6y91:B, 6y91:C, 6y91:D
17 3wsw:A 316 313 0.3233 0.3070 0.3099 1.55e-53 3wsw:B, 3wsw:C, 3wsw:D
18 1llc:A 320 312 0.3333 0.3125 0.3205 1.65e-53 6j9t:B, 6j9t:D, 6j9t:E, 6j9t:C, 6j9t:F, 6j9u:A, 6j9u:C, 6j9u:D
19 3pqd:B 312 307 0.3233 0.3109 0.3160 1.62e-51 3pqd:A, 3pqd:C, 3pqd:D, 3pqd:F, 3pqd:H, 3pqd:E, 3pqd:G, 3pqf:C, 3pqf:D
20 1ez4:B 318 309 0.3333 0.3145 0.3236 3.10e-51 1ez4:A, 1ez4:C, 1ez4:D
21 6h9s:B 292 304 0.3467 0.3562 0.3421 2.01e-49 6h9s:A
22 3h3j:B 314 303 0.3100 0.2962 0.3069 6.44e-48 3d4p:A, 3d4p:B, 3h3j:A
23 1lld:A 313 310 0.3233 0.3099 0.3129 1.77e-47 1lld:B, 1lth:T, 1lth:R
24 1ldb:A 294 298 0.3000 0.3061 0.3020 2.06e-46
25 8rwl:A 312 312 0.3467 0.3333 0.3333 8.32e-46 9end:A, 9end:B, 8rs5:A, 8rs5:B, 8rwl:B
26 1a5z:A 312 284 0.3300 0.3173 0.3486 1.07e-45
27 4qsm:A 332 305 0.3133 0.2831 0.3082 1.40e-45 4aj1:A, 4aj1:B, 4aj1:C, 4aj1:D, 4aj2:A, 4aj2:B, 4aj2:C, 4aj2:D, 4aj4:A, 4aj4:B, 4aj4:C, 4aj4:D, 4aje:A, 4aje:B, 4aje:C, 4aje:D, 4ajh:A, 4ajh:B, 4ajh:C, 4ajh:D, 4aji:A, 4aji:B, 4aji:C, 4aji:D, 4ajj:A, 4ajj:B, 4ajj:C, 4ajj:D, 4ajk:A, 4ajk:B, 4ajk:C, 4ajk:D, 4ajl:A, 4ajl:B, 4ajl:C, 4ajl:D, 4ajn:A, 4ajn:B, 4ajn:C, 4ajn:D, 4ajo:A, 4ajo:B, 4ajo:C, 4ajo:D, 4ajp:A, 4ajp:B, 4ajp:C, 4ajp:D, 4al4:A, 4al4:B, 4al4:C, 4al4:D, 6bad:A, 6bad:B, 6bad:C, 6bad:D, 6bag:A, 6bag:B, 6bag:C, 6bag:D, 6bax:A, 6bax:B, 6bax:C, 6bax:D, 6baz:A, 6baz:B, 6baz:C, 6baz:D, 6bb0:A, 6bb0:B, 6bb0:C, 6bb0:D, 6bb1:A, 6bb1:B, 6bb1:C, 6bb1:D, 6bb1:E, 6bb1:F, 6bb1:G, 6bb1:H, 6bb2:A, 6bb2:B, 6bb2:C, 6bb2:D, 6bb2:E, 6bb2:F, 6bb2:G, 6bb2:H, 6bb3:A, 6bb3:B, 6bb3:C, 6bb3:D, 9bk2:A, 9bk2:D, 9bk3:D, 8fw6:A, 8fw6:B, 3h3f:A, 3h3f:B, 3h3f:C, 3h3f:D, 3h3f:E, 3h3f:F, 3h3f:G, 3h3f:H, 1i10:A, 1i10:B, 1i10:C, 1i10:D, 1i10:E, 1i10:F, 1i10:G, 1i10:H, 4i8x:A, 4i8x:B, 4i8x:C, 4i8x:D, 4i8x:E, 4i8x:F, 4i8x:G, 4i8x:H, 4i9h:A, 4i9h:B, 4i9h:C, 4i9h:D, 4i9h:E, 4i9h:F, 4i9h:G, 4i9h:H, 4i9n:A, 4i9n:B, 4i9n:C, 4i9n:D, 4i9n:E, 4i9n:F, 4i9n:G, 4i9n:H, 4i9u:A, 4i9u:B, 4i9u:C, 4i9u:D, 4i9u:E, 4i9u:F, 4i9u:G, 4i9u:H, 5ixs:A, 5ixs:B, 5ixs:C, 5ixs:D, 5ixy:A, 5ixy:B, 5ixy:C, 5ixy:D, 4jnk:A, 4jnk:B, 4jnk:C, 4jnk:D, 5kkc:A, 5kkc:B, 5kkc:C, 5kkc:D, 4l4s:H, 4l4s:A, 9ldb:A, 9ldb:B, 9ldt:A, 9ldt:B, 7m2n:A, 7m2n:B, 7m2n:C, 7m2n:D, 4m49:A, 4m49:B, 4m49:C, 4m49:D, 6mv8:A, 6mv8:B, 6mv8:C, 6mv8:D, 6mva:A, 6mva:B, 6mva:C, 6mva:D, 5nqq:A, 5nqq:B, 5nqq:C, 5nqq:D, 4okn:A, 4okn:B, 4okn:C, 4okn:D, 4okn:E, 4okn:F, 4okn:G, 4okn:H, 6p6u:C, 6p6u:E, 6q0d:A, 6q0d:B, 6q0d:C, 6q0d:D, 6q0d:E, 6q0d:F, 6q13:A, 6q13:B, 6q13:C, 6q13:D, 4qo7:A, 4qo7:B, 4qo7:C, 4qo7:D, 4qo8:A, 4qo8:B, 4qo8:C, 4qo8:D, 4qsm:B, 4qsm:C, 4qsm:D, 4qsm:E, 4qsm:F, 4qsm:G, 4qsm:H, 4qt0:A, 4qt0:B, 4qt0:C, 4qt0:D, 4qt0:E, 4qt0:F, 4qt0:G, 4qt0:H, 4r68:A, 4r68:B, 4r68:C, 4r68:D, 4r69:A, 4r69:B, 4r69:C, 4r69:D, 4rls:A, 4rls:B, 4rls:C, 4rls:D, 6sbu:A, 6sbu:B, 6sbu:C, 6sbu:D, 6sbu:E, 6sbu:F, 6sbu:G, 6sbu:H, 6sbv:A, 6sbv:B, 6sbv:C, 6sbv:D, 6sbv:E, 6sbv:F, 6sbv:G, 6sbv:H, 5w8h:A, 5w8h:B, 5w8h:C, 5w8i:A, 5w8i:C, 5w8i:D, 5w8j:A, 5w8j:B, 5w8j:C, 5w8j:D, 5w8k:A, 5w8k:B, 5w8k:C, 5w8k:D, 5w8l:A, 5w8l:B, 5w8l:C, 5w8l:D, 5zjd:A, 5zjd:B, 5zjd:C, 5zjd:D, 5zjd:E, 5zjd:F, 5zjd:G, 5zjd:H, 5zjf:A, 5zjf:C, 4zvv:A, 4zvv:B, 4zvv:C, 4zvv:D
28 4ln1:B 321 307 0.3000 0.2804 0.2932 1.91e-45 4ln1:A, 4ln1:C, 4ln1:D
29 6k13:A 332 308 0.3100 0.2801 0.3019 9.16e-45 6k13:B
30 8ab3:A 330 314 0.3200 0.2909 0.3057 9.40e-44 8ab3:B, 8ab3:C, 8ab3:D
31 7dbj:A 333 315 0.3100 0.2793 0.2952 1.73e-43 6cep:A, 6cep:B, 6cep:C, 6cep:D, 7dbj:B, 7dbj:C, 7dbj:D, 7dbk:A, 7dbk:B, 7dbk:C, 7dbk:D, 7dbk:E, 7dbk:F, 7dbk:G, 7dbk:H, 1i0z:A, 1i0z:B, 5ldh:A, 5ldh:B, 8qde:A, 8qde:B, 8qde:C, 8qde:D, 1t2f:A, 1t2f:B, 1t2f:C, 1t2f:D, 5yta:A, 5yta:B
32 1ldn:A 316 312 0.3000 0.2848 0.2885 3.27e-43 1ldn:C, 1ldn:B, 1ldn:D, 1ldn:E, 1ldn:F, 1ldn:H, 1ldn:G, 2ldb:A, 2ldb:B, 2ldb:C, 2ldb:D
33 1hyg:A 313 316 0.3400 0.3259 0.3228 1.79e-42 1hye:A, 1hyg:B
34 7epm:A 335 305 0.3067 0.2746 0.3016 2.02e-42 7epm:B
35 2e37:C 310 305 0.3200 0.3097 0.3148 3.25e-39 2e37:A, 2e37:E, 2e37:G, 2v7p:A, 2v7p:B, 2v7p:C, 2v7p:D, 3vph:A, 3vph:D, 3vph:B, 3vph:C, 2xxb:A, 2xxb:B, 2xxj:B, 2xxj:D, 3zzn:A, 3zzn:D
36 1v6a:A 332 285 0.2700 0.2440 0.2842 1.63e-37 1v6a:B
37 2x0i:A 294 306 0.3133 0.3197 0.3072 2.99e-36 2x0j:A
38 7nay:A 322 317 0.2933 0.2733 0.2776 5.13e-36
39 1ldm:A 329 310 0.2767 0.2523 0.2677 1.78e-35 6ldh:A
40 1d3a:A 303 242 0.2533 0.2508 0.3140 1.41e-33 1d3a:B, 1hlp:A, 1hlp:B, 2hlp:A, 1o6z:A, 1o6z:B, 1o6z:C, 1o6z:D, 2x0r:A, 2x0r:B
41 6qss:A 303 302 0.2800 0.2772 0.2781 6.54e-27 6qss:D
42 6ihd:B 304 309 0.2900 0.2862 0.2816 9.51e-25 6ihd:A, 6ihe:A, 6ihe:B
43 1hyh:A 297 290 0.2700 0.2727 0.2793 1.99e-21 1hyh:B, 1hyh:C, 1hyh:D
44 3ldh:A 329 313 0.2600 0.2371 0.2492 2.29e-16
45 1emd:A 312 320 0.3000 0.2885 0.2812 1.21e-15 1ib6:A, 1ib6:C, 1ib6:D, 1ie3:A, 1ie3:B, 1ie3:C, 1ie3:D, 5kka:A, 5kka:B
46 6itl:A 312 291 0.2767 0.2660 0.2852 7.81e-15
47 5zi2:A 339 277 0.2400 0.2124 0.2599 4.47e-12 5zi2:B, 5zi4:A, 5zi4:B
48 2dfd:A 314 219 0.2100 0.2006 0.2877 1.39e-10 2dfd:B, 2dfd:C, 2dfd:D, 4wlo:A, 4wlo:B, 4wlo:C, 4wlo:D, 4wlu:A, 4wlu:B, 4wlu:C, 4wlu:D, 4wlv:A, 4wlv:B, 4wlv:C, 4wlv:D
49 7qoz:A 323 245 0.2300 0.2136 0.2816 5.67e-10 7qoz:B, 7qoz:C, 7qoz:D, 7qoz:E, 7qoz:F, 7qoz:G, 7qoz:H
50 5nue:B 332 229 0.1800 0.1627 0.2358 0.008 5nue:A, 5nue:C, 5nuf:A, 5nuf:B, 5nuf:C
51 1civ:A 374 176 0.1533 0.1230 0.2614 0.013
52 4uun:B 337 181 0.1633 0.1454 0.2707 0.020 5a1t:A, 5a1t:B, 4uun:A
53 7kzp:G 577 133 0.1267 0.0659 0.2857 0.024 7kzq:G, 7kzr:G, 7kzs:G, 7kzt:G, 7kzv:G
54 4mdh:A 333 229 0.1667 0.1502 0.2183 0.14 4mdh:B, 5mdh:A, 5mdh:B, 7rm9:A
55 2cul:A 225 21 0.0400 0.0533 0.5714 1.1
56 6aa8:E 281 107 0.1100 0.1174 0.3084 1.2 6aa8:F
57 5x68:B 354 84 0.0867 0.0734 0.3095 1.3 5x68:A
58 2be7:D 133 33 0.0533 0.1203 0.4848 1.5 2be7:E, 2be7:F
59 5jcp:A 361 159 0.1400 0.1163 0.2642 2.1 5jcp:B
60 7kws:A 390 38 0.0500 0.0385 0.3947 3.0 7kws:B
61 1bxr:A 1073 149 0.1367 0.0382 0.2752 3.8 1a9x:A, 1a9x:C, 1a9x:E, 1a9x:G, 1bxr:C, 1bxr:E, 1bxr:G, 1c30:A, 1c30:C, 1c30:E, 1c30:G, 1c3o:A, 1c3o:C, 1c3o:E, 1c3o:G, 1ce8:A, 1ce8:C, 1ce8:E, 1ce8:G, 1cs0:A, 1cs0:C, 1cs0:E, 1cs0:G, 1jdb:B, 1jdb:E, 1jdb:H, 1jdb:K, 1kee:A, 1kee:C, 1kee:E, 1kee:G, 1m6v:A, 1m6v:C, 1m6v:E, 1m6v:G, 1t36:A, 1t36:C, 1t36:E, 1t36:G
62 1g7u:A 284 32 0.0333 0.0352 0.3125 5.7 1g7v:A, 1gg0:A, 1phq:A, 1phw:A, 1pl9:A, 1q3n:A, 1x6u:A
63 3nyc:A 381 27 0.0400 0.0315 0.4444 7.8 3nye:A, 3nyf:A, 6p9d:A, 6pld:A, 7rdf:A, 3sm8:A
64 1jw9:B 240 155 0.1133 0.1417 0.2194 8.2 1jwa:B, 1jwb:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218