Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PVVINSFNYNDPVNDDTILYMQIPYEEKSKKYYKAFEIMRNVWIIPERNTIGTDPSDFDPPASLENGSSAYYDPNYLTTD
AEKDRYLKTTIKLFKRINSNPAGEVLLQEISYAKPYLGNEHTPINEFHPVTRTTSVNIKSSTNVKSSIILNLLVLGAGPD
IFENSSYPVRKLMDSGGVYDPSNDGFGSINIVTFSPEYEYTFNDTESFIADPAISLAHELIHALHGLYGARGVTYKETIK
VKQAPLMIAEKPIRLEEFLTFGGQDLNIITSAMKEKIYNNLLANYEKIATRLSRVNSAPPEYDINEYKDYFQWKYGLDKN
ADGSYTVNENKFNEIYKKLYSFTEIDLANKFKVKCRNTYFIKYGFLKVPNLLDDDIYTVSEGFNIGNLAVNNRGQNIKLN
PKI

The query sequence (length=403) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3fie:A 407 403 1.0000 0.9902 1.0000 0.0 2a8a:A, 2a97:A, 2a97:B, 3fie:B, 3fii:A
2 7k84:A 793 402 0.5757 0.2926 0.5771 2.40e-155
3 3ffz:A 1246 402 0.5757 0.1862 0.5771 1.79e-150 3d3x:A, 3d3x:B, 3ffz:B, 7ovw:AAA, 7ovw:BBB, 1t3a:A, 1t3a:B, 1t3c:A, 1t3c:B, 7uib:D, 7uib:A, 1zkw:A, 1zkw:B, 1zkx:A, 4zkt:A, 4zkt:C, 4zkt:E, 1zl6:A, 1zn3:A
4 1zkx:B 387 402 0.5459 0.5685 0.5473 2.60e-144 1zl6:B, 1zn3:B
5 6bvd:A 429 409 0.5136 0.4825 0.5061 6.99e-136 6bvd:B
6 1yvg:A 397 409 0.4516 0.4584 0.4450 4.44e-109 4j1l:A
7 5n0c:A 1293 420 0.4615 0.1439 0.4429 2.74e-104 1dfq:A, 1diw:A, 1dll:A, 1fv2:A, 1fv3:A, 1fv3:B, 3hmy:A, 3hn1:A, 5n0b:A, 5n0c:B, 1yxw:A, 1yyn:A, 1z7h:A
8 1zb7:A 414 417 0.4020 0.3913 0.3885 9.76e-83
9 2np0:A 1289 434 0.4144 0.1296 0.3848 4.77e-82 1epw:A, 2etf:A, 2etf:B, 1f31:A, 1f82:A, 6g5f:B, 6g5g:B, 6g5k:A, 6g5k:B, 1g9a:A, 1g9b:A, 1g9c:A, 1g9d:A, 1i1e:A, 4kbb:A, 4kbb:B, 7na9:A, 2nm1:A, 6qns:A, 1s0b:A, 1s0c:A, 1s0d:A, 1s0e:A, 1s0f:A, 7t5f:A, 7t5f:D, 2xhl:A, 3zuq:A, 6zvm:AAA
10 5bqm:C 443 422 0.3797 0.3454 0.3626 7.50e-80 5bqm:A, 2fpq:A
11 2qn0:A 429 425 0.3672 0.3450 0.3482 2.74e-65
12 7dvl:B 407 415 0.3672 0.3636 0.3566 8.20e-63 7dvl:A
13 2imc:B 405 415 0.3524 0.3506 0.3422 2.96e-52 3dse:A, 4hev:A, 4hev:B, 2ima:A, 2ima:B, 2imb:A, 2imb:B, 2imc:A, 7ky2:A, 7ky2:B, 7kyh:A, 7kyh:B, 7kyh:C, 7kyh:D, 7n18:A, 7n18:B, 3nf3:A, 3qix:A, 3qix:B, 3qiy:A, 3qiz:A, 3qj0:A, 5v8p:A, 5v8p:B, 5v8r:A, 5v8r:B, 5v8u:A, 5v8u:B
14 3v0a:A 1280 421 0.3474 0.1094 0.3325 1.31e-49 8agk:AAA, 3bon:A, 3boo:A, 3bta:A, 3bwi:A, 3c88:A, 3c89:A, 3c8a:A, 3c8b:A, 3dda:A, 3ddb:A, 3ds9:A, 1e1h:A, 1e1h:C, 4ej5:A, 4el4:A, 4elc:A, 2g7n:A, 2g7p:A, 2g7p:B, 2g7q:A, 2g7q:B, 8hkh:A, 8hkh:B, 2ilp:A, 2ilp:B, 2ise:A, 2ise:B, 2isg:A, 2isg:B, 2ish:A, 2ish:B, 3k3q:B, 4ks6:A, 4ktx:A, 4kuf:A, 7kyf:C, 7l6v:A, 7lzp:A, 7lzp:D, 7m1h:A, 2nyy:A, 2nz9:A, 2nz9:B, 7qpt:A, 7qpu:A, 3qw5:A, 3qw6:A, 3qw7:A, 3qw8:A, 5tpb:B, 5tpc:A, 3v0b:A, 3v0c:A, 5vgv:A, 2vu9:A, 2w2d:A, 2w2d:C, 6xcb:A, 6xcc:A, 6xcd:A, 6xce:A, 6xcf:A, 1xtf:A, 1xtf:B, 1xtg:A, 4zjx:A, 3zus:A, 3zus:B, 3zus:C, 3zus:D
15 7kz7:A 424 420 0.3226 0.3066 0.3095 1.39e-44 6f47:A, 6g8u:A, 6g8v:A
16 8ow8:A 401 429 0.3077 0.3092 0.2890 1.74e-41
17 4c25:A 212 101 0.0670 0.1274 0.2673 0.055 4c24:A
18 3b4x:A 367 100 0.0769 0.0845 0.3100 0.49 1ue8:A
19 6rim:F 458 44 0.0397 0.0349 0.3636 0.55 6rim:A, 6rim:B, 6rim:C, 6rim:D, 6rim:E, 6rim:G, 6rim:H
20 7sno:A 506 76 0.0521 0.0415 0.2763 2.0
21 7rd0:A 482 69 0.0496 0.0415 0.2899 3.1
22 4ywt:A 411 122 0.0794 0.0779 0.2623 3.8 4bwe:A, 4bwe:C, 4ywt:C
23 4ywt:B 431 122 0.0794 0.0742 0.2623 4.3 4bwe:B, 4bwe:D, 4ywt:D
24 7u8c:H 214 39 0.0347 0.0654 0.3590 8.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218