Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PRIMRLVAECSRSRARAGELWLPHGTVATPVFMPVGTQATMKGITTEQLDALGCRICLGNTYHLGLRPGPELIQKANGLH
GFMNWPHNLLTDSGGFQMVSLVSLSEVTEEGVRFRSPYDGNETLLSPEKSVQIQNALGSDIIMQLDDVVSSTVTGPRVEE
AMYRSIRWLDRCIAAHQRPDKQNLFAIIQGGLDADLRATCLEEMTKRDVPGFAIGGLSGGESKSQFWRMVALSTSRLPKD
KPRYLMGVGYATDLVVCVALGCDMFDCVFPTRTARFGSALVPTGNLQLRKKVFEKDFGPIDPECTCPTCQKHSRAFLHAL
LHSDNTAALHHLTVHNIAYQLQLMSAVRTSIVEKRFPDFVRDFMGAMYGDPTLCPTWATDALASVGITLG

The query sequence (length=390) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6h42:A 393 390 1.0000 0.9924 1.0000 0.0 6h42:B, 6h45:A, 6h45:B, 7nq4:A, 8omr:A
2 7b2i:C 389 389 0.8769 0.8792 0.8792 0.0 7ov9:C, 7ovo:C, 7ovs:C, 7owz:C
3 6h62:A 370 389 0.8333 0.8784 0.8355 0.0 6h62:B
4 7a4k:A 382 354 0.4051 0.4136 0.4463 8.21e-103 7a0b:A, 7a3v:A, 7a3x:A, 7a4x:A, 7a6d:A, 7a9e:A, 7adn:A, 7apl:A, 7apm:A, 2bbf:A, 3bl3:A, 3c2y:A, 4dxx:A, 4dy1:A, 4e2v:A, 1efz:A, 5egr:A, 1enu:A, 3eos:A, 1f3e:A, 6fmn:A, 4fps:A, 6fpu:A, 6fso:A, 3gc4:A, 3gc5:A, 4gcx:A, 3ge7:A, 4gg9:A, 4gh1:A, 4gh3:A, 4ghr:A, 4gi4:A, 4gkt:A, 4h6e:A, 4h7z:A, 6h7c:A, 3hfy:A, 4hqv:A, 4hsh:A, 4htb:A, 4hvx:A, 5i00:A, 5i02:A, 5i03:A, 5i06:A, 5i07:A, 5i07:B, 5i09:A, 4ipp:A, 5j9m:A, 5j9n:A, 5j9o:A, 4jbr:A, 5jgm:A, 5jgo:A, 5jsv:A, 5jsw:A, 5jt5:A, 5jt6:A, 5jt7:A, 5jxq:A, 1k4g:A, 1k4h:A, 4l56:A, 4lbu:A, 4leq:A, 5lpo:A, 5lpq:A, 5lpq:B, 5lpt:A, 5lpt:B, 1n2v:A, 5n6f:A, 2nqz:A, 2nso:A, 2oko:A, 1ozm:A, 1ozq:A, 1p0b:A, 1p0d:A, 1p0e:A, 2pot:A, 1pud:A, 4puj:A, 4puk:A, 4pul:A, 4pum:A, 4pun:A, 2pwu:A, 2pwv:A, 1pxg:A, 1q2r:A, 1q2r:B, 1q2r:C, 1q2r:D, 1q2s:A, 1q2s:B, 1q2s:C, 1q2s:D, 1q4w:A, 4q4m:A, 4q4o:A, 4q4p:A, 4q4q:A, 4q4r:A, 4q4s:A, 1q63:A, 1q65:A, 1q66:A, 4q8m:A, 4q8n:A, 4q8o:A, 4q8p:A, 4q8q:A, 4q8t:A, 4q8u:A, 4q8v:A, 4q8w:A, 2qii:A, 2qzr:A, 1r5y:A, 6rkq:A, 6rkt:A, 3rr4:A, 3s1g:A, 1s38:A, 1s39:A, 3sm0:A, 5sw3:A, 3tll:A, 3unt:A, 5uti:A, 5utj:A, 3uvi:A, 5v3c:A, 1wkd:A, 1wke:A, 1wkf:A, 1y5v:A, 1y5w:A, 1y5x:A, 1y5x:D, 6yfw:A, 6yfx:A, 6ygk:A, 6ygl:A, 6ygm:A, 6ygo:A, 6ygp:A, 6ygr:A, 6ygv:A, 6ygw:A, 6ygy:A, 6ygz:A, 6yh1:A, 6yh2:A, 6yh3:A, 6yhd:A, 6yhe:A, 6yiq:A, 6yiq:B, 6yry:A, 6yyz:A, 6z0d:A, 2z1v:A, 2z1w:A, 2z1x:A, 2z7k:A
5 4kwo:A 352 367 0.3897 0.4318 0.4142 4.61e-92 3bld:A, 3bll:A, 3blo:A, 3eou:A, 4fr1:A, 4fr6:A, 4fsa:A, 4giy:A, 5lpp:A, 5lps:A, 6ygs:A, 6ygx:A
6 2ash:A 361 356 0.3872 0.4183 0.4242 1.43e-91 2ash:B, 2ash:C, 2ash:D
7 6fv5:B 382 245 0.1744 0.1780 0.2776 2.16e-27 7b2i:A, 6fv5:A, 7ov9:A, 7ovo:A, 7ovs:A, 7owz:A
8 8omr:B 382 296 0.2077 0.2120 0.2736 6.05e-27 7nq4:B
9 1iq8:A 577 343 0.2179 0.1473 0.2478 3.16e-17 1iq8:B, 1it7:A, 1it7:B, 1it8:A, 1it8:B, 1j2b:A, 1j2b:B
10 8c3w:A 211 42 0.0308 0.0569 0.2857 0.62
11 5fjm:A 447 87 0.0692 0.0604 0.3103 1.1 5fjm:B, 5fjn:A, 5fjn:B
12 4em3:A 437 175 0.1103 0.0984 0.2457 1.4 4em3:B, 4em4:A, 4em4:B, 4emw:A, 4emw:B, 4eqr:A, 4eqr:B, 4eqs:A, 4eqs:B, 4eqw:A, 4eqw:B, 4eqx:A, 4eqx:B, 1yqz:B, 1yqz:A
13 6hq8:A 1138 59 0.0436 0.0149 0.2881 1.8 6hq8:B
14 2dvn:A 186 32 0.0308 0.0645 0.3750 2.0 2dvn:B, 2dvo:A, 2e5x:A, 2zti:A
15 9feh:A 264 64 0.0487 0.0720 0.2969 2.5 8bwu:A, 8e1f:D, 8frj:A, 8frk:A, 2qb0:C, 7tw7:A, 7tw8:A, 7tw9:A
16 1ahj:A 198 59 0.0513 0.1010 0.3390 2.6 3a8g:A, 3a8h:A, 3a8l:A, 3a8m:A, 3a8o:A, 1ahj:C, 1ahj:E, 1ahj:G, 2ahj:A, 2ahj:C, 2cyz:A, 2cz0:A, 2cz1:A, 2cz6:A, 2cz7:A, 2d0q:A, 2qdy:A, 3wvd:A, 3wve:A, 3x20:A, 3x24:A, 3x25:A, 3x26:A, 3x28:A, 2zcf:A, 2zpb:A, 2zpe:A, 2zpf:A, 2zpg:A, 2zph:A, 2zpi:A
17 2v6e:A 531 47 0.0462 0.0339 0.3830 2.9 2v6e:B
18 3zx4:B 254 61 0.0487 0.0748 0.3115 4.7 3zu6:B, 3zup:A, 3zup:B, 3zw7:A, 3zw7:B, 3zwd:A, 3zwd:B, 3zwk:A, 3zwk:B, 3zx4:A, 3zx5:A, 3zx5:B
19 7n1o:A 257 64 0.0487 0.0739 0.2969 6.5 8fz4:A, 8fz4:B, 8fzv:A, 1sht:X, 1shu:X, 1t6b:Y, 1tzn:a, 1tzn:b, 1tzn:c, 1tzn:d, 1tzn:e, 1tzn:f, 1tzn:g, 1tzn:h, 1tzn:i, 1tzn:j, 1tzn:k, 1tzn:l, 1tzn:m, 1tzn:o
20 2buj:A 291 22 0.0308 0.0412 0.5455 7.4 2buj:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218