Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PVYPCGICTNEVNDDQDAILCEASCQKWFHRICTGMTETAYGLLTAEASAVWGCDTCMAD

The query sequence (length=60) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2vp7:A 66 59 0.9667 0.8788 0.9831 1.99e-39 2dx8:A, 2dx8:B, 2vpb:A, 2vpd:A, 2vpd:C, 2vpe:C, 2vpe:A, 2vpg:A, 2vpg:C, 2yyr:A, 2yyr:B
2 2xb1:C 97 57 0.8000 0.4948 0.8421 1.88e-32 4up0:A, 4up5:A, 2xb1:A
3 3zpv:1 62 58 0.4667 0.4516 0.4828 6.73e-19 3zpv:3, 3zpv:5, 3zpv:7, 3zpv:9, 3zpv:A, 3zpv:C, 3zpv:E, 3zpv:G, 3zpv:I, 3zpv:K, 3zpv:M, 3zpv:O, 3zpv:Q, 3zpv:S, 3zpv:U, 3zpv:W, 3zpv:Y
4 2ma5:A 61 34 0.2000 0.1967 0.3529 8.17e-04
5 5c11:A 52 30 0.1667 0.1923 0.3333 0.010 3gl6:A, 2kgg:A, 2kgi:A
6 3n9m:A 503 30 0.2000 0.0239 0.4000 0.055 3n9l:A, 3n9m:C, 3n9n:A, 3n9o:A, 3n9p:A, 3n9q:A, 3puq:A, 3puq:C, 3pur:A, 3pur:C
7 3nzg:D 380 42 0.2667 0.0421 0.3810 0.15 3nzg:A, 3nzg:B, 3nzg:C
8 5tab:A 53 31 0.1833 0.2075 0.3548 0.29
9 5wlf:A 60 45 0.2167 0.2167 0.2889 0.45 5wle:A
10 1wem:A 76 39 0.2167 0.1711 0.3333 0.47 4l7x:A, 2m3h:A
11 5y20:A 52 53 0.2500 0.2885 0.2830 0.80
12 5yc3:A 60 33 0.2167 0.2167 0.3939 0.89 5yc4:A
13 5z8l:A 204 30 0.2000 0.0588 0.4000 0.99 5z8n:A, 5z8n:B, 5z8n:C
14 4y96:A 250 50 0.2000 0.0480 0.2400 1.1 4y96:B
15 1wep:A 79 38 0.2667 0.2025 0.4211 1.3
16 8f8y:B 433 38 0.2500 0.0346 0.3947 1.5 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
17 3kv4:A 432 14 0.1333 0.0185 0.5714 1.9 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
18 1lbg:A 357 20 0.1833 0.0308 0.5500 2.0 2bjc:A, 2bjc:B, 1cjg:A, 1cjg:B, 1efa:A, 1efa:B, 1efa:C, 1jwl:B, 1jwl:A, 1jwl:C, 2kei:A, 2kei:B, 2kej:A, 2kej:B, 2kek:A, 2kek:B, 1l1m:A, 1l1m:B, 1lbg:D, 1lbh:A, 1lbh:B, 1lbh:C, 1lbh:D, 1lcc:A, 1lcd:A, 1osl:A, 1osl:B, 2p9h:A, 2p9h:B, 2paf:A, 2paf:B, 2pe5:A, 2pe5:B, 2pe5:C, 4rzt:A, 4rzt:B, 4rzt:C, 4rzt:D, 1tlf:A, 1tlf:B, 1tlf:C, 1tlf:D
19 8w7y:A 474 17 0.1500 0.0190 0.5294 2.2
20 5tbn:A 57 31 0.1833 0.1930 0.3548 2.2
21 3kv6:D 448 32 0.1667 0.0223 0.3125 2.7 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
22 7ok0:P 47 44 0.2167 0.2766 0.2955 2.8 7oq4:P, 7oqy:P
23 5y58:A 548 26 0.2000 0.0219 0.4615 3.2 5y58:E, 5y58:C
24 3lqi:C 181 34 0.1500 0.0497 0.2647 4.5 2kyu:A, 3lqh:A, 3lqi:A, 3lqi:B, 3lqj:A, 3lqj:B, 7zey:B, 7zez:B
25 2f6j:A 168 38 0.1833 0.0655 0.2895 4.9 8ag2:A, 6aze:A, 7dmy:A, 7dn4:A, 7dn4:B, 7dn4:C, 7dn4:D, 7dn4:E, 7dn4:F, 7f5c:A, 7f5d:A, 7f5e:A, 2f6j:B, 2f6j:C, 2f6n:A, 2f6n:B, 8f6g:A, 2fsa:A, 2fsa:B, 2fsa:C, 2fuu:A, 5h6y:A, 7k6r:A, 7k6s:A, 7kdw:A, 7kdw:B, 7kdz:A, 7lp0:A, 7lp0:B, 7lpk:A, 7lpk:B, 7lrk:A, 7lrk:B, 7lro:A, 7lro:B, 6lu5:A, 6lu6:A, 7m2e:A, 8ou2:A, 8ou2:B, 3qzs:A, 3qzs:B, 3qzt:A, 3qzv:A, 5r4g:A, 5r4h:A, 5r4i:A, 5r4j:A, 5r4k:A, 5r4l:A, 5r4m:A, 5r4n:A, 2ri7:A, 7rwn:A, 7rwo:A, 7rwp:A, 7rwq:A, 7vd4:A
26 4gnd:C 107 33 0.1500 0.0841 0.2727 7.0 4gnd:A, 4gne:A, 4gnf:A, 4gng:A, 4gng:D
27 1x4i:A 70 46 0.2500 0.2143 0.3261 7.1 7zmx:A, 7zmx:B
28 1we9:A 64 33 0.2000 0.1875 0.3636 7.4
29 7eyr:C 279 22 0.1500 0.0323 0.4091 8.0 7eyr:A, 7eyr:B, 7eyr:D, 7eys:C, 7eyt:C, 7eyt:A, 7eyt:B, 7eyt:D, 7eyu:B, 7eyu:A, 7eyw:C, 7eyw:A, 7eyw:B, 7eyw:D, 7fcb:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218