Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
RADPLNGGSSMTLGSKGSKLSPEPHRRRMPWTAAKEYVPGVVLNARDKMVLDGVQLLDIESIDRASQLDPLEVLRAVVAT
REYNISTGKNIFQLASQATYNGRGQRFYRKEWQEGTYDKYVTLSAIDFDRDGNKGTAYGYITFHGETTTRPVQVDFADVP
GWYMDFVEERAVPFTGIVPPPPSIGTDVPVDPHSYRLKAYPYYDAPNPPEFVERLLKDRGVLPDTP

The query sequence (length=226) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7pub:Cj 227 226 1.0000 0.9956 1.0000 1.59e-168 6hiv:Cj, 6hiw:Cj, 6hiy:Cj, 7pua:Cj, 6sga:Cj, 6sgb:Cj
2 7aor:t 226 226 0.8496 0.8496 0.8496 3.31e-147
3 7ane:t 226 224 0.7434 0.7434 0.7500 1.00e-129
4 6z1p:Bz 123 92 0.1327 0.2439 0.3261 0.003
5 3jd5:j 213 113 0.1150 0.1221 0.2301 0.021 6neq:j, 6nf8:j
6 3sy8:B 392 88 0.1150 0.0663 0.2955 0.27 3sy8:A, 3sy8:C
7 2x1l:A 511 87 0.1018 0.0450 0.2644 1.0 2x1m:A
8 8any:A0 215 95 0.1018 0.1070 0.2421 1.6 8csp:0, 8csq:0, 8csr:0, 8css:0, 8cst:0, 8csu:0, 7l08:A0, 8oir:Aj, 8ois:Aj, 7p2e:0, 7pnx:0, 7pny:0, 7pnz:0, 7po0:0, 7po1:0, 7po2:0, 7po3:0, 7qi4:A0, 7qi5:A0, 7qi6:A0, 8qrk:0, 8qrl:0, 8qrm:0, 8qrn:0, 6rw4:0, 6rw5:0, 6vlz:A0, 6vmi:A0, 6zm5:A0, 6zm6:A0
9 6zpo:b 209 68 0.0841 0.0909 0.2794 2.5 2wss:T, 6z1u:b, 6zbb:b, 6zmr:b, 6zqm:b, 6zqn:b
10 7nyd:E 484 78 0.1018 0.0475 0.2949 2.7 7nyc:E
11 8b0f:E 513 82 0.1106 0.0487 0.3049 3.0 3ojy:A
12 8cks:A 585 35 0.0708 0.0274 0.4571 3.2 3a73:A, 3a73:B, 6a7p:A, 6a7p:B, 8a9q:A, 8a9q:B, 7aai:AAA, 3b9l:A, 3b9m:A, 1bke:A, 2bx8:A, 2bx8:B, 2bxa:A, 2bxa:B, 2bxb:A, 2bxb:B, 2bxc:A, 2bxc:B, 2bxd:A, 2bxd:B, 2bxe:A, 2bxe:B, 2bxf:A, 2bxf:B, 2bxg:A, 2bxg:B, 2bxh:A, 2bxh:B, 2bxi:A, 2bxk:A, 2bxl:A, 2bxm:A, 2bxn:A, 2bxo:A, 2bxp:A, 2bxq:A, 9csg:A, 3cx9:A, 7d6j:A, 7d6j:B, 7dl4:A, 1e7a:A, 1e7a:B, 1e7b:A, 1e7b:B, 1e7c:A, 4e99:A, 7eek:A, 7eek:B, 8ew4:A, 8ew7:A, 8ey5:A, 6ezq:A, 5gix:A, 5gix:B, 5giy:A, 1gni:A, 1gnj:A, 8h0o:A, 1h9z:A, 1ha2:A, 1hk1:A, 1hk2:A, 1hk3:A, 1hk4:A, 1hk5:A, 6hsc:B, 2i30:A, 5id7:A, 5id7:B, 5ifo:A, 5ijf:A, 8ism:A, 8itr:A, 8itt:A, 8itt:B, 4iw1:A, 4iw2:A, 8j8e:A, 8j8e:I, 3jqz:A, 7jwn:A, 8k1y:A, 6l4k:A, 4l8u:A, 4l9k:A, 4l9k:B, 4l9q:A, 4l9q:B, 4la0:A, 4la0:B, 4lb2:A, 4lb2:B, 4lb9:A, 3lu6:A, 3lu6:B, 3lu7:A, 3lu7:B, 3lu8:A, 3lu8:B, 6m5e:A, 6m5e:B, 6m5e:C, 1n5u:A, 1o9x:A, 7ov5:A, 7ov5:B, 7ov6:A, 7ov6:B, 7qfe:A, 6qio:A, 6qip:A, 6r7s:A, 8rco:A, 8rco:B, 8rgk:A, 8rgk:B, 8rgl:A, 8rgl:B, 3tdl:A, 3uiv:H, 5ujb:A, 5ujb:B, 8vac:A, 8vae:A, 2vdb:A, 5vnw:B, 7vr9:A, 7vr9:B, 2vue:A, 2vue:B, 2vuf:A, 2vuf:B, 7wkz:A, 7wkz:B, 7wlf:A, 7woj:A, 7wok:A, 7wok:B, 6wuw:A, 6wuw:B, 7wz9:A, 5x52:A, 5x52:B, 7x7x:A, 7x7x:B, 2xsi:A, 2xvq:A, 2xvq:B, 2xvu:A, 2xvu:B, 2xvv:A, 2xvw:A, 6xv0:A, 2xw0:A, 2xw0:B, 2xw1:A, 2xw1:B, 7y2d:A, 5yb1:A, 5yb1:B, 2ydf:A, 2ydf:B, 6yg9:A, 5yoq:A, 5yoq:B, 1ysx:A, 8yxa:A, 8yxa:B, 8yxb:A, 8yxb:B, 5z0b:A, 5z0b:B, 5z0b:C, 7z57:A, 4z69:A, 4z69:I
13 8a22:Bz 119 64 0.0841 0.1597 0.2969 3.3 8apn:Bz, 8apo:Bz
14 6g96:A 175 57 0.0752 0.0971 0.2982 7.5 7ak9:A, 7ak9:B, 6g96:B, 7zg5:A, 7zg5:B
15 3kkf:A 105 69 0.0973 0.2095 0.3188 7.7
16 7pk0:A 284 49 0.0708 0.0563 0.3265 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218