Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QVLRGSGHCKWFNVRMGFGFISMTSREGSPLENPVDVFVHQSKLYMEGFRSLKEGEPVEFTFKKSSKGFESLRVTGPGGN
PCLGN

The query sequence (length=85) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4a75:A 89 85 1.0000 0.9551 1.0000 8.56e-59 4a75:C, 4a75:E, 4a75:G, 4a76:A, 4a76:G, 4a76:C, 4a76:E, 4alp:A, 4alp:D
2 5udz:A 139 85 0.7647 0.4676 0.7647 2.76e-43 8ops:B, 8opt:B, 8ost:B, 3trz:A, 3trz:B, 3trz:C, 3trz:D, 3trz:E, 3trz:F, 3ts0:A, 3ts0:B, 3ts2:A, 3ts2:B, 5udz:B
3 6a6j:A 90 82 0.4118 0.3889 0.4268 1.12e-14 6a6j:C, 6a6l:A, 6ktc:A, 6kug:A, 6lmr:A, 5yts:A, 5ytt:A, 5ytv:A, 5ytx:A
4 7f3i:A 93 82 0.4118 0.3763 0.4268 3.05e-14 7f3i:C, 7f3i:E, 7f3j:A, 7f3j:C, 7f3j:E, 7f3j:G, 7f3k:A, 7f3l:A
5 2es2:A 67 69 0.3176 0.4030 0.3913 1.89e-10 3pf4:B, 3pf5:B, 3pf5:A
6 7ot5:B 66 70 0.3176 0.4091 0.3857 5.31e-10
7 1c9o:A 66 69 0.2941 0.3788 0.3623 1.30e-08 1c9o:B, 2hax:A, 2hax:B
8 7oii:B 39 46 0.2235 0.4872 0.4130 7.48e-06
9 6jzy:A 342 29 0.1176 0.0292 0.3448 0.14 6jzu:A, 6jzz:A
10 1g8s:A 230 48 0.1529 0.0565 0.2708 0.21
11 8khq:A 700 50 0.1647 0.0200 0.2800 0.56 8khq:B, 8khq:C, 8khq:D
12 2o1u:A 578 43 0.1647 0.0242 0.3256 1.3 2o1u:B, 2o1v:A, 2o1v:B, 1tbw:B, 1tc0:B, 1tc6:B, 1yt0:A
13 5uls:A 650 43 0.1647 0.0215 0.3256 1.4 6aol:A, 6aom:A, 6aom:B, 6asp:A, 6asp:B, 6asq:A, 6asq:B, 6baw:B, 6baw:A, 6baw:C, 6baw:D, 6c91:C, 6c91:B, 6cyi:A, 6d1x:A, 6d28:A, 2esa:A, 2exl:A, 2exl:B, 2fyp:A, 2fyp:B, 2gfd:A, 2gfd:B, 2gqp:A, 2gqp:B, 2h8m:A, 2h8m:B, 2hch:A, 2hch:B, 2hg1:A, 2hg1:B, 5in9:A, 5in9:B, 4nh9:A, 3o2f:A, 3o2f:B, 1qy8:A, 1qye:A, 1tbw:A, 1tc0:A, 1tc6:A, 5ttz:A, 5ttz:B, 1u0z:A, 1u0z:B, 1u2o:A, 1u2o:B, 5uls:B, 7ull:A, 7ull:B, 5wmt:A, 5wmt:B, 5wmt:C, 5wmt:D, 1ysz:A
14 5w21:A 922 51 0.1647 0.0152 0.2745 2.7 7ysh:A, 7ysu:A, 7ysw:A
15 6rey:c 1773 39 0.1529 0.0073 0.3333 4.2 6rey:d
16 6kwy:c 1811 39 0.1529 0.0072 0.3333 4.2 8cvs:c, 6kwx:A, 7naq:c
17 3doo:A 258 32 0.1412 0.0465 0.3750 4.4
18 1ykd:A 383 40 0.1294 0.0287 0.2750 5.5 1ykd:B
19 8q7x:A 1914 45 0.1529 0.0068 0.2889 6.3
20 8qp8:A 1918 45 0.1529 0.0068 0.2889 6.3
21 5z57:A 1978 45 0.1529 0.0066 0.2889 6.3
22 8i0p:A 2149 45 0.1529 0.0060 0.2889 6.3 8q7q:A, 8q7v:A, 8q7w:A
23 7abg:A 2174 45 0.1529 0.0060 0.2889 6.3 7abi:A, 8q91:A, 8rc0:A
24 8y6o:C 2227 45 0.1529 0.0058 0.2889 6.3 8h6e:5B, 8h6j:5B, 8qp9:A, 6qw6:5A, 6qx9:5A, 8qxd:A, 8r08:A
25 5z56:A 2232 45 0.1529 0.0058 0.2889 6.3 7aav:A, 7abf:A, 8ch6:a, 7dvq:A, 8i0s:A, 5z58:A
26 8h6k:5B 2253 45 0.1529 0.0058 0.2889 6.3 8h6l:5B, 8i0u:A, 8i0v:A, 8q7n:A, 8qo9:A, 8qpe:A, 7qtt:a, 8qzs:A
27 8c6j:A 2261 45 0.1529 0.0057 0.2889 6.3 6ah0:A, 6ahd:A, 8bc8:J, 6ff4:A, 6ff7:A, 9fmd:A, 8i0r:A, 8i0t:A, 8i0w:A, 6icz:A, 6id0:A, 6id1:A, 4jk9:A, 4jk9:B, 4jka:A, 4jka:B, 5mqf:A, 5o9z:A, 6qdv:A, 8qoz:A, 8qpa:A, 8qpb:A, 8qpk:A, 8r09:A, 8r0a:A, 8r0b:A, 8rm5:A, 8ro2:A, 7w59:A, 7w5a:A, 7w5b:A, 5xjc:A, 5yzg:A, 6zym:A
28 6wg3:B 693 45 0.1647 0.0202 0.3111 6.3
29 3c8v:C 465 28 0.1529 0.0280 0.4643 6.4
30 8rol:A 411 45 0.1647 0.0341 0.3111 6.4 8roi:A, 8roj:A, 8rok:C
31 8rok:A 381 45 0.1647 0.0367 0.3111 6.8 8pq5:B
32 6wge:B 490 45 0.1647 0.0286 0.3111 6.8
33 7w1m:B 528 45 0.1647 0.0265 0.3111 7.0
34 8b6g:CA 599 28 0.1176 0.0167 0.3571 7.9 8bqs:CA, 8gym:sa, 8gym:SA, 8gzu:sa, 8gzu:SA
35 6eid:A 247 50 0.1647 0.0567 0.2800 8.4 8zam:A, 8zam:B, 8zan:A, 8zan:B
36 8ro0:A 2231 45 0.1529 0.0058 0.2889 9.1 8ro1:A
37 3mwf:A 292 60 0.2118 0.0616 0.3000 9.4

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218