Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QDPLTINADLQRVAEESLNAAVKRVGGVWGSAAVLEIGTGRLLALAPGGTRSVSAIYEPGSVGKLVTLAAAIDQKKVTPT
STFTVSSTRDMPNGERISDDSPHETQDMTVAGIIAHSYNTGTVQIGDTVSDSVRYEYMQKFGWGAKTGITLPSEESGILR
PHTEWGDRDHYTTMFGQGVAVTTIQLAQMVAVFGQKGVLIPPRIIDGYDDENGVYTPTVMGESRQVVSEDTAQTVLNIMQ
GATQPGGTAEGIGAVKGYNVAAKTGTAENVGSSGSLTDTAATFTALIPAENPKIAVAVVIYKENGTVYGSTASAPVFVDI
AQFAMREMKIPPSTVPLYKYPW

The query sequence (length=342) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6i1f:A 343 342 1.0000 0.9971 1.0000 0.0 6i1f:B, 6i1g:A, 6i1g:B, 6i1h:A, 6i1h:B
2 6syn:A 471 342 0.3187 0.2314 0.3187 4.89e-39
3 6p55:B 327 339 0.3129 0.3272 0.3156 2.25e-38 6p52:A, 6p53:B, 6p54:A, 6p54:B, 6p55:A, 6xqv:A, 6xqv:B
4 6kgw:A 452 360 0.3129 0.2367 0.2972 3.74e-38 6kgs:A, 6kgt:A, 6kgu:A, 6kgv:A
5 8veq:A 325 341 0.3246 0.3415 0.3255 1.17e-37 6vbd:A, 8ven:A, 8vep:A
6 7onw:A 485 350 0.3158 0.2227 0.3086 5.98e-37 8gpw:A, 8gpw:B, 6i1i:A, 7onn:A, 8rtz:AAA
7 7atm:A 478 352 0.3012 0.2155 0.2926 8.42e-33 7kiv:A, 7kiw:A, 7lc4:A, 7ly1:A, 3pbo:A
8 4kqq:A 520 355 0.3041 0.2000 0.2930 2.59e-32 7ato:A, 7atw:A, 7atx:A, 7au0:A, 7au1:A, 7au8:A, 7au9:A, 7aub:A, 7auh:A, 5df7:A, 5df7:B, 5df8:A, 5df8:B, 5df9:A, 4fsf:A, 6hr6:A, 6hr9:A, 6i1e:A, 7jwl:A, 7kit:A, 4kqo:A, 4kqo:B, 4kqq:B, 4kqr:A, 4kqr:B, 4l0l:A, 3ocl:A, 3ocn:A, 7onk:A, 7onk:B, 4ool:A, 4oom:A, 3pbq:A, 3pbr:A, 3pbs:A, 3pbt:A, 6r3x:A, 6r42:A, 6un1:A, 6un3:A, 6vje:A, 6vot:A, 4wej:A, 4wek:A, 4wel:A, 6y6u:A, 6y6z:A
9 7rcz:A 511 287 0.2544 0.1703 0.3031 4.33e-32 7rcz:B
10 4ovd:A 422 348 0.3099 0.2512 0.3046 1.99e-28
11 7kis:A 458 358 0.2749 0.2052 0.2626 1.40e-17 7kis:B
12 1pyy:A 607 336 0.2690 0.1516 0.2738 5.12e-17
13 5oj0:A 658 331 0.2632 0.1368 0.2719 7.61e-17 1qmf:A
14 5oj1:A 675 336 0.2690 0.1363 0.2738 8.31e-17 5oiz:A, 2z2m:B, 2z2m:E, 2zc3:B, 2zc3:E, 2zc4:B, 2zc4:E
15 4r1g:B 419 337 0.2982 0.2434 0.3027 2.21e-16 4n1x:A, 4n1x:B, 4qjg:A, 4qjg:B, 4r0q:A, 4r0q:B, 4r1g:A, 4r23:A, 4r23:B, 4r3j:A, 4r3j:B, 4ra7:A, 4ra7:B
16 7ok9:B 525 317 0.2398 0.1562 0.2587 6.90e-16 7o4a:AAA, 7ok9:A, 7ok9:E, 7ok9:C, 7ok9:G, 7ok9:H, 7ok9:I, 7ok9:D, 7ok9:F, 7ok9:J
17 8vbu:A 505 317 0.2398 0.1624 0.2587 8.94e-16 7o4a:BBB, 7o4b:A, 7o4b:C, 8vbu:B, 8vbv:A, 8vbv:B, 8vbw:A, 8vbw:B
18 8yjx:A 558 284 0.2222 0.1362 0.2676 1.55e-12
19 6g9f:A 539 273 0.2164 0.1373 0.2711 2.80e-12 6g9s:A
20 8yjx:B 490 264 0.2105 0.1469 0.2727 1.08e-11
21 3upp:A 445 371 0.2719 0.2090 0.2507 9.39e-11 3upn:A, 3upn:B, 3upo:A, 3upo:B, 3upp:B
22 7zg8:AAA 525 294 0.2368 0.1543 0.2755 1.58e-10 7zg8:BBB
23 6tix:BBB 533 269 0.2047 0.1313 0.2602 1.87e-10 6tix:AAA
24 2wad:C 607 171 0.1520 0.0857 0.3041 2.82e-10 2wad:A, 2wae:A
25 8f3i:A 641 301 0.2281 0.1217 0.2591 3.71e-08 8f3g:A, 8f3l:A, 8f3n:A, 8f3p:A, 8f3s:A, 8f3u:A, 8f3w:A, 8f3y:A, 6g88:A, 6mkf:A, 6mkg:A
26 6g88:C 597 303 0.2251 0.1290 0.2541 3.86e-08 6g88:B
27 7rd0:A 482 345 0.2222 0.1577 0.2203 1.49e-07
28 6pl6:B 577 366 0.2865 0.1698 0.2678 3.47e-07
29 8c5w:A 634 171 0.1374 0.0741 0.2749 4.71e-06 8c5o:A
30 3vsl:A 631 171 0.1374 0.0745 0.2749 9.02e-06 3vsl:B
31 6mkh:A 445 251 0.1784 0.1371 0.2430 0.001 6bsr:A, 6mki:A
32 7rcy:A 828 153 0.1228 0.0507 0.2745 0.023 7rcw:A
33 1s4e:F 351 166 0.1111 0.1083 0.2289 0.13 1s4e:A, 1s4e:B, 1s4e:C, 1s4e:D, 1s4e:E, 1s4e:H, 1s4e:I
34 7rcx:A 811 161 0.1228 0.0518 0.2609 0.21
35 1ex9:A 285 77 0.0789 0.0947 0.3506 0.25
36 5kut:A 179 73 0.0673 0.1285 0.3151 1.9 5kut:B, 5kut:C
37 3j79:F 390 56 0.0556 0.0487 0.3393 2.0 3jbn:AF, 3jbo:AF, 3jbp:AF, 8tpu:AF, 5umd:F
38 6qti:A 1038 90 0.0789 0.0260 0.3000 3.8 1d4o:A, 1djl:A, 1djl:B, 1pt9:A, 1pt9:B, 6qti:B, 6que:A, 6que:B, 1u31:A, 1u31:B
39 3uel:A 521 102 0.0819 0.0537 0.2745 4.7 5a7r:A, 4b1h:A, 4b1i:A, 4b1j:A, 6hh6:A, 6hmk:A, 6hml:A, 6hmm:A, 6hmn:A, 7kfp:A, 7kg0:A, 7kg1:A, 7kg6:A, 7kg7:A, 7kg8:A, 5lhb:A, 4n9y:A, 4n9z:A, 4n9z:B, 4na0:A, 4na0:B, 4na0:C, 4na4:A, 4na4:B, 4na4:C, 6o9x:A, 6o9y:A, 6oa0:A, 6oa1:A, 6oa3:A, 6oak:A, 6oal:A, 3uel:B, 3uel:C
40 2dei:A 350 32 0.0322 0.0314 0.3438 5.1 2dej:A
41 6okp:K 133 41 0.0409 0.1053 0.3415 5.3 7ugo:N, 7ugp:M, 7ugp:N
42 4oon:A 502 174 0.1170 0.0797 0.2299 5.9
43 6ska:D 347 36 0.0351 0.0346 0.3333 5.9 2jxa:A
44 5dzw:A 417 78 0.0673 0.0552 0.2949 6.6
45 2erx:A 168 52 0.0614 0.1250 0.4038 7.3 2erx:B, 6naz:A
46 6jr7:A 812 62 0.0526 0.0222 0.2903 7.7 6jr7:B, 6jr7:C, 6jr7:D, 6jr8:A, 6jr8:B, 6jr8:C, 6jr8:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218