Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PVLNLNDPQAVERYEEFMRQSPYGQVTQDLGWAKVKNNWEPVDVYLEDDQGAIIAAMSMLLGDTPTDKKFAYASKGPVMD
VTDVDLLDRLVDEAVKALDGRAYVLRFDPEVAYSDEFNTTLQDHGYVTRNRNVADAGMHATIQPRLNMVLDLTKFPDAKT
TLDLYPSKTKSKIKRPFRDGVEVHSGNSATELDEFFKTYTTMAERHGITHRPIEYFQRMQAAFDADTMRIFVAEREGKLL
STGIALKYGRKIWYMYAGSMDGNTYYAPYAVQSEMIQWALDTNTDLYDLGGIESESTDDSLYVFKHVFVKDAPREYIGEI
DKVLDPEVYAELVKDGH

The query sequence (length=337) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4ii9:A 337 337 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3gkr:A, 1ne9:A, 1p4n:A, 1xe4:A, 1xf8:A, 7z5y:A, 7z5z:A, 7z6a:A, 7z6k:A
2 8y9b:B 1607 162 0.1217 0.0255 0.2531 0.45
3 7ml7:A 1216 162 0.1217 0.0337 0.2531 0.53
4 8qeo:A 2146 162 0.1217 0.0191 0.2531 0.55
5 8qen:A 2363 162 0.1217 0.0174 0.2531 0.73 9bja:A, 9bja:B, 2bvl:A, 2bvm:A, 6c0b:A, 7lou:A, 7lou:B, 7lov:A, 7lov:B, 3pa8:A, 3pa8:B, 3pee:B, 3pee:A, 7s0y:A, 5uqm:A, 5uqn:A, 5uqt:A, 5uqt:B
6 7b20:B 228 70 0.0712 0.1053 0.3429 2.3 7b1v:A, 7b1v:B, 7b1y:A, 7b1y:B, 7b1y:C, 7b1y:D, 7b1y:dd, 7b1y:aa, 7b20:A, 7b20:C, 7b20:D, 7b20:dd, 7b20:aa, 7b23:A, 7b23:B, 7b23:C, 7b23:D, 7b23:dd, 7b23:aa, 7b24:A, 7b24:B, 7b24:C, 7b24:D, 7b24:dd, 7b24:aa, 7b25:A, 7b25:B, 7b25:C, 7b25:D, 7b25:dd, 7b25:aa
7 8eik:C 407 49 0.0504 0.0418 0.3469 2.9
8 8eii:B 439 49 0.0504 0.0387 0.3469 2.9 8eih:A, 8eih:B, 8eih:C, 8eii:A, 8eii:C, 8eij:A, 8eij:B, 8eik:A, 8eik:B, 6kda:A, 6kda:D, 6kdb:A, 6kdb:D, 6kdl:A, 6kdl:D, 6kdp:A, 6kdp:D, 6kdt:A, 6kdt:D, 7o45:A, 7o45:B, 7o45:C, 6u8p:A, 6u8p:D, 6u8v:A, 6u8v:D, 6u8w:A, 6u8w:D, 6u8x:A, 6u8x:D, 6u90:A, 6u90:D, 6u91:A, 6u91:D, 7v0e:A, 7v0e:B, 7v0e:C, 7v0e:D, 7v0e:E, 7v0e:F, 7v0e:G, 7v0e:H, 7x9d:A, 7x9d:D
9 8bqf:D 215 30 0.0386 0.0605 0.4333 5.1 1ake:A, 1ake:B, 1ank:A, 1ank:B, 7apu:A, 7apu:B, 8bqf:A, 8bqf:B, 8bqf:C, 8bqf:E, 8bqf:F, 8crg:AA, 8crg:BA, 1e4v:A, 1e4v:B, 1e4y:A, 1e4y:B, 2eck:A, 2eck:B, 5eje:A, 5eje:B, 6ham:A, 6hap:A, 3hpq:A, 3hpq:B, 3hpr:A, 3hpr:B, 4jzk:A, 4jzk:B, 8q2b:A, 8q2b:B, 8rj4:A, 8rj4:B, 8rj4:C, 8rj4:D, 8rj6:A, 8rj6:B, 8rj9:A, 8rj9:B, 3x2s:A, 3x2s:B, 4x8l:A, 4x8l:B, 4x8o:A, 4x8o:B
10 2ywc:A 475 30 0.0356 0.0253 0.4000 8.5 2ywc:B, 2ywc:C, 2ywc:D
11 4rs0:A 557 56 0.0445 0.0269 0.2679 8.5 6bl3:A, 6bl3:B, 6bl3:C, 6bl3:D, 6bl4:A, 6bl4:B, 6bl4:C, 6bl4:D, 4cox:A, 4cox:B, 4cox:C, 4cox:D, 5cox:A, 5cox:B, 5cox:C, 5cox:D, 6cox:A, 6cox:B, 1cvu:B, 1cvu:A, 1cx2:A, 1cx2:B, 1cx2:C, 1cx2:D, 1ddx:A, 1ddx:B, 1ddx:C, 1ddx:D, 4e1g:A, 4e1g:B, 8et0:A, 8et0:B, 5fdq:A, 5fdq:B, 4fm5:A, 4fm5:B, 4fm5:C, 4fm5:D, 3hs5:A, 3hs5:B, 3hs6:A, 3hs6:B, 3hs7:A, 3hs7:B, 5jvy:A, 5jvy:B, 5jvz:A, 5jvz:B, 5jw1:A, 5jw1:B, 3krk:A, 3krk:B, 3ln0:A, 3ln0:B, 3ln0:C, 3ln0:D, 3ln1:A, 3ln1:B, 3ln1:C, 3ln1:D, 4m10:A, 4m10:B, 4m10:C, 4m10:D, 4m11:A, 4m11:B, 4m11:C, 4m11:D, 3mdl:A, 3mdl:B, 3mqe:A, 3mqe:B, 3mqe:C, 3mqe:D, 3nt1:A, 3nt1:B, 3ntb:A, 3ntb:B, 3ntb:C, 3ntb:D, 3ntg:A, 3ntg:B, 3ntg:C, 3ntg:D, 6ofy:A, 6ofy:B, 3olt:A, 3olt:B, 3olu:A, 3olu:B, 4otj:A, 4otj:B, 4otj:C, 4otj:D, 4oty:A, 4oty:B, 3pgh:A, 3pgh:B, 3pgh:C, 3pgh:D, 4ph9:A, 4ph9:B, 1pxx:A, 1pxx:B, 1pxx:C, 1pxx:D, 3q7d:A, 3q7d:B, 3qh0:A, 3qh0:B, 3qmo:A, 3qmo:B, 3rr3:A, 3rr3:B, 3rr3:C, 3rr3:D, 4rrw:A, 4rrw:B, 4rrw:C, 4rrw:D, 4rrx:A, 4rrx:B, 4rrz:A, 4rrz:B, 4rrz:C, 4rrz:D, 4rut:A, 4rut:B, 4rut:C, 4rut:D, 3tzi:A, 3tzi:B, 6v3r:A, 6v3r:B, 6v3r:C, 6v3r:D, 5w58:A, 4z0l:A, 4z0l:B, 4z0l:C, 4z0l:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218