Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RHDEYQYLDLIRQIMRTGNRKGGTISMFGAQMRYSLRDGIFPLLTTKRVFWRGVAEELLWFVRGSTNAKELQEKDIHIWD
GNSSKEFLNKMGFHDREEGDLGPVYGFQWRHFGAPYADMHTDYTGQGVDQLQQVIDTIKNNPDDRRIIMCAWNPVDVPKM
ALPPCHCLCQFYVANGELSCQLYQRSADMGLGVPFNIASYALLTYMIAHVTDLKPGDFVHTLGDAHVYSNHCEALEEQLK
REPRPFPSLKIKRKVENISDFKFEDFELDGYKPHP

The query sequence (length=275) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6k7s:B 286 278 1.0000 0.9615 0.9892 0.0 6k7r:A, 6k7r:B, 6k7s:A
2 4eb4:B 301 280 0.7491 0.6844 0.7357 6.24e-158 4e5o:A, 4e5o:B, 4e5o:C, 4e5o:D, 4e5o:E, 4e5o:F, 4eb4:A, 4eb4:C, 4eb4:D, 4ein:A, 4ein:B, 3ejl:C, 3ejl:D, 4ez8:A, 6f6z:A, 6f6z:B, 5fct:A, 5fct:B, 4fgt:A, 4g2o:X, 4g6w:X, 4gd7:A, 6gko:A, 6gko:B, 6gyj:A, 3h9k:A, 3h9k:B, 3h9k:D, 3h9k:E, 3hb8:A, 3hb8:B, 3hb8:C, 3hb8:D, 3hb8:E, 5hs3:A, 5hs3:B, 5hs3:C, 5hs3:D, 5hs3:E, 5hs3:F, 1hvy:A, 1hvy:B, 1hvy:C, 1hvy:D, 1i00:A, 1i00:B, 1ju6:A, 1ju6:B, 1ju6:C, 1ju6:D, 1juj:A, 1juj:B, 1juj:C, 1juj:D, 3ob7:A, 3ob7:B, 3ob7:D, 3ob7:E, 6oju:B, 6oju:A, 6oju:C, 6oju:D, 6ojv:B, 6ojv:A, 6ojv:D, 6ojv:C, 6pf3:A, 6pf3:B, 6pf3:C, 6pf3:D, 6pf4:B, 6pf4:D, 6pf4:A, 6pf4:C, 6pf5:A, 6pf5:B, 6pf5:C, 6pf5:D, 6pf6:B, 6pf6:A, 6pf6:C, 6pf6:D, 6qxg:A, 6qxg:B, 6qxg:C, 6qxh:A, 6qxh:B, 6qxh:C, 6qyq:B, 6qyq:D, 6r2e:A, 6r2e:C, 6r2e:D, 6r2e:B, 6r2e:F, 6r2e:H, 6r2e:E, 6r2e:G, 2rd8:B, 2rda:C, 2rda:D, 2rda:E, 1rts:A, 1rts:B, 2tsr:A, 2tsr:B, 2tsr:C, 2tsr:D, 4up1:A, 4up1:B, 4up1:D, 4up1:C, 5wrn:B, 5wrn:A, 5wrn:C, 5wrn:D, 5wrn:E, 5wrn:F, 5x5d:A, 5x5d:D, 5x5d:B, 5x5d:E, 5x5d:C, 5x5d:F, 5x5q:A, 5x5q:D, 5x5q:B, 5x5q:E, 5x5q:C, 5x5q:F, 5x66:A, 5x66:D, 5x66:B, 5x66:E, 5x66:C, 5x66:F, 5x67:A, 5x67:B, 5x69:A, 5x69:D, 5x69:B, 5x69:E, 5x69:C, 5x69:F, 6y08:A, 6y08:B, 6zxo:A, 6zxo:B, 6zxo:C, 6zxo:D, 6zxo:E, 6zxo:F
3 5by6:B 288 279 0.6836 0.6528 0.6738 3.05e-144 5by6:A, 5by6:C, 5by6:D, 5m4z:A, 5m4z:B
4 2onb:A 264 279 0.7055 0.7348 0.6953 2.16e-141 4e28:A, 3n5e:A, 3n5e:B
5 4xsc:B 284 277 0.6727 0.6514 0.6679 2.59e-141 4xsc:A, 4xsc:C, 4xsc:D, 4xsd:A, 4xsd:B, 4xsd:C, 4xsd:D
6 5h39:A 285 279 0.6691 0.6456 0.6595 4.10e-137 5h38:B, 5h39:B, 5h3a:A, 5h3a:B
7 4irr:A 290 279 0.6509 0.6172 0.6416 6.11e-135 4irr:B, 4isw:A, 4isw:B, 5noo:A, 5noo:B, 5noo:C, 5noo:D, 4psg:A, 4psg:B
8 7xyk:A 290 276 0.6255 0.5931 0.6232 2.71e-134 7cca:A, 7cca:B, 7xyj:A, 7xyj:B, 7xyj:C, 7xyj:D, 7xyk:B, 7xyk:C, 7xyk:D
9 7dp4:A 287 278 0.6218 0.5958 0.6151 5.32e-130 7dp5:A, 7dp6:A
10 6aog:A 511 281 0.6436 0.3464 0.6299 3.76e-127 6aog:B, 6aoh:A, 6aoh:B, 6aoi:A, 6aoi:B, 4eck:A, 4eck:B, 4eil:A, 4eil:B, 4eil:C, 4eil:D, 4eil:E, 4eil:F, 4eil:G, 4eil:H, 4ky4:A, 4ky4:B, 4ky4:C, 4ky4:D, 4ky4:E, 4ky4:F, 4ky4:G, 4ky4:H, 4kya:A, 4kya:B, 4kya:C, 4kya:D, 4kya:E, 4kya:F, 4kya:G, 4kya:H, 6n1s:A, 6n1s:B, 6n1t:A, 6n1t:B, 5t0l:A, 5t0l:B
11 3irm:A 520 278 0.6327 0.3346 0.6259 6.31e-127 3cl9:A, 3clb:A, 3clb:B, 3clb:C, 3clb:D, 2h2q:A, 2h2q:B, 3hbb:A, 3hbb:B, 3hbb:C, 3hbb:D, 3inv:A, 3inv:B, 3irm:B, 3irm:C, 3irm:D, 3irn:A, 3irn:B, 3irn:C, 3irn:D, 3iro:A, 3iro:B, 3iro:C, 3iro:D, 3kjs:A, 3kjs:B, 3kjs:C, 3kjs:D, 5t7o:A, 5t7o:B, 5t7o:C, 5t7o:D
12 7fgx:D 563 281 0.6436 0.3144 0.6299 2.60e-126 7fgw:A, 7fgw:B, 7fgw:C, 7fgw:D, 7fgx:A, 7fgx:B, 7fgx:C, 7fgy:A, 7fgy:B, 7fgy:C, 7fgy:D
13 1f28:A 295 284 0.6145 0.5729 0.5951 6.16e-126 1ci7:A, 1ci7:B, 1f28:B, 1f28:C, 1f28:D
14 2aaz:A 305 290 0.6473 0.5836 0.6138 2.08e-123 2aaz:B, 2aaz:C, 2aaz:D, 2aaz:E, 2aaz:F, 2aaz:G, 2aaz:H, 2aaz:I, 2aaz:J, 2aaz:K, 2aaz:L, 2aaz:M, 2aaz:N, 2aaz:O, 2aaz:P
15 1qzf:A 519 280 0.5927 0.3141 0.5821 2.61e-117 3dl5:A, 3dl5:B, 3dl5:C, 3dl5:D, 3dl5:E, 3dl6:A, 3dl6:B, 3dl6:C, 3dl6:D, 3dl6:E, 3hj3:A, 3hj3:B, 3hj3:C, 3hj3:D, 4ky8:A, 4ky8:B, 4ky8:C, 4ky8:D, 4ky8:E, 2oip:A, 2oip:B, 2oip:C, 2oip:D, 2oip:E, 6ojs:A, 6ojs:C, 6ojs:B, 6ojs:E, 6ojs:D, 6pf7:A, 6pf7:B, 6pf7:C, 6pf7:D, 6pf7:E, 6pf8:A, 6pf8:B, 6pf8:C, 6pf8:D, 6pf8:E, 6pf9:A, 6pf9:B, 6pf9:C, 6pf9:D, 6pf9:E, 6pfa:A, 6pfa:B, 6pfa:C, 6pfa:D, 6pfa:E, 6pfb:A, 6pfb:B, 6pfb:C, 6pfb:D, 6pfb:E, 6pfc:A, 6pfc:B, 6pfc:D, 6pfc:C, 6pfc:E, 6pfd:A, 6pfd:B, 6pfd:C, 6pfd:D, 6pfd:E, 6pfe:A, 6pfe:B, 6pfe:C, 6pfe:E, 6pfe:D, 6pff:A, 6pff:B, 6pff:C, 6pff:D, 6pff:E, 6pfg:A, 6pfg:B, 6pfg:C, 6pfg:D, 6pfg:E, 6pfh:A, 6pfh:B, 6pfh:C, 6pfh:D, 6pfh:E, 6pfi:A, 6pfi:B, 6pfi:C, 6pfi:D, 6pfi:E, 4q0d:E, 4q0d:A, 4q0d:B, 4q0d:C, 4q0d:D, 4q0e:A, 4q0e:C, 4q0e:B, 4q0e:D, 4q0e:E, 1qzf:B, 1qzf:C, 1qzf:D, 1qzf:E, 1sej:A, 1sej:B, 1sej:C, 1sej:D, 1sej:E, 6wep:A, 6wep:B
16 6a2l:B 521 278 0.5455 0.2879 0.5396 9.36e-114 6kp2:A, 8yq8:B
17 6a2p:B 551 278 0.5455 0.2722 0.5396 2.17e-113 6a2k:A, 6a2k:B, 6a2l:A, 6a2m:A, 6a2m:B, 6a2n:A, 6a2n:B, 6a2o:A, 6a2o:B, 6a2p:A, 7ctw:A, 7ctw:B, 7cty:A, 7cty:B, 7ctz:A, 7ctz:B, 3dg8:A, 3dg8:B, 3dg8:C, 3dg8:D, 3dga:A, 3dga:B, 3dga:C, 3dga:D, 4dp3:A, 4dp3:B, 4dpd:A, 4dpd:B, 4dph:A, 4dph:B, 7f3y:A, 7f3y:B, 7f3z:A, 7f3z:B, 1j3i:A, 1j3i:B, 1j3i:C, 1j3i:D, 1j3j:A, 1j3j:B, 1j3j:C, 1j3j:D, 1j3k:A, 1j3k:B, 1j3k:C, 1j3k:D, 8jfb:A, 8jfb:B, 8jfc:A, 8jfc:B, 8jfd:A, 8jfd:B, 3jsu:A, 3jsu:B, 6kot:A, 6kot:B, 6kp2:B, 6kp7:A, 6kp7:B, 6kpr:A, 6kpr:B, 6leu:A, 6leu:B, 6lev:A, 6lev:B, 6lez:A, 6lez:B, 6lh9:A, 6lh9:B, 6lhi:A, 6lhi:B, 6lhj:A, 6lhj:B, 3qg2:A, 3qg2:B, 3qgt:A, 3qgt:B, 3um5:A, 3um5:B, 3um6:A, 3um6:B, 3um8:A, 3um8:B, 8wgm:A, 8wgm:B, 8yq8:A, 8yq9:A, 8yq9:B
18 3k2h:A 503 279 0.5527 0.3022 0.5448 4.41e-113 3k2h:B, 3kjr:A, 3kjr:B, 3nrr:A, 3nrr:B
19 2a9w:A 264 275 0.5200 0.5417 0.5200 1.47e-95 2a9w:B, 2a9w:C, 2a9w:D, 1aiq:A, 1aiq:B, 1aob:A, 1axw:A, 1axw:B, 3b5b:A, 3b5b:B, 3b9h:A, 2bbq:A, 2bbq:B, 1bdu:A, 3bfi:A, 3bgx:A, 3bhl:A, 3bhl:B, 3bhr:A, 1bid:A, 1bjg:A, 1bq1:A, 1bq1:B, 6cdz:A, 6cdz:B, 1ddu:A, 1ddu:B, 1dna:A, 1dna:B, 1f4c:A, 1f4c:B, 1f4d:A, 1f4d:B, 1f4e:A, 1f4f:A, 1f4f:B, 1f4g:A, 1f4g:B, 2fto:X, 1fwm:A, 1fwm:B, 2g8x:A, 2g8x:B, 4gev:A, 4gev:B, 4isk:A, 4isk:B, 4isk:C, 4isk:F, 4isk:D, 4isk:E, 4isk:G, 4isk:H, 1jg0:A, 1jg0:B, 1jtq:A, 1jtq:B, 1jtu:A, 1jtu:B, 1jut:A, 1jut:B, 7jx1:A, 7jx1:B, 7jxf:A, 7jxf:B, 1kce:A, 1kce:B, 2kce:A, 2kce:B, 1kzi:A, 1kzi:B, 1kzj:A, 1kzj:B, 1kzj:C, 1kzj:D, 1kzj:E, 1kzj:F, 4lrr:A, 1nce:A, 1nce:B, 6nnr:A, 6nnr:B, 1syn:A, 1syn:B, 1tdu:A, 1tdu:B, 1tlc:A, 1tlc:B, 1tls:A, 1tls:B, 1trg:A, 1tsd:A, 1tsd:B, 1tsn:A, 2tsc:A, 2tsc:B, 1tys:A, 2vet:A, 2vf0:A, 2vf0:B, 1zpr:A, 1zpr:B
20 6qxs:A 292 294 0.5273 0.4966 0.4932 4.66e-94 6qxs:C, 6qya:A, 6qya:C
21 5j7w:C 315 315 0.5309 0.4635 0.4635 3.73e-90 5j7w:D, 4o7u:B, 4o7u:D, 6qxs:B, 6qxs:D, 6qya:B, 6qya:D, 3uwl:B, 3uwl:D
22 4h0u:A 260 270 0.4836 0.5115 0.4926 2.44e-88 4h0u:B, 4h0u:C, 4h0u:D
23 4fog:D 263 274 0.4836 0.5057 0.4854 3.89e-87 4foa:A, 4foa:B, 4foa:C, 4foa:D, 4fog:A, 4fog:B, 4fog:C, 4fox:A, 4fox:B, 4fox:C, 4fox:D, 4fox:E, 4fox:F, 4fox:G, 4fox:H, 4fqs:A, 4fqs:B, 3qj7:A, 3qj7:C, 3qj7:B, 3qj7:D
24 3c0a:A 289 291 0.5091 0.4844 0.4811 2.68e-86
25 1bo7:A 316 315 0.5055 0.4399 0.4413 2.85e-80 3bnz:A, 1bo8:A, 1bp0:A, 1bp6:A, 1bpj:A, 3byx:A, 3bz0:A, 3c06:A, 2g86:A, 2g89:A, 2g8a:A, 2g8d:A, 3ijz:A, 3ik0:A, 3ik1:A, 1jmf:A, 1jmg:A, 1jmh:A, 1jmi:A, 1lca:A, 1lcb:A, 1lce:A, 1nja:A, 1njb:A, 1njc:A, 1njd:A, 1nje:A, 1tdb:A, 1tdc:A, 2tdd:A, 2tdm:A, 1thy:A, 1tsl:A, 1tsm:A, 1tsv:A, 1tsx:A, 1tsy:A, 1tsz:A, 1tvu:A, 1tvv:A, 1tvw:A, 1vza:A, 1vzb:A, 1vzc:A, 1vzd:A, 1vze:A
26 4dq1:A 312 312 0.4982 0.4391 0.4391 1.05e-79 4dq1:B
27 1b02:A 279 250 0.3309 0.3262 0.3640 1.74e-49
28 5b6e:A 319 139 0.1236 0.1066 0.2446 1.56e-08 5b6d:A, 5b6d:B, 5b6e:B, 5jp9:A, 5jp9:B
29 1gtt:A 421 65 0.0909 0.0594 0.3846 0.062 1gtt:B, 1gtt:C, 1gtt:D, 1i7o:A, 1i7o:B, 1i7o:C, 1i7o:D
30 6a9a:A 246 143 0.1236 0.1382 0.2378 0.066 1b49:A, 1b49:C, 1b5d:A, 1b5d:B, 1b5e:A, 1b5e:B, 6l18:A
31 7smc:C 347 66 0.0727 0.0576 0.3030 1.1 7smc:A, 7smd:A, 7sme:A, 7smf:A, 7smf:C, 4yoo:A, 4yos:A, 4yoz:A
32 2vd8:A 387 63 0.0618 0.0439 0.2698 2.8 2vd8:B, 2vd9:A, 2vd9:B
33 6mo5:A 303 124 0.1055 0.0957 0.2339 3.7 6c9c:A, 6cax:A, 7ci4:A, 7ci4:B, 7ci5:A, 7ci5:B, 7ci5:C, 7ci5:D, 7ci6:A, 7ci6:B, 7ci7:A, 7ci8:A, 7ci8:B, 7ci9:A, 7cia:A, 7cib:A, 7cic:A, 7cic:B, 7cid:A, 7cie:A, 7cie:B, 7del:A, 7dem:A, 7den:A, 5drq:A, 5drr:A, 6dui:A, 8e4a:A, 6e54:A, 4fw3:A, 4fw3:B, 4fw3:C, 4fw3:D, 4fw4:A, 4fw4:B, 4fw4:C, 4fw4:D, 4fw5:A, 4fw5:B, 4fw5:C, 4fw5:D, 4fw6:A, 4fw6:B, 4fw6:C, 4fw6:D, 4fw7:A, 4fw7:B, 4fw7:C, 4fw7:D, 6i46:AAA, 6i47:AAA, 6i48:AAA, 6i49:AAA, 6i49:BBB, 6i4a:AAA, 4j3d:A, 4j3d:B, 7k99:A, 7k99:C, 7k9a:A, 7k9a:C, 4lcf:A, 4lcg:A, 4lch:A, 6mae:A, 6mo4:A, 6mod:A, 6moo:A, 5n8c:A, 5n8c:B, 4okg:A, 4okg:B, 3p3e:A, 7phn:A, 7pj2:A, 7pjg:A, 7pk8:A, 7pkk:A, 7pkm:A, 7pzs:A, 7pzu:A, 7pzv:A, 7pzw:A, 7pzx:A, 7q01:A, 3u1y:A, 3u1y:B, 5u39:A, 5u3b:A, 5u3b:B, 3uhm:A, 5upg:A, 2ves:A, 2ves:B, 2ves:C, 5vwm:A
34 2wtn:B 250 83 0.0727 0.0800 0.2410 5.7 2wtn:A
35 4ysh:A 370 89 0.0945 0.0703 0.2921 6.3 4ysh:B
36 2zba:A 435 43 0.0545 0.0345 0.3488 8.4 2zba:B, 2zba:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218