Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PSLIHPDTAKYPFKFEPFLRQEYSFSLDPDRPICEFYNSREGPKSCPRGPLCPKKHVLPIFQNKIVCRHWLRGLCKKNDQ
CEYLHEYNLRKMPE

The query sequence (length=94) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6eoj:B 94 94 1.0000 1.0000 1.0000 1.17e-66 7zgp:B, 7zgr:B
2 6dnh:C 117 63 0.3298 0.2650 0.4921 2.94e-18 8e3i:C, 8e3q:C, 6fuw:C, 8r8r:C, 2rhk:D, 6urg:C, 6uro:C
3 2d9n:A 77 33 0.2447 0.2987 0.6970 1.00e-13 2rhk:C
4 7k95:A 53 40 0.1277 0.2264 0.3000 0.078 7zyh:A, 7zyh:D, 7zyh:G, 7zyh:J
5 7c06:A 193 43 0.1489 0.0725 0.3256 0.24 7c06:G, 7c06:D, 7c06:J, 7c06:M, 7c06:P, 7c06:S, 7c06:V, 7c06:Y, 7c07:A, 7c07:G, 7c07:D, 7c07:J, 7c07:M, 7c07:P, 7c07:S, 7c07:V, 7c07:Y, 7c08:A, 7c08:G, 7c08:D, 7c08:J, 7c08:M, 7c08:P, 7c08:S, 7c08:V, 7c08:Y, 4yh8:A
6 8ch6:U 295 21 0.0957 0.0305 0.4286 0.24 7a5p:P, 8c6j:M, 6ff4:P, 6ff7:P, 9fmd:O, 8i0p:O, 8i0r:O, 8i0s:O, 8i0t:O, 8i0u:O, 8i0v:O, 8i0w:O, 6icz:O, 6id0:O, 6id1:O, 5mqf:P, 6qdv:M, 7qtt:U, 8ro2:O, 7w59:O, 7w5a:O, 7w5b:O, 5xjc:O, 5yzg:O, 5z56:O, 5z57:O, 6zym:P
7 7abi:P 237 21 0.0957 0.0380 0.4286 0.32 7aav:P, 7abg:P
8 6p6v:A 193 55 0.1809 0.0881 0.3091 0.39
9 6p6s:A 192 55 0.1809 0.0885 0.3091 0.40
10 5wdx:A 642 38 0.1489 0.0218 0.3684 0.68
11 3jb9:Y 261 19 0.0957 0.0345 0.4737 0.75
12 2o1b:A 376 41 0.1170 0.0293 0.2683 0.98
13 6bqj:C 207 60 0.2234 0.1014 0.3500 1.2 1a1r:A, 1a1r:B, 2a4g:A, 2a4g:C, 2a4q:A, 2a4q:C, 2a4r:A, 2a4r:C, 6bqj:A, 6bqj:B, 6bqk:A, 6bqk:B, 6c2m:A, 6c2m:B, 6c2m:C, 6c2m:D, 6c2n:A, 6c2o:A, 6cvw:A, 6cvx:A, 6cvy:A, 7d5l:A, 7d5l:B, 7d5l:D, 7d5l:E, 6diq:A, 6dir:A, 6dis:A, 6dit:A, 6diu:A, 6div:A, 6diw:A, 5epn:A, 5epy:A, 5eqq:A, 5eqr:A, 5eqs:A, 5esb:A, 5etx:A, 5etx:B, 5etx:C, 5etx:D, 3eyd:A, 3eyd:C, 2f9u:A, 2f9u:C, 2f9v:A, 2f9v:C, 2fm2:A, 2fm2:C, 2gvf:A, 2gvf:C, 3kf2:A, 3kf2:B, 3kn2:A, 3kn2:C, 3knx:A, 3knx:C, 7l7l:A, 7l7n:A, 7l7o:A, 7l7p:A, 3lon:A, 3lon:C, 3lox:A, 3lox:C, 3m5l:A, 3m5m:B, 3m5m:A, 3m5n:B, 3m5n:C, 3m5n:D, 3m5n:A, 3m5o:A, 3m5o:B, 7mm2:A, 7mm3:A, 7mm4:A, 7mm5:A, 7mm6:A, 7mm7:A, 7mm8:A, 7mm9:A, 7mma:A, 7mmb:A, 7mmc:A, 7mmd:A, 7mme:A, 7mmf:A, 7mmg:A, 7mmg:B, 7mmh:A, 7mmi:A, 7mmj:A, 7mmk:A, 7mml:A, 1n1l:A, 1n1l:B, 6n4n:A, 6n4n:B, 4nwk:A, 4nwl:A, 4nwl:B, 6nzt:A, 6nzv:A, 2o8m:B, 2obo:A, 2obo:C, 2obq:A, 2obq:C, 2oc0:A, 2oc0:C, 2oc1:A, 2oc1:C, 2oc7:A, 2oc7:C, 2oc8:A, 2oc8:C, 2oin:A, 2oin:B, 2p59:A, 2p59:B, 6p6l:A, 6p6m:A, 6p6o:A, 6p6q:A, 6p6q:B, 6p6r:A, 6piu:A, 6piv:A, 6piw:A, 6pix:A, 6piy:A, 6piz:A, 6pj0:A, 6pj1:A, 6pj2:A, 2qv1:A, 2qv1:B, 3rc4:A, 3rc5:A, 3rc6:A, 1rgq:A, 1rtl:A, 1rtl:B, 3su0:A, 3su1:A, 3su2:A, 3su3:A, 3su4:A, 3su4:B, 3su5:A, 3su6:A, 3sud:A, 3sud:B, 3sud:C, 3sud:D, 3sue:A, 3sue:B, 3sue:C, 3sue:D, 3suf:A, 3suf:B, 3suf:C, 3suf:D, 3sug:A, 3sv6:A, 3sv7:A, 3sv8:A, 3sv9:A, 6ue3:A, 6vdl:A, 6vdm:A, 6vdn:A, 6vdo:A, 5voj:A, 5vp9:A, 4wf8:A, 4wh6:A, 4wh8:A, 4wh8:B, 2xcf:A, 2xcf:B, 2xcn:A, 2xcn:B, 2xni:A, 2xni:B
14 1d2e:A 397 22 0.1170 0.0277 0.5000 1.2 7a5g:Z, 1d2e:B, 1d2e:C, 1d2e:D, 7o9k:t
15 8ro0:O 342 21 0.0851 0.0234 0.3810 3.3 8ro1:O
16 3k7n:A 396 30 0.1064 0.0253 0.3333 3.5
17 2c1c:A 312 32 0.1277 0.0385 0.3750 3.8 2c1c:B
18 8qc8:B 367 14 0.0851 0.0218 0.5714 6.3 8qc2:A, 8qc2:B, 8qc2:C, 8qc2:D, 8qc8:C, 8qc8:A
19 7aih:Av 155 11 0.0851 0.0516 0.7273 8.1 7ane:Av
20 8ewu:B 354 46 0.1489 0.0395 0.3043 8.5 8ewu:A
21 5elk:A 121 64 0.2021 0.1570 0.2969 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218