Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QNRKCGCAACLRRMDCGRCDFCCDKPKFGGSNQKRQKCRWRQCLQFAMKRLLPS

The query sequence (length=54) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5w9q:A 56 55 1.0000 0.9643 0.9818 1.32e-31 5w9q:B
2 3qmb:A 54 42 0.5185 0.5185 0.6667 2.41e-10 3qmc:A, 3qmd:A, 3qmg:A, 3qmh:A, 3qmi:A
3 4pzi:A 61 45 0.4074 0.3607 0.4889 6.49e-09
4 2j2s:A 72 43 0.4259 0.3194 0.5349 1.22e-06 2jyi:A, 2kkf:A, 4nw3:A
5 4o64:A 116 42 0.3704 0.1724 0.4762 1.05e-05 4o64:B, 4o64:C
6 3swr:A 965 47 0.3704 0.0207 0.4255 2.64e-05
7 4wxx:B 1178 47 0.3704 0.0170 0.4255 2.70e-05 3epz:A, 3epz:B, 7lmk:A, 7lmk:B, 7lmk:C, 7lmk:D, 7lmm:A, 7lmm:B, 7lmm:C, 7lmm:D, 3pta:A, 7sfc:A, 7sfd:A, 7sfe:A, 7sff:A, 7sfg:A, 5wvo:C, 4wxx:A, 6x9i:A, 6x9j:A, 6x9k:A, 7xi9:A, 7xib:A, 5ydr:B, 4yoc:A
8 3pt6:B 915 47 0.3333 0.0197 0.3830 4.74e-04 4da4:A, 3pt6:A, 6w8v:A
9 4bbq:A 111 38 0.3333 0.1622 0.4737 0.001 4bbq:B
10 6asb:F 85 36 0.2778 0.1765 0.4167 0.002
11 6asb:I 121 36 0.2778 0.1240 0.4167 0.003 6asb:C, 6asb:L
12 4hp1:C 51 52 0.3333 0.3529 0.3462 0.012 4hp3:C
13 7bv5:A 234 25 0.1852 0.0427 0.4000 0.056 7bv5:B
14 6y8y:A 572 24 0.2037 0.0192 0.4583 0.30 6y8x:AA, 6y8z:A
15 1oyw:A 516 16 0.1667 0.0174 0.5625 0.58 1oyy:A
16 3e00:D 363 48 0.3148 0.0468 0.3542 0.86 4a4v:A, 4a4v:B, 4a4w:A, 4a4w:B, 7a7h:A, 3ads:A, 3ads:B, 3adt:A, 3adu:A, 3adu:B, 3adv:A, 3adv:B, 3adw:A, 3adw:B, 3adx:A, 3adx:B, 6ad9:A, 8adf:A, 8adf:B, 7ahj:A, 3an3:A, 3an4:A, 6an1:A, 8aqm:A, 8aqm:B, 8aqn:A, 8aqn:B, 2ath:A, 2ath:B, 8aty:A, 8atz:A, 6aug:A, 6aug:B, 6avi:A, 6avi:B, 7awc:A, 7awd:A, 5azv:A, 5azv:B, 3b0q:A, 3b0r:A, 3b0r:B, 3b1m:A, 3b3k:A, 8b8w:A, 8b8w:B, 8b8x:A, 8b8x:B, 8b8y:A, 8b8y:B, 8b8z:A, 8b8z:B, 8b90:A, 8b90:B, 8b91:A, 8b91:B, 8b92:A, 8b92:B, 8b93:A, 8b93:B, 8b94:A, 8b94:B, 8b95:A, 8b95:B, 3bc5:A, 8bf1:A, 8bf2:A, 8bf2:B, 8bff:A, 8c0c:B, 6c1i:A, 6c1i:B, 6c5q:A, 6c5t:A, 3cdp:A, 3cds:A, 4ci5:A, 4ci5:B, 9ck0:A, 8cph:A, 8cph:B, 8cpi:A, 3cs8:A, 3cwd:A, 3cwd:B, 9cwn:A, 7cxf:A, 7cxh:A, 7cxi:A, 7cxj:A, 7cxk:A, 7cxl:A, 6d3e:A, 3d6d:A, 6d8x:A, 6d94:A, 6dbh:A, 6dbh:B, 6dcu:A, 6dcu:B, 6dgl:A, 6dgl:B, 6dgo:A, 6dgp:A, 6dgp:B, 6dgq:A, 6dgr:A, 6dh9:A, 6dha:A, 6dha:B, 8dk4:A, 8dkn:A, 8dkv:A, 5dsh:A, 8dsy:A, 8dsy:B, 8dsz:A, 8dsz:B, 5dv3:A, 5dv6:A, 5dv8:A, 5dvc:A, 5dwl:A, 3dzu:D, 3dzy:D, 7e0a:A, 4e4k:A, 4e4q:A, 6e5a:A, 6e5a:B, 7efq:A, 4em9:A, 4em9:B, 4ema:A, 6enq:A, 3et0:A, 3et0:B, 3et3:A, 6f2l:A, 2f4b:A, 9f7w:A, 9f7x:A, 4f9m:A, 5f9b:B, 3fej:A, 4fgy:A, 8fhe:B, 8fhf:A, 8fhf:B, 8fhg:B, 8fkc:A, 8fkd:A, 8fke:A, 8fkf:A, 8fkg:A, 1fm6:D, 1fm6:X, 1fm9:D, 3fur:A, 2fvj:A, 6fzf:A, 6fzf:B, 6fzg:A, 6fzj:A, 6fzj:B, 6fzp:A, 2g0g:A, 2g0h:A, 2g0h:B, 3g9e:A, 3gbk:A, 2gtk:A, 5gtn:A, 5gto:A, 5gtp:A, 3h0a:D, 4hee:X, 2hfp:A, 8hhp:A, 8hhq:A, 8hhq:B, 3ho0:A, 3hod:A, 8hum:A, 8hup:A, 2hwq:A, 2hwr:A, 5hzc:A, 5hzc:B, 2i4j:A, 2i4p:A, 2i4z:A, 1i7i:A, 1i7i:B, 3ia6:A, 3ia6:B, 6icj:A, 6ijr:A, 6ijr:C, 6ijs:A, 6ilq:A, 6izm:A, 6izn:A, 4jaz:A, 6jey:A, 6jey:B, 6jf0:A, 6jf0:B, 5ji0:D, 4jl4:A, 6jq7:A, 7jqg:A, 7jqg:B, 6k0t:A, 6k0t:C, 1k74:D, 3k8s:A, 3k8s:B, 3kmg:A, 3kmg:D, 1knu:A, 6ktm:A, 6ktn:A, 6l89:A, 6l89:B, 4l96:A, 4l98:A, 4l98:B, 3lmp:A, 7lot:A, 7lot:B, 5lsg:A, 6mcz:A, 6mcz:B, 6md1:B, 6md2:A, 6md2:B, 6md4:A, 6ms7:A, 3noa:A, 3noa:B, 1nyx:A, 6o67:A, 6o68:A, 4o8f:A, 4o8f:B, 4oj4:A, 2om9:A, 2om9:B, 2om9:C, 2om9:D, 6oni:B, 6onj:A, 3osi:A, 3osw:A, 7p4e:A, 3pba:A, 8pbo:A, 6pdz:B, 6pdz:A, 2pob:A, 3po9:A, 3po9:B, 2prg:A, 2prg:B, 4prg:A, 4prg:B, 4prg:C, 4prg:D, 4pvu:B, 4pwl:A, 2q59:A, 2q59:B, 2q5p:A, 2q5p:B, 2q5s:A, 2q5s:B, 2q61:A, 2q61:B, 2q6r:A, 2q6r:B, 2q6s:B, 2q8s:A, 7qb1:AAA, 7qb1:BBB, 6qj5:A, 3qt0:A, 4r06:A, 4r2u:A, 4r2u:D, 3r5n:A, 4r6s:A, 4r6s:B, 3r8a:A, 3r8a:B, 3r8i:A, 1rdt:D, 7rle:A, 7rle:C, 3s9s:A, 8sc9:B, 7sqa:B, 7sqa:A, 7sqb:A, 3sz1:A, 3sz1:B, 3t03:A, 3t03:B, 6t1s:A, 6t1v:A, 6t6b:A, 6t9c:A, 6tdc:A, 6tsg:A, 5tto:A, 5tto:B, 5two:A, 3ty0:A, 3ty0:B, 5u5l:A, 8u57:A, 3u9q:A, 5ugm:A, 5ugm:B, 3v9t:A, 3v9v:A, 3v9y:A, 3vjh:A, 3vji:A, 3vn2:A, 2vsr:A, 2vsr:B, 2vst:A, 2vst:B, 3vso:A, 3vsp:A, 2vv0:A, 2vv0:B, 2vv1:A, 2vv1:B, 2vv2:A, 2vv2:B, 2vv3:A, 2vv4:A, 2vv4:B, 6vzl:A, 6vzl:B, 6vzm:A, 6vzm:B, 7wgo:A, 7wgp:A, 7wgq:A, 3wj4:A, 3wj4:B, 3wj5:A, 3wj5:B, 1wm0:X, 3wmh:A, 3wmh:B, 7wox:A, 5wqx:A, 5wr0:A, 5wr1:A, 3x1h:A, 3x1h:B, 3x1i:A, 3x1i:B, 2xkw:A, 2xkw:B, 4xld:A, 4xta:A, 4xta:B, 4xuh:A, 4xuh:B, 4xum:A, 4xum:B, 4y29:A, 5y2o:A, 5y2t:A, 5y2t:B, 6y3u:A, 5ycn:A, 5ycp:A, 2yfe:A, 2yfe:B, 4yt1:B, 5z5s:A, 5z6s:A, 1zeo:A, 8zfn:A, 8zfn:B, 8zfo:A, 8zfo:B, 8zfp:A, 8zfp:B, 8zfq:A, 8zfq:B, 8zfr:B, 8zfs:A, 8zfs:B, 8zft:A, 8zft:B, 1zgy:A, 2zk1:A, 2zk1:B, 2zk2:A, 2zk3:A, 2zk3:B, 2zk4:A, 2zk4:B, 2zk5:A, 2zk5:B, 2zk6:A, 2zk6:B, 6zly:A, 2zno:A, 2zno:B, 2zvt:A, 2zvt:B
17 6crm:A 512 16 0.1481 0.0156 0.5000 0.93 4tmu:A
18 5k1s:A 358 15 0.1667 0.0251 0.6000 1.2 5k1s:C, 5k1s:B, 5k1s:D
19 3nyn:A 553 18 0.1852 0.0181 0.5556 1.8 2acx:A, 2acx:B, 3nyn:B, 3nyo:A, 3nyo:B
20 6q2o:E 572 36 0.2222 0.0210 0.3333 2.1 6q2j:E, 6q2j:F, 6q2o:F, 6q2r:E, 6q2r:F, 6q2r:Y, 6q2r:Z, 6q2s:E, 6q2s:F, 4ux8:A, 4ux8:B
21 6q2n:E 553 36 0.2222 0.0217 0.3333 2.2 6q2n:F
22 4xsv:A 306 18 0.1852 0.0327 0.5556 2.6 3elb:A
23 4q47:A 513 34 0.1852 0.0195 0.2941 6.3 4q47:B, 4q48:A, 4q48:B
24 5ta1:A 627 31 0.1852 0.0159 0.3226 9.5 5ta0:A, 5ta0:B, 5ta5:A, 5ta5:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218