Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PSHVPFLLIGGGTAAFAAARSIRARDPGARVLIVSEDPELPYMRPPLSKELWFSDDPNVTKTLQFRQWNGKERSIYFQPP
SFYVSAQDLPNIENGGVAVLTGKKVVHLDVRGNMVKLNDGSQITFEKCLIATGGTPRSLSAIDRAGAEVKSRTTLFRKIG
DFRALEKISREVKSITVIGGGFLGSELACALGRKSQASGIEVIQLFPEKGNMGKILPQYLSNWTMEKVKREGVKVMPNAI
VQSVGVSGGRLLIKLKDGRKVETDHIVTAVGLEPNVELAKTGGLEIDSDFGGFRVNAELQARSNIWVAGDAACFYDIKLG
RRRVEHHDHAVVSGRLAGENMTGAAKPYWHQSMFWSDLGPDVGYEAIGLVDSSLPTVGVFAKATAQDNPKSATEQSGTGI
RSESETESEADYGKGVIFYLRDKVVVGIVLWNVFNRMPIARKIIKDGEQHEDLNEVAKLFNIH

The query sequence (length=463) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1gv4:A 490 483 1.0000 0.9449 0.9586 0.0 4bv6:A, 5fmh:A, 5fs8:A, 3gd3:B, 3gd3:C, 3gd3:D, 1gv4:B, 5kvi:A, 4lii:A
2 5fs9:B 465 463 0.9438 0.9398 0.9438 0.0 4bur:A, 4bur:B, 4bur:C, 4fdc:B, 5fs6:A, 5fs6:B, 5fs7:A, 5fs7:B, 5fs9:A, 3gd3:A, 3gd4:A, 1m6i:A, 5miu:A, 5miu:B, 5miv:A, 5miv:C, 8qns:A, 8qns:G
3 8d3i:A 439 463 0.8942 0.9431 0.8942 0.0 4bur:D, 8d3e:A, 8d3e:B, 8d3g:A, 8d3g:B, 8d3h:A, 8d3h:B, 8d3i:B, 8d3j:A, 8d3j:B, 8d3k:A, 8d3k:B, 8d3n:A, 8d3n:B, 8d3o:A, 8d3o:B, 3gd4:B, 5kvh:A, 5kvh:B, 8qns:D, 8qns:J
4 3fg2:P 404 367 0.2268 0.2599 0.2861 1.52e-28
5 3lxd:A 409 346 0.2073 0.2347 0.2775 2.03e-24
6 4emj:A 406 330 0.1922 0.2192 0.2697 7.28e-20 3ef6:A, 4emi:A
7 1q1w:A 422 371 0.1944 0.2133 0.2426 4.76e-18 3lb8:A, 3lb8:B, 1q1r:A, 1q1r:B, 1q1w:B
8 6krt:A 433 367 0.2009 0.2148 0.2534 1.60e-17 6krt:B
9 8pxk:A 403 360 0.1814 0.2084 0.2333 1.53e-16 1d7y:A, 1f3p:A, 2gqw:A, 2gr0:A, 2gr1:A, 2gr2:A, 2gr3:A, 4h4p:A, 4h4q:A, 4h4r:A, 4h4s:A, 4h4t:A, 4h4u:A, 4h4v:A, 4h4w:A, 4h4x:A, 4h4y:A, 4h4z:A, 4h50:A, 8pxl:A, 2yvf:A, 2yvg:A, 2yvj:A, 2yvj:P
10 7btj:C 435 370 0.2095 0.2230 0.2622 4.87e-16 7bq6:A, 7btj:A, 7btj:B, 7btj:D, 7buz:A, 7buz:B, 7bvi:A, 7bvi:B, 7bvi:C, 7bvi:D, 5jci:A, 5jck:A, 5jcl:A, 5jcl:B, 5jcm:A, 5jcm:B, 5jcn:A, 5jcn:B
11 6tuk:B 393 337 0.1793 0.2112 0.2463 4.14e-13
12 2cdu:A 451 271 0.1490 0.1530 0.2546 1.33e-12 2cdu:B
13 3cgb:A 444 359 0.1728 0.1802 0.2228 1.19e-10 3cgb:B, 3cgc:A, 3cgc:B, 3cgd:A, 3cgd:B, 3cge:A, 3cge:B
14 5er0:A 450 282 0.1598 0.1644 0.2624 1.45e-10 5er0:B, 5er0:C, 5er0:D, 5vn0:A, 5vn0:B, 5vn0:C, 5vn0:D, 5vn0:E, 5vn0:F, 5vn0:G, 5vn0:H, 5voh:A, 5voh:B, 5voh:C, 5voh:D
15 3nt6:A 565 283 0.1620 0.1327 0.2650 3.31e-10 3nt6:B, 3nta:A, 3nta:B, 3ntd:A, 3ntd:B, 4ocg:A, 4ocg:B
16 6pfz:A 541 256 0.1425 0.1220 0.2578 6.43e-09 6pfz:D, 6pfz:C, 6pfz:B
17 8c0z:E 424 388 0.1901 0.2075 0.2268 9.11e-09
18 3klj:A 378 350 0.1771 0.2169 0.2343 2.98e-08
19 2v3a:A 381 317 0.1512 0.1837 0.2208 7.63e-08 2v3b:A
20 2bc0:A 473 282 0.1490 0.1459 0.2447 1.14e-07 2bc0:B, 2bc1:A, 2bc1:B, 2bcp:A, 2bcp:B
21 6b4o:A 451 281 0.1469 0.1508 0.2420 1.56e-07 6b4o:B, 6b4o:C, 6b4o:D
22 5vdn:A 449 180 0.1123 0.1158 0.2889 2.22e-07 5vdn:B
23 4ywo:A 444 203 0.1274 0.1329 0.2906 3.29e-07
24 4ywo:A 444 73 0.0454 0.0473 0.2877 0.58
25 3ict:A 557 140 0.0929 0.0772 0.3071 3.70e-07 3icr:A, 3icr:B, 3ics:A, 3ics:B, 3ict:B
26 1lvl:A 458 271 0.1663 0.1681 0.2841 4.61e-07
27 6ruz:A 443 281 0.1555 0.1625 0.2562 2.18e-06 6ruz:B, 6ruz:C, 6ruz:D, 6rvb:A, 6rvb:B, 6rvb:C, 6rvb:D, 6rvh:A, 6rvh:B, 6rvh:C, 6rvh:D
28 1onf:A 439 156 0.0929 0.0979 0.2756 3.22e-06
29 7xpi:A 363 240 0.1253 0.1598 0.2417 4.29e-06 7ytl:A
30 1f8w:A 447 265 0.1231 0.1275 0.2151 1.14e-05 1joa:A, 1nhp:A, 1nhq:A, 1nhr:A, 1nhs:A, 1npx:A, 2npx:A
31 1ger:B 449 201 0.1253 0.1292 0.2886 1.42e-05 1ger:A, 1ges:A, 1ges:B, 1get:A, 1get:B, 1geu:A, 1geu:B
32 1xdi:A 459 208 0.1188 0.1198 0.2644 3.29e-05 1xdi:B
33 6uzi:C 470 206 0.1317 0.1298 0.2961 3.34e-05 6uzi:A, 6uzi:B, 6uzi:D
34 8k40:A 448 199 0.1210 0.1250 0.2814 5.39e-05 8k40:B, 8k41:A
35 8a56:B 539 167 0.0972 0.0835 0.2695 9.44e-05 8a56:A
36 8a56:B 539 77 0.0367 0.0315 0.2208 2.7 8a56:A
37 3o0h:B 459 201 0.1123 0.1133 0.2587 1.57e-04 3o0h:A
38 6n7f:A 451 170 0.1037 0.1064 0.2824 4.31e-04 6n7f:B, 6n7f:C, 6n7f:D
39 4em3:A 437 302 0.1317 0.1396 0.2020 5.56e-04 4em3:B, 4em4:A, 4em4:B, 4emw:A, 4emw:B, 4eqr:A, 4eqr:B, 4eqs:A, 4eqs:B, 4eqw:A, 4eqw:B, 4eqx:A, 4eqx:B, 1yqz:B, 1yqz:A
40 8ajk:B 447 264 0.1274 0.1320 0.2235 8.55e-04 8ajj:C, 8ajj:A, 8ajj:B, 8ajj:D, 8ajk:A
41 5x1y:B 454 219 0.1231 0.1256 0.2603 0.001 5x1y:A, 5x1y:C, 5x1y:D, 5x1y:E, 5x1y:F
42 3ic9:C 483 205 0.0972 0.0932 0.2195 0.005 3ic9:A, 3ic9:B, 3ic9:D
43 4fx9:B 443 91 0.0605 0.0632 0.3077 0.005 4fx9:A, 5l1n:A, 5l1n:B
44 7kmy:A 465 178 0.0972 0.0968 0.2528 0.007 2a8x:A, 2a8x:B, 8ct4:A, 8ct4:B, 3ii4:A, 3ii4:B, 7kmy:B, 7kmy:C, 7kmy:D, 7kmy:I, 7kmy:J, 7kmy:M, 7kmy:N, 4m52:A, 4m52:D, 4m52:B, 4m52:C, 8u0q:A, 8u0q:B
45 1ebd:A 455 177 0.0842 0.0857 0.2203 0.008 1ebd:B
46 8wik:A 364 218 0.1123 0.1429 0.2385 0.008 8jsc:C
47 2yqu:A 455 144 0.0907 0.0923 0.2917 0.013 2eq7:A, 2eq7:B, 2yqu:B
48 6cmz:A 462 227 0.1166 0.1169 0.2379 0.019 6cmz:B, 6cmz:C, 6cmz:D
49 5u1o:B 451 168 0.0886 0.0909 0.2440 0.027 5u1o:A, 5u1o:C, 5u1o:D
50 8qcj:A 458 257 0.1231 0.1245 0.2218 0.031 8qcj:B
51 2r9z:B 453 178 0.1015 0.1038 0.2640 0.089 2r9z:A, 2rab:A, 2rab:B
52 3cty:B 305 147 0.0778 0.1180 0.2449 0.089 3cty:A
53 4k7z:A 467 214 0.1058 0.1049 0.2290 0.11 4k8d:A, 1zk7:A, 1zx9:A
54 4k7z:A 467 52 0.0389 0.0385 0.3462 5.5 4k8d:A, 1zk7:A, 1zx9:A
55 1xhc:A 346 137 0.0756 0.1012 0.2555 0.19
56 3kbo:A 312 250 0.1231 0.1827 0.2280 0.38 3kbo:B, 3kbo:C, 3kbo:D
57 8hxx:N 375 97 0.0540 0.0667 0.2577 0.49 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
58 5n9x:A 489 70 0.0475 0.0450 0.3143 0.86 5n9x:B
59 6skg:Af 242 122 0.0605 0.1157 0.2295 0.87 6skf:Af, 6th6:Af
60 2i0z:A 416 65 0.0410 0.0457 0.2923 1.2
61 6tmf:F 241 121 0.0540 0.1037 0.2066 1.3
62 7jqh:A 313 124 0.0713 0.1054 0.2661 1.5 7jqi:A, 7jqj:A, 6ovl:A, 6oxn:A, 6p35:A
63 1wa3:D 203 115 0.0713 0.1626 0.2870 1.7 1wa3:A, 1wa3:B, 1wa3:C, 1wa3:E, 1wa3:F
64 2d1c:A 495 65 0.0410 0.0384 0.2923 1.9 2d1c:B
65 3djj:A 462 207 0.1080 0.1082 0.2415 3.0 2aaq:A, 1bwc:A, 3djg:X, 3dk4:A, 3dk8:A, 3dk9:A, 1dnc:A, 2gh5:A, 2gh5:B, 1gra:A, 1grb:A, 1gre:A, 1grf:A, 1grg:A, 1grh:A, 1grt:A, 2grt:A, 3grs:A, 3grt:A, 4gr1:A, 4grt:A, 5grt:A, 1gsn:A, 1k4q:A, 3sqp:A, 3sqp:B, 1xan:A
66 7d9f:A 591 29 0.0259 0.0203 0.4138 3.0 7d9f:B, 7d9g:A, 7d9g:B, 7d9h:A, 7d9h:B, 7d9i:A, 7d9i:B, 7d9j:A, 7d9j:B
67 2d3m:A 405 214 0.1166 0.1333 0.2523 3.6 2d3m:B, 2d52:A, 2d52:B
68 7tn2:W 895 37 0.0324 0.0168 0.4054 3.7 9gd2:W, 9gd3:W
69 5djq:C 303 29 0.0281 0.0429 0.4483 3.8 5djq:M, 5djq:F, 5djq:I, 3mk7:C, 3mk7:M, 3mk7:F, 3mk7:I
70 7us3:A 428 136 0.0691 0.0748 0.2353 3.9 7us3:B, 7us3:C, 7us3:D
71 8qel:B 267 92 0.0562 0.0974 0.2826 3.9 2a19:B, 6d3k:B, 6d3k:A, 6d3k:C
72 6ftx:W 878 37 0.0324 0.0171 0.4054 3.9 6g0l:W, 5j70:A, 5j70:B, 3mwy:W, 3ted:A
73 9gd1:W 849 37 0.0324 0.0177 0.4054 3.9
74 6g0l:M 855 37 0.0324 0.0175 0.4054 4.0 7nkx:W, 5o9g:W
75 6sw9:E 242 121 0.0497 0.0950 0.1901 4.1 5jb3:E, 5jbh:E, 6swc:E, 6swd:E, 4v4n:BE, 4v6u:AE, 7zag:E, 7zah:E, 7zai:E, 7zhg:E
76 6du7:A 448 176 0.0864 0.0893 0.2273 5.5 6du7:B, 6du7:C, 6du7:D, 6du7:E, 6du7:F, 6du7:G, 6du7:H
77 6i7n:A 490 35 0.0281 0.0265 0.3714 6.2 4adw:A, 4adw:B, 4apn:A, 4apn:B, 5ebk:A, 5ebk:B, 6er5:A, 6i7n:B, 2jk6:A, 2jk6:B, 6t95:A, 6t97:A, 6t98:A, 2w0h:A, 2w0h:B, 2x50:A, 2x50:B, 2yau:A, 2yau:B
78 1ii0:B 553 38 0.0324 0.0271 0.3947 7.7 1f48:A, 1ihu:A, 1ii0:A, 1ii9:A, 1ii9:B
79 2hqm:A 461 375 0.1771 0.1779 0.2187 7.9 2hqm:B
80 2qae:A 465 173 0.0972 0.0968 0.2601 8.7 2qae:B
81 5yhv:A 394 40 0.0302 0.0355 0.3500 9.9 5yhv:B, 5yhv:C, 5yhv:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218