Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PVWKDADTTLFCASDAKAYETEVHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLQPCVKL
TGGSVIKQACPKISFDPIPIHYCTPAGYVILKCNDKNFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSE
NLTNNAKTIIVHLNKSVEINCTRPSNGGDIRKAYCEINGTKWNKVLKQVTEKLKEHFNNKTIIFQPPSGGDLEITMHSFN
CRGEFFYCNTTQLFNNTCKGCNGTITLPCKIKQIINMWQGTGQAMYAPPIDGKINCVSNITGILLTRDGGANNTSNETFR
PGGGDMRDNWRSELYKYKVVQIE

The query sequence (length=343) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5w4l:G 357 345 0.9825 0.9440 0.9768 0.0 6bf4:G, 8dcq:A, 4dko:A, 4dko:C, 4dkp:A, 4dkp:C, 4dkq:A, 4dkr:A, 4dkr:C, 4dku:A, 4dku:B, 4dkv:A, 4dkv:B, 4dvs:A, 4dvs:B, 4dvt:A, 4dvt:B, 4dvv:A, 4dvv:B, 4dvw:A, 4dvw:B, 4dvx:A, 4dvx:B, 8f9z:A, 8fa0:A, 8gcz:A, 8gd0:A, 8gd1:A, 8gd3:A, 8gd5:A, 8gdj:A, 8gdk:A, 8gjt:A, 4i54:A, 4i54:B, 5kjr:G, 4lsq:G, 6mfp:G, 6mfp:A, 6mg7:G, 7n8q:G, 3ngb:G, 3ngb:A, 3ngb:D, 3ngb:I, 6one:A, 6onf:A, 6onh:A, 6onv:A, 6ooo:A, 6p9n:A, 4rfn:G, 4rfn:A, 4rfo:G, 4rz8:A, 4rz8:B, 4rz8:C, 4rz8:D, 3se9:G, 5u6e:A, 5u6e:B, 5uem:G, 6usw:A, 6ut1:A, 5w4l:A, 6w4m:G
2 4r4n:B 342 342 0.7755 0.7778 0.7778 0.0 4r4n:A, 4r4n:E, 4r4n:I, 4r4n:M, 4r4n:P, 4r4n:S, 4r4n:V
3 8d53:G 446 420 0.8484 0.6525 0.6929 0.0
4 3tgs:A 345 351 0.7930 0.7884 0.7749 0.0 5f4l:A, 5f4l:B, 5f4p:D, 5f4p:A, 5f4r:A, 5f4r:C, 5f4u:A, 5f4u:B, 8fly:A, 8fly:B, 8fly:C, 8fly:D, 8flz:A, 8flz:D, 8flz:B, 8flz:C, 8fm0:B, 8fm0:A, 8fm0:C, 8fm0:D, 8fm2:D, 8fm2:B, 8fm2:A, 8fm2:C, 8fm3:A, 8fm3:C, 8fm3:D, 8fm3:B, 8fm4:B, 8fm4:D, 8fm4:A, 8fm4:C, 8fm5:D, 8fm5:A, 8fm5:C, 8fm5:B, 8fm7:A, 8fm7:B, 8fm7:C, 8fm7:D, 8fm8:C, 8fm8:D, 8fm8:A, 8fm8:B, 4i53:A, 4i53:B, 7rsx:C, 7rsx:B, 7rsx:A, 7rsx:D, 7rsy:A, 7rsy:B, 7rsy:C, 7rsy:D, 7rsz:B, 7rsz:A, 7rsz:C, 7rsz:D, 3tgs:B, 7tjo:D, 7tjo:A, 7tjo:C, 7tjo:B, 7tjp:A, 7tjp:B, 7tjp:D, 7tjp:C
5 4laj:A 343 347 0.7959 0.7959 0.7867 0.0 4dvr:G, 2i5y:G, 2i5y:P, 2i60:G, 2i60:P, 4jzw:G, 4jzw:A, 4jzz:A, 4k0a:A, 4ka2:A, 4laj:J, 4laj:F, 4laj:B, 4r4f:A, 1yyl:G, 1yyl:P, 1yym:G, 1yym:P
6 4j6r:G 343 348 0.7755 0.7755 0.7644 0.0
7 4xmp:G 337 341 0.7668 0.7804 0.7713 0.0
8 8czz:A 440 422 0.8309 0.6477 0.6754 0.0 8czz:E, 8czz:I
9 6meo:G 398 384 0.7901 0.6809 0.7057 0.0 6met:G
10 7txd:A 397 375 0.7697 0.6650 0.7040 0.0 7txd:E
11 6cm3:D 372 357 0.7668 0.7070 0.7367 0.0 6cm3:E, 6cm3:F, 7lo6:C, 7lo6:A, 7lo6:E, 7lok:A, 7lok:C, 7lok:E, 6u0l:B, 6u0l:C, 6u0n:A, 6u0n:C
12 6opp:A 389 365 0.7697 0.6787 0.7233 0.0 6opo:A, 6opo:D, 6opo:J, 6opp:D, 6opp:J, 6opq:A, 6opq:D, 6opq:E, 5vn3:G, 5vn3:I, 5vn3:J
13 5fa2:A 336 339 0.7259 0.7411 0.7345 0.0
14 6x5b:A 353 348 0.7551 0.7337 0.7443 0.0 6opn:A, 6opn:D, 6opn:G, 6x5b:D, 6x5b:J, 6x5c:A, 6x5c:D, 6x5c:E
15 5te4:G 341 348 0.7318 0.7361 0.7213 0.0
16 6edu:D 401 392 0.7493 0.6409 0.6556 2.70e-180 6edu:E, 6edu:F
17 7n6u:B 595 427 0.7638 0.4403 0.6136 6.58e-178 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
18 6ch9:G 448 426 0.7201 0.5513 0.5798 5.11e-163 6mug:G
19 1gc1:G 297 306 0.6443 0.7441 0.7222 2.56e-158
20 7mxd:A 472 289 0.6764 0.4915 0.8028 3.85e-157 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
21 7mxd:A 472 81 0.2157 0.1568 0.9136 3.29e-47 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
22 8tgw:A 387 408 0.6968 0.6176 0.5858 4.85e-157
23 7lu9:e 461 311 0.5948 0.4425 0.6559 1.15e-137 7lu9:f
24 7lu9:e 461 81 0.2070 0.1540 0.8765 3.18e-45 7lu9:f
25 8d0y:G 455 282 0.5598 0.4220 0.6809 1.93e-135 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
26 8d0y:G 455 81 0.2187 0.1648 0.9259 2.50e-47 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
27 8fae:A 468 295 0.5860 0.4295 0.6814 5.23e-135 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
28 8fae:A 468 81 0.2157 0.1581 0.9136 1.38e-46 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
29 5fyj:G 479 288 0.5510 0.3946 0.6562 3.03e-129
30 5fyj:G 479 81 0.2157 0.1545 0.9136 1.38e-46
31 6pwu:A 615 287 0.5364 0.2992 0.6411 5.54e-127 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
32 6pwu:A 615 81 0.2128 0.1187 0.9012 4.05e-46 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
33 6tyb:G 345 360 0.3703 0.3681 0.3528 1.09e-61 3fus:A
34 7t4g:A 493 296 0.2741 0.1907 0.3176 6.99e-36 7t4g:C, 7t4g:E
35 7t4g:A 493 81 0.0933 0.0649 0.3951 4.36e-11 7t4g:C, 7t4g:E
36 4pyu:A 76 45 0.0496 0.2237 0.3778 0.035 4pyu:B, 4pyu:G, 4pyu:K, 4pyu:O, 4pyu:S, 8q7n:s
37 6qfo:A 1348 108 0.0729 0.0185 0.2315 1.0 8a19:A, 8a1a:A, 6qep:A, 6qev:B, 6qfk:A, 6sh9:B, 2zxq:A
38 6j6o:A 192 63 0.0466 0.0833 0.2540 1.2 6j6p:A
39 6rmw:C 386 48 0.0466 0.0415 0.3333 1.8 6rmd:D, 6rme:A, 6rme:B, 6rme:C, 6rme:D, 6rme:E, 6rme:F, 6rme:G, 6rme:H, 6rmw:A, 6rmw:B, 6rmw:D, 6rmw:E, 6rmw:F, 6rmw:G, 6rmw:H
40 1fay:A 236 30 0.0350 0.0508 0.4000 2.6 1f9k:A, 1f9k:B, 1fay:B, 1fay:C, 1fay:D, 1fay:E, 1fay:F, 1fay:G, 1fay:H
41 4z67:A 309 41 0.0379 0.0421 0.3171 2.7 6e13:A, 3jxp:A, 1xto:A, 4z5y:A, 4z5z:A, 4z60:A, 4z6x:A
42 2csz:A 76 24 0.0262 0.1184 0.3750 4.5
43 5x6t:A 53 24 0.0262 0.1698 0.3750 4.9
44 7s7b:F 352 39 0.0350 0.0341 0.3077 7.4 7s7b:B, 7s7c:B
45 8hmg:B 290 49 0.0408 0.0483 0.2857 7.6 8hmg:A, 8hmg:C, 8hmg:D, 8hmg:E, 8hmg:F, 8hmg:G, 8hmg:H, 8hmg:I, 8hmh:B, 8hmh:A, 6k88:A, 6k88:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218