Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
QDLSEALKEATKEVHIRAENSEFMRNFQKGQVSREGFKLVMASLYHIYTALEEEIERNKQNPVYAPLYFPEELHRRAALE
QDMAFWYGPHWQEAIPYTPATQHYVKRLHEVGGTHPELLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKAMALPSSGEGLAFFTFP
SIDNPTKFKQLYRARMNTLEMTPEVKHRVTEEAKTAFLLNIELFEELQALLT

The query sequence (length=212) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6j79:A 816 211 0.9953 0.2586 1.0000 1.36e-150 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
2 1ni6:C 223 212 0.8491 0.8072 0.8491 1.78e-135 5btq:A, 5btq:B, 3czy:A, 3czy:B, 6eha:A, 6eha:B, 3hok:A, 3hok:B, 3k4f:A, 3k4f:B, 1n3u:A, 1n3u:B, 1n45:A, 1n45:B, 1oyk:A, 1oyk:B, 1oyl:A, 1oyl:B, 1oze:A, 1oze:B, 1ozl:A, 1ozl:B, 1ozr:A, 1ozr:B, 1ozw:A, 1ozw:B, 1s13:A, 1s13:B, 1s8c:A, 1t5p:A, 1t5p:B, 3tgm:A, 3tgm:B, 1twn:A, 1twn:B, 1twr:A, 1twr:B, 4wd4:A, 4wd4:B, 4wd4:C, 4wd4:D, 1xjz:A, 1xjz:B, 1xk0:A, 1xk0:B, 1xk1:A, 1xk1:B, 1xk2:A, 1xk2:B, 1xk3:A, 1xk3:B
3 2qpp:B 219 206 0.5566 0.5388 0.5728 6.19e-89 2q32:A, 2q32:B, 2qpp:A, 2rgz:A, 2rgz:B, 5uc9:A, 5uc9:B, 5uc9:C, 5uc9:D
4 1we1:A 222 210 0.4481 0.4279 0.4524 2.86e-65 1we1:B, 1we1:C, 1we1:D
5 1wow:A 245 213 0.4292 0.3714 0.4272 1.68e-59 1wov:A, 1wov:B, 1wow:B, 1wox:A, 1wox:B
6 5kzl:A 205 205 0.4245 0.4390 0.4390 6.62e-56
7 4gpc:A 212 207 0.3302 0.3302 0.3382 8.55e-31 4gpc:B, 4gpc:C, 4gpf:A, 4gpf:B, 4gpf:C, 4gph:A, 4gph:B, 4gph:C, 3i8r:A, 3i8r:B, 3i8r:C, 1iw0:B, 1iw0:A, 1iw0:C, 1iw1:A, 1iw1:B, 1iw1:C, 3moo:A, 3moo:B, 1v8x:A, 1v8x:B, 1v8x:C, 1wnv:A, 1wnv:B, 1wnv:C, 1wnw:A, 1wnw:B, 1wnw:C, 1wnx:A, 1wnx:B, 1wzd:A, 1wzd:B, 1wzf:A, 1wzf:B, 1wzg:A, 1wzg:B, 2z68:A, 2z68:B
8 7cka:A 211 179 0.2075 0.2085 0.2458 4.13e-05
9 7eqh:A 212 183 0.1981 0.1981 0.2295 0.009 7eqh:B
10 2irf:H 109 40 0.0708 0.1376 0.3750 1.00 2irf:I, 2irf:J, 2irf:K, 2irf:L, 2irf:G
11 5dfa:A 685 84 0.1132 0.0350 0.2857 1.6 5dfa:B, 5dfa:C, 4oif:A, 4oif:B, 4oif:C
12 4moc:A 273 92 0.1274 0.0989 0.2935 2.8 3b7k:A, 3b7k:B, 3b7k:C
13 4mob:A 319 92 0.1274 0.0846 0.2935 3.2
14 6eu2:A 1402 33 0.0566 0.0086 0.3636 4.0 6eu3:A
15 5fj9:A 1412 33 0.0566 0.0085 0.3636 4.0 6f40:A, 6f41:A, 6f42:A, 6f44:A, 5fja:A, 6tut:A
16 7z1l:A 1436 33 0.0566 0.0084 0.3636 4.0 8bws:A, 6cnb:A, 6cnc:A, 6cnd:A, 6cnf:A, 6eu0:A, 6eu1:A, 5fj8:A, 7z0h:A, 7z1m:A, 7z1n:A, 7z1o:A, 7z2z:A, 7z30:A, 7z31:A
17 6edh:A 281 131 0.1604 0.1210 0.2595 4.9 6edh:B, 1gqw:A, 1gqw:B, 1gy9:A, 1gy9:B, 1os7:A, 1os7:B, 1os7:C, 1os7:D
18 7xoi:B 436 89 0.1179 0.0573 0.2809 5.9 7xoi:D, 7xoi:F, 7xoi:H, 7xoi:J, 7xoi:L, 7xoi:N, 7xoi:P
19 7biz:A 478 41 0.0660 0.0293 0.3415 6.6 7biz:B
20 6d7j:A 799 34 0.0377 0.0100 0.2353 8.6 6d7j:D
21 5esw:A 190 16 0.0472 0.0526 0.6250 9.2 5esx:A, 5esx:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218