Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
REGLIKHILAKREKEYVNIQTFRFFVGTWNVNGQSPDSGLEPWLNCDPNPPDIYCIGFQELDLSTEAFFYFESVKEQEWS
MAVERGLHSKAKYKKVQLVRLVGMMLLIFARKDQCRYIRDIATETVGTGIMGKMGNKGGVAVRFVFHNTTFCIVNSHLAA
HVEDFERRNQDYKDICARMSFVVPNLPQLNIMKHEVVIWLGDLNYRLGMPDANEVKSLINKKDLQRLLKFDQLNIQRTQK
KAFVDFNEGEIKFIPTYKYDSKTDRWDSSGKCRVPAWCDRILWRGTNVNQLNYRSHMELKTSDHKPVSALFHIGVKVVDE
RRYRKVFEDSVRIMDRMEN

The query sequence (length=339) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4cmn:A 339 339 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 5a7i:A 313 305 0.5546 0.6006 0.6164 1.14e-146 5a7j:A, 5a7j:B, 4cml:A, 3mtc:A, 3n9v:A, 3n9v:B
3 7a17:A 336 332 0.3540 0.3571 0.3614 7.15e-66 7a0v:A, 7a0v:E, 7a17:C
4 1i9z:A 336 330 0.3599 0.3631 0.3697 3.00e-63
5 5okn:D 433 308 0.3068 0.2402 0.3377 4.64e-50 4a9c:B, 5okn:C, 5okn:E, 5okn:F, 5okn:H, 6squ:B
6 5okn:G 402 313 0.3097 0.2612 0.3355 7.06e-49 6squ:A
7 8pdg:AAA 462 317 0.3097 0.2273 0.3312 5.13e-48 8pdh:AAA, 8pdi:A, 8pdj:AAA, 5rw2:A, 5rw4:A, 5rw5:A, 5rw6:A, 5rw7:A, 5rw8:A, 5rw9:A, 5rwa:A, 5rwb:A, 5rwc:A, 5rwd:A, 5rwe:A, 5rwf:A, 5rwg:A, 5rwh:A, 5rwj:A, 5rwk:A, 5rwl:A, 5rwn:A, 5rwp:A, 5rwq:A, 5rwr:A, 5rws:A, 5rwt:A, 5rwu:A, 5rwv:A, 5rww:A, 5rwx:A, 5rwy:A, 5rwz:A, 5rx0:A, 5rx1:A, 5rx2:A, 5rx3:A, 5rx4:A, 5rx5:A, 5rx6:A, 5rx7:A, 5rx8:A, 5rx9:A, 5rxa:A, 5rxb:A, 5rxc:A, 5rxd:A, 5rxe:A, 5rxf:A, 5rxg:A, 5rxh:A, 5rxi:A, 5rxj:A, 5rxk:A, 5rxl:A, 5rxo:A, 5rxp:A, 5rxq:A, 5rxr:A, 5rxs:A, 5rxt:A, 5rxu:A, 5rxv:A, 5rxw:A, 5rxy:A, 5rxz:A, 5ry0:A, 5ry1:A, 5ry2:A, 5ry3:A, 5ry4:A, 5ry5:A, 5ry6:A, 5ry7:A, 5ry8:A, 5ry9:A, 5rya:A, 5ryb:A, 5ryc:A, 5ryd:A, 5rye:A, 5ryg:A, 5ryh:A, 5ryi:A, 5ryj:A, 5ryk:A, 5ryl:A, 6xy7:AAA
8 2imq:X 280 292 0.2212 0.2679 0.2568 2.36e-21 4l1y:A, 4l1z:A, 4l20:A, 4l21:A, 1ntf:A, 1si6:X, 1y21:A, 1yjh:A
9 8of4:L 237 88 0.0678 0.0970 0.2614 0.25
10 5swo:B 267 38 0.0354 0.0449 0.3158 0.54 5gji:A, 2iuh:A, 2iui:A, 2iui:B, 7rns:A, 5sxk:B
11 5y2f:A 297 93 0.0678 0.0774 0.2473 1.9 8ak5:A, 8ak5:B, 8ak6:A, 8ak6:B, 8ak7:A, 8ak7:B, 8ak8:A, 8ak8:B, 8ak9:A, 8ak9:B, 8aka:A, 8aka:B, 8akb:A, 8akb:B, 8akc:A, 8akc:B, 8akd:A, 8akd:B, 8ake:A, 8ake:B, 8akf:A, 8akf:B, 8akg:A, 8akg:B, 8bl0:A, 8bl0:B, 8bl1:A, 8bl1:B, 7cl0:A, 7cl1:A, 8cnm:A, 8cnm:B, 8cno:A, 8cno:B, 8f86:K, 8g57:K, 9g7h:A, 9g7h:B, 6hoy:A, 6hoy:B, 8i2b:A, 8i2b:B, 3k35:A, 3k35:B, 3k35:C, 3k35:D, 3k35:E, 3k35:F, 5mf6:A, 5mf6:B, 5mfp:A, 5mfp:B, 5mfz:A, 5mfz:B, 5mgn:A, 5mgn:B, 3pki:A, 3pki:B, 3pki:C, 3pki:D, 3pki:E, 3pki:F, 3pkj:A, 3pkj:B, 3pkj:C, 3pkj:D, 3pkj:E, 3pkj:F, 6qcd:A, 6qcd:B, 6qce:A, 6qce:B, 6qch:A, 6qch:B, 6qcj:A, 6qcj:B, 5x16:A, 6xuy:A, 6xuy:B, 6xv1:A, 6xv1:B, 6xv6:A, 6xv6:B, 6xv6:C, 6xv6:D, 6xv6:E, 6xv6:F, 6xvg:A, 6xvg:B, 6xvg:C, 6xvg:D, 6xvg:E, 6xvg:F, 3zg6:A, 6zu4:A, 6zu4:B
12 2vso:A 366 72 0.0619 0.0574 0.2917 9.4 1fuk:A, 2vso:B, 2vsx:A, 2vsx:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218