Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
RDVEEDVKGKLDEWLNALVHLDKQQVERIYEELQGEMKHVLDFEIINYYKLLYTRYLIMKRDISALEEELDKLKKVYKKY
SPFQKLLYMYGRGLLCCLQYRWKDGLDYLLKTEVMAKEQGYHETGLYYNIALAYTHLDIHHLAIHFVNMALEGFRSEYKF
RNIINCQILIAVSYTEKGQYEEALKMYESILREATSFADKDVLLAITLSNMGSIYYKKGKYQQAKKYYLDSLQLQKQIDL
NYLDTIYEMALVCIKLEELEEARTLIDKGIDAAKQEERFNAKLYLLLMLRYKYFEEAKDYKAFLENEAIPVYVELAEHFS
SLSRFEESNRYYRLVIDLMND

The query sequence (length=341) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 4gpk:J 347 346 1.0000 0.9827 0.9855 0.0 4gpk:A, 4gpk:B, 4gpk:C, 4gpk:D, 4gpk:E, 4gpk:F, 4gpk:G, 4gpk:H, 4gpk:I, 4gpk:K, 4gpk:L
2 8rsv:B 365 260 0.1466 0.1370 0.1923 6.03e-08 8rst:A, 8rsu:A, 8rsv:A, 8rtc:A, 8rtc:B
3 4gyo:B 359 281 0.1672 0.1588 0.2028 4.19e-06 4gyo:A
4 8chy:A 272 137 0.1144 0.1434 0.2847 9.90e-05 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
5 8chy:A 272 93 0.0762 0.0956 0.2796 0.024 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
6 8chy:A 272 58 0.0528 0.0662 0.3103 6.3 8bu0:A, 8cig:A, 8ckr:A, 8cqp:C, 8cqq:A
7 6t46:G 365 203 0.1378 0.1288 0.2315 5.93e-04 6t46:A, 6t46:C, 6t46:E
8 1na0:B 119 108 0.0909 0.2605 0.2870 0.001 1na3:A, 1na3:B
9 1na0:B 119 93 0.0792 0.2269 0.2903 0.001 1na3:A, 1na3:B
10 1na0:B 119 53 0.0528 0.1513 0.3396 0.43 1na3:A, 1na3:B
11 5fjy:A 267 144 0.0997 0.1273 0.2361 0.001 6f9i:A, 6f9i:B, 5fjy:B, 3zfw:A, 3zfw:B
12 5fjy:A 267 88 0.0762 0.0974 0.2955 0.065 6f9i:A, 6f9i:B, 5fjy:B, 3zfw:A, 3zfw:B
13 3kd7:A 102 65 0.0616 0.2059 0.3231 0.007 3kd7:B, 3kd7:C, 3kd7:D, 3kd7:E
14 3kd7:A 102 58 0.0557 0.1863 0.3276 0.16 3kd7:B, 3kd7:C, 3kd7:D, 3kd7:E
15 3kd7:A 102 106 0.0821 0.2745 0.2642 0.75 3kd7:B, 3kd7:C, 3kd7:D, 3kd7:E
16 7y4i:A 822 146 0.0968 0.0401 0.2260 0.17 8dti:A, 8dti:B
17 7y4i:A 822 71 0.0587 0.0243 0.2817 2.6 8dti:A, 8dti:B
18 7yeh:A 1020 63 0.0499 0.0167 0.2698 0.26 4ay5:A, 4ay5:B, 4ay5:C, 4ay5:D, 4ay6:A, 4ay6:B, 4ay6:C, 4ay6:D, 5c1d:A, 4cdr:A, 4cdr:B, 4cdr:C, 4cdr:D, 8cm9:A, 8cm9:B, 8cm9:D, 8cm9:C, 8fe7:A, 8fe7:C, 8fe7:E, 8fe7:G, 8fuf:A, 8fuf:C, 8fuf:E, 8fuf:G, 4gyw:C, 4gz3:C, 4gz5:A, 4gz5:B, 4gz5:C, 4gz5:D, 4gz6:A, 4gz6:B, 4gz6:C, 4gz6:D, 5hgv:C, 6ibo:A, 5lvv:A, 6ma1:A, 6ma2:A, 6ma3:A, 6ma4:A, 6ma5:A, 4n39:A, 4n3a:A, 4n3b:A, 4n3c:A, 5npr:A, 3pe3:A, 3pe3:B, 3pe3:C, 3pe3:D, 3pe4:A, 3pe4:C, 6q4m:A, 3tax:A, 3tax:C, 1w3b:A, 4xi9:A, 4xi9:B, 4xi9:C, 4xi9:D, 4xif:A, 4xif:B, 4xif:C, 4xif:D
19 7yeh:A 1020 129 0.0850 0.0284 0.2248 1.1 4ay5:A, 4ay5:B, 4ay5:C, 4ay5:D, 4ay6:A, 4ay6:B, 4ay6:C, 4ay6:D, 5c1d:A, 4cdr:A, 4cdr:B, 4cdr:C, 4cdr:D, 8cm9:A, 8cm9:B, 8cm9:D, 8cm9:C, 8fe7:A, 8fe7:C, 8fe7:E, 8fe7:G, 8fuf:A, 8fuf:C, 8fuf:E, 8fuf:G, 4gyw:C, 4gz3:C, 4gz5:A, 4gz5:B, 4gz5:C, 4gz5:D, 4gz6:A, 4gz6:B, 4gz6:C, 4gz6:D, 5hgv:C, 6ibo:A, 5lvv:A, 6ma1:A, 6ma2:A, 6ma3:A, 6ma4:A, 6ma5:A, 4n39:A, 4n3a:A, 4n3b:A, 4n3c:A, 5npr:A, 3pe3:A, 3pe3:B, 3pe3:C, 3pe3:D, 3pe4:A, 3pe4:C, 6q4m:A, 3tax:A, 3tax:C, 1w3b:A, 4xi9:A, 4xi9:B, 4xi9:C, 4xi9:D, 4xif:A, 4xif:B, 4xif:C, 4xif:D
20 7yeh:A 1020 77 0.0616 0.0206 0.2727 1.2 4ay5:A, 4ay5:B, 4ay5:C, 4ay5:D, 4ay6:A, 4ay6:B, 4ay6:C, 4ay6:D, 5c1d:A, 4cdr:A, 4cdr:B, 4cdr:C, 4cdr:D, 8cm9:A, 8cm9:B, 8cm9:D, 8cm9:C, 8fe7:A, 8fe7:C, 8fe7:E, 8fe7:G, 8fuf:A, 8fuf:C, 8fuf:E, 8fuf:G, 4gyw:C, 4gz3:C, 4gz5:A, 4gz5:B, 4gz5:C, 4gz5:D, 4gz6:A, 4gz6:B, 4gz6:C, 4gz6:D, 5hgv:C, 6ibo:A, 5lvv:A, 6ma1:A, 6ma2:A, 6ma3:A, 6ma4:A, 6ma5:A, 4n39:A, 4n3a:A, 4n3b:A, 4n3c:A, 5npr:A, 3pe3:A, 3pe3:B, 3pe3:C, 3pe3:D, 3pe4:A, 3pe4:C, 6q4m:A, 3tax:A, 3tax:C, 1w3b:A, 4xi9:A, 4xi9:B, 4xi9:C, 4xi9:D, 4xif:A, 4xif:B, 4xif:C, 4xif:D
21 7yeh:A 1020 105 0.0704 0.0235 0.2286 2.2 4ay5:A, 4ay5:B, 4ay5:C, 4ay5:D, 4ay6:A, 4ay6:B, 4ay6:C, 4ay6:D, 5c1d:A, 4cdr:A, 4cdr:B, 4cdr:C, 4cdr:D, 8cm9:A, 8cm9:B, 8cm9:D, 8cm9:C, 8fe7:A, 8fe7:C, 8fe7:E, 8fe7:G, 8fuf:A, 8fuf:C, 8fuf:E, 8fuf:G, 4gyw:C, 4gz3:C, 4gz5:A, 4gz5:B, 4gz5:C, 4gz5:D, 4gz6:A, 4gz6:B, 4gz6:C, 4gz6:D, 5hgv:C, 6ibo:A, 5lvv:A, 6ma1:A, 6ma2:A, 6ma3:A, 6ma4:A, 6ma5:A, 4n39:A, 4n3a:A, 4n3b:A, 4n3c:A, 5npr:A, 3pe3:A, 3pe3:B, 3pe3:C, 3pe3:D, 3pe4:A, 3pe4:C, 6q4m:A, 3tax:A, 3tax:C, 1w3b:A, 4xi9:A, 4xi9:B, 4xi9:C, 4xi9:D, 4xif:A, 4xif:B, 4xif:C, 4xif:D
22 5ybi:B 345 102 0.0792 0.0783 0.2647 0.31 5ybh:A, 5ybh:B, 5ybi:A, 5zt1:B, 5zt1:A
23 8gl8:I 624 64 0.0674 0.0369 0.3594 0.48
24 4i9e:A 383 239 0.1525 0.1358 0.2176 0.59 4i9c:A, 4i9e:B, 3ulq:A
25 5lwv:A 711 86 0.0704 0.0338 0.2791 1.2 5bnw:A, 6e37:A, 8fe6:A, 8fe6:C, 8fe6:E, 8fe6:G, 4gyw:A, 4gyy:A, 4gyy:C, 4gz3:A, 5hgv:A, 5nps:A, 6tka:AAA, 5vie:A, 5vie:C, 5vif:A
26 5lwv:A 711 105 0.0704 0.0338 0.2286 2.3 5bnw:A, 6e37:A, 8fe6:A, 8fe6:C, 8fe6:E, 8fe6:G, 4gyw:A, 4gyy:A, 4gyy:C, 4gz3:A, 5hgv:A, 5nps:A, 6tka:AAA, 5vie:A, 5vie:C, 5vif:A
27 4wng:A 330 79 0.0674 0.0697 0.2911 2.0 7ep7:A, 4g2v:A, 3ro2:A, 3ro3:A, 4wnd:A, 4wne:A, 4wnf:A
28 2gzm:A 266 45 0.0440 0.0564 0.3333 2.1 2gzm:B, 2gzm:C, 2gzm:D
29 6efb:A 201 41 0.0499 0.0846 0.4146 2.5
30 6mfv:A 641 89 0.0733 0.0390 0.2809 3.4 6mfv:B, 6mfv:C, 6mfv:D
31 5a01:A 681 61 0.0528 0.0264 0.2951 3.6 5a01:B, 5a01:C
32 5nrl:J 800 43 0.0440 0.0187 0.3488 4.1 5gan:J, 5gap:J
33 4lqy:A 379 32 0.0381 0.0343 0.4062 4.2 4lr2:A
34 2ery:B 169 95 0.0645 0.1302 0.2316 4.6 2ery:A
35 8rte:A 350 233 0.1349 0.1314 0.1974 9.6 8rte:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218