Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RGSALSTFKHTFVVADATKDMAIMYASAGFYEMTQYGPEDVIGKNCKFLQGPGTDTEEVARIRRAIKNGESHCGRLLNYK
KDGTPFWNLLTLAPIKNEQGAVVKFIGMQVEVTQFTEGELEKAMRPNGL

The query sequence (length=129) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8j68:A 129 129 1.0000 1.0000 1.0000 3.75e-96 8i11:A, 8il9:A, 8iyn:A
2 2z6d:A 118 115 0.5659 0.6186 0.6348 1.21e-54 2z6d:B
3 2z6c:A 121 114 0.5814 0.6198 0.6579 6.18e-54 2z6c:B
4 8qi8:A 110 108 0.5349 0.6273 0.6389 5.69e-47 1n9l:A, 1n9n:A, 1n9o:A, 8qi9:A, 8qia:A, 8qib:A, 8qif:A, 8qig:A, 8qih:A, 8qii:A, 8qik:A, 8qil:A, 8qim:A, 8qin:A, 8qio:A, 8qip:A, 8qiq:A, 8qir:A, 8qis:A, 8qit:A, 8qiu:A, 8qiv:A, 8qiw:A
5 8pm1:A 109 102 0.3721 0.4404 0.4706 1.63e-32 7ab6:A, 7ab6:B, 7ab7:A, 7ab7:B, 8pky:A, 8pky:B, 8pm1:B, 6rhf:A, 6rhf:B, 6rhg:A, 6rhg:B, 6y7r:A, 6y7r:B, 6y7u:A, 6y7u:B, 6ywg:A, 6ywg:B, 6ywh:A, 6ywh:B, 6ywi:A, 6ywi:B, 6ywq:A, 6ywq:B, 6ywr:B, 6ywr:A, 6yx4:A, 6yx4:B, 6yx6:A, 6yx6:B, 6yxb:A, 6yxb:B, 6yxb:C, 6yxb:D, 6yxc:A, 6yxc:B
6 6i21:A 135 112 0.3721 0.3556 0.4286 6.75e-31 6i20:A, 6i20:B, 6i20:C, 6i20:D, 6i22:A, 6i22:B, 6i22:C, 6i22:D, 6i23:A, 6i23:B, 6i24:A, 6i25:A
7 3ue6:E 138 112 0.3721 0.3478 0.4286 1.00e-29 3ue6:A, 3ue6:B, 3ue6:C, 3ue6:D, 3ue6:F, 3ulf:A, 3ulf:B, 3ulf:C, 3ulf:D, 3ulf:E, 3ulf:F
8 6t74:B 141 111 0.3876 0.3546 0.4505 1.14e-29 5a8b:A, 5a8b:B, 5a8b:C, 5a8b:D, 5dkk:A, 5dkk:B, 5dkl:A, 5dkl:B, 6t73:A, 6t73:B, 6t73:C, 6t74:A
9 4hhd:A 152 111 0.3488 0.2961 0.4054 2.20e-28 4hhd:B
10 4eeu:A 109 103 0.3411 0.4037 0.4272 7.18e-28 7aby:A, 4eet:D, 4nxb:A, 4nxb:B, 4nxe:A, 4nxe:B, 4nxf:A, 4nxf:B, 4nxg:A, 4nxg:B
11 7qf2:AAA 117 104 0.3411 0.3761 0.4231 2.61e-27 8a2v:A, 8a2w:A, 8a2w:B, 8a4e:A, 4eep:A, 4eer:A, 4ees:A, 4eet:B, 6gpu:A, 6gpv:A, 8q5f:A, 8q5f:B, 7qf3:AAA, 7qf4:AAA, 7qf5:AAA, 6qqh:A, 6qqi:A, 6qqj:A, 6qqk:A, 6qsa:A, 6s45:A, 6s46:A
12 7oo9:A 106 101 0.3798 0.4623 0.4851 3.90e-27 7oo9:B
13 2wkp:A 320 122 0.3643 0.1469 0.3852 2.14e-26 6agp:A, 7ajk:BBB, 6bc1:A, 6bc1:B, 2c2h:A, 2c2h:B, 1ds6:A, 1e96:A, 2fju:A, 2g0n:A, 2g0n:B, 1g4u:R, 4gzl:A, 4gzl:B, 4gzm:A, 4gzm:B, 2h7v:A, 2h7v:B, 1he1:C, 1he1:D, 1hh4:A, 1hh4:B, 1i4d:D, 1i4l:D, 1i4t:D, 2ic5:A, 2ic5:B, 1mh1:A, 5n6o:A, 5n6o:B, 5o33:A, 2ov2:A, 2ov2:F, 2ov2:B, 2ov2:C, 2ov2:G, 2ov2:D, 2ov2:E, 2ov2:H, 2p2l:A, 2p2l:B, 2p2l:C, 8q0n:C, 2qme:A, 5qqd:A, 5qqe:A, 5qqf:A, 5qqg:A, 5qqh:A, 5qqi:A, 5qqj:A, 5qqk:A, 5qql:A, 5qqm:A, 5qqn:A, 2rmk:A, 1ryf:A, 1ryf:B, 1ryh:A, 1ryh:B, 3ryt:C, 3sbd:A, 3sbd:B, 3sbe:A, 3su8:A, 3sua:A, 3sua:B, 3sua:C, 3th5:A, 3th5:B, 7usd:F, 7use:F, 7use:G, 2w2t:A, 2w2v:A, 2w2v:B, 2w2v:C, 2w2v:D, 2w2x:A, 2w2x:B, 8wej:E, 2wkq:A, 2wkr:A
14 7tbq:A 375 122 0.3643 0.1253 0.3852 2.20e-25 7tal:A, 7tbn:A, 7tbq:B, 7tbq:C, 7tbq:D, 7tbq:E
15 1g28:A 104 103 0.3566 0.4423 0.4466 6.51e-25 1g28:B, 1g28:C, 1g28:D, 1jnu:A, 1jnu:B, 1jnu:C, 1jnu:D
16 5hzh:A 320 122 0.3566 0.1437 0.3770 6.79e-25
17 5hzi:A 476 122 0.3566 0.0966 0.3770 1.30e-24 5djt:A, 5dju:A, 5dju:C, 5efw:A, 5hzi:B, 5hzj:A, 5hzj:B, 5hzk:B, 5hzk:D, 7pgx:AAA, 7pgy:AAA, 7pgz:AAA, 7ph0:AAA, 2v0u:A, 2v0w:A, 2v1a:A, 2v1b:A
18 2mwg:A 261 117 0.3876 0.1916 0.4274 1.40e-24 2mwg:B, 2pr5:A, 2pr5:B, 2pr6:A, 2pr6:B
19 4gcz:B 378 122 0.3953 0.1349 0.4180 1.16e-23 4gcz:A
20 7tcd:A 436 121 0.3566 0.1055 0.3802 2.88e-23 4wf0:A, 4wf0:B
21 6hmj:A 359 107 0.3256 0.1170 0.3925 8.37e-23 6hmj:B, 6hmj:C, 6hmj:D
22 7a6p:A 149 103 0.3101 0.2685 0.3883 2.16e-22 7a6p:B
23 7wa4:B 107 100 0.3411 0.4112 0.4400 1.20e-21
24 8a6x:B 368 114 0.3333 0.1168 0.3772 3.89e-21 8a3u:A, 8a52:A, 8a52:B, 8a6x:A, 8a7f:A, 8a7f:B, 8a7h:A, 8a7h:B
25 5svu:B 135 118 0.3488 0.3333 0.3814 2.10e-20 5svg:B, 5svg:A, 5svg:C, 5svg:D, 5svu:A, 5svu:C, 5svu:D, 5svv:D, 5svv:A, 5svv:B, 5svv:C, 5svw:B, 5svw:A, 5svw:C, 5svw:D, 6wle:B, 6wle:A, 6wle:C, 6wle:D, 6wle:E, 6wle:F, 6wle:G, 6wlp:B, 6wlp:A, 6wlp:C, 6wlp:D, 6wlp:E, 6wlp:F, 6wlp:G
26 4wuj:C 145 101 0.2946 0.2621 0.3762 3.38e-20 4wuj:A, 4wuj:B, 4wuj:D
27 7r56:A 137 113 0.3333 0.3139 0.3805 4.00e-20 8a33:A, 8a36:A, 8a36:B, 8a36:C, 8a36:D, 8a37:A, 6gg9:A, 6gg9:B, 6gg9:C, 6gg9:D, 5j3w:A, 5j3w:B, 5j3w:C, 5j3w:D, 5j4e:A, 5j4e:B, 5j4e:C, 5j4e:D, 8q5e:A, 8q5e:B, 7r4s:A, 7r4s:B, 7r4s:C, 7r4s:D, 3sw1:A, 3sw1:B
28 4r3a:A 318 105 0.2946 0.1195 0.3619 7.10e-20 4r38:A, 4r38:B, 4r38:C, 4r38:D, 4r39:A, 4r39:B, 4r39:C, 4r39:D
29 6ph4:B 460 94 0.2868 0.0804 0.3936 2.77e-19 5epv:A, 5epv:B, 5epv:C, 5epv:D, 6ph2:A, 6ph2:B, 6ph2:C, 6ph2:D, 6ph3:A, 6ph3:B, 6ph3:C, 6ph3:D, 6ph4:A, 6pps:A, 6pps:B, 6pps:C, 6pps:D, 3t50:A, 3t50:B
30 8c05:A 305 101 0.3023 0.1279 0.3861 3.01e-19
31 8a5r:AAA 206 101 0.2946 0.1845 0.3762 3.91e-19 8a5s:AAA, 3p7n:A, 3p7n:B
32 6gb3:A 120 103 0.3023 0.3250 0.3786 4.39e-18 6gay:A, 6gay:B, 6gba:A, 6gbv:A, 4kuk:A, 4kuo:A, 7zqu:A
33 4r3a:B 278 105 0.2946 0.1367 0.3619 1.31e-17
34 7r5n:B 151 103 0.2713 0.2318 0.3398 1.95e-17 7r5n:A
35 7yid:A 660 100 0.2713 0.0530 0.3500 1.01e-16 7yid:B, 7yid:C, 7yid:D
36 7yx0:A 166 103 0.2713 0.2108 0.3398 8.11e-16 7yx0:C
37 3hjk:A 150 104 0.2791 0.2400 0.3462 8.17e-16 6cny:A, 6cny:B, 6cny:C, 6cny:D, 3d72:A, 3d72:B, 3hji:A, 3hji:B, 3hjk:B, 3is2:A, 3is2:B, 2pd7:A, 2pd7:B, 2pd8:A, 2pd8:B, 2pdr:A, 2pdr:B, 2pdr:C, 2pdr:D, 3rh8:B, 3rh8:D
38 4hj6:B 178 100 0.2558 0.1854 0.3300 9.91e-11 4hia:A, 4hia:B, 4hj3:A, 4hj3:B, 4hj4:A, 4hj4:B, 4hj6:A, 4hnb:A, 4hnb:B, 7ob0:A, 7ob0:B, 7ob0:C, 7ob0:D, 7obz:A, 7obz:B, 7obz:C, 7obz:D, 7obz:E, 7obz:F
39 2gj3:A 119 110 0.2558 0.2773 0.3000 1.43e-10 2gj3:B
40 3ewk:A 227 110 0.2248 0.1278 0.2636 2.47e-09
41 8dik:A 127 91 0.1473 0.1496 0.2088 0.032 8dik:B
42 7v7w:B 288 105 0.1860 0.0833 0.2286 0.044
43 5jxp:A 662 60 0.1550 0.0302 0.3333 0.71
44 5jwg:A 703 60 0.1550 0.0284 0.3333 0.74 5jwg:B, 5jwi:A, 5jwi:B, 5jy0:A
45 2owo:A 586 23 0.0853 0.0188 0.4783 3.0 4glx:A, 5tt5:A
46 5hb0:D 502 19 0.0698 0.0179 0.4737 4.9
47 6pl0:B 608 84 0.1163 0.0247 0.1786 4.9 5akp:A, 5akp:B, 7l59:A, 6ndo:A, 6ndo:B, 6ndp:A, 6ndp:B, 6pl0:A, 5uyr:A, 5uyr:B
48 4nzf:D 435 61 0.1550 0.0460 0.3279 5.2 4nzf:A, 4nzf:B, 4nzf:C, 4nzf:E, 4nzf:F, 4nzf:G, 4nzf:H
49 1d06:A 130 99 0.1938 0.1923 0.2525 7.1 1ew0:A
50 8am5:D 278 43 0.1163 0.0540 0.3488 8.1 8asl:D
51 6wj6:D 342 43 0.1163 0.0439 0.3488 9.9 7n8o:D, 7n8o:d, 7rcv:D, 7rcv:d, 8tow:D, 8tow:d, 8wql:DD, 8wql:DE, 8wql:D1, 8wql:d1, 8wql:dD, 8wql:dE

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218