Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PSERTFIAVKPDGVQRNLVGEIIKRFENKGYKLVGLKLLQPTEEQAKQHYIDLASKPFYSGLVSYFSSGPIVGMVWEGLG
VVKGGRVLLGATNPADSLPGTIRGDFAVDVGRNVCHGSDSVESAKREIAFWFKAEELVSWTSHSVKQIYE

The query sequence (length=150) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4fkx:A 153 150 1.0000 0.9804 1.0000 8.67e-110 4f4a:A, 4f4a:B, 4f4a:C, 4fkx:B, 4fkx:C, 4fky:A, 4fky:B, 4fky:C
2 3ngs:A 151 149 0.8333 0.8278 0.8389 1.46e-90 4kpc:A, 4kpc:B, 3ngs:C, 3ngt:A, 3ngt:B, 3ngt:C, 3ngt:D, 3ngt:E, 3ngt:F, 3ngt:G, 3ngt:H, 3ngt:I, 3ngt:J, 3ngt:K, 3ngt:M, 3ngt:N, 3ngu:A, 3ngu:B
3 4uof:A 151 148 0.6933 0.6887 0.7027 3.16e-76 4uof:B, 4uof:C, 4uog:A, 4uog:B, 4uog:C, 4uoh:B, 4uoh:C
4 6xpw:C 158 149 0.6733 0.6392 0.6779 1.89e-75 6xp7:A, 6xp7:B, 6xp7:C, 6xps:A, 6xps:B, 6xps:C, 6xpt:A, 6xpt:B, 6xpt:C, 6xpt:E, 6xpt:G, 6xpt:H, 6xpu:A, 6xpu:B, 6xpu:C, 6xpv:A, 6xpv:B, 6xpv:C, 6xpv:E, 6xpv:G, 6xpv:H, 6xpw:A, 6xpw:B, 6xpw:E, 6xpw:G, 6xpw:H
5 8oov:B 157 149 0.6733 0.6433 0.6779 2.38e-74 1be4:A, 1be4:B, 1be4:C, 1bhn:A, 1bhn:B, 1bhn:C, 1bhn:D, 1bhn:E, 1bhn:F, 4eno:A, 4eno:B, 2hvd:A, 2hvd:B, 2hvd:C, 2hve:A, 2hve:B, 2hve:C, 8oov:A, 8oov:C, 1ucn:A, 1ucn:B, 1ucn:C, 5ui4:A, 5ui4:B, 5ui4:C, 5ui4:D, 5ui4:E, 5ui4:F, 7zl8:A, 7zl8:B, 7zl8:C, 7zl8:D, 7zl8:E, 7zl8:F, 7zl8:G, 7zl8:H, 7zl8:I, 7zl8:J, 7zl8:K, 7zl8:L, 7zlw:A, 7zlw:B, 7zlw:C, 7zlw:D, 7zlw:F, 7ztk:A, 7ztk:B, 7ztk:C, 7ztk:D, 7ztk:E, 7ztk:F
6 7kpf:A 152 148 0.6667 0.6579 0.6757 9.65e-74 3bbb:B, 3bbb:C, 3bbb:E, 3bbb:F, 3bbf:A, 3bbf:B, 3bbf:C, 3bbf:D, 3bbf:E, 3bbf:F, 7kpf:B, 7kpf:C, 1nue:A, 1nue:B, 1nue:C, 1nue:D, 1nue:E, 1nue:F, 8pie:A, 8pie:B, 8pie:C, 8pie:D, 8pie:E, 8pie:F, 8pyw:A, 8pyw:B, 8pyw:C, 8pyw:D, 8pyw:E, 8pyw:F
7 8qvz:C 155 148 0.6200 0.6000 0.6284 3.95e-70 8qvz:A, 8qvz:B, 8qvz:D, 8qvz:E, 8qvz:F, 8qw0:A, 8qw0:B, 8qw0:C, 8qw0:D, 8qw0:E, 8qw0:F, 8qw0:G, 8qw0:H, 8qw0:I, 8qw0:J, 8qw0:K, 8qw0:L, 8qw1:A, 8qw1:B, 8qw1:C, 8qw1:D, 8qw1:E, 8qw1:F, 8qw2:A, 8qw2:B, 8qw2:C, 8qw2:D, 8qw2:E, 8qw2:F, 8qw3:A, 8qw3:B, 8qw3:C, 8qw3:D, 8qw3:E, 8qw3:F, 1zs6:A, 1zs6:B, 1zs6:D
8 5u2i:B 151 149 0.6067 0.6026 0.6107 8.36e-67 5u2i:D
9 5bxi:B 153 148 0.6000 0.5882 0.6081 3.32e-66 5bxi:A, 5bxi:C, 5bxi:I
10 4cp5:A 151 137 0.5800 0.5762 0.6350 8.38e-61 1b4s:A, 1b4s:B, 1b4s:C, 1b99:A, 1b99:C, 1b99:D, 1b99:E, 2bef:A, 2bef:B, 2bef:C, 1bux:A, 1bux:B, 1bux:C, 4cp5:B, 4cp5:C, 4cp5:D, 4cp5:E, 4cp5:F, 1f3f:A, 1f3f:B, 1f3f:C, 1f6t:A, 1f6t:B, 1f6t:C, 3fkb:A, 3fkb:B, 3fkb:C, 3fkb:D, 3fkb:E, 3fkb:F, 1hiy:A, 1hiy:B, 1hiy:C, 1kdn:A, 1kdn:B, 1kdn:C, 1lwx:A, 1lwx:B, 1lwx:C, 1mn7:A, 1mn7:B, 1mn9:A, 1mn9:B, 1mn9:C, 1ndc:A, 1ndp:A, 1ndp:B, 1pae:X, 1s5z:A
11 7kpf:F 135 148 0.6000 0.6667 0.6081 3.23e-60
12 1s59:A 153 140 0.5467 0.5359 0.5857 5.78e-59 1s59:C
13 5kk8:A 149 138 0.5467 0.5503 0.5942 2.98e-57 5kk8:B
14 1wkk:A 137 136 0.5067 0.5547 0.5588 1.42e-55 1wkl:A, 1wkl:B
15 3q86:A 149 148 0.5067 0.5101 0.5135 2.96e-52 3q86:B, 3q89:B, 3q89:E, 3q8u:A, 3q8u:B, 3q8u:C, 3q8u:D, 3q8u:E, 3q8u:F, 3q8v:A, 3q8v:B, 3q8v:D, 3q8y:A, 3q8y:B, 3q8y:C, 3q8y:D, 3q8y:E, 3q8y:F, 3q8y:G, 3q8y:H
16 2az1:A 155 151 0.4933 0.4774 0.4901 1.60e-51 2az1:C, 2az1:D, 2az3:A, 2az3:B, 2az3:F, 2az3:C, 2az3:D, 2az3:E, 2az3:G, 2az3:H, 2az3:I
17 2dya:B 155 142 0.4600 0.4452 0.4859 1.30e-44 2dxd:A, 2dxd:B, 2dxe:A, 2dxf:A, 2dy9:A, 2dya:A
18 1nhk:R 144 138 0.4200 0.4375 0.4565 2.05e-41 1nhk:L, 1nlk:R, 1nlk:L
19 4s0m:D 143 139 0.4267 0.4476 0.4604 2.60e-40 5yol:E, 5yol:H
20 4ek2:A 142 130 0.3667 0.3873 0.4231 6.21e-35 4hr2:A, 4hr2:B
21 3ejm:A 134 131 0.3533 0.3955 0.4046 5.55e-33 3b6b:A, 3b6b:B, 3b6b:C, 3b6b:D, 3b6b:E, 3b6b:F, 2b8q:A, 2b8q:B, 2b8q:C, 2b8q:D, 2b8q:E, 2b8q:F, 3ddi:A, 3ddi:B, 3dkd:A, 3dkd:B, 3ee3:A, 3ee3:B, 3ee3:C, 3ee3:D, 3ee3:E, 3ee3:F, 3eic:A, 3eic:B, 3eic:C, 3eic:D, 3eic:E, 3eic:F, 3ejm:B, 3em1:A, 3em1:B, 3emt:A, 3emt:B, 3ena:A, 3ena:B, 3etm:A, 3etm:B, 3evm:A, 3evm:B, 3evo:A, 3evo:B, 3evw:A, 3evw:B, 3evw:C, 3evw:D, 3evw:E, 3evw:F, 3fbb:A, 3fbb:B, 3fbb:C, 3fbb:D, 3fbb:E, 3fbb:F, 3fbc:A, 3fbc:B, 3fbc:C, 3fbc:D, 3fbc:E, 3fbc:F, 3fbe:A, 3fbe:B, 3fbe:C, 3fbe:D, 3fbe:E, 3fbe:F, 3fbf:A, 3fbf:B, 3fbf:C, 3fbf:D, 3fbf:E, 3fbf:F, 3fc9:A, 3fc9:B, 3fc9:C, 3fc9:D, 3fc9:E, 3fc9:F, 3fcw:A, 3fcw:B, 3fcw:C, 3fcw:D, 3fcw:E, 3fcw:F, 3g2x:A, 3g2x:B, 3g2x:C, 3g2x:D, 3g2x:E, 3g2x:F, 3gp9:A, 3gp9:B, 3gp9:C, 3gp9:D, 3gp9:E, 3gp9:F, 3gpa:A, 3gpa:C, 3gpa:E, 3gpa:B, 3gpa:D, 3gpa:F
22 4dz6:A 168 153 0.3800 0.3393 0.3725 1.88e-29 4dz6:B, 4dz6:C, 4dz6:D, 4dz6:E, 4dz6:F
23 5vwv:A 170 50 0.1067 0.0941 0.3200 0.29 8czf:A, 8czg:A, 8czg:B, 8czg:C, 8czg:D, 8czh:A, 5fmi:A, 8gsv:A, 8gsv:C, 8gsv:E, 8gsv:G, 8gsv:I, 8gsv:K, 8gsv:W, 8gsv:Q, 8gsv:O, 8gsv:U, 8gsv:S, 8gsv:M, 8igc:A, 2ims:A, 2imt:A, 2m5b:A, 7m5a:A, 7m5b:A, 7m5b:C, 7m5c:A, 7m5c:C, 7m5c:E, 7m5c:K, 7m5c:M, 7m5c:O, 7m5c:Q, 7m5c:S, 8srx:A, 8srx:C, 6uxn:A, 6uxn:B, 6uxn:D, 6uxn:C, 6uxn:E, 6uxn:F, 6uxn:G, 6uxn:H, 6uxn:K, 6uxn:I, 6uxn:J, 6uxn:L, 6uxq:A, 6uxq:B, 6uxq:C, 6uxq:D, 6uxr:A, 6uxr:B, 5vww:A, 5vwx:C, 5vwy:A, 5vwz:A, 5vwz:C, 5vx0:A, 5vx0:C
24 5vwx:A 148 50 0.1067 0.1081 0.3200 0.35 7m5c:G, 7m5c:I, 5vww:B
25 5d2g:A 263 47 0.1133 0.0646 0.3617 1.6 5d2h:A, 5d2i:A, 5d2i:B, 5d2j:A, 5d2j:B, 5d2k:A, 5d2k:B
26 7tby:A 1788 46 0.0733 0.0062 0.2391 1.9 7tc0:A
27 4gyl:A 340 99 0.1600 0.0706 0.2424 2.2 4gyn:A, 4kzf:A
28 5zbm:B 353 26 0.0600 0.0255 0.3462 7.0 1al7:A, 1al8:A, 1gox:A, 1gyl:A, 5zbm:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218