Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RAPDSVDYRKKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLVDCVSENDGCGGGYMTNAFQYVQKNR
GIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAKCRGYREIPEGNEKALKRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNSDN
LNHAVLAVGYGIQKGNKHWIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM

The query sequence (length=216) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5j94:A 223 216 0.9954 0.9641 0.9954 4.80e-161 6ash:A, 1atk:A, 2ato:A, 1au0:A, 1au2:A, 1au3:A, 1au4:A, 2aux:A, 2auz:A, 1ayu:A, 1ayv:A, 1ayw:A, 2bdl:A, 1bgo:A, 8c3d:A, 3c9e:A, 4dmx:A, 4dmy:A, 4dmy:B, 2f7d:A, 2ftd:A, 2ftd:B, 3h7d:A, 3h7d:E, 6hgy:A, 5ja7:A, 5ja7:B, 3kw9:A, 3kwb:X, 3kwb:Y, 3kwz:A, 3kx1:A, 1mem:A, 1nl6:A, 1nl6:B, 1nlj:A, 1nlj:B, 7nxl:AAA, 7nxm:A, 3o0u:A, 3o1g:A, 3ovz:A, 6pxf:A, 1q6k:A, 6qbs:A, 6qbs:B, 7qbl:A, 7qbm:A, 7qbn:A, 7qbo:A, 6ql8:A, 6qlm:A, 6qlm:B, 6qlw:A, 6qlw:B, 6qlw:C, 6qlw:D, 6qlx:A, 6qm0:A, 6qm0:B, 2r6n:A, 1snk:A, 5tdi:A, 1tu6:A, 1tu6:B, 1u9v:A, 1u9w:A, 1u9x:A, 1vsn:A, 4x6h:A, 4x6i:A, 4x6j:A, 1yk7:A, 1yk8:A, 1yt7:A, 4yv8:A
2 6jd0:A 314 221 0.6250 0.4299 0.6109 4.65e-96 8a4u:A, 8a4u:B, 8a4u:C, 8a4u:D, 8a4v:A, 8a4v:B, 8a4v:C, 8a4v:D, 8a4w:A, 8a4w:B, 8a4w:C, 8a4w:D, 8a4x:A, 8a4x:B, 8a4x:C, 8a4x:D, 8a5b:A, 8a5b:B, 8a5b:C, 8a5b:D, 8ahv:A, 8ahv:B, 8ahv:C, 8ahv:D, 4axl:A, 4axm:A, 4axm:B, 4axm:F, 4axm:I, 4axm:L, 4axm:O, 8b4f:A, 8b4f:B, 8b4f:C, 8b4f:D, 3bc3:A, 3bc3:B, 8c77:A, 8c77:B, 8c77:C, 8c77:D, 6ezp:A, 6ezx:A, 6ezx:B, 5f02:A, 6f06:A, 6f06:B, 8gx2:A, 8gx2:B, 3h89:A, 3h89:B, 3h89:C, 3h89:D, 3h89:E, 3h89:F, 3h8b:A, 3h8b:B, 3h8b:C, 3h8b:F, 3h8b:D, 3h8b:E, 3h8c:A, 3h8c:B, 8het:A, 8hfv:A, 8hfv:B, 8hfv:C, 8hfv:D, 3hha:A, 3hha:B, 3hha:C, 3hha:D, 3hwn:A, 3hwn:B, 3hwn:C, 3hwn:D, 3k24:B, 3k24:A, 5mae:A, 5maj:A, 1mhw:A, 1mhw:B, 1mhw:C, 1mhw:D, 5mqy:A, 3of8:A, 3of9:A, 8ofa:A, 8ofa:B, 8ofa:C, 8ofa:D, 8oza:A, 8oza:B, 8oza:C, 8oza:D, 8prx:A, 8prx:B, 8prx:C, 8prx:D, 7qkb:A, 7qkb:B, 7qkb:C, 7qkb:D, 7qkc:A, 7qkc:B, 7qkc:C, 7qkc:D, 7qkd:A, 7qkd:B, 7qkd:C, 7qkd:D, 8qkb:A, 8qkb:B, 8qkb:C, 8qkb:D, 8uac:A, 8uac:B, 7w33:A, 7w34:A, 2xu1:A, 2xu1:B, 2xu1:C, 2xu1:D, 2xu3:A, 2xu4:A, 2xu5:A, 2yj2:A, 2yj8:A, 2yj9:A, 2yjb:A, 2yjc:A, 7z58:A, 7z58:B, 7z58:C, 7z58:D, 7zs7:A, 7zs7:B, 7zs7:C, 7zs7:D, 7zvf:A, 7zvf:B, 7zvf:C, 7zvf:D, 7zxa:A, 7zxa:B, 7zxa:C, 7zxa:D
3 7q8g:AA 222 220 0.5833 0.5676 0.5727 4.33e-91 1fh0:A, 1fh0:B, 7q8d:AA, 7q8d:BA, 7q8f:BA, 7q8f:AA, 7q8g:BA, 7q8h:AA, 7q8h:BA, 7q8i:AA, 7q8i:BA, 7q8j:AA, 7q8j:BA, 7q8k:AA, 7q8k:BA, 7q8l:AA, 7q8l:BA, 7q8m:AA, 7q8m:BA, 7q8n:AA, 7q8n:BA, 7q8o:BA, 7q8o:AA, 7q8p:AA, 7q8p:BA, 7q8q:AA, 7q8q:BA, 7q9c:AA, 7q9c:BA, 7q9h:AA, 7q9h:BA, 7qff:AA, 7qff:BA, 7qfh:AA, 7qfh:BA, 7qgw:A, 7qgw:B, 7qhj:AA, 7qhj:BA, 7qhk:AA, 7qhk:BA, 7qns:AA, 7qns:BA, 7qo2:AA, 7qo2:BA
4 4bpv:A 219 218 0.6019 0.5936 0.5963 8.37e-90 4bpv:B, 4bpv:C, 4bpv:D, 4bpv:E, 4bqv:A, 4bqv:B, 4bqv:C, 4bqv:D, 4bqv:E, 4bqv:F, 4bqv:G, 4bqv:H, 4bs5:A, 4bs6:A, 4bs6:B, 4bsq:A, 4mzo:A, 4mzo:B, 4mzo:C, 4mzo:D, 4mzo:E, 4mzo:F, 4mzo:G, 4mzo:H, 4mzs:A, 4mzs:B
5 8iui:A 218 215 0.5694 0.5642 0.5721 2.25e-88 8iui:B
6 5qcd:A 223 217 0.5787 0.5605 0.5760 7.30e-87 2f1g:A, 2f1g:B, 2fq9:A, 2fq9:B, 2fra:A, 2fra:B, 2frq:A, 2frq:B, 2ft2:A, 2ft2:B, 2fud:A, 2fud:B, 2fye:A, 2g6d:A, 2g7y:A, 2g7y:B, 9gj2:A, 9gj2:B, 2h7j:A, 2h7j:B, 2hh5:B, 2hh5:A, 2hhn:B, 2hxz:A, 2hxz:B, 2hxz:C, 3iej:A, 3iej:B, 1ms6:A, 3n3g:A, 3n3g:B, 3n4c:A, 3n4c:B, 1npz:A, 1npz:B, 1nqc:A, 2op3:A, 2op3:B, 3ovx:A, 3ovx:B, 4p6e:A, 4p6e:B, 4p6g:A, 4p6g:B, 4p6g:C, 4p6g:D, 8pi3:A, 5qbu:A, 5qbu:B, 5qbv:A, 5qbv:B, 5qbw:A, 5qbx:A, 5qbx:B, 5qby:A, 5qby:B, 5qbz:A, 5qc0:A, 5qc0:B, 5qc1:A, 5qc1:B, 5qc2:A, 5qc2:B, 5qc3:A, 5qc3:B, 5qc4:A, 5qc4:B, 5qc5:A, 5qc5:B, 5qc6:A, 5qc6:B, 5qc7:A, 5qc7:B, 5qc8:A, 5qc8:B, 5qc9:A, 5qc9:B, 5qca:A, 5qca:B, 5qcb:A, 5qcb:B, 5qcc:A, 5qcc:B, 5qce:A, 5qce:B, 5qcf:A, 5qcg:A, 5qcg:B, 5qch:A, 5qch:B, 5qch:D, 5qch:C, 5qci:A, 5qcj:A, 5qcj:B, 5qcj:C, 2r9m:A, 2r9m:B, 2r9n:A, 2r9n:B, 2r9o:A, 2r9o:B, 8rnd:A, 6yyn:AAA, 6yyn:BBB, 6yyo:AAA, 6yyo:BBB, 6yyp:AAA, 6yyq:AAA, 6yyq:BBB, 6yyq:CCC, 6yyr:AAA, 6yyr:BBB
7 1iwd:A 215 215 0.4769 0.4791 0.4791 6.40e-65
8 1s4v:B 226 219 0.5093 0.4867 0.5023 3.42e-64 1s4v:A
9 5a24:A 222 223 0.5278 0.5135 0.5112 6.40e-62
10 6czs:A 312 217 0.4769 0.3301 0.4747 7.77e-62 1nb3:A, 1nb3:B, 1nb3:C, 1nb3:D, 1nb5:A, 1nb5:B, 1nb5:C, 1nb5:D, 8pch:A
11 2fo5:A 224 221 0.4676 0.4509 0.4570 1.24e-60 2fo5:B, 2fo5:C, 2fo5:D
12 3p5u:A 220 217 0.4630 0.4545 0.4608 1.14e-58 3p5v:A, 3p5x:A
13 2pre:A 208 213 0.4676 0.4856 0.4742 3.08e-58 2pre:B
14 3bcn:A 209 213 0.4583 0.4737 0.4648 8.87e-57 3bcn:B
15 8jcq:A 214 218 0.4537 0.4579 0.4495 1.53e-55 8jcr:A
16 1aec:A 218 217 0.4306 0.4266 0.4286 5.54e-55
17 2bdz:A 212 216 0.4444 0.4528 0.4444 2.54e-54 2bdz:D, 2bdz:B, 2bdz:C
18 6ex8:A 217 206 0.4167 0.4147 0.4369 1.04e-52 6ex8:B, 6exo:A, 6exo:B, 6exq:A, 6exq:B, 2p7u:A, 2p86:A
19 6ycf:A 215 218 0.4213 0.4233 0.4174 3.65e-52 6ycf:B, 6ycg:B
20 2b1n:A 227 225 0.4444 0.4229 0.4267 2.28e-51
21 1aim:A 215 206 0.4306 0.4326 0.4515 2.71e-50 2aim:A, 1ewl:A, 1ewm:A, 1ewo:A, 1ewp:A, 1f29:A, 1f29:B, 1f29:C, 1f2a:A, 1f2b:A, 1f2c:A, 3hd3:A, 3hd3:B, 3i06:A, 3iut:A, 7juj:A, 7juj:B, 7juj:C, 7juj:D, 7juj:E, 7juj:F, 3kku:A, 4klb:A, 4klb:B, 4klb:C, 3lxs:A, 3lxs:C, 1me3:A, 1me4:A, 2oz2:A, 2oz2:C, 4pi3:A, 4pi3:B, 4qh6:A, 7s18:A, 7s19:A, 1u9q:X, 6ux6:A, 4w5b:A, 4w5b:B, 4w5b:C, 4w5c:A, 4w5c:B, 4w5c:C, 4w5c:D, 4xui:A, 4xui:B, 4xui:C
22 6mis:A 215 218 0.4028 0.4047 0.3991 2.76e-49 6mis:B, 6ycc:A, 6ycc:B, 6ycd:A, 6ycd:B
23 6p4e:B 217 217 0.4167 0.4147 0.4147 4.23e-49 6p4e:A
24 1meg:A 216 209 0.4352 0.4352 0.4498 2.00e-48
25 1gec:E 216 216 0.4352 0.4352 0.4352 1.60e-47
26 1bp4:A 212 209 0.4259 0.4340 0.4402 2.76e-47 1bqi:A, 2cio:A, 1cvz:A, 6h8t:A, 6h8t:J, 1khp:A, 1khq:A, 3lfy:C, 1pad:A, 2pad:A, 4pad:A, 5pad:A, 6pad:A, 1pe6:A, 1pip:A, 1pop:A, 1ppp:A, 6tcx:AAA
27 3ioq:A 213 216 0.4491 0.4554 0.4491 2.95e-46
28 7ei0:A 241 222 0.4074 0.3651 0.3964 4.72e-46 3bpf:A, 3bpf:B, 3bpf:C, 3bpf:D, 8gt7:C, 6jw9:A
29 3bpm:A 243 224 0.4213 0.3745 0.4062 3.23e-45 3bpm:B, 3bwk:A, 3bwk:B, 3bwk:C, 3bwk:D
30 1m6d:A 214 213 0.4120 0.4159 0.4178 4.85e-43 1m6d:B
31 5vpl:A 223 195 0.3194 0.3094 0.3538 9.17e-34
32 2as8:A 222 201 0.3333 0.3243 0.3582 4.13e-33 2as8:B, 3f5v:A, 3f5v:B, 5vcn:A, 5vcn:B, 5vco:E, 5vco:F, 5vpg:A, 5vph:A
33 3pdf:A 351 223 0.3565 0.2194 0.3453 3.70e-30 4cdc:B, 4cdc:E, 4cdc:F, 4cdc:H, 4cdc:K, 4cdd:A, 4cdd:B, 4cdd:D, 4cdd:E, 4cde:B, 4cde:C, 4cde:E, 4cde:F, 4cdf:A, 4cdf:B, 4cdf:C, 4cdf:D, 4cdf:E, 4cdf:F, 2djf:B, 2djf:C, 6ic5:A, 6ic5:B, 6ic5:C, 6ic6:A, 6ic6:B, 6ic7:A, 6ic7:B, 6ic7:C, 4oel:A, 4oem:A, 6rn6:E, 6rn6:F, 6rn7:A, 6rn7:B, 6rn7:C, 6rn9:A, 6rn9:B, 6rn9:C, 6rne:B, 6rne:C, 6rni:A, 6rni:B
34 1cte:A 253 258 0.3333 0.2846 0.2791 1.18e-22 1cte:B, 1the:A, 1the:B
35 3ai8:B 256 258 0.3287 0.2773 0.2752 9.45e-21 3ai8:A, 6ay2:A, 6ay2:B, 8b4t:A, 8b5f:A, 1csb:A, 1csb:B, 1csb:D, 1csb:E, 1gmy:A, 1gmy:B, 1gmy:C, 8he9:A, 8hei:A, 8hen:A, 2ipp:A, 1sp4:A
36 8cc2:AAA 254 247 0.3148 0.2677 0.2753 1.25e-17 8ccu:AAA, 8cd9:AAA, 5ogq:A, 5ogq:B, 5ogq:C, 5ogr:A, 5ogr:B, 5ogr:C, 3qsd:A, 3s3q:A, 3s3r:A, 3s3r:C, 3s3r:B, 6yi7:A
37 3hhi:B 260 221 0.2917 0.2423 0.2851 5.93e-17 3hhi:A
38 2dc6:A 251 243 0.2824 0.2430 0.2510 4.20e-14 2dc7:A, 2dc8:A, 2dc9:A, 2dca:A, 2dcb:A, 2dcc:A, 2dcd:A, 1ito:A, 1qdq:A, 1sp4:B
39 2wbf:X 265 215 0.2731 0.2226 0.2744 3.78e-08 3ch3:X, 6x42:X
40 4ci7:A 456 215 0.2500 0.1184 0.2512 3.24e-06 4ci7:B, 4d59:A, 4d59:B, 4d5a:A, 4d5a:B
41 3ois:A 268 35 0.0833 0.0672 0.5143 0.006 3ois:B, 3ois:C, 3ois:D
42 3pw3:D 353 32 0.0648 0.0397 0.4375 0.033 6w4n:A, 6w4n:B, 6w4n:C, 6w4n:D, 5wdk:B, 5wdk:C, 5wdk:E
43 3pw3:D 353 22 0.0556 0.0340 0.5455 2.4 6w4n:A, 6w4n:B, 6w4n:C, 6w4n:D, 5wdk:B, 5wdk:C, 5wdk:E
44 3pw3:A 374 30 0.0648 0.0374 0.4667 0.036 3pw3:B, 3pw3:C, 3pw3:E, 3pw3:F, 6w4n:E, 6w4n:F, 5wdk:A, 5wdk:D, 5wdk:F, 5wdl:A, 5wdl:B, 5wdl:C, 5wdl:D, 5wdl:E, 5wdl:F
45 3pw3:A 374 22 0.0556 0.0321 0.5455 2.7 3pw3:B, 3pw3:C, 3pw3:E, 3pw3:F, 6w4n:E, 6w4n:F, 5wdk:A, 5wdk:D, 5wdk:F, 5wdl:A, 5wdl:B, 5wdl:C, 5wdl:D, 5wdl:E, 5wdl:F
46 1keq:A 238 74 0.0787 0.0714 0.2297 0.50 1dmx:A, 1dmx:B, 1dmy:A, 1dmy:B, 1keq:B, 1urt:A
47 3bob:A 209 55 0.0694 0.0718 0.2727 0.92 3boc:A, 3boe:A
48 8sk1:A 162 112 0.1343 0.1790 0.2589 3.3 8sk1:B
49 3sks:A 544 191 0.1759 0.0699 0.1990 4.3
50 6a0q:B 315 26 0.0509 0.0349 0.4231 4.5
51 7x0l:A 409 25 0.0556 0.0293 0.4800 5.1 7x0j:A, 7x0j:B, 7x0k:A, 7x0k:B, 7x0l:B, 7x0m:A, 7x0m:B, 7x0n:A, 7x0n:B
52 3so6:A 137 48 0.0602 0.0949 0.2708 9.4
53 4r94:A 248 118 0.1204 0.1048 0.2203 9.8 3wrn:A, 3wro:A, 3wrr:A, 3wrs:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218