Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PVWKDADTTLFCASDAKAYETEVHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLQPCVKL
TGGSVIKQACPKISFDPIPIHYCTPAGYVILKCNDKNFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSE
NLTNNAKTIIVHLNKSVEINCTRPSDIRKAYCEINGTKWNKVLKQVTEKLKEHFNNKTIIFQPPSGGDLEITMHSFNCRG
EFFYCNTTQLFNNTCIGCNGTITLPCKIKQIINMWQGTGQAMYAPPIDGKINCVSNITGILLTRDGGANNTSNETFRPGG
GDMRDNWRSELYKYKVVQIE

The query sequence (length=340) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5w4l:G 357 345 0.9824 0.9356 0.9681 0.0 6bf4:G, 8dcq:A, 4dko:A, 4dko:C, 4dkp:A, 4dkp:C, 4dkq:A, 4dkr:A, 4dkr:C, 4dku:A, 4dku:B, 4dkv:A, 4dkv:B, 4dvs:A, 4dvs:B, 4dvt:A, 4dvt:B, 4dvv:A, 4dvv:B, 4dvw:A, 4dvw:B, 4dvx:A, 4dvx:B, 8f9z:A, 8fa0:A, 8gcz:A, 8gd0:A, 8gd1:A, 8gd3:A, 8gd5:A, 8gdj:A, 8gdk:A, 8gjt:A, 4i54:A, 4i54:B, 5kjr:G, 4lsq:G, 6mfp:G, 6mfp:A, 6mg7:G, 7n8q:G, 3ngb:G, 3ngb:A, 3ngb:D, 3ngb:I, 6one:A, 6onf:A, 6onh:A, 6onv:A, 6ooo:A, 6p9n:A, 4rfn:G, 4rfn:A, 4rfo:G, 4rz8:A, 4rz8:B, 4rz8:C, 4rz8:D, 3se9:G, 5u6e:A, 5u6e:B, 5uem:G, 6usw:A, 6ut1:A, 5w4l:A, 6w4m:G
2 4r4n:B 342 342 0.7735 0.7690 0.7690 0.0 4r4n:A, 4r4n:E, 4r4n:I, 4r4n:M, 4r4n:P, 4r4n:S, 4r4n:V
3 3tgs:A 345 348 0.7971 0.7855 0.7787 0.0 5f4l:A, 5f4l:B, 5f4p:D, 5f4p:A, 5f4r:A, 5f4r:C, 5f4u:A, 5f4u:B, 8fly:A, 8fly:B, 8fly:C, 8fly:D, 8flz:A, 8flz:D, 8flz:B, 8flz:C, 8fm0:B, 8fm0:A, 8fm0:C, 8fm0:D, 8fm2:D, 8fm2:B, 8fm2:A, 8fm2:C, 8fm3:A, 8fm3:C, 8fm3:D, 8fm3:B, 8fm4:B, 8fm4:D, 8fm4:A, 8fm4:C, 8fm5:D, 8fm5:A, 8fm5:C, 8fm5:B, 8fm7:A, 8fm7:B, 8fm7:C, 8fm7:D, 8fm8:C, 8fm8:D, 8fm8:A, 8fm8:B, 4i53:A, 4i53:B, 7rsx:C, 7rsx:B, 7rsx:A, 7rsx:D, 7rsy:A, 7rsy:B, 7rsy:C, 7rsy:D, 7rsz:B, 7rsz:A, 7rsz:C, 7rsz:D, 3tgs:B, 7tjo:D, 7tjo:A, 7tjo:C, 7tjo:B, 7tjp:A, 7tjp:B, 7tjp:D, 7tjp:C
4 8d53:G 446 420 0.8529 0.6502 0.6905 0.0
5 4xmp:G 337 338 0.7735 0.7804 0.7781 0.0
6 4j6r:G 343 345 0.7824 0.7755 0.7710 0.0
7 4laj:A 343 346 0.7971 0.7901 0.7832 0.0 4dvr:G, 2i5y:G, 2i5y:P, 2i60:G, 2i60:P, 4jzw:G, 4jzw:A, 4jzz:A, 4k0a:A, 4ka2:A, 4laj:J, 4laj:F, 4laj:B, 4r4f:A, 1yyl:G, 1yyl:P, 1yym:G, 1yym:P
8 7txd:A 397 375 0.7735 0.6625 0.7013 0.0 7txd:E
9 6meo:G 398 384 0.7912 0.6759 0.7005 0.0 6met:G
10 6cm3:D 372 356 0.7706 0.7043 0.7360 0.0 6cm3:E, 6cm3:F, 7lo6:C, 7lo6:A, 7lo6:E, 7lok:A, 7lok:C, 7lok:E, 6u0l:B, 6u0l:C, 6u0n:A, 6u0n:C
11 6opp:A 389 365 0.7765 0.6787 0.7233 0.0 6opo:A, 6opo:D, 6opo:J, 6opp:D, 6opp:J, 6opq:A, 6opq:D, 6opq:E, 5vn3:G, 5vn3:I, 5vn3:J
12 6x5b:A 353 348 0.7618 0.7337 0.7443 0.0 6opn:A, 6opn:D, 6opn:G, 6x5b:D, 6x5b:J, 6x5c:A, 6x5c:D, 6x5c:E
13 5fa2:A 336 338 0.7265 0.7351 0.7308 0.0
14 5te4:G 341 345 0.7382 0.7361 0.7275 0.0
15 8czz:A 440 424 0.8059 0.6227 0.6462 0.0 8czz:E, 8czz:I
16 6edu:D 401 390 0.7529 0.6384 0.6564 2.17e-179 6edu:E, 6edu:F
17 7n6u:B 595 427 0.7647 0.4370 0.6089 2.09e-175 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
18 6ch9:G 448 429 0.7265 0.5513 0.5758 1.02e-160 6mug:G
19 1gc1:G 297 303 0.6500 0.7441 0.7294 3.05e-159
20 7mxd:A 472 289 0.6706 0.4831 0.7889 1.30e-155 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
21 7mxd:A 472 81 0.2176 0.1568 0.9136 3.29e-47 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
22 8tgw:A 387 408 0.6971 0.6124 0.5809 4.75e-155
23 7lu9:e 461 311 0.5941 0.4382 0.6495 2.95e-136 7lu9:f
24 7lu9:e 461 81 0.2088 0.1540 0.8765 3.32e-45 7lu9:f
25 8d0y:G 455 282 0.5618 0.4198 0.6773 3.56e-134 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
26 8d0y:G 455 81 0.2206 0.1648 0.9259 2.21e-47 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
27 8fae:A 468 295 0.5824 0.4231 0.6712 6.49e-133 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
28 8fae:A 468 81 0.2176 0.1581 0.9136 1.52e-46 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
29 5fyj:G 479 288 0.5500 0.3904 0.6493 1.08e-127
30 5fyj:G 479 81 0.2176 0.1545 0.9136 1.25e-46
31 6pwu:A 615 287 0.5353 0.2959 0.6341 2.07e-125 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
32 6pwu:A 615 81 0.2147 0.1187 0.9012 4.53e-46 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
33 6tyb:G 345 359 0.3706 0.3652 0.3510 2.17e-60 3fus:A
34 7t4g:A 493 296 0.2706 0.1866 0.3108 3.42e-34 7t4g:C, 7t4g:E
35 7t4g:A 493 81 0.0941 0.0649 0.3951 4.40e-11 7t4g:C, 7t4g:E
36 1fay:A 236 33 0.0382 0.0551 0.3939 0.89 1f9k:A, 1f9k:B, 1fay:B, 1fay:C, 1fay:D, 1fay:E, 1fay:F, 1fay:G, 1fay:H
37 6j6o:A 192 63 0.0471 0.0833 0.2540 1.1 6j6p:A
38 6rmw:C 386 48 0.0471 0.0415 0.3333 1.8 6rmd:D, 6rme:A, 6rme:B, 6rme:C, 6rme:D, 6rme:E, 6rme:F, 6rme:G, 6rme:H, 6rmw:A, 6rmw:B, 6rmw:D, 6rmw:E, 6rmw:F, 6rmw:G, 6rmw:H
39 6qfo:A 1348 127 0.0853 0.0215 0.2283 2.3 8a19:A, 8a1a:A, 6qep:A, 6qev:B, 6qfk:A, 6sh9:B, 2zxq:A
40 4z67:A 309 41 0.0382 0.0421 0.3171 2.6 6e13:A, 3jxp:A, 1xto:A, 4z5y:A, 4z5z:A, 4z60:A, 4z6x:A
41 1jym:A 179 41 0.0412 0.0782 0.3415 3.1 1jym:B, 1jym:C, 1jym:D, 1jym:E, 1jym:F, 1jym:G, 1jym:H, 1jym:I, 1jym:J, 1rl4:A, 1rl4:B, 1rqc:A, 1rqc:B, 1rqc:C, 1rqc:D, 1rqc:E, 1rqc:F, 1rqc:G, 1rqc:H, 1rqc:I, 1rqc:J
42 4pyu:A 76 45 0.0471 0.2105 0.3556 5.1 4pyu:B, 4pyu:G, 4pyu:K, 4pyu:O, 4pyu:S, 8q7n:s
43 7s7b:F 352 39 0.0353 0.0341 0.3077 6.8 7s7b:B, 7s7c:B
44 8hr5:A 466 64 0.0647 0.0472 0.3438 8.9
45 2bdz:A 212 93 0.0706 0.1132 0.2581 9.7 2bdz:D, 2bdz:B, 2bdz:C

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218