Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QYPVVDHEFDAVVVGAGGAGLRAAFGLSEAGFNTACVTKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMEDDNWRWHFYDTVKGSDWL
GDQDAIHYMTEQAPAAVIELENYGMPFSRTEEGKIYQRAFGGQSLQFGKGGQAHRCCCVADRTGHSLLHTLYGRSLRYDT
SYFVEYFALDLLMENGECRGVIALCIEDGTIHRFRAKNTVIATGGYGRTYFSCTSAHTSTGDGTAMVTRAGLPCQDLEFV
QFHPTGIYGAGCLITEGCRGEGGILINSQGERFMERYAPVAKDLASRDVVSRSMTIEIREGRGCGPEKDHVYLQLHHLPP
QQLATRLPGISETAMIFAGVDVTKEPIPVLPTVHYNMGGIPTNYKGQVITHVNGEDKVVPGLYACGEAASASVHGANRLG
ANSLLDLVVFGRACALTIAETCKPGEPVPSIKPNAGEESVANLDKLRFADGTIRTSEARLNMQKTMQSHAAVFRTGSILQ
EGCEKLSQIYRDLAHLKTFDRGIVWNTDLVETLELQNLMLCALQTIYGAEARKESRGAHAREDYKLRIDEFDYSKPLQGQ
QKRPFEEHWRKHTLSYVDVKSGKVTLKYRPVIDRTLNEEDCSSVPPAIRSY

The query sequence (length=611) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8gs8:A 614 611 0.9198 0.9153 0.9198 0.0 3abv:A, 3ae1:A, 3ae2:A, 3ae3:A, 3ae4:A, 3ae5:A, 3ae6:A, 3ae7:A, 3ae8:A, 3ae9:A, 3aea:A, 3aeb:A, 3aec:A, 3aed:A, 3aee:A, 3aef:A, 3aeg:A, 8dyd:A, 8dye:A, 2fbw:A, 2fbw:N, 2h88:A, 2h88:N, 2h89:A, 6myo:A, 6myp:A, 6myq:A, 6myr:A, 6mys:A, 6myt:A, 6myu:A, 3sfd:A, 3sfe:A, 6vax:A, 6vax:C, 2wqy:A, 2wqy:N, 1yq3:A, 1yq4:A, 4ytp:A, 4yxd:A, 1zoy:A, 1zp0:A
2 5c2t:A 616 612 0.7169 0.7110 0.7157 0.0 5c2t:E, 5c3j:A, 5c3j:E, 3vr8:A, 3vr8:E, 3vr9:A, 3vr9:E, 3vra:A, 3vra:E, 3vrb:A, 3vrb:E, 4ysx:A, 4ysx:E, 4ysy:A, 4ysy:E, 4ysz:A, 4ysz:E, 4yt0:A, 4yt0:E, 4ytm:A, 4ytm:E, 4ytn:A, 4ytn:E
3 8b6g:CA 599 614 0.6792 0.6928 0.6759 0.0 8bqs:CA, 8gym:sa, 8gym:SA, 8gzu:sa, 8gzu:SA
4 2acz:A 588 609 0.5172 0.5374 0.5189 0.0 1nek:A, 1nen:A, 2wdq:A, 2wdq:E, 2wdq:I, 2wdr:A, 2wdr:E, 2wdr:I, 2wdv:A, 2wdv:E, 2wdv:I, 2wp9:A, 2wp9:E, 2wp9:I, 2ws3:A, 2ws3:E, 2ws3:I, 2wu2:A, 2wu2:E, 2wu2:I, 2wu5:A, 2wu5:E, 2wu5:I
5 6c12:B 537 546 0.4534 0.5158 0.5073 6.30e-164 6c12:A
6 6lum:A 539 598 0.4337 0.4917 0.4431 1.75e-150 6lum:J, 6lum:P
7 5vpn:E 585 593 0.3748 0.3915 0.3862 2.18e-119 6awf:A, 2b76:A, 2b76:M, 1kf6:A, 1kf6:M, 1kfy:A, 1kfy:M, 4kx6:A, 4kx6:M, 1l0v:A, 1l0v:M, 3p4p:A, 3p4p:M, 3p4q:A, 3p4q:M, 3p4r:A, 3p4r:M, 3p4s:A, 3p4s:M, 5vpn:A
8 3cir:A 541 577 0.3552 0.4011 0.3761 6.84e-109
9 6b58:C 544 589 0.3552 0.3989 0.3684 2.65e-106 6b58:A
10 2bs2:A 655 570 0.3470 0.3237 0.3719 4.86e-105 2bs2:D, 2bs3:A, 2bs3:D, 2bs4:A, 2bs4:D, 1e7p:A, 1e7p:D, 1e7p:G, 1e7p:J, 1qlb:A, 1qlb:D
11 5xmj:A 622 640 0.3682 0.3617 0.3516 2.96e-101 5xmj:E, 5xmj:I, 5xmj:M
12 7d6v:A 601 565 0.3273 0.3328 0.3540 2.09e-95 7d6x:A
13 3cir:M 504 561 0.3175 0.3849 0.3458 3.82e-87
14 7jz2:A 481 266 0.2455 0.3119 0.5639 8.74e-81 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
15 7jz2:A 481 264 0.1669 0.2121 0.3864 6.90e-38 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
16 1knp:A 529 557 0.2700 0.3119 0.2962 5.25e-55 1knr:A
17 6awf:E 487 222 0.1522 0.1910 0.4189 1.59e-51
18 6awf:E 487 315 0.1604 0.2012 0.3111 7.66e-26
19 2e5v:A 472 543 0.2537 0.3284 0.2855 1.02e-47 2e5v:B
20 5kxj:A 481 549 0.2504 0.3181 0.2787 9.60e-45
21 2b7r:A 568 440 0.1768 0.1901 0.2455 5.82e-28 2b7s:A, 1e39:A, 1jrx:A, 1jrx:B, 1jry:A, 1jry:B, 1jrz:A, 1jrz:B, 1kss:A, 1ksu:A, 1ksu:B, 1lj1:A, 1lj1:B, 1m64:A, 1m64:B, 1p2e:A, 1p2h:A, 1q9i:A, 1qjd:A, 1y0p:A
22 1qo8:A 564 459 0.1948 0.2110 0.2593 1.83e-26 1qo8:D
23 1d4c:A 570 431 0.1817 0.1947 0.2575 7.08e-25 1d4c:C, 1d4c:B, 1d4c:D, 1d4d:A, 1d4e:A
24 5glg:A 471 490 0.2013 0.2611 0.2510 6.68e-21 6ku6:B, 6ku6:H, 5zyn:B
25 6t85:A 459 404 0.1669 0.2222 0.2525 7.51e-21 6t86:A, 6t87:A, 6t88:A
26 2fja:A 642 639 0.2291 0.2181 0.2191 9.66e-09 2fja:C, 2fjb:A, 2fjb:C, 2fjd:A, 2fjd:C, 2fje:A, 2fje:C, 1jnr:A, 1jnr:C, 1jnz:A, 1jnz:C
27 8a8o:A 556 267 0.0949 0.1043 0.2172 4.30e-05 8a8o:B
28 3gyx:A 662 460 0.1571 0.1450 0.2087 0.040 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
29 1jeh:A 478 35 0.0262 0.0335 0.4571 0.043 1jeh:B, 1v59:A, 1v59:B
30 7koe:C 438 32 0.0278 0.0388 0.5312 0.076 7koe:G
31 6awa:A 475 67 0.0360 0.0463 0.3284 0.31 6awa:B, 5tr3:A, 5tr3:B
32 5dbj:E 437 61 0.0344 0.0481 0.3443 0.48 5dbj:A, 5dbj:B, 5dbj:C, 5dbj:D
33 5u8u:D 477 70 0.0344 0.0440 0.3000 0.53 1lpf:A, 1lpf:B, 5u8u:A, 5u8u:B, 5u8u:C, 5u8v:A, 5u8v:B, 5u8v:C, 5u8v:D, 5u8w:A, 5u8w:B, 5u8w:C, 5u8w:D
34 6bz0:A 469 32 0.0229 0.0299 0.4375 0.77 6bz0:B, 6bz0:C, 6bz0:D
35 4y4n:A 259 47 0.0311 0.0734 0.4043 0.85 4y4n:H, 4y4n:B, 4y4n:G, 4y4n:C, 4y4n:D, 4y4n:E, 4y4n:F
36 6c6r:A 451 138 0.0556 0.0754 0.2464 0.89 6c6n:A, 6c6n:B, 6c6p:A, 6c6p:B, 6c6r:B
37 4y4m:F 262 47 0.0327 0.0763 0.4255 0.98 4y4m:A, 4y4m:B, 4y4m:C, 4y4m:D, 4y4m:E, 4y4m:G, 4y4m:H
38 7oh9:L 96 66 0.0311 0.1979 0.2879 1.1 5fz5:U, 6gyl:U, 6gym:U
39 7fco:A 433 61 0.0376 0.0531 0.3770 1.5 7fco:B
40 2gb0:B 389 38 0.0229 0.0360 0.3684 1.6 2a89:A, 2a89:B, 3bhf:A, 3bhf:B, 3bhk:A, 3bhk:B, 1el5:A, 1el5:B, 1el7:A, 1el7:B, 1el8:A, 1el8:B, 1el9:A, 1el9:B, 1eli:A, 1eli:B, 2gb0:A, 2gf3:A, 2gf3:B, 1l9c:A, 1l9c:B, 1l9d:A, 1l9d:B, 1l9e:A, 1l9e:B, 3m0o:A, 3m0o:B, 3m12:A, 3m12:B, 3m13:A, 3m13:B, 3m13:C, 3m13:D, 3qse:A, 3qse:B, 3qsm:A, 3qsm:B, 3qss:A, 3qss:B
41 1zov:A 381 38 0.0229 0.0367 0.3684 2.0 1zov:B
42 3cp8:A 611 32 0.0213 0.0213 0.4062 2.1 3cp8:B, 3cp8:C, 3cp8:D
43 2r0g:A 522 73 0.0327 0.0383 0.2740 2.2 4eip:A, 4eip:B, 4eiq:A, 4eiq:B, 3ept:A, 3ept:B, 2r0c:A, 2r0g:B, 2r0p:A
44 7s3u:A 145 34 0.0327 0.1379 0.5882 2.3 7s3w:A, 7s41:A, 7s42:A, 7s43:A, 7s44:A, 7s45:A
45 6hk1:A 261 44 0.0311 0.0728 0.4318 2.5 6hk1:B, 6hk1:F, 6hk1:C, 6hk1:D, 6hk1:E
46 1o5w:C 512 28 0.0245 0.0293 0.5357 3.9 1o5w:A, 1o5w:B, 1o5w:D
47 8ia0:Ca 117 75 0.0344 0.1795 0.2800 4.0
48 8p5d:LC0 327 41 0.0164 0.0306 0.2439 5.0 8p60:LC0, 8p60:KC0, 7qca:LC0
49 2q7v:A 313 36 0.0229 0.0447 0.3889 5.2 2q7v:B
50 3ihg:A 535 34 0.0245 0.0280 0.4412 5.8 3ihg:B, 3ihg:C
51 2z5x:A 513 31 0.0229 0.0273 0.4516 6.0 2bxr:A, 2bxr:B, 2bxs:A, 2bxs:B, 2z5y:A
52 6aon:A 473 30 0.0213 0.0275 0.4333 6.1 6aon:B
53 6hg8:B 482 41 0.0262 0.0332 0.3902 7.0 2f5z:A, 2f5z:B, 2f5z:C, 2f5z:D, 2f5z:E, 2f5z:F, 2f5z:G, 2f5z:H, 2f5z:I, 2f5z:J, 6hg8:A, 6i4p:A, 6i4p:B, 6i4q:A, 6i4q:B, 6i4r:A, 6i4r:B, 6i4s:A, 6i4s:B, 6i4t:A, 6i4t:B, 6i4u:A, 6i4u:B, 6i4z:A, 6i4z:B, 6i4z:C, 6i4z:D, 6i4z:E, 6i4z:F, 6i4z:G, 6i4z:H, 5j5z:A, 5j5z:B, 5nhg:A, 5nhg:B, 5nhg:C, 5nhg:D, 5nhg:E, 5nhg:F, 5nhg:G, 5nhg:H, 7psc:A, 7psc:B, 3rnm:A, 3rnm:B, 3rnm:C, 3rnm:D, 1zmc:A, 1zmc:B, 1zmc:C, 1zmc:D, 1zmc:E, 1zmc:F, 1zmc:G, 1zmc:H, 1zmd:A, 1zmd:B, 1zmd:C, 1zmd:D, 1zmd:E, 1zmd:F, 1zmd:G, 1zmd:H, 1zy8:A, 1zy8:B, 1zy8:C, 1zy8:D, 1zy8:E, 1zy8:F, 1zy8:G, 1zy8:H, 1zy8:I, 1zy8:J, 7zyt:A, 7zyt:B
54 1rp0:A 278 22 0.0229 0.0504 0.6364 7.5 1rp0:B
55 3kpf:A 467 59 0.0376 0.0493 0.3898 7.7 1b37:A, 1b37:B, 1b37:C, 1b5q:A, 1b5q:B, 1b5q:C, 1h81:A, 1h81:B, 1h81:C, 1h82:A, 1h82:B, 1h82:C, 1h83:A, 1h83:B, 1h83:C, 1h84:A, 1h84:B, 1h84:C, 1h86:A, 1h86:B, 1h86:C, 3kpf:B, 3ku9:A, 3ku9:B, 3l1r:A, 3l1r:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218