Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RDHRKIGKQLDLYHMQEEAPGMVFWHNDGWTIFRELEVFVRSKLKEYQYQEVKGPFMMDRVLWEKTGHWDNYKDAMFTTS
SENREYCIKPMNCPGHVQIFNQGLKSYRDLPLRMAEFGSCHRNEPSGSLHGLMRVRGFTQDDAHIFCTEEQIRDEVNGCI
RLVYDMYSTFGFEKIVVKLSTRPEKRIGSDEMWDRAEADLAVALEENNIPFEYQLGEGAFFGPKIEFTLYDCLDRAWQCG
TVQLDFSLPSRLSASYVGEDNERKVPVMIHRAILGSMERFIGILTEEFAGFFPTWLAPVQVVIMNITDSQSEYVNELTQK
LSNAGIRVKADLRNEKIGFKIREHTLRRVPYMLVCGDKEVESGKVAVRTRRGKDLGSMDVNEVIEKLQQEIRSRSLKQLE
E

The query sequence (length=401) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1qf6:A 641 401 0.9975 0.6240 0.9975 0.0 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
2 6vu9:A 631 390 0.5736 0.3645 0.5897 2.33e-180
3 4ttv:A 403 402 0.4514 0.4491 0.4502 2.52e-117 4hwt:A, 4hwt:B, 4p3n:A, 4p3n:B, 4p3n:C, 4p3n:D, 4ttv:B, 4ttv:C, 4ttv:D
4 1nyq:B 645 400 0.4140 0.2574 0.4150 8.17e-108 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
5 5zy9:C 400 391 0.4065 0.4075 0.4169 5.58e-101 5zy9:D, 5zy9:E
6 7l3o:B 401 373 0.3840 0.3840 0.4129 3.13e-99 7l3o:A, 7l3o:C, 7l3o:D
7 3ugt:C 427 413 0.3865 0.3630 0.3753 2.82e-95 4eo4:A, 4eo4:B, 4eo4:C, 4eo4:D, 3ugq:A, 3ugt:A, 3ugt:B, 3ugt:D, 3uh0:A, 4yye:A, 4yye:B
8 3a31:A 465 307 0.2693 0.2323 0.3518 7.73e-49 3a32:A
9 2i4n:B 442 413 0.2219 0.2014 0.2155 6.96e-14 2i4m:B, 2i4m:C, 2i4n:A, 2i4n:C, 2i4o:A, 2i4o:B, 2i4o:C
10 8w8j:A 572 157 0.0973 0.0682 0.2484 6.58e-11 8w8j:B, 8w8l:A, 8w8l:B, 8w9i:A, 8w9i:B
11 1nj1:A 463 404 0.2145 0.1857 0.2129 1.92e-10 1nj2:A, 1nj5:A, 1nj6:A
12 6nab:B 497 414 0.2195 0.1771 0.2126 1.17e-09 6nab:A, 6uyh:A, 6uyh:B
13 5znj:A 563 155 0.1022 0.0728 0.2645 3.35e-08 5znk:A
14 1h4s:A 473 175 0.1297 0.1099 0.2971 4.43e-08 1h4q:A, 1h4q:B, 1h4s:B, 1h4t:A, 1h4t:B, 1h4t:C, 1h4t:D, 1hc7:A, 1hc7:B, 1hc7:C, 1hc7:D
15 7f9a:A 499 386 0.2344 0.1884 0.2435 5.62e-08 7bbu:A, 7f98:A, 7f98:B, 7f99:A, 7f99:B, 7f9a:B, 7f9b:A, 7f9b:B, 7f9c:A, 7f9c:B, 7f9d:A, 7f9d:B, 4hvc:A, 4hvc:B, 4k86:A, 4k87:A, 4k88:A, 7osy:A, 7osy:B, 7osz:A, 7osz:B, 7ot0:A, 7ot0:B, 7ot1:A, 7ot1:B, 7ot2:A, 7ot2:B, 7ot3:A, 7ot3:B, 5v58:A, 5vad:A, 5vad:B, 7x09:A, 7x09:B, 7x1o:A, 7x1o:B, 7y1h:A, 7y1h:B, 7y1w:A, 7y1w:B, 7y28:A, 7y28:B, 7y3s:A, 7y3s:B
16 2j3l:B 570 143 0.0773 0.0544 0.2168 1.54e-07 2j3l:A, 2j3m:A, 2j3m:B
17 5f9z:A 493 383 0.2219 0.1805 0.2324 4.19e-06 5f9y:A, 5f9y:B, 5f9z:B, 5xio:A, 5xio:B
18 5xip:B 475 333 0.1721 0.1453 0.2072 5.26e-05 5xip:A, 5xip:C, 5xip:D
19 6t7k:A 494 322 0.1696 0.1377 0.2112 8.16e-05 7f96:A, 7f97:A, 7f97:B, 7f97:C, 7f97:D, 4olf:A, 4q15:A, 4q15:B, 7qb7:A, 7qc1:A, 7qc1:D, 7qc1:I, 7qc2:A, 7v9d:A, 4ydq:A, 4ydq:B
20 3qo8:A 441 164 0.0948 0.0862 0.2317 0.002 3qo7:A
21 3ial:B 505 301 0.1696 0.1347 0.2259 0.002 3ial:A
22 2zni:A 279 44 0.0374 0.0538 0.3409 0.016 2zni:B
23 4cs3:A 270 82 0.0499 0.0741 0.2439 0.018 6aac:A, 6aad:A, 6aan:A, 6aao:A, 6aap:A, 6aaq:A, 6aaz:A, 6ab0:A, 6ab1:A, 6ab2:A, 6ab8:A, 6abk:A, 6abl:A, 6abm:A, 4bw9:A, 4bwa:A, 4ch3:A, 4ch4:A, 4ch5:A, 4ch6:A, 4cs4:A, 5k1p:A, 5k1x:A, 8ke1:A, 8ke2:A, 8ke3:A, 8ke4:A, 8ke5:A, 8ke6:A, 6ly3:A, 6ly6:A, 6ly7:A, 6lya:A, 6lyb:A, 4q6g:A, 2q7e:A, 2q7g:A, 2q7h:A, 3qtc:A, 7rsm:A, 7rsm:B, 7rsm:C, 7rsm:D, 4tqd:A, 4tqf:A, 3vqv:A, 3vqw:A, 3vqx:A, 3vqx:B, 3vqx:C, 3vqx:D, 3vqy:A, 2zce:A, 2zim:A, 2zin:A, 2zio:A, 4zib:A
24 7u2a:B 442 149 0.0873 0.0792 0.2349 0.054 8ffy:A, 7u2a:A, 7u2b:A
25 6x94:A 413 132 0.0748 0.0726 0.2273 0.067
26 6mn8:A 399 319 0.1621 0.1629 0.2038 0.085
27 1wle:B 469 151 0.0873 0.0746 0.2318 0.11 8ffy:B, 7tzb:A, 7tzb:B, 7u2b:B, 1wle:A
28 8wm7:C 658 66 0.0524 0.0319 0.3182 0.36 8w9m:C
29 5nyw:J 235 44 0.0449 0.0766 0.4091 0.64
30 7u0r:B 278 44 0.0324 0.0468 0.2955 0.80 8c49:A, 8c49:B, 8dqg:D, 8dqg:A, 8dqh:D, 8dqh:A, 8dqi:D, 8dqi:A, 8dqj:D, 7u0r:A
31 6ote:A 409 111 0.0599 0.0587 0.2162 1.2
32 4pj3:A 1335 75 0.0574 0.0172 0.3067 1.7 7a5p:U, 6icz:Q, 6id1:Q, 7w59:Q, 7w5a:Q, 7w5b:Q, 5xjc:Q
33 8v3w:W 107 30 0.0349 0.1308 0.4667 3.1 8v3w:C, 8v3w:t
34 2cjb:B 495 169 0.1022 0.0828 0.2426 5.6 2cim:A, 2cim:B, 2cj9:A, 2cj9:B, 2cja:A, 2cja:B, 2cjb:A
35 7u5d:G 300 66 0.0449 0.0600 0.2727 6.7 7u5e:G
36 8dqj:A 251 38 0.0299 0.0478 0.3158 7.3
37 7u5d:B 342 66 0.0449 0.0526 0.2727 7.4 7u5d:C, 7u5d:D, 7u5d:E, 7u5d:F, 7u5e:B, 7u5e:C, 7u5e:D, 7u5e:E, 7u5e:F
38 3ecq:B 1347 74 0.0599 0.0178 0.3243 7.8 5a55:A, 5a56:A, 5a57:A, 5a58:A, 5a59:A, 5a5a:A, 3ecq:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218