Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QSKPEDLLKLRQGLMQTLKSQWVPIAGFAAGKADLPADAAQRAENMAMVAKLAPIGWAKGTEALPNGETKPEAFGSKSAE
FLEGWKALATESTKLAAAAKAGPDALKAQAAATGKVCKACHEEFKQD

The query sequence (length=127) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2ccy:A 127 127 1.0000 1.0000 1.0000 1.95e-87 2ccy:B
2 4cda:A 127 126 0.3307 0.3307 0.3333 1.62e-13 5agf:A, 4cdv:A, 4cdy:A, 1cgn:A, 1cgo:A, 4cip:A, 4cjg:A, 4cjo:A, 4d4n:A, 4d4x:A, 1e83:A, 1e84:A, 1e85:A, 1e86:A, 5jli:A, 5jp7:A, 5jra:A, 5js5:A, 5jsl:A, 5jt4:A, 5jua:A, 5jve:A, 5nc0:A, 5ngx:A, 4wgy:A, 4wgz:A, 2xl6:A, 2xl8:A, 2xld:A, 2xle:A, 2xlh:A, 2xlm:A, 2xlo:A, 2xlv:A, 2xlw:A, 2xm0:A, 2xm4:A, 2ykz:A, 2yl0:A, 2yl1:A, 2yl3:A, 2yl7:A, 2yld:A, 2ylg:A, 2yli:A, 3zqv:A, 3zqy:A, 3ztm:A, 3ztz:A, 3zwi:A
3 2j8w:A 128 128 0.3543 0.3516 0.3516 4.32e-10 2j8w:B, 2j9b:A, 2j9b:B, 1jaf:A, 1jaf:B
4 4cx9:A 128 133 0.2992 0.2969 0.2857 8.95e-05 4cx9:B, 4ulv:A, 4ulv:B
5 5b3i:A 135 41 0.1417 0.1333 0.4390 1.96e-04 5b3i:B, 5b3i:C, 5b3i:D, 8brl:D
6 1gqa:A 130 133 0.2913 0.2846 0.2782 0.009 1gqa:D
7 6a3k:A 129 128 0.2677 0.2636 0.2656 0.026 6a3l:A, 6a3l:B, 8h28:A, 8h28:B
8 1s05:A 129 61 0.1654 0.1628 0.3443 0.19
9 6bgd:A 373 121 0.2441 0.0831 0.2562 0.82 6bgc:A, 6bgc:B, 5jx2:A
10 4fir:A 333 36 0.1181 0.0450 0.4167 2.3 4fir:B, 4fir:C, 4fir:D, 4fir:E, 4fir:F
11 1bbh:A 131 63 0.1575 0.1527 0.3175 2.6 1bbh:B, 5gyr:A, 5gyr:N, 5gyr:B, 5gyr:E, 5gyr:J, 5gyr:F, 5gyr:I, 5gyr:M
12 8guh:A 394 59 0.1260 0.0406 0.2712 2.6 3a2b:A, 8h1q:A, 8h1y:A, 8h20:A, 8h21:A, 8h29:A, 8iyp:A, 8iyt:A
13 4ads:A 282 38 0.1260 0.0567 0.4211 3.8 4ads:B, 4ads:C, 4ads:D, 4ads:E, 4ads:F, 4adt:A, 4adt:B, 4adu:A, 4adu:B
14 3vrc:B 131 22 0.0709 0.0687 0.4091 4.3 3vrc:A
15 5k2z:B 278 37 0.1260 0.0576 0.4324 4.7 5k2z:A, 5k2z:C, 5k2z:D, 5lnr:A, 5lnr:B, 5lnr:C, 5lnr:D, 5lns:A, 5lns:B, 5lns:C, 5lns:D, 5lnt:A, 5lnt:B, 5lnt:C, 5lnt:D, 5lnu:A, 5lnu:B, 5lnu:C, 5lnu:D, 5lnv:A, 5lnv:B, 5lnv:C, 5lnv:D, 5lnw:A, 5lnw:B, 5lnw:C, 5lnw:D, 7nhe:A, 7nhe:B, 7nhe:C, 7nhe:D
16 1jf0:A 192 41 0.1181 0.0781 0.3659 6.7
17 3w87:A 314 35 0.1102 0.0446 0.4000 6.9 3c3n:A, 3c3n:B, 3c3n:C, 3c3n:D, 2djl:A, 2djl:B, 2djx:A, 2djx:B, 2e68:A, 2e68:B, 2e6a:A, 2e6a:B, 2e6d:A, 2e6d:B, 2e6f:A, 2e6f:B, 5e93:A, 5e93:B, 5ea9:A, 5ea9:B, 4jd4:A, 4jd4:B, 4jdb:A, 4jdb:B, 3w1a:A, 3w1a:B, 3w1l:A, 3w1l:B, 3w1m:A, 3w1m:B, 3w1n:A, 3w1n:B, 3w1p:A, 3w1p:B, 3w1q:A, 3w1q:B, 3w1r:A, 3w1r:B, 3w1t:A, 3w1t:B, 3w1u:A, 3w1u:B, 3w1x:A, 3w1x:B, 3w22:A, 3w22:B, 3w23:A, 3w23:B, 3w2j:A, 3w2j:B, 3w2k:A, 3w2k:B, 3w2l:A, 3w2l:B, 3w2m:A, 3w2m:B, 3w2n:A, 3w2n:B, 3w2u:A, 3w2u:B, 3w3o:A, 3w3o:B, 3w6y:A, 3w6y:B, 3w70:A, 3w70:B, 3w71:A, 3w71:B, 3w72:A, 3w72:B, 3w73:A, 3w73:B, 3w74:A, 3w74:B, 3w75:A, 3w75:B, 3w76:A, 3w76:B, 3w7c:A, 3w7c:B, 3w7d:A, 3w7d:B, 3w7e:A, 3w7e:B, 3w7g:A, 3w7g:B, 3w7h:A, 3w7h:B, 3w7i:A, 3w7i:B, 3w7j:A, 3w7j:B, 3w7k:A, 3w7k:B, 3w7l:A, 3w7l:B, 3w7m:A, 3w7m:B, 3w7n:A, 3w7n:B, 3w7o:A, 3w7o:B, 3w7p:A, 3w7p:B, 3w7q:A, 3w7q:B, 3w83:A, 3w83:B, 3w84:A, 3w84:B, 3w85:A, 3w85:B, 3w86:A, 3w86:B, 3w87:B, 3w88:A, 3w88:B
18 4u03:A 389 34 0.0945 0.0308 0.3529 7.5 4txy:A, 4txz:A, 4ty0:A, 4u03:B, 4u0m:A, 4u0m:B, 4u0n:A, 4u0n:B, 4xj4:A
19 1yvp:B 532 51 0.1496 0.0357 0.3725 7.5 2i91:A, 2i91:B, 1yvp:A
20 4xj3:A 369 34 0.0945 0.0325 0.3529 9.1 4txy:B, 4txz:B, 4ty0:B, 4xj5:A
21 3bxu:A 71 15 0.0787 0.1408 0.6667 9.8 3bxu:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218