Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RFDFLMSCVGYAIGLGNVWRFPYLCGKNGGGAFLIPYFLTLIFAGVPLFLLECSLGQYTSIGGLGVWKLAPMFKGVGLAA
AVLSFWLNIYYIVIISWAIYYLYNSFTTTLPWKQCDNPWNTDRCFSNYSLVNTTNMTSAVVEFWERNMHQMTDGLDKPGQ
IRWPLAITLAIAWVLVYFCIWKGVGWTGKVVYFSATYPYIMLIILFFRGVTLPGAKEGILFYITPNFRKLSDSEVWLDAA
TQIFFSYGLGLGSLIALGSYNSYHNNVYRDSIIVCCINSCTSMFAGFVIFSIVGFMAHVTKRSIADVAASGPGLAFLAYP
EAVTQLPISPLWAILFFSMLLMLGIDSQFCTVEGFITALVDEYPRLLRNRRELFIAAVCIVSYLIGLSNITQGGIYVFKL
FDYYSASGMSLLFLVFFECVSISWFYGVNRFSEDIRDMIGFPPCIWWKLCWSFFTPIIVAGVFLFSAVQMTPLTMGSYVF
PKWGQGVGWLMALSSMVLIPGYMAYMFLTLKGSLKQRLQVMIQPS

The query sequence (length=525) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7sk2:A 532 525 0.9695 0.9568 0.9695 0.0 8gnk:A, 7y7w:A, 7y7y:A, 7y7z:A
2 4xp9:C 537 527 0.4800 0.4693 0.4782 0.0 9euo:A, 9eup:A, 6m0f:A, 6m0z:A, 6m2r:A, 6m38:A, 6m3z:A, 4m48:A, 6m47:A, 7wgd:A, 7wgt:A, 7wlw:A, 4xnu:A, 4xnx:A, 4xp1:A, 4xp4:A, 4xp5:A, 4xp6:A, 4xpa:A, 4xpb:A, 4xpf:A, 4xpg:A, 4xph:A, 4xpt:A
3 8vby:A 553 528 0.4781 0.4539 0.4754 1.31e-178 9eo4:B, 8y2d:A, 8y2e:A, 8y2f:A, 8y2g:A
4 8y8z:A 565 538 0.4895 0.4549 0.4777 1.58e-173 8hff:A, 8hfg:A, 8hfi:A, 8hfl:A, 8i3v:A, 8wgr:A, 8wgx:A, 8wtv:A, 8wtw:A, 8wtx:A, 8wty:A, 8xb2:A, 8xb3:A, 8y8z:E, 8y90:A, 8y91:D, 8y91:A, 8y92:A, 8y92:B, 8y93:A, 8y95:A, 8y95:D, 8yr2:B, 8yr2:A, 8z1l:A, 8zoy:A, 8zp1:A, 8zp2:A, 8zpb:A
5 8wfl:A 552 532 0.4743 0.4511 0.4680 6.38e-165 8wfi:A, 8wfj:A, 8wfk:A, 6zbv:A, 6zpl:B, 6zpl:A
6 6awn:A 544 534 0.4476 0.4320 0.4401 1.31e-163 6awo:A, 6awp:A, 6awq:A, 8de3:A, 8de4:A, 6dzv:A, 6dzw:A, 6dzy:A, 6dzz:A, 5i6x:A, 5i71:A, 5i73:A, 5i74:A, 5i75:A, 7li6:A, 7li7:A, 7li9:A, 7lia:A, 7lwd:A, 7mgw:A, 7txt:S, 6vrh:A, 6vrk:A, 6vrl:A, 6w2b:A, 6w2c:A
7 7dwx:A 605 518 0.3695 0.3207 0.3745 6.93e-118 7dwx:C, 8i92:B, 8i92:D, 8i93:B, 8i93:D, 6m17:A, 6m17:C, 8wby:A, 8wby:D, 8wbz:A, 8wbz:D
8 8i91:B 579 519 0.3714 0.3368 0.3757 4.61e-107 8i91:D, 8p2w:C, 8p2z:C, 8p30:C, 8p30:D, 8p31:C, 8p31:D, 8wm3:A, 8wm3:C
9 6yu6:B 446 485 0.2533 0.2982 0.2742 2.26e-33 4us3:A, 4us4:A, 6yu2:A, 6yu2:B, 6yu3:A, 6yu4:A, 6yu5:A, 6yu5:B, 6yu6:A, 6yu7:A
10 2q6h:A 512 491 0.2362 0.2422 0.2525 3.16e-25 2a65:A, 7dii:A, 7dii:B, 7dix:A, 7dix:B, 7dj1:A, 7dj1:B, 7dj2:A, 7dj2:B, 7djc:A, 3f3a:A, 3f3c:A, 3f3d:A, 3f3e:A, 3f48:A, 3f4i:A, 3f4j:A, 8ft4:A, 8ft5:A, 4fxz:A, 4fy0:A, 3gjc:A, 3gjc:B, 3gjd:A, 3gwu:A, 3gwv:A, 3gww:A, 4hmk:A, 4hmk:B, 4hod:A, 7lqj:A, 7lqk:A, 7lql:A, 4mm4:A, 4mm4:B, 4mm5:A, 4mm6:A, 4mm7:A, 4mm8:A, 4mm9:A, 4mma:A, 4mmb:A, 4mmc:A, 4mmd:A, 4mmd:B, 4mme:A, 4mme:B, 4mmf:A, 4mmf:B, 3mpn:A, 3mpq:A, 6nle:A, 2q72:A, 2qb4:A, 2qei:A, 2qju:A, 3qs4:A, 3qs5:A, 3qs6:A, 3tt1:A, 3tt1:B, 3tu0:A, 3usg:A, 3usi:A, 3usi:B, 3usj:A, 3usj:B, 3usk:A, 3usk:B, 3usk:C, 3usk:D, 3usl:A, 3usm:A, 3uso:A, 3uso:B, 3usp:A, 6xwm:A, 6xwm:B
11 5i2u:B 297 93 0.0400 0.0707 0.2258 5.4 5i2u:A
12 4nef:A 239 45 0.0305 0.0669 0.3556 9.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218