Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PVPESQLERWSHQGATTTAKKTHESIRAALDRYKWPKGKPEVYLQGSYKNSTNIRGDSDVDVVVQLNSVFMNNLTAEQKR
RFGFVKSDYTWNDFYSDVERALTDYYGASKVRRGRKTLKVETTYLPADVVVCIQYRKYPPNRKSEDDYIEGMTFYVPSED
RWVVNYPKLHYENGAAKNQQTNEWYKPTIRMFKNARTYLIEQGAPQDLAPSYFLECLLYNVPDSKFGGTFKDTFCSVINW
LKRADLSKFRCQNGQDDLFGEFPEQWSEEKARRFLRYMDDLWTGWGQGSHHH

The query sequence (length=292) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6e0l:A 292 292 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 7x4t:A 298 305 0.3356 0.3289 0.3213 5.86e-35 7x4q:A, 7x4q:B, 7x4t:B
3 8hyk:A 306 231 0.2534 0.2418 0.3203 1.10e-32 7x4p:A
4 6e0o:A 273 242 0.2740 0.2930 0.3306 9.52e-32 6e0n:A
5 7x4g:A 297 228 0.2603 0.2559 0.3333 2.14e-29
6 6p8j:C 300 198 0.1473 0.1433 0.2172 0.005 6p8j:A, 6p8j:B, 6p8j:D
7 7ljo:A 290 64 0.0651 0.0655 0.2969 0.77
8 5iki:B 399 56 0.0788 0.0576 0.4107 1.1 5iki:A, 5xnt:A, 4yt3:A, 4yt3:B
9 5nrl:A 2216 31 0.0342 0.0045 0.3226 6.9 6bk8:A, 6exn:A, 7fju:A, 7fjv:A, 7fjw:A, 7fjy:A, 7fjz:A, 7fk1:A, 7fk2:A, 7fk3:A, 7fk4:A, 7fk6:A, 7fka:A, 7fkh:A, 7fkj:A, 7fkk:A, 7fkl:A, 7fkn:A, 7fko:A, 7fkp:A, 7fkr:A, 7fkt:A, 7fkv:A, 7fkw:A, 7fkx:A, 7fl1:A, 7fl3:A, 7fl6:A, 7fl9:A, 7fla:A, 7fld:A, 7fle:A, 7flf:A, 7flg:A, 7fli:A, 7flk:A, 7fll:A, 7flm:A, 7flp:A, 7flr:A, 7flu:A, 7flx:A, 7fly:A, 7fm7:A, 7fmb:A, 7fmf:A, 7fmg:A, 7fmi:A, 7fmk:A, 7fml:A, 7fmo:A, 7fmq:A, 7fms:A, 7fmx:A, 7fmy:A, 7fn1:A, 7fn2:A, 7fn4:A, 7fne:A, 7fno:A, 7fnq:A, 7fns:A, 7fnu:A, 7fny:A, 7fo3:A, 7fo4:A, 7fo6:A, 7fo8:A, 7fok:A, 7fol:A, 7fon:A, 7foo:A, 7foq:A, 7for:A, 7foy:A, 7fp0:A, 7fp1:A, 7fp2:A, 7fp3:A, 7fp8:A, 7fpb:A, 7fpd:A, 7fpj:A, 5gap:A, 5lj3:A, 5qy4:A, 5qy6:A, 5qy8:A, 5qy9:A, 5qya:A, 5qyb:A, 5qyc:A, 5qyd:A, 5qye:A, 5qyg:A, 5qyh:A, 5r0b:A, 5r0d:A, 5r0e:A, 5r0f:A, 5r0g:A, 5r0h:A, 5r0i:A, 5r0j:A, 5r0l:A, 5r0m:A, 5st1:A, 5st3:A, 5st9:A, 5stb:A, 5stc:A, 5stn:A, 5stq:A, 5str:A, 5stu:A, 5stz:A, 5su4:A, 5su6:A, 5su8:A, 5sub:A, 5suc:A, 5sue:A, 5sug:A, 5wsg:A, 5ylz:A
10 5lqw:A 2130 31 0.0342 0.0047 0.3226 7.0
11 5gan:A 2196 31 0.0342 0.0046 0.3226 7.0 5gam:A, 5mps:A, 5mq0:A
12 6j6g:A 1913 31 0.0342 0.0052 0.3226 7.2 5gmk:A, 6j6h:A, 6j6n:A, 6j6q:A, 5y88:A
13 7dco:A 2205 31 0.0342 0.0045 0.3226 7.7 7b9v:A, 5gm6:A, 3jcm:A, 5lj5:A, 5zwm:A, 5zwo:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218