Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PVARGLSYDFYKRSCPRAEAIVRSFVQDAVRRDVGLAAGLLRLHFHDCFVQGCDASVLLDGSATGPAEKQAPPNLTLRPS
AFKAINDIHDRLTRECGGSVVSCSDVLALAARDSVVVSGGPSYRVPLGRRDSPSFATQQDVLAGLPPPTATVPALLAVLS
KINLDATDLVALSGGHTIGLGHCTSFEGRLFPRPDPTLNATFAGRLRQTCPAKGTDRRTVLDVRTPNIFDNKYYVNLVNR
EGLFTSDQDLFTNASTRVIVSKFARSQKSFFDQFTSSMVQMGQIKVLTGSQGQIRSNCSARN

The query sequence (length=302) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7dlh:A 302 302 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 5aog:A 307 302 0.8940 0.8795 0.8940 0.0
3 1bgp:A 309 302 0.7583 0.7411 0.7583 4.73e-169
4 1pa2:A 306 305 0.4702 0.4641 0.4656 4.15e-86 1qo4:A
5 5twt:A 291 295 0.4901 0.5086 0.5017 1.18e-85
6 4cuo:A 306 307 0.4768 0.4706 0.4691 2.12e-81
7 4a5g:A 307 305 0.4702 0.4625 0.4656 6.07e-81 4a5g:B
8 1sch:A 294 299 0.4371 0.4490 0.4415 1.61e-80 1sch:B
9 1qgj:A 300 307 0.4437 0.4467 0.4365 6.11e-78 1qgj:B
10 2atj:A 308 307 0.4669 0.4578 0.4593 1.47e-77 1atj:A, 1atj:B, 1atj:C, 1atj:D, 1atj:E, 1atj:F, 2atj:B, 3atj:A, 3atj:B, 4atj:A, 4atj:B, 6atj:A, 7atj:A, 1gw2:A, 1gwo:A, 1gwt:A, 1gwu:A, 1gx2:A, 1gx2:B, 1h55:A, 1h57:A, 1h58:A, 1h5a:A, 1h5c:A, 1h5d:A, 1h5e:A, 1h5f:A, 1h5g:A, 1h5h:A, 1h5i:A, 1h5j:A, 1h5k:A, 1h5l:A, 1h5m:A, 1hch:A, 1kzm:A, 1w4w:A, 1w4y:A, 2ylj:A
11 4usc:A 303 307 0.4272 0.4257 0.4202 4.62e-77 4usc:B
12 3hdl:A 304 308 0.4437 0.4408 0.4351 2.29e-75
13 1fhf:A 304 306 0.4470 0.4441 0.4412 3.83e-71 1fhf:B, 1fhf:C
14 2cl4:X 250 292 0.2583 0.3120 0.2671 8.71e-14 1apx:A, 1apx:B, 1apx:C, 1apx:D, 7bi1:A, 2ggn:X, 2ghc:X, 2ghd:X, 2ghe:X, 2ghh:X, 2ghk:X, 5jpr:A, 5jqr:A, 5l86:A, 5l86:B, 1oaf:A, 1oag:A, 7s10:A, 6tae:A, 1v0h:X, 2vcf:X, 2vcn:A, 2vcs:A, 2vnx:X, 2vnz:X, 2vo2:X, 2wd4:A, 2xi6:A, 2xif:A, 2xih:A, 2xj6:A, 6xv4:A, 2y6a:A, 2y6b:A, 3zcg:A, 3zch:A, 3zcy:A
15 8djr:A 250 199 0.1788 0.2160 0.2714 3.23e-13 8djs:A, 8djt:A, 8dju:A, 8djw:A, 8djx:A, 8ff6:A, 8ff6:B, 8ff6:C, 8ff6:D, 8ff6:E, 8ff6:F, 8ff7:A, 8ff7:B, 8ff7:C, 8ff7:D, 8ff7:E, 8ff7:F
16 1iyn:A 275 200 0.1656 0.1818 0.2500 1.03e-08
17 6h08:B 297 303 0.2086 0.2121 0.2079 7.50e-07 1a2f:A, 1a2g:A, 4a6z:A, 4a71:A, 4a78:A, 4a7m:A, 1aa4:A, 1ac4:A, 1ac8:A, 1aeb:A, 1aed:A, 1aee:A, 1aef:A, 1aeg:A, 1aeh:A, 1aej:A, 1aek:A, 1aem:A, 1aen:A, 1aeo:A, 1aeq:A, 1aes:A, 1aet:A, 1aeu:A, 1aev:A, 2anz:A, 2aqd:A, 2as1:A, 2as2:A, 2as3:A, 2as4:A, 2as6:A, 2b0z:A, 2b10:A, 2b10:C, 2b11:A, 2b11:C, 2b12:A, 2bcn:A, 2bcn:C, 1bej:A, 1bek:A, 1bem:A, 1bep:A, 1beq:A, 1bes:A, 7biu:A, 1bj9:A, 1bva:A, 1cca:A, 1ccb:A, 1ccc:A, 1cce:A, 1ccg:A, 1cci:A, 1ccj:A, 1cck:A, 1ccl:A, 1ccp:A, 2ccp:A, 3ccp:A, 3ccx:A, 4ccp:A, 4ccx:A, 5ccp:A, 6ccp:A, 7ccp:A, 2cep:A, 5cib:A, 5cib:C, 5cic:A, 5cic:C, 5cid:A, 5cid:C, 5cie:A, 5cie:C, 5cif:A, 5cif:C, 5cig:A, 5cig:C, 5cih:A, 5cih:C, 1cmp:A, 1cmq:A, 1cmt:A, 1cmu:A, 1cpd:A, 1cpe:A, 1cpf:A, 1cpg:A, 4cvi:A, 4cvj:A, 1cyf:A, 2cyp:A, 5d6m:A, 1dcc:A, 1dj1:A, 1dj5:A, 1ds4:A, 1dse:A, 1dsg:A, 1dso:A, 1dsp:A, 3e2n:A, 3e2o:A, 1ebe:A, 5ejt:A, 5ejx:A, 2eun:A, 2euo:A, 2eup:A, 2euq:A, 2eur:A, 2eus:A, 2eut:A, 2euu:A, 3exb:A, 2gb8:A, 6h08:A, 6h08:C, 2ia8:A, 2icv:A, 4jb4:A, 4jb4:C, 1jci:A, 1jdr:A, 4jm5:A, 4jm6:A, 4jm8:A, 4jm9:A, 4jma:A, 4jmb:A, 4jms:A, 4jmt:A, 4jmv:A, 4jmw:A, 4jmz:A, 4jn0:A, 4jpl:A, 4jpt:A, 4jpu:A, 4jqj:A, 4jqk:A, 4jqm:A, 4jqn:A, 2jti:A, 1kok:A, 1krj:A, 1kxm:A, 1kxn:A, 3m23:A, 3m25:A, 3m26:A, 3m27:A, 3m28:A, 3m29:A, 3m2a:A, 3m2b:A, 3m2c:A, 3m2d:A, 3m2e:A, 3m2f:A, 3m2g:A, 3m2h:A, 3m2i:A, 1mk8:A, 1mkq:A, 1mkr:A, 1ml2:A, 2n18:A, 4nfg:A, 4nva:A, 4nvb:A, 4nvc:A, 4nvd:A, 4nve:A, 4nvf:A, 4nvg:B, 4nvh:B, 4nvi:B, 4nvj:B, 4nvk:B, 4nvl:A, 4nvm:B, 4nvn:B, 4nvo:B, 4oq7:A, 4p4q:A, 4p4q:C, 6p41:A, 6p41:C, 6p42:A, 6p42:C, 6p43:A, 6p43:C, 2pcb:A, 2pcb:C, 2pcc:A, 2pcc:C, 3r98:A, 3r99:A, 2rbt:X, 2rbu:X, 2rbv:X, 2rbw:X, 2rbx:X, 2rby:X, 2rbz:X, 2rc0:X, 2rc1:X, 2rc2:X, 1ryc:A, 1s6v:A, 1s6v:C, 1s73:A, 1sbm:A, 1sdq:A, 1sog:A, 1stq:A, 5u5u:A, 5u5v:A, 5u5w:A, 5u5x:A, 5u5y:A, 5u5z:A, 5u60:A, 5u61:A, 1u74:A, 1u74:C, 1u75:A, 1u75:C, 5ug2:A, 2v23:A, 2v2e:A, 2x07:A, 2x08:A, 2xil:A, 2xj5:A, 2xj8:A, 4xv4:A, 4xv5:A, 4xv6:A, 4xv7:A, 4xv8:A, 4xva:A, 4xva:C, 4xva:E, 4xva:G, 6y1t:A, 6y2y:A, 2y5a:A, 2ycg:A, 1z53:A, 1zby:A, 1zbz:A
18 4ged:A 268 278 0.1921 0.2164 0.2086 3.60e-04 5al9:A, 5ala:A, 5ala:B, 5amm:A, 5amm:B, 3riv:A, 3riv:B, 3riw:A, 3riw:B
19 7oqr:A 274 194 0.1325 0.1460 0.2062 0.027 7opt:A, 7opt:B, 7oqr:B
20 5jhx:A 735 102 0.0861 0.0354 0.2549 0.034 5cjh:A, 5cjh:B, 5jhx:B, 5jhy:A, 5jhy:B, 5jhz:A, 5jhz:B, 3ut2:A, 3ut2:B
21 7jz6:B 662 166 0.1258 0.0574 0.2289 0.073 7jz6:A, 7jz6:C, 7jz6:D
22 5kqi:A 714 156 0.1258 0.0532 0.2436 0.080 6b9b:A, 6b9b:B, 6caw:A, 6caw:B, 6cc6:A, 6cc6:B, 6cdq:A, 6cdq:B, 6cek:A, 6cek:B, 6cfq:A, 6cfq:B, 5kq0:A, 5kq0:B, 5kq2:A, 5kq2:B, 5kq3:A, 5kq3:B, 5kq6:A, 5kq6:B, 5kqh:A, 5kqh:B, 5kqi:B, 5kqk:A, 5kqk:B, 5kqn:A, 5kqn:B, 5kqq:A, 5kqq:B, 5ksf:A, 5ksf:B, 5ksg:A, 5ksg:B, 5ksk:A, 5ksk:B, 5ksn:A, 5ksn:B, 5kt8:A, 5kt8:B, 5kt9:A, 5kt9:B, 5l02:A, 5l02:B, 5l05:A, 5l05:B, 6mpy:A, 6mpy:B, 6mq0:A, 6mq0:B, 6mq1:A, 6mq1:B, 5sw4:A, 5sw4:B, 5sw5:A, 5sw5:B, 5sw6:A, 5sw6:B, 5sx0:A, 5sx0:B, 5sx1:A, 5sx1:B, 5sx2:A, 5sx2:B, 5sx3:A, 5sx3:B, 5sx6:A, 5sx6:B, 5sx7:A, 5sx7:B, 5sxq:A, 5sxq:B, 5sxr:A, 5sxr:B, 5sxs:A, 5sxs:B, 5sxt:A, 5sxt:B, 5sxw:A, 5sxw:B, 5sxx:A, 5sxx:B, 5syh:A, 5syh:B, 5syi:A, 5syi:B, 5syj:A, 5syj:B, 5syk:A, 5syk:B, 5syl:A, 5syl:B, 5syu:A, 5syu:B, 5syv:A, 5syv:B, 5syw:A, 5syw:B, 5syx:A, 5syx:B, 5syy:A, 5syy:B, 5txq:A, 5txq:B, 5v4o:A, 5v4o:B, 5v53:A, 5v53:B
23 8qwt:A 331 147 0.1457 0.1329 0.2993 0.088
24 7p99:A 266 188 0.1523 0.1729 0.2447 0.12 7zju:A, 7zju:C, 7zjv:A
25 3vlm:A 663 56 0.0596 0.0271 0.3214 2.3 3vlm:B
26 1itk:B 714 56 0.0596 0.0252 0.3214 2.3 1itk:A, 3uw8:A, 3uw8:B, 3vlh:A, 3vlh:B, 3vli:A, 3vli:B, 3vlj:A, 3vlj:B, 3vlk:A, 3vlk:B, 3vll:A, 3vll:B
27 3wnu:A 710 102 0.0894 0.0380 0.2647 2.8 4pae:A, 1ub2:A, 3wxo:A, 3x16:A
28 8txo:I 1024 39 0.0497 0.0146 0.3846 3.6
29 7dge:A 784 59 0.0629 0.0242 0.3220 4.7 1ewk:A, 1ewk:B, 1isr:A, 1iss:A, 1iss:B, 3ks9:A, 3ks9:B
30 4amc:A 1019 43 0.0497 0.0147 0.3488 8.2
31 6j9e:C 1288 31 0.0430 0.0101 0.4194 8.3
32 6j9f:C 1296 31 0.0430 0.0100 0.4194 8.3
33 7ye1:C 1312 59 0.0596 0.0137 0.3051 8.4 7ye2:C
34 8c0z:A 616 73 0.0728 0.0357 0.3014 8.4 8c0z:B
35 6hiw:DC 1095 33 0.0364 0.0100 0.3333 9.3
36 7ezg:A 275 34 0.0430 0.0473 0.3824 9.6 7f1e:A, 7f1e:B, 8owx:A, 8owx:B, 8p7b:A, 8p7c:A, 8p7c:C, 8p7d:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218